Próteóm-afleidd peptíðsöfn fyrir djúpa sérhæfnigreiningu á N-enda breytinga hvarfefnum

Prótein og peptíð N enda eru mikilvæg markmið fyrir sértæka breytingu með efnapróteómískum hvarfefnum og lífsamtengingartækjum. N-enda α-amínið kemur aðeins einu sinni fyrir í hverri fjölpeptíðkeðju, sem gerir það að aðlaðandi markmiði fyrir lífsamtengingu próteina. Í frumum, hægt er að búa til nýjar N-enda með próteindaklofnun og fanga þær með N-enda breytingahvarfefnum sem gera kleift að bera kennsl á prótein-breiður hvarfefni próteasa með tandem massagreiningu (LC-MS/MS). Skilningur á sértækni N-enda röð breytinga hvarfefnanna er mikilvæg fyrir hverja þessara nota. Próteómafleidd peptíðsöfn ásamt LC-MS/MS eru öflug tæki til að útskýra raðsérhæfni N-enda breytinga hvarfefna. Þessi bókasöfn eru mjög fjölbreytt, og LC-MS/MS gerir greiningu á breytingahagkvæmni tugþúsunda raða í einni tilraun. Próteómafleidd peptíðsöfn eru öflugt tæki til að útskýra raðsérhæfni ensím- og efnapeptíðmerkinga hvarfefna. Subtiligasi og 2-pýridínkarboxaldehýð (2PCA) eru tvö hvarfefni sem hafa verið þróuð fyrir sértæka N-enda peptíðbreytingu og hægt er að rannsaka þau með próteómafleiddum peptíðsöfnum. Þessi siðareglur lýsir skrefunum til að búa til N-endalega fjölbreytt próteómafleidd peptíðsöfn og til að beita þessum söfnum til að kynna sérhæfni N-enda breytinga hvarfefna. Við útlistum skrefin til að útskýra sérhæfni 2-pýridínkarboxaldehýðs, hvarfefni fyrir efnabreytingar, og subtiligase, hvarfefni fyrir ensímbreytingar. Auðvelt er að aðlaga þessar samskiptareglur að öðrum próteómuppsprettum og öðrum N-enda peptíðmerkingum.