Тиҙ яуап
Хеҙмәттәшсе эҙмә-эҙлеклелекте ебәрә, унда В ., J, йәки Х һәм башҡа лабораториянан анализды ҡабатлауҙы һорай. ...
Аминокислоталар аббревиатуралары — ике мәғәнәле һәм стандарт булмаған кодтарҙы һаҡлау
Блог Синтез пептидтары Хеҙмәттәшсе эҙмә-эҙлеклелекте ебәрә, унда В ., J, йәки Х һәм башҡа лабораториянан анализды ҡабатлауҙы һорай. Шунда уҡ һынау - таныш булмаған хәрефтәрҙе таныш ҡалдыҡтар менән алмаштырыу .. Был тыныс ҡына билдәһеҙ күҙәтеүҙе ялған теүәл структураға әйләндерә ала. Файҙалы аминокислоталар аббревиатуралары диаграммаһы аңлатырға тейеш, ниндәй символ рөхсәт һеҙгә һығымта яһарға ., нимә хәл ителмәй ҡала, һәм ниндәй билдәләү системаһы уға шул мәғәнәне бирә.
Был ҡулланма ике мәғәнәле һәм стандарт булмаған яҙмаларға йүнәлтелгән, ә бөтә егерме дөйөм аминокислоталарҙы ҡабатлау түгел .. Уның гипотезалы тапшырыу миҫалдары булып уҡытыу күнекмәләре тора ., баҫылмаған эҙмә-эҙлекле биремдәр. Маҡсат-етерлек мәғлүмәт һаҡлау өсөн икенсе лаборатория реконструкциялау өсөн интерпретация һәм теләһә ниндәй ярҙамһыҙ алмаштырыу дау ..
Айырма менән башлағыҙ .: ике мәғәнәле код тулы булмаған белемде йәки билдәләнгән альтернатива йыйылмаһын һүрәтләй; стандарт булмаған ҡалдыҡ ғәҙәти егерме ҡалдыҡлы алфавиттан тыш аныҡ химик төҙөлөштө һүрәтләй ала. Был хәлдәр төрлө яҙмалар талап итә .. Икеһе лә яҡындағы таныш хәрефтән фаразлау юлы менән хәүефһеҙ хәл ителмәй ..
Символды билдәләү системаһы менән бергә уҡыу .
был RESID билдәләмәһе FAQ ике аңлашылмаусанлыҡ символдарын исемлеккә индерә, шул иҫәптән Asp/Asn өсөн B, J өсөн Leu/Ile һәм Z өсөн Glu/Gln. Исемле конвенция сиктәрендә һәр символды уҡығыҙ. Биологик базалағы символдың мәғәнәһе заказ формаһының нимә ҡабул итеүен йәки был символды нисек тәржемә итеүен билдәләмәй ..
| Символ йәки билдәләү | Мәғәнәһе раҫлау . | Нимә асыҡ булып ҡалырға тейеш |
|---|---|---|
| Б / Асх | Аспартат кислотаһы йәки аспарагин ике аңлашылмаусанлыҡ, D йәки N | Ниндәй дәлилдәр позицияны хәл ителмәй ҡалдыра; аҡланмайынса һайламағыҙ |
| Z / Glx | Глутамин кислотаһы йәки глутамин ике аңлашылмаусанлыҡ, Е йәки Q | Был хәл ителмәгән биремме, әллә аңлы рәүештә билдәләнгән альтернатив күмәклекме |
| J | Лейцин йәки изолейцин неоднозначность конвенцияларҙа, уны ҡулланыу | Ҡулланылған конвенция һәм ҡабул итеү ҡоралы’ярҙам . |
| Х | Билдәһеҙ йәки билдәләнмәгән ҡалдыҡ, билдәләнгән конвенция буйынса | Ниндәй ҙә булһа мөмкинлектәрҙе сикләү .; туҡталыш сигналын йәки бер нығытылған массаны ҡабул итмәгеҙ |
| У / Сек | Селеноцистеин | Анализ программа тәьминәте һәм теләһә ниндәй күрһәтелгән химик модификацияларҙа ярҙам |
| O / Пыл | Пирролизин | Ҡалдыҡтар ысынбарлыҡтағы үҙенсәлек һәм уны эҙмә-эҙлеклелек һәм структура программа тәьминәте менән эшкәртергә |
| D / Asp ҡаршы D конфигурацияһы | D хәрефе аспартат кислотаһын билдәләй; D стереохимик дескрипторының икенсе роле бар | Ҡалдыҡтың айырым билдәләү легендаһы менән конфигурациянан |
был NCBI эҙмә-эҙлеклелек-кодлау документацияһы алфавиттың ни өсөн мөһим икәнлеген күрһәтә: ул тышҡы ҡалдыҡ символдарын айыра, арауыҡ һәм туҡтатыу яҙмалары, һәм эске кодлауҙар. Хәл, тыныш билдәләре һәм ярҙамһыҙ символдар күсергәндә асыҡтан-асыҡ эшкәртелергә тейеш. Бәләкәй хәреф өнһөҙ генә D конфигурацияһы өсөн инструкцияға әйләнергә тейеш түгел, сөнки бер локаль таблица был конвенцияны ҡуллана ..
Өс хәрефле билдәләү химияны хәл итмәйенсә уҡыусанлыҡты яҡшырта ала. Ҡыҫҡартма кеүек “үҙгәртелгән Lys” әлегә билдәле модификация кәрәк һәм . Йыһазландырыу сайт. Тәьмин итеүсегә хас ҡыҫҡа исем уның тулы химик үҙенсәлеген йәки бер һүҙһеҙ структура һылтанмаһын талап итә, Ҡайҙа кәрәк, шул иҫәптән конфигурация.
Билдәһеҙлекте физик ҡатнашманан айырым тотоғоҙ
AGXK гипотезалы эҙмә-эҙлеклелеген ҡарап сығайыҡ.. Ҡабул итеүсе лаборатория белә, тип өсөнсө позиция тәғәйенләнмәгән. Ул белмәй, тип бирелгән материал ҡатнашмаһы булып тора, бөтә мөмкин булған өсөнсө ҡалдыҡтар .. Яҙмалағы билдәһеҙлек һәм өлгөләге гетерогенлыҡ төрлө дәлилдәр талап иткән төрлө дәғүәләр булып тора..
Әгәр һуңыраҡ анализ тарайтыу Х лейцин йәки изолейцин, ярҙам альтернативалары һәм ысулын яҙып алыу’сикләү. Был ике ҡалдыҡтың элементар составы уртаҡ, тимәк, бөтөн масса ғына улар араһында һайламай. Ҡабаттан ҡаралған яҙмала нимә яҡшырғанын һәм нимә хәл ителмәгәнен аңлатырға кәрәк; ул тулыһынса билдәләнгән эҙмә-эҙлеклелекте иғлан итергә тейеш түгел.
Икенсе гипотезалы проект аңлы рәүештә АГИК-ты АГЛК менән сағыштыра. Был ике билдәләнгән маҡсат, һәр береһе үҙ идентификаторы менән, өлгө тарихы, һәм анализ Билдәләнгән пептидтар яҙымта. Яҙыу икеһе лә AGJK ғаилә тураһында фекер алышыу өсөн уңайлы булыуы мөмкин ., әммә ул айырым заказдар йәки һөҙөмтә атрибуцияһы өсөн кәрәкле айырманы юғалта.
В һәм З өсөн, кандидат альтернативалары бер үк составлы түгел. Шуға күрә күмәк иҫәпләү кандидаттың шәхесен белдерергә йәки билдәләнгән модель буйынса айырым иҫәпләнгән альтернативалар тураһында хәбәр итергә тейеш .. Документланмаған уртаса һанды ике мәғәнәле позицияға тәғәйенләү тәғәйенләнгән молекулаларҙан берәүһен дә һүрәтләмәгән һанды булдыра ала .. Хосуси сәйәсәт
Кандидат-ҡуйылған күнекмә. Әйтәйек, гипотезалы яҙма ABBA рөхсәт D йәки N үҙ аллы һәр B .. Уның дүрт кандидат эҙмә-эҙлеклелеге ADDA ., ДНК, ҺИН һәм АННА. Әгәр эксперименталь дәлилдәр урынына рөхсәт итеү генә парлы альтернативалар DD йәки NN, рөхсәт ителгән күмәклек ике эҙмә-эҙлеклелекте үҙ эсенә ала. ББ яҙыу ғына шул бәйләнеште һаҡлап ҡала алмай .. Сикләүҙәрҙе беркетергә йәки рөхсәт ителгән кандидаттарҙы иҫәпкә алыу түгел, ә автоматик рәүештә һәр комбинация төҙөү ..
1990 йылда моноизотоп ҡалдыҡтар ҡиммәттәрен ҡулланып. ExPASy масса таблицаһы, N-ды D-ға алмаштырыу кандидатты 1-гә үҙгәртә. 115.02694 - 114.04293 = 0.98401 Да түңәрәкләнгән инеүҙәрҙе ҡулланып. АДНА һәм АНДА һәр береһендә бер D һәм бер N бар., тимәк, уларҙың дөйөм составы ҡалдыҡтар тәртибенең төрлө булыуына ҡарамаҫтан тап килә. Хатта был составҡа тап килгән теүәл дөйөм һан да ниндәй позицияла D йөрөтөүен билдәләмәҫ ине.. Шуға күрә масса нигеҙендә тарайтыу позицион ике аңлашылмаусанлыҡты һаҡларға тейеш.
Кандидат һаны ихтималлыҡ бүлелеше түгел. Дүрт рөхсәт ителгән эҙмә-эҙлеклелек автоматик рәүештә . 25% шанс һәр, һәм мәғлүмәттәр базаһы ике аңлашылмаусанлыҡ символы һатып алыу өсөн тигеҙ ҡатнашма күрһәтмәй. Ихтималлыҡтар өсөн билдәләнгән статистик модель һәм ярҙамсы күҙәтеүҙәр кәрәк булыр ине; Ҡатнашма пропорциялары физик әҙерлек йәки үлсәү кәрәк булыр ине. Икеһен дә ябай мөмкинлектәр йыйылмаһынан айырым тотоғоҙ.
Был айырма деамидация тикшерелеүендә мөһим. Ике мәғәнәле D/N төбәгендә бер өҫтәмә D менән тап килгән массаны табыу үҙенән-үҙе һаҡлау урындарының тәүге N-ды D-ға әйләндергәнен күрһәтмәй.. Башланғыс эҙмә-эҙлеклелек йөкләмәһе хәл ителмәгән ине инде, һәм төрлө вазифалар бүлешергә мөмкин, тип дөйөм. Деградацияға дәғүә башланғыс хәл һәм ваҡыт үткән һайын үҙгәрештәр тураһында дәлилдәр талап итә, рөхсәт ителгән бер интерпретацияны документлаштырылған башланғыс һыҙыҡ тип ҡарауҙан бигерәк.
Әгәр эҙләү ҡоралы берлектәге сикләүҙәрҙе һаҡлай алмаһа, Ҡоралдан тыш кандидаттар исемлеген тулыһынса һаҡлап ҡалырға һәм импортланған яҡынлаштырыуҙы билдәләргә. Эҙләү уңайлығы мөмкинлектәрен киңәйтә йәки тарҡата ала .. Отчет хиттар ҡаршы ысын рөхсәт ителгән йыйылма эҙмә-эҙлеклелек кимәлендә һығымта яһау алдынан.
Эҙмә-эҙлеклелекте тулыһынса хәл итергә мөмкин, ә модификациялау урыны билдәһеҙ булып ҡала. Ул билдәһеҙлектәрҙе айырым тотоғоҙ: Ҡайһы ҡалдыҡ барлығы тураһында һүҙ бара, икенсеһе ниндәй бәйләнеш йәки атом модификацияны йөрөтөүенә ҡағыла. Асыҡ билдәһеҙлек механизмы менән билдәләү дәлилдәрҙе һаҡлай ала; кәрәкле мәғлүмәт базаһы яланын ҡәнәғәтләндерер өсөн генә аныҡ сайтты һайлау ярҙам итмәгән мәғлүмәт өҫтәй.
Икенсе лабораторияға кәрәкле минималь яҙма
Ҡабул ителгән яҙманы үҙгәрмәй торған сығанаҡ булараҡ һаҡлау һәм айырым интерпретацияланған версия булдырыу .. АББА өсөн, ике мәғәнәле позицияны һаҡлап ҡалыу, Һәр береһендә рөхсәт ителгән альтернативалар, һәм теләһә ниндәй берлектәге сикләүҙәр. Был һуңыраҡ аналитик яңы эксперименталь дәлилдәрҙе импортер үткәреү өсөн эшләнгән канцелярия һайлауынан айырырға мөмкинлек бирә ..
| Кәрәкле ялан | Файҙалы деталь миҫалы . | Һөҙөмтә, әгәр юҡ |
|---|---|---|
| Эҙмә-эҙлеклелек провенансы | Сығанаҡ яҙма, ҡайтанан тикшереү, өлгө идентификаторы, һәм тәржемә итеү көнө | Интерпретацияланған эҙмә-эҙлеклелекте төп материал менән ышаныслы бәйләп булмай . |
| Әлифба һәм йүнәлеш . | Исемле билдәләү конвенцияһы; N-дан С-ҡа тиклем яҙылған эҙмә-эҙлеклелек | Символдың мәғәнәһе һәм ҡалдыҡтар тәртибе дөрөҫ уҡылмауы ихтимал |
| Нумерациялау картаһы | Позициялар прекурсорға ҡағыламы, өлгөргән сылбыр, йәки синтетик ярсыҡ | Модификация дөрөҫ булмаған физик ҡалдыҡҡа тәғәйенләнергә мөмкин |
| Хәл ителмәгән позициялар | Позиция, рөхсәт ителгән альтернативалар, дәлил, һәм хәл ителмәгән һорау | Үҙенсәлекле структура йәки үҙенсәлекле теоретик масса аҡланмаған булыуы мөмкин . |
| Тулы маҡсатлы химия | Термини, конфигурация, изотоп ярлыҡтары, ян сылбырлы звенолар, һәм үҙгәрештәр | Тап килгән хәрефтәр тап килгән молекулаларҙы булдыра алмай |
| Аналитик контекст | Ысул, өлгө әҙерләү, биреү критерийҙары, һәм тейешле сеймал мәғлүмәттәре | Алыусы баһалай алмай, тип дәғүә айырмаһы үлсәүле булды |
| Интерпретация тарихы | Кем заданиены үҙгәртте, нимәгә, һәм ниндәй файлдар яңыртылды | Иҫке һәм яңы интерпретациялар бер анализда ҡатнаш булыуы мөмкин . |
Стандарт булмаған ҡалдыҡ өсөн, өҫтәү өсөн етерлек структур мәғлүмәт асыҡлау өсөн индерелгән ҡалдыҡ түгел, ә тик ирекле төҙөлөш блогы. Синтез ваҡытында булған һаҡлаусы төркөмдәр автоматик рәүештә һуңғы пептидтың бер өлөшө булып тормай .. Шулай уҡ, Һатып алынған аминокислотаның тоҙ формаһында үҙе үк һуңғы пептидтың контрион составын билдәләмәй. Аминопептид
Конфигурация үҙ яланына лайыҡ. L/D дескрипторҙары оптик әйләнеш йүнәлеше менән синоним түгел, һәм уларҙы бер хәрефле ҡалдыҡ кодтары менән бутарға ярамай. Ҡайҙа структура өҫтәмә стереоцентрҙар бар, уларҙы күрһәтеү, ә альфа-углерод дескрипторы бөтә ҡалдыҡты урынлаштыра тип фаразлау түгел.
Хәл ителмәгән мәғлүмәтте юймайынса тапшырыуҙы ҡарап сығыу
Беренсе, интерпретацияланған эҙмә-эҙлеклелекте сығанаҡ символ менән символ буйынса сағыштырыу, аннотацияларҙы ла индереп. Секунд, таныш булмаған символдарҙы күрһәтелгән конвенцияны ҡулланып киңәйтеү. Өсөнсө, һәр позицияны тәғәйенләнгән номерлау системаһына картаға төшөрөү. Дүртенсе ., терминдар һәм үҙгәрештәр кәрәк булғанда ғәҙәти ҡалдыҡ хәрефтәрҙән ситтә күрһәтелгәнен тикшерергә.
Һуңынан һәр аналитик дәғүә ысулын баһалау .. Дәлилдәр составын айырамы икәнлеген һорау, ҡалдыҡтар тәртибе, модификациялау сайты, һәм конфигурация. Был айырым һорауҙар .. Берен нығытҡан ысул икенсеһен хәл ителмәй ҡалдырырға мөмкин .. Яҙма сикләү эргәһендә дәғүә түгел, ә уны ерләү дөйөм яуаплылыҡтан баш тартыу ..
Гипотезалы АГХК тапшырыу өсөн, файҙалы ҡарар булып тора: “Өсөнсө ҡалдыҡ хәл ителмәгән; синтез өсөн уникаль структура тапшырылмаған; кандидат анализы айырым һаҡлана». Әгәр проект аңлы рәүештә скрининг эксперименты өсөн бер кандидат һайлаһа, был материалды тәғәйенләнгән кандидат тип билдәләгеҙ, иҫбатланған төп эҙмә-эҙлеклелек булараҡ түгел.
Ҡасан эксперимент аныҡ кандидаттар талап итә, айырым дизайн яҙмаларын булдырыу, ә хәл ителмәгән ата-әсәне өҫтөнә яҙыу. Мәҫәлән, ADNA һәм ANDA төрлө заказ идентификаторҙары ала ала, шул уҡ ваҡытта икеһе лә ABBA дәлилдәр яҙмаһы менән бәйле ҡала .. Һөҙөмтәләр бер кандидат буйынса, һуңынан һынау, тип проектланған молекула; улар төп өлгөнөң үҙенсәлеген кире ҡайтарып билдәләмәй. Әгәр ҙә бер кандидат та бойороҡ бирелмәһә, хәл ителмәгән күмәклекте һаҡлап ҡалыу һаман да дөрөҫ һәм файҙалы һөҙөмтә булып тора.
Эш өсөн күрһәтеүҙе һайлағыҙ .. Ғаилә эҙләүе билдәләнгән альтернатив күмәклекте ҡабул итә ала; химик заказ өсөн хәл ителгән маҡсат йәки аныҡ күрһәтелгән ҡатнашма талап ителә; теоретик-күмәк отчет бер нисә кандидат дөйөм кәрәк булыуы мөмкин. Документ, тип һайлау эргәһендә эҙмә-эҙлеклелек, шулай итеп, уңайлы эҙләү күрһәтеүе һуңыраҡ етештереү инструкцияһы өсөн яңылышмай ..
Тиҙ тапшырыу тикшерергә һорау өсөн рецензент рөхсәт ителгән кандидаттар исемлегенә яҙма ғына .. Әгәр рецензент ҡатнашма уйлап сығара икән ., бәйләнгән сикләүҙе үткәрмәй йәки дәлилдәрһеҙ бер ҡалдыҡты һайлай, башҡа урынға импортлау алдынан яҙманы яҡшыртыу. Маҡсат – ҡабатлана торған билдәһеҙлек, яһалма билдәләнгән телмәр түгел.
Йыш бирелгән һорауҙар .
Х тигәнде аңлатамы, пептидта туҡталыш кодоны бар? Дөйөм аминокислоталар эҙмә-эҙлеге интерпретацияһында түгел. Х ғәҙәттә билдәһеҙ йәки билдәләнмәгән ҡалдыҡты билдәләй. Тәржемә туҡтатыу билдәләү һәм локаль файл конвенциялары айырым тикшерелергә тейеш ..
Мин J-ны лейцин менән алмаштыра аламмы, программа тәьминәте эҙмә-эҙлеклелекте ҡабул итеү өсөн? Тик асыҡтан-асыҡ билдәләнгән фараз йәки кандидат булараҡ, тәүге ике аңлашылмаусанлыҡ һаҡланған. Программа ярҙамында ҡабул итеү лейциндың дөрөҫ ҡалдыҡ булыуына дәлилдәр бирмәй ..
U һәм O мотлаҡ типографик хаталармы? Юҡ. Улар селеноцистеин һәм пирролизин өсөн киңәйтелгән аминокислоталар алфавитында ҡулланыла .. Уларҙы үҙгәртеү алдынан сығанаҡ конвенцияһын һәм инструмент ярҙамын раҫлау.
Ҡыҫҡартмалар таблицаһына иң мөһим өҫтәү ниндәй?? Ысын эҙмә-эҙлеклелек яҙмаһына бәйле билдәләү легендаһы, шул иҫәптән хәл ителмәгән позициялар һәм уларҙы дәлилләү. Диаграммала символдар аңлатыла; Яҙма аңлата, ни өсөн был символдар был өлгө өсөн ҡулланылған.
