Proteiinityrosiinifosfataasi YopH:n N-terminaaliseen domeeniin kohdistuvien syklisten peptidien suunnittelu ja NMR-tutkimukset

Raportoimme Yersiniasta peräisin olevan proteiinityrosiinifosfataasi YopH:n N-terminaaliseen domeeniin kohdistuvien uusien syklisten peptidien suunnittelusta ja arvioinnista.. Sykliset peptidit on suunniteltu SKAP-HOM-proteiinin lyhyen sekvenssin perusteella [OF(pY)DDPF (pY = fosfotyrosiini)], ja ne kaikki sisältävät aiheen DEZXDPfK (jossa Z on fosfotyrosiini tai ei-hydrolysoituva fosfotyrosiinimimeetti, X on asparagiinihappo tai leusiini ja f on d-fenyylialaniini). Näillä peptideillä on "head to tail" -arkkitehtuuri, mahdollistaa syklisoinnin muodostamalla amidisidos ensimmäisen asparagiinihapon sivuketjujen ja lysiinitähteiden väliin. Kemiallisia siirtymähäiriötutkimuksia on suoritettu seuraamaan näiden peptidien sitoutumista YopH:n N-terminaaliseen domeeniin. Peptideillä, jotka sisältävät fosfotyrosiiniosan, sitoutumisaffiniteetit ovat alhaisella mikromolaarisella alueella; fosfotyrosiinin korvaaminen yhdellä sen ei-hydrolysoituvista johdannaisista vähentää dramaattisesti sitoutumisaffiniteettia. Nämä alustavat tutkimukset voivat valmistaa tietä tehokkaampien ja selektiivisempien YopH N-terminaalisen domeenin peptidipohjaisten ligandien löytämiselle, joiden kykyä estää Yersiniae-infektioita voitaisiin edelleen tutkia..