Znakowanie stabilnych izotopów to odczynnik chemiczny, w którym cząsteczki związku zawierają jeden lub więcej stabilnych atomów izotopów i są analizowane i określane przy użyciu ich unikalnych właściwości znacznika.

Techniki znakowania stabilnych izotopów opierają się na zasadzie znakowania reagenta poprzez zastąpienie określonych atomów izotopem, co następnie powoduje, że reagent ulega reakcji i wykrywa atomy ze zmianą liczby neutronów, które można śledzić poprzez reakcje, szlaki metaboliczne lub komórki. Stabilny izotop (13C, 15N, 13C15N) znakowane peptydy są powszechnie stosowane jako „znaczniki chemiczne” w proteomice ilościowej do wykrywania i śledzenia próbek biologicznych. Ilościowe metody proteomiki wykorzystują głównie spektrometrię mas o wysokiej rozdzielczości do oddzielania znakowanych izotopowo i nieznakowanych jonów peptydowych lub jonów peptydowych, i wykorzystują wartości intensywności wykrytych sygnałów do obliczeń ilościowych.

Technologia stabilnego znakowania izotopów ma zalety wysokiej czułości, proste pozycjonowanie i dokładna ocena ilościowa, co sprawia, że ​​modyfikacja izotopów cieszy się coraz większym zainteresowaniem w medycynie i biochemii.