Dizajn i NMR studije cikličkih peptida koji ciljaju na N-terminalni domen proteina tirozin fosfataze YopH

Izvještavamo o dizajnu i evaluaciji novih cikličkih peptida koji ciljaju na N-terminalni domen proteina tirozin fosfataze YopH iz Yersinia. Ciklični peptidi su dizajnirani na osnovu kratke sekvence proteina SKAP-HOM [OF(pY)DDPF (pY = fosfotirozin)], i svi sadrže motiv DEZXDPfK (gdje je Z fosfotirozin ili mimetik fosfotirozina koji se ne može hidrolizirati, X je asparaginska kiselina ili leucin, a f je d-fenilalanin). Ovi peptidi predstavljaju arhitekturu od glave do repa, omogućava ciklizaciju stvaranjem amidne veze između bočnih lanaca prve asparaginske kiseline i ostataka lizina. Provedene su studije perturbacije hemijskog pomaka kako bi se pratilo vezivanje ovih peptida na N-terminalni domen YopH. Peptidi koji sadrže fosfotirozinski dio pokazuju afinitete vezivanja u niskom mikromolarnom rasponu; supstitucija fosfotirozina sa jednim od njegovih derivata koji se ne mogu hidrolizirati dramatično smanjuje afinitete vezivanja. Ove preliminarne studije mogu utrti put za otkriće snažnijih i selektivnijih liganada YopH N-terminalnog domena baziranih na peptidima koji bi se mogli dalje istraživati ​​zbog njihove sposobnosti da inhibiraju infekcije Yersiniae..