Тиҙ яуап
Эҙмә-эҙлеклелекте дөрөҫ күсерергә мөмкин, ә уның иҫәпләнгән массаһы дөрөҫ түгел. Юҡ мәғлүмәт йыш ҡына осонда була .: йәки ирекле аминотөркөм йәки ацетилланған азот...
Аминокислоталар молекуляр ауырлығы — Терминдарҙы яраштырыу, Модификациялар һәм күмәк конвенциялар
Аргирелайн Тиҙ арала эшләүсе пептид Эҙмә-эҙлеклелекте дөрөҫ күсерергә мөмкин, ә уның иҫәпләнгән массаһы дөрөҫ түгел. Юҡ мәғлүмәт йыш ҡына осонда була .: ирекле аминотөркөм йәки ацетилланған азот, ирекле карбоксил төркөмө йәки терминаль амид. Студент өсөн калькулятор һөҙөмтәһен тәьмин итеүсе сертификаты менән сағыштырыу, был структур айырмалар, уларҙы хәл итергә кәрәк, арифметика хөкөм итеү алдынан. Аминокислоталар молекуляр ауырлығы таблицаһы ғына тулы пептидты билдәләмәй.
Был дәреслектә ике иҫәп-хисап ысулын сағыштырыу өсөн бер үк нейтраль ., һыҙыҡлы пептид. Икеһе лә ғәҙәти пептид бәйләнештәрен үҙ өҫтөнә ала ., ирекле амино һәм карбоксил терминдары, һәм өҫтәмә үҙгәрештәр индерелмәй, әгәр күрһәтелмәһә. Өйрәтеү миҫалы булып тора Н-Гли-Ала-Лис-ОН ., ҡыҫҡартылған Н-ГАК-ОН, хираль аминокислота үҙәктәрендә L конфигурацияһы менән. Глицин ахираль булып тора. H һәм OH бында терминаль төркөмдәрҙе һүрәтләй; улар өҫтәмә гистидин йәки эҙмә-эҙлеклелек ҡалдыҡтары түгел.
Һөҙөмтәлә теоретик молекуляр масса барлыҡҡа килә ., флакондағы материалды үлсәү түгел. Контриондар, һыу, ҡалдыҡ иреткес, ҡушылмалар, һәм тулы булмаған иретелеү концентрацияһын әҙерләгәндә айырым ҡарауҙы талап итә. Шуға күрә дөрөҫ иҫәпләү тарыраҡ һорауға яуап бирә .: был билдәләнгән молекуляр составҡа ниндәй масса тура килә?
Һайлау масса билдәләмәһе һайлау алдынан арифметика .
Моноизотоплы масса билдәләнгән изотоптарҙы ҡуллана, шартлы рәүештә был дөйөм пептид составтары өсөн һәр элементтың иң күп изотобы. Уртаса масса изотоптар күплеге ауырлыҡлы атом массаларын ҡуллана. Был ҡағиҙәләр бер үк молекула өсөн төрлө һандар бирә. Икеһе лә дөрөҫ булып китә, сөнки электрон таблицала унлыҡтар күберәк күрһәтелә.
Дальтондарҙағы масса молекуланы һүрәтләй. Моляр масса граммдарҙа бер моль матдә күләмен һүрәтләй һәм бында ҡулланылған теүәллектә асылда бер үк һанлы ҡиммәткә эйә. Ҡәтғи, сағыштырмаса молекуляр масса үлсәмһеҙ, әммә «молекуляр ауырлыҡ» йыш ҡына был бәйле күләмдәр өсөн рәсми булмаған рәүештә ҡулланыла. Һан ниндәй күләмде һәм ҡағиҙәне белдерә икәнен әйтегеҙ.
Ҡалдыҡ индереүҙәр түбән килә ExPASy FindMod масса таблицаһы. G өсөн уның ҡалдыҡ яҙмаларын ҡулланыу., А һәм К, ирекле аминокислоталы реагенттар ярлыҡтарынан күсерелгән массалар түгел. Һыу терминын шул уҡ таблицанан тотоғоҙ .. Ҡалдыҡтарҙы суммалау формулаһы менән ирекле аминокислоталар ҡиммәттәрен берләштергән электрон таблица, хатта һәр өҫтәү һанлы дөрөҫ булғанда ла, атомдарҙы ике тапҡыр иҫәпләйәсәк.
Пептидтар хаҡы src=”https://110948_512_bc93331741f34970a1bcc34ce7bd40a1.png>
| Компонент | Моноизотоплы масса, Һәм | Уртаса масса, Һәм |
|---|---|---|
| Гли ҡалдығы, Г | 57.02146 | 57.0519 |
| Ала ҡалдығы, А | 71.03711 | 71.0788 |
| Лис ҡалдығы, К | 128.09496 | 128.1741 |
| Һыу иҫәбе срогы . | 18.01056 | 18.01524 |
Был түңәрәкләнгән таблицалы индереүҙәр .. Түбәндә һаҡланған өҫтәмә һандар иҫәпләүҙе ҡабатлау мөмкинлеген бирә; улар өҫтәмә физик теүәллек булдырмай. Бер эҙмә-эҙлекле таблица һәм конвенция ҡулланыу бөтә, бигерәк тә иҫке калькуляторҙарҙы сағыштырғанда, улар бер аҙ айырылып торған атом массаһы константаларын ҡулланырға мөмкин.
Ике ысул, улар өсөн килешергә тейеш бер үк ирекле осло пептид
Беренсе ысул: ҡалдыҡ массаларын йыйып, бер һыу өҫтәйбеҙ. Гипотезалы Н-ГАК-ОН молекулаһы өсөн, моноизотоплы иҫәпләү 1000 тәшкил итә. 57.02146 + 71.03711 + 128.09496 + 18.01056 = 274.16409 Һәм. Һуңғы һыу был һыҙыҡлы сылбырҙағы ике ирекле осон тамамлау өсөн кәрәкле атомдарҙы иҫәпкә ала ..
Уртаса иҫәп-хисап 100 тәшкил итә. 57.0519 + 71.0788 + 128.1741 + 18.01524 = 274.32004 Һәм. Тиешле уртаса моляр массаһы 1000 тәшкил итә. Пальмитоил трипептиды 1 яҡынса 274.32004 г/моль был индереүҙәрҙе ҡулланып. Һәр ҡалдыҡ өсөн һыу өҫтәү терминаль атомдарҙы ҡат-ҡат һанар ине.
Икенсе ысул .: ирекле аминокислота массаларын йыйып, бәйләнеш һыуҙарын кәметергә. Һәр ирекле аминокислота массаһын бер үк ҡалдыҡтар таблицаһынан бер һыу өҫтәп сығарығыҙ .. Шуға күрә моноизотоп ҡиммәттәре 100 млн. 75.03202, 89.04767, һәм 146.10552 Һәм. Өс ирекле аминокислота ике ғәҙәти пептид бәйләнешен барлыҡҡа килтерә ., биреү 310.18521 - 2 × 18.01056 = 274.16409 Һәм.
Уртаса тиңдәш 100 тәшкил итә. 75.06714 + 89.09404 + 146.18934 - 2 × 18.01524 = 274.32004 Һәм. Был состав бухгалтерияһы ., Ҡайһы бер синтетик реакцияның һәр бәйләү аҙымында ирекле һыу сығарыуы тураһында дәғүә түгел. Һаҡланған төҙөлөш блоктары һәм активлаштырылған аралашсылар төрлө реакция химияһына эйә.
| Өҫтөнлөк | Сикләү | Ҡулланыу шарттары | Тикшереү ысулы |
|---|---|---|---|
| Ҡалдыҡтарҙы суммалау бер терминаль һыу термины менән компакт иҫәпләү бирә .. | Әгәр ҙә ирекле аминокислота ҡиммәттәре ҡалдыҡ ҡиммәттәре менән яңылыш аңлашылһа йәки терминаль химия төшөрөп ҡалдырылһа, уңышһыҙлыҡҡа осрай. | Билдәле үҙгәрештәр һәм әйтелгән масса конвенцияһы менән тулыһынса билдәләнгән һыҙыҡлы эҙмә-эҙлеклелек. | Ирекле аминокислоталар һәм асыҡ бәйләнештәр иҫәбен ҡулланып яңынан иҫәпләү; һәр терминалды көйләүҙе тикшерергә. |
| Ирекле аминокислоталар суммаһы конденсация эквиваленттары һанын күренерлек итә. | Бәйләнештәрҙе дөрөҫ иҫәпләүҙе талап итә һәм тармаҡтарҙы йәки йөҙөктәрҙе үҙгәрешһеҙ ғәҙәти һыҙыҡлы сылбыр кеүек ҡарай алмай .. | Ҡалдыҡ ысулы менән ҡулланылған шул уҡ ирекле маҡсат һәм шул уҡ масса константалары. | Өс ҡалдыҡты раҫлау ., ике арҡа бәйләнеше, һәм ҡалдыҡ иҫәпләү менән килешеп. |
Ике ысул бер-береһен тулыландырыусы тикшерелгән ., бойондороҡһоҙ эксперименталь дәлилдәр түгел. Улар бер үк дөрөҫ булмаған транскрипцияланған эҙмә-эҙлеклелекте бүлешкәндә килешә ала. Молекуляр спецификацияны тикшерергә тап килгән дөйөм һандарҙы байрам итеү алдынан.
Терминал үҙгәрештәрен иғлан ителгән һылтанма структураһына ҡулланыу
был Унимод ацетил яҙмаһы күрһәтә +42.010565 Да моноизотоплы өҫтәү; был амидация яҙмаһы −0,984016 Да күрһәтә. Был үҙгәрештәр билдәләнгән башланғыс структураға ҡарата. Бында ацетил төркөмө N-осло азот өҫтөндә тора, лизин ян сылбырлы аминотөркөмдө үҙгәрмәй ҡалдырыу, һәм амидация С-терминаль ирекле кислотаны карбоксамид менән алмаштыра. Ҡулланыу алдынан был сайттарҙы күрһәтегеҙ өҫтәүҙәр. Биотиноил трипептиды 1
| Гипотетик маҡсат | Н-ГАК-ОН-дан үҙгәреш | Нейтраль моноизотоплы масса, Һәм |
|---|---|---|
| Н-ГАК-ОН | Үҙгәрештәр юҡ | 274.16409 |
| АС-ГАК-ОН | N-терминаль ацетилләшеү | 316.17466 |
| Н-ГАК-НН2. | С-терминаль амидация | 273.18007 |
| АС-ГАК-НХ2. | Икеһе лә күрһәтелгән терминал үҙгәрештәре | 315.19064 |
Күрһәтелгән һөҙөмтәләр теркәлгән өҫтәүҙәрҙе ҡушҡандан һуң биш унлыҡ урынға тиклем түңәрәкләнә .. Уртаса масса иҫәпләүҙәре өсөн уртаса өҫтәүҙәр талап ителә ., был моноизотоплы ҡиммәттәр түгел. Ҡатнаш конвенция дөйөм эҙмә-эҙлекле түгел, хатта әгәр ҙә ул осраҡлы рәүештә хәбәр ителгән пикҡа оҡшаш.
Түңәрәкләү айырмаһын структур айырманан айырыу .. Әгәр гипотезалы деконволюцияланған нейтраль һөҙөмтә булһа 274.16500 Һәм, уның түңәрәкләнгән ГАК иҫәпләүенән айырмаһы 100 булыр ине. 0.00091 Һәм, йәки тураһында 3.32 иҫәпләп сығарылған хаҡтың миллионға 2 өлөш. Ул арифметика сағыштырмаса тап килмәүҙе һүрәтләй; был ҡабул итеү сиге түгел. Һөҙөмтә йөкләмәне хуплаймы-юҡмы, был калибровкаға бәйле, билдәһеҙлек, пик һайлау һәм аналитик ысул.
Суммалау алдынан һәр ҡалдыҡты бөтөн һанға тиклем түңәрәкләмәгеҙ, һуңынан һуңғы яуапты биш унлыҡ урындарында баһалағыҙ .. Иртә аҙымда ташланған мәғлүмәтте дөйөм һанды форматлау юлы менән тергеҙеп булмай.. Киреһенсә, Һуңғы күрһәтелгән һандағы ризаһыҙлыҡ төрлө молекуланы түгел, ә төрлө һаҡланған константаларҙы сағылдыра ала. Һаҡлау неокругленный эш ҡиммәттәре, ҡасан бар һәм бер тапҡыр түңәрәк өсөн тәғәйенләнгән отчет.
Таблица тап килмәүе айырым гипотезаларҙы уларҙы күҙаллау эффекты менән бер рәттән исемлеккә индерә ала: дөрөҫ булмаған терминал төркөмө, ҡатнаш масса конвенцияһы, төрлө ион заряды, йәки тулы булмаған эҙмә-эҙлеклелек .. Уларҙы бөтөрөү спецификацияһы һәм спектр метамағлүмәттәрен ҡулланып, ҡат-ҡат үҙгәртеү урынына калькулятор ғәҙәттәгесә тиклем бер һан осраҡлы рәүештә тап килә. Аҡланмаған фараз аша алынған һанлы тап килеү тәүге үҙенсәлек һорауын хәл ителмәй ҡалдыра. Пептид етештереүселәр АҠШ
N ос урынына лизин ян сылбырында ацетилләштереү бер ацетил төркөмө өсөн бер үк состав өҫтәүен бирер ине.. Интакт масса ғына уның урынын билдәләй алмай .. Шуның кеүек үк, L ҡалдыҡты D аналогына үҙгәртеү элемент составын үҙгәртмәй. Күмәкләп тап килгән стереохимик берҙәмлекте булдыра алмай.
Цикл йәки тармаҡлы пептид өсөн, фактик облигациялар һәм терминал төркөмдәре тирәләй бухгалтер иҫәбен яңынан төҙөү. Ҡулланмағыҙ ирекле формула һәм һуңынан беркетергә рәсми булмаған “цикл” ярлығы .. Структур спецификацияһы нимә менән бәйле икәнен билдәләргә тейеш, шул иҫәптән циклизация терминдарҙы ҡулланамы йәки ян сылбырҙарҙы үҙ эсенә аламы.
Һанын ҡулланыр алдынан тап килмәүҙе хәл итеү.
Файҙалы тап килмәүсәнлекте тикшерергә отчет күләме менән башлана. Сертификат исемлеге нейтраль моноизотоп масса, уртаса молекуляр массаһы, йәки айырым ион? Уртаса нейтраль ҡиммәтте туранан-тура айырымланған моноизотоплы масса-заряд пигы менән сағыштырыу бер юлы ике айырма индерә. Ҡалдыҡ айырманы химик ҡушылмалар тип интерпретациялау алдынан конвенцияны һәм иондарҙы биреүҙе хәл итеү.
Эшләгән ион сағыштырыу. Иҫәпләргә, арифметика өсөн генә, тип Н-ГАК-ОН башҡа аддукттарһыҙ икеләтә протонланған ион етештерә. Түңәрәкләнгән ExPASy протон массаһы менән 1000 . 1.00728 Һәм, уның күҙалланған масса-заряд нисбәте 1000 тәшкил итә. (274.16409 + 2 × 1.00728) / 2 = 138.089325. Бер протонлы альтернатива — 1.1. 275.17137. Һөҙөмтә лә нейтраль пептидтың өҫтәмә ҡалдыҡ алыуын аңлатмай .; ҡушылған протондар һәм заряд буйынса бүленеү айырманы аңлата.
Тейешле икеләтә протонланған амид өсөн, фараз була (273.180074 + 2 × 1.00728) / 2 = 137.597317. Шулай итеп, кислота-амид айырыу яҡынса 1000 тәшкил итә. 0.492008 ике зарядлы масса-заряд берәмектәрендә, түгел, ә 0.984016. Нейтраль өҫтәүҙе туранан-тура һәр зарядлы пикҡа ҡулланған рецензент дөрөҫ структураны кире ҡаға ала .. Был миҫалда ике задание өсөн дә бер үк заряд һәм аддукт тибы күҙ уңында тотола; билдәһеҙ зарядты модификацияны фаразлап нығытып булмай.
Ионды тәғәйенләгәндән һуң, яҙма төҙөлөштәрҙе сағыштырыу .. Был трипептид өсөн, өс ҡалдыҡты тикшерергә, ике терминаль төркөм, һәм лизин модификацияланамы. Билдәле өҫтәүгә яҡын аңлашылмаған айырма кандидат аңлатмаһы булып тора ., сайт заданиеһы түгел. Позицион ацетил изомеры төркөмдө икенсе азотҡа урынлаштырғанда бер үк иҫәпләнгән массаға эйә була ала ..
Тап килмәүсәнлекте ябыу өсөн, ниндәй аңлатма ниндәй яҙмаға ҡарата тикшерелгәнен әйтегеҙ. Үҙгәртелгән терминал спецификацияһы төҙәтелгән ион йөкләмәһенән икенсе мәсьәләне хәл итә. Һаҡлап ҡалыу өсөн элекке һөҙөмтә һәм төҙәтеү сәбәбе, шулай итеп, һуңыраҡ рецензент ҡарар үтәй ала ..
Иҫәпләнгән молекуляр масса дөрөҫ булғанда, әммә запас концентрацияһы дөрөҫ булмағанда, икенсе хата бар. Әйтәйек, гипотезалы порошокта бәйле контрион һәм һыу бар, уларҙы күләмдәре билдәләнмәгән.. Концентрация калькуляторында дөрөҫ нейтраль масса индереү уларҙы порошок үлсәү өлөшөн алып ташламай .. Киреһенсә, пептидтар составын үлсәү билдәләнмәгән терминаль структураны хәл итмәй. Иҫәпләү һәм матди сумма йөкләмәһе айырым дәлилдәр кәрәк ..
Һаҡлау айырмалыҡ эш ҡағыҙы компакт: иғлан ителгән структура, күмәк конвенция, нейтраль һөҙөмтә, тәҡдим ителгән ион формулаһы, күҙәтелгән ҡиммәт, һәм ҡалған айырма. Һуңғы дисплейҙы түңәрәкләү алдынан арауыҡ һандарын яҙып алығыҙ. Һуңынан икенсе рецензент сағыштырыуҙы ҡабатлай һәм хәл ителмәгән мәсьәләнең арифметикаға ҡағылыуын ҡарай ала ., ион йөкләмәһе, йәки химия.
Йыш бирелгән һорауҙар .
Ҡалдыҡ массаларынан пептидты иҫәпләгәндә ни өсөн мин һыу өҫтәйем? Ҡалдыҡ массалары ғәҙәти һыҙыҡлы пептидтың ике ирекле осон тулыландырыу өсөн кәрәкле атомдарҙы төшөрөп ҡалдыра .. Бер һыу шул составты тергеҙә .. Төрлө терминал йәки йөҙөк химияһы аныҡ көйләнгән формула талап итә ..
С-терминаль амидация пептид массаһын арттырамы? Тейешле ирекле карбоксил осона ҡарата, ғәҙәти амидация моноизотоп массаһын яҡынса 100-гә кәметә. 0.984016 Һәм. Һылтанма структураһы мөһим; “амид өҫтәү” етерлек иҫәпләү күрһәтмәһе түгел.
Ике төрлөсә модификацияланған пептидтар бер үк массаға эйә була аламы? Эйе. Төрлө хоҡуҡлы урындарҙа бер ацетил төркөмө бер үк составлы позицион изомерҙар етештерә ала. Эҙмә-эҙлекле изомерҙар һәм стереоизомерҙар шулай уҡ масса бүлешә ала. Өҫтәмә структур дәлилдәр кәрәк ..
Ниндәй ҡиммәтте техник командаға ебәрергә кәрәк? Ебәрергә тулы маҡсатлы тасуирлама менән бергә аныҡ маркировкаланған нейтраль моноизотоп массаһы йәки уртаса моляр массаһы ., тейешле рәүештә. Команда раҫлау өсөн һорау терминал төркөмдәре һәм үлсәү сағыштырыу түгел, ә аңлашылмаған һан ебәреп ..
