Бібліятэкі пептыдаў, атрыманыя з пратэома, для прафілявання глыбокай спецыфічнасці N-канцавых мадыфікацыйных рэагентаў

N-канцы бялку і пептыда з'яўляюцца важнымі мішэнямі для селектыўнай мадыфікацыі з дапамогай хемопротеомических рэагентаў і інструментаў біякан'югацыі. N-канцавы α-амін сустракаецца толькі адзін раз у кожнай поліпептыднай ланцугу, што робіць яго прывабнай мішэнню для біякан'югацыі бялку. У камерах, новыя N-канцы могуць утварацца шляхам пратэялітычнага расшчаплення і захоплівацца рэагентамі для мадыфікацыі N-канца, якія дазваляюць ідэнтыфікаваць субстраты пратэазы ва ўсім пратэёме з дапамогай тандэмнай мас-спектраметрыі (ВХ-МС/МС). Разуменне спецыфікі N-канцавой паслядоўнасці мадыфікацыйных рэагентаў мае вырашальнае значэнне для кожнага з гэтых прыкладанняў. Пептыдныя бібліятэкі, атрыманыя з пратэома, у спалучэнні з ВХ-МС/МС з'яўляюцца магутнымі інструментамі для прафілявання спецыфічнасці паслядоўнасці N-канцавых рэагентаў для мадыфікацыі. Гэтыя бібліятэкі вельмі разнастайныя, і ВХ-МС/МС дазваляе аналізаваць эфектыўнасць мадыфікацыі дзясяткаў тысяч паслядоўнасцей у адным эксперыменце. Пептыдныя бібліятэкі, атрыманыя з пратэома, з'яўляюцца магутным інструментам для прафілявання спецыфічных паслядоўнасцей ферментатыўных і хімічных рэагентаў для маркіроўкі пептыдаў. Субтылігаза і 2-пірыдзінкарбоксальдэгід (2PCA) гэта два рэагенты, якія былі распрацаваны для селектыўнай мадыфікацыі N-канцавога пептыда і могуць быць вывучаны з выкарыстаннем бібліятэк пептыдаў, атрыманых з пратэомаў. У гэтым пратаколе апісаны крокі для стварэння бібліятэк пептыдаў, атрыманых з N-канцавых пратэомаў, і прымянення гэтых бібліятэк для профілювання спецыфічнасці рэагентаў для мадыфікацыі N-канцавых. Мы падрабязна крокі для прафілявання спецыфічнасці 2-pyridinecarboxaldehyde, рэагент хімічнай мадыфікацыі, і субтылігаз, рэагент ферментатыўнай мадыфікацыі. Гэтыя пратаколы можна лёгка адаптаваць да альтэрнатыўных крыніц пратэомаў і іншых рэагентаў для маркіроўкі N-канцавых пептыдаў.