Studi Desain dan NMR Peptida Siklik yang Menargetkan Domain N-Terminal dari Protein Tyrosine Phosphatase YopH

Kami melaporkan desain dan evaluasi peptida siklik baru yang menargetkan domain N-terminal protein tirosin fosfatase YopH dari Yersinia. Peptida siklik telah dirancang berdasarkan urutan pendek dari protein SKAP-HOM [DARI(hal)DDPF (pY = fosfotyrosin)], dan semuanya mengandung motif DEZXDPfK (di mana Z adalah fosfotyrosin atau mimesis fosfotyrosin yang tidak dapat dihidrolisis, X adalah asam aspartat atau leusin dan f adalah d-fenilalanin). Peptida ini menghadirkan arsitektur 'head to tail', memungkinkan siklisasi melalui pembentukan ikatan amino di antara rantai samping asam aspartat pertama dan residu lisin. Studi gangguan pergeseran kimia telah dilakukan untuk memantau pengikatan peptida ini ke domain N-terminal YopH. Peptida yang mengandung gugus fosfotyrosin menunjukkan afinitas pengikatan dalam kisaran mikromolar rendah; substitusi fosfotyrosin dengan salah satu turunannya yang tidak dapat dihidrolisis secara dramatis mengurangi afinitas pengikatan. Studi pendahuluan ini dapat membuka jalan bagi penemuan ligan berbasis peptida yang lebih kuat dan selektif dari domain terminal N YopH yang dapat diselidiki lebih lanjut kemampuannya dalam menghambat infeksi Yersiniae..