Perpustakaan peptida turunan protein untuk profil spesifisitas mendalam dari reagen modifikasi terminal-N

Protein dan peptida N termini adalah target penting untuk modifikasi selektif dengan reagen kemoproteomik dan alat biokonjugasi. N-terminal α-amina hanya terjadi satu kali dalam setiap rantai polipeptida, menjadikannya target yang menarik untuk biokonjugasi protein. Di dalam sel, N termini baru dapat dihasilkan melalui pembelahan proteolitik dan ditangkap oleh reagen modifikasi terminal-N yang memungkinkan identifikasi substrat protease secara luas dengan spektrometri massa tandem (LC-MS/MS). Pemahaman tentang spesifisitas urutan terminal-N dari reagen modifikasi sangat penting untuk setiap aplikasi ini. Pustaka peptida turunan protein yang dikombinasikan dengan LC-MS/MS adalah alat yang ampuh untuk membuat profil spesifisitas urutan reagen modifikasi terminal-N. Perpustakaan-perpustakaan ini sangat beragam, dan LC-MS/MS memungkinkan analisis efisiensi modifikasi puluhan ribu rangkaian dalam satu percobaan. Pustaka peptida yang diturunkan dari proteom adalah alat yang ampuh untuk membuat profil kekhususan urutan reagen pelabelan peptida enzimatik dan kimia. Subtiligase dan 2-piridinkarboksaldehida (2PCA) adalah dua reagen yang telah dikembangkan untuk modifikasi peptida N-terminal selektif dan dapat dipelajari menggunakan perpustakaan peptida turunan proteom. Protokol ini menguraikan langkah-langkah untuk menghasilkan perpustakaan peptida turunan proteom yang beragam di terminal-N dan untuk menerapkan perpustakaan ini untuk membuat profil kekhususan reagen modifikasi terminal-N.. Kami merinci langkah-langkah untuk membuat profil spesifisitas 2-piridinkarboksaldehida, reagen modifikasi kimia, dan subtiligase, reagen modifikasi enzimatik. Protokol ini dapat dengan mudah diadaptasi ke sumber proteom alternatif dan reagen pelabelan peptida N-terminal lainnya.