Peptidové knihovny odvozené od proteomu pro hluboké profilování specificity N-koncových modifikačních činidel

Proteiny a peptidové N konce jsou důležitými cíli pro selektivní modifikaci pomocí chemoproteomických činidel a biokonjugačních nástrojů. N-koncový a-amin se v každém polypeptidovém řetězci vyskytuje pouze jednou, což z něj činí atraktivní cíl pro biokonjugaci proteinů. V buňkách, nové N konce mohou být generovány proteolytickým štěpením a zachyceny N-terminálními modifikačními činidly, která umožňují identifikaci proteázových substrátů v celém proteomu pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie (LC-MS/MS). Pro každou z těchto aplikací je kritické pochopení N-koncové sekvenční specificity modifikačních činidel. Peptidové knihovny odvozené od proteomu v kombinaci s LC-MS/MS jsou výkonnými nástroji pro profilování sekvenční specificity N-koncových modifikačních činidel. Tyto knihovny jsou velmi rozmanité, a LC-MS/MS umožňuje analýzu účinnosti modifikace desítek tisíc sekvencí v jediném experimentu. Peptidové knihovny odvozené od proteomu jsou výkonným nástrojem pro profilování sekvenční specifičnosti enzymatických a chemických činidel pro značení peptidů. Subtiligáza a 2-pyridinkarboxaldehyd (2PCA) jsou dvě činidla, která byla vyvinuta pro selektivní modifikaci N-koncových peptidů a lze je studovat pomocí peptidových knihoven odvozených od proteomu. Tento protokol popisuje kroky pro generování N-koncově různorodých peptidových knihoven odvozených od proteomu a pro použití těchto knihoven k profilování specificity N-koncových modifikačních činidel.. Podrobně popisujeme kroky pro profilování specifičnosti 2-pyridinkarboxaldehydu, chemické modifikační činidlo, a subtiligáza, enzymatické modifikační činidlo. Tyto protokoly lze snadno přizpůsobit alternativním zdrojům proteomů a dalším N-koncovým peptidovým značícím činidlům.