Biblioteke peptida izvedenih iz proteoma za profiliranje duboke specifičnosti reagensa za modifikaciju N-terminala

Proteinski i peptidni N krajevi važni su ciljevi za selektivnu modifikaciju kemoproteomskim reagensima i alatima za biokonjugaciju. N-terminalni α-amin pojavljuje se samo jednom u svakom polipeptidnom lancu, što ga čini atraktivnom metom za biokonjugaciju proteina. U stanicama, novi N krajevi mogu se generirati proteolitičkim cijepanjem i uhvatiti reagensima za modifikaciju N-terminala koji omogućuju identifikaciju supstrata proteaze na cijelom proteomu pomoću tandemske masene spektrometrije (LC-MS/MS). Razumijevanje specifičnosti N-terminalne sekvence reagensa za modifikaciju je kritično za svaku od ovih primjena. Peptidne biblioteke izvedene iz proteoma u kombinaciji s LC-MS/MS moćni su alati za profiliranje specifičnosti sekvence reagensa za modifikaciju N-terminala. Ove su knjižnice vrlo raznolike, a LC-MS/MS omogućuje analizu učinkovitosti modifikacije desetaka tisuća sekvenci u jednom eksperimentu. Peptidne biblioteke izvedene iz proteoma moćan su alat za profiliranje specifičnosti sekvenci enzimskih i kemijskih reagensa za označavanje peptida. Subtiligaza i 2-piridinkarboksaldehid (2PCA) dva su reagensa koja su razvijena za selektivnu modifikaciju N-terminalnog peptida i mogu se proučavati korištenjem biblioteka peptida izvedenih iz proteoma. Ovaj protokol opisuje korake za stvaranje N-terminalno raznolikih biblioteka peptida izvedenih iz proteoma i za primjenu tih biblioteka za profiliranje specifičnosti reagensa za modifikaciju N-terminala. Detaljno opisujemo korake za profiliranje specifičnosti 2-piridinkarboksaldehida, reagens za kemijsku modifikaciju, i subtiligaza, reagens za enzimsku modifikaciju. Ovi se protokoli mogu lako prilagoditi alternativnim izvorima proteoma i drugim reagensima za označavanje N-terminalnih peptida.