Тиҙ яуап
Пептид уңышлы йыйыла ала һәм һаман да һуңғы маркировка аҙымында уңышһыҙлыҡҡа осрай. Тәғәйенләнгән беркетмә сайты һаҡланған булып ҡалыуы ихтимал, Һаҡлауҙы иртәрәк бөтөрөү мөмкин...
Амино һаҡлаусы төркөмдәр — күп аҙымлы пептидтарҙы үҙгәртеүҙе планлаштырыу
Нисек пептид бәйләнештәрен формалаштырыу лабораторияһы Пептоид Пептид уңышлы йыйыла ала һәм һаман да һуңғы маркировка аҙымында уңышһыҙлыҡҡа осрай. Тәғәйенләнгән беркетмә сайты һаҡланған булып ҡалыуы ихтимал, иртәрәк депротекция конкурент аминды асыуы мөмкин, йәки ҡуйылған ярлыҡ сираттағы операцияны үткәрмәй ҡалыуы ихтимал. Күп аҙымлы проекттар өсөн, пептидтар синтезы өсөн аминоамерикандарҙы һаҡлаусы төркөмдәрҙе һайлау маҡсаттың тулы химик тарихын планлаштырыуҙы аңлата, сылбырлы йыйыу өсөн Fmoc йәки Boc һайлау ғына түгел.
Файҙалы һорау конкрет: ниндәй функциональ төркөм һәр аҙымда булырға тейеш, һәм башҡа ниндәй төркөмдәр үҙгәрешһеҙ ҡалырға тейеш? Яуап маршрут яҙмаһында күренергә тейеш, тип икенсе лаборатория ҡарай ала .. Һаҡлау-төркөм исемдәре исемлеге, уларҙың сайттары булмаған, сығарыу этаптары, һәм уйнашлыҡ дәлилдәре етерлек түгел.
Был мәҡәләлә эксперименталь раҫланған протокол түгел, ә гипотезалы проектлау тикшерелеүе тәҡдим ителә .. Ул маршрут логикаһына мөрәжәғәт итә, уңышһыҙлыҡты аңлатыу, һәм күсерергә кәрәкле дәлилдәр. Ысын реагент шарттары һәм ҡабул итеү сиктәре билдәләнгән эҙмә-эҙлеклелек өсөн үҫеш талап итә, ярҙам, модификациялар, һәм масштаб.
Һайлап алыу ян сылбырлы инеүҙән ваҡытлыса амино һаҡлауҙы айырырға
Fmoc йыш ҡына база-лабиль ваҡытлыса һаҡлау үҫешкән сылбыр’s альфа-амино төркөмө булараҡ ҡулланыла .. Boc кислота-лабиль һәм дөйөм стратегияһына ҡарап төрлө ролдәрҙе башҡара ала, шул иҫәптән ваҡытлыса альфа-амино һаҡлау Boc нигеҙендә синтез йәки ян сылбыр амино һаҡлау Fmoc нигеҙендә схема. Бер үк төркөм исеме уның урынын да, маҡсатын да аңлатмай ..
Ортогональ һаҡлау тигәнде аңлата, һайланған төркөмдәрҙе алып ташларға мөмкин шарттарҙа, һаҡлап ҡалыу өсөн башҡа төркөмдәр кәрәк, шул этапта .. Был билдәле бер маршрут сиктәрендәге мөнәсәбәттәр. Ике һаҡлаусы төркөмдө ортогональ тип атау һәр линкер менән ярашыуҙы иҫбатламай ., флюорофор, гликан, эҙмә-эҙлелек, йәки ҡабат-ҡабат ҡағылыу.
Арҡа амид һаҡлау-был тағы бер айырым ҡорал .. Ул агрегация тәртибен үҙгәртә ала йәки аспартимид барлыҡҡа килтереүҙә ҡатнашҡан реактив амидты блоклай ала .. Уны ғәҙәти сылбырҙы оҙайтыу өсөн ҡулланылған ирекле альфа-аминотөркөмдө ваҡытлыса һаҡлау менән бутарға ярамай ..
Практик ысул тикшерергә совместимость химик хәлде һыҙырырға тиклем һәр һайлап алыу операцияһы .. был Америка пептид йәмғиәтенең SPPS праймеры ваҡытлыса һаҡлау һәм йыйыу тураһында инеш бирә. Мультитег проекты тағы бер талап өҫтәй .: маршрут айырым ян-сылбырлы сайттар араһында теләк айырмаһын һаҡларға тейеш, шулай уҡ үҫешкән сылбырлы осонда.
Шуға күрә совместимость тикшерелеүе төркөмдө алып ташлағанда инде булған бөтә нәмәне лә үҙ эсенә алырға тейеш .. Әгәр һиҙгер модификация иртә ҡуйылған, ул һәр һуңғы аҙымдың шарттарын мираҫ итеп ала. Һуңыраҡ уны ҡуйыу, бәлки, был экспозицияны кәметергә, әммә яңы һайлап алыу йәки эретелгәнлек проблемаларын булдырыу ..
Кумулятив экспозиция был тикшерелеүҙә урынға лайыҡ. Гипотезалы сағыштырыуҙа, ҡырҡ артабанғы база-эшкәрткән ваҡиғалар алдынан һиҙгер төркөм ҡуйыу уны бишкә тиклем ҡуйыу ваҡиғалар һаны һигеҙ тапҡырға күберәк бирә. Был һигеҙ тапҡыр деградация айырмаһын күҙалламай .: индивидуаль экспозициялар, реагент торошо, температура һәм һыҙыҡлы булмаған эффекттар айырыла ала. Был ысынлап та күрһәтә, ни өсөн “тотороҡло базаға” һыналған экспозиция тарихы булмаған бик аныҡ булмаған, маршрут тапшырыуҙы яҡлау өсөн ..
Гипотезалы ике майҙансыҡлы модификация проекты
Гипотетик миҫал .. Команда билдәләнгән N-терминаль билдәһе булған һыҙыҡлы пептид теләй, ян сылбырлы аминотөркөмө Lys8 өҫтөндә икенсе билдә., позицияһында икенсе модификацияланмаған лизин 13, һәм ирекле С-терминаль карбоксил төркөмө. Ысын маршрут раҫланғансы тулы эҙмә-эҙлеклелек һәм тег структуралары кәрәк булыр ине. Был проектлау сикләүҙәре етерлек иллюстрациялау өсөн логика тикшерелгән ..
Маршрут өс амино-урынды айырырға тейеш .: N осо, Лыс8., һәм Лис13. Амин-реактив билдә өҫтәү алдынан ике лизин ян сылбырҙарын да фашлау Lys8 һайлап алыу модификацияһын булдырмай.. Теләк дөйөм масса өҫтәү шулай уҡ иҫбатлай алмаҫ ине, тип тег тәғәйенләнгән сайтта.
Бер кандидат стратегияһы ҡуллана һайлап алынған ян-сылбыр һаҡлау төркөмө Lys8, шул уҡ ваҡытта һаҡлау һаҡлау Lys13 һәм контролдә тотоу N-терминал доступность .. Икенсе кандидат йыя яраҡлы һаҡланған йәки һайлап функциональ . Микробтарға ҡаршы пептид арауыҡ һәм иретмәлә һуңыраҡ модификацияны тамамлай. Ике маршрут та автоматик рәүештә өҫтөнлөк бирелмәй; сағыштырыу тег тотороҡлолоғона бәйле, аралыҡ эреүсәнлеге, һайлап алыусанлыҡ, таҙартыу, һәм һәр этапта дәлилдәр.
Гипотезалы өс аминлы маҡсат өсөн, Беренсе хәл тик N-терминалды ғына асыуы мөмкин, ә Lys8 һәм Lys13 блокланған булып ҡала. N-терминал билдәһен ҡуйғандан һуң, сираттағы дәүләт Lys8-ҙе фашлар ине, ә Lys13 блокланған ҡала һәм беренсе билдә бөтөн булып ҡала. Һуңғы ҡалған һаҡлауҙы бөтөрөү тейеш, һуңынан үҙгәртелмәгән Lys13 тапшырырға тейеш, йәки тәғәйенләнгән тегты алып ташламайынса. Был химик хәлдәрҙең тәҡдим ителгән эҙмә-эҙлеге ., билдәләнмәгән төркөм комбинацияһын хуплау түгел.
Дәүләт картаһын ҡаршы миҫалға ҡарата һынау: икенсе билдә өҫтәү алдынан Lys8 һәм Lys13 бергә фашлау Lys8 һайлап алыусанлығын булдыра алмай, сөнки реакция уртаса бер сылбырға бер билдә өҫтәй. Шул уҡ уртаса позицион изомерҙарҙан йәки ҡатнашмаларҙан барлыҡҡа килергә мөмкин немаркированный һәм множительный маркированный сылбырҙар .. Урта һәм һуңғы сайт-һиҙгер дәлилдәр айырырға тейеш, был мөмкинлектәр. Дөйөм масса өҫтәүе беркетмә урынлашҡан урындан айырылып торған үҙенсәлекте үлсәй.
Команда маршрутты кире ҡағырға тейеш, әгәр уның кәрәкле deprotection шулай уҡ төркөмдө юйып, ҡалырға тейеш йәки тейешле шарттарҙа ҡуйылған тегты зыян килтерә .. Әгәр совместимость Нисек пептид бәйләнештәрен формалаштырыу лабораторияһы билдәһеҙ, маршрутты йүнәлтелгән техник-иҡтисади нигеҙләүҙе талап итеүсе тип билдәләгеҙ. “Әлегә һыналмаған”ды уңыш гарантияһына ла, мөмкин булмағанлыҡты иғлан итеүгә лә әйләндермәгеҙ.
Материалды сарыф итеү алдынан арауыҡ өлгөләрен планлаштырыу .. Ике тег ҡуйылғандан һуң ғына алынған аликвота туранан-тура күрһәтә алмай, беренсе тег һайлап алыу Lys8 размаскировка этабында үҙгәрешһеҙ йәшәп ҡалғанмы .. Ҡайҙа шул уйнашлыҡ төп билдәһеҙлек булып тора, был операцияға тиклем һәм унан һуң вәкиллекле өлгөнө һаҡлау. Сағыштырыу тег һәм яңы доступный сайты бергә мөрәжәғәт итергә тейеш ., матди бюджетҡа индерелгән теләһә ниндәй өлгө ҡулланыусы үлсәүҙәр менән.
Фрагмент яҡтыртыу шулай уҡ дәғүә тура килергә тейеш. Сайт-информатив фрагмент, унда Lys8, әммә Lys13 сығарып ташлай, ярҙам итә ала адресы локализация, әгәр тег һаҡлана һәм фрагмент ышаныслы тәғәйенләнгән .. Ике сайтты ла үҙ эсенә алған фрагмент үҙгәртелгән составты раҫлай ала, шул уҡ ваҡытта был сайттарҙы хәл ителмәй ҡалдыра. Информатив фрагменттың булмауы локалләштереү дәлилдәрендәге бушлыҡ булып тора, позицион альтернатива булмауын иҫбатлаусы түгел. Нисек пептид бәйләнештәрен формалаштырыу лабораторияһы
| Һаҡлау стратегияһы | Совместимость һорауы | Тикшереү өсөн етешһеҙлек сигналы | Яуапты тикшерергә |
|---|---|---|---|
| Йыйыу ваҡытында ҡабатланған Fmoc сығарыу | Эҙмә-эҙлеклелек һәм һаҡланған төркөмдәр кумулятив база экспозицияһын түҙә аламы? | Тулы булмаған киңәйтеү йәки яңы эҙмә-эҙлеклелеккә бәйле компоненттар | Экспозиция тарихын ҡарап сығыу һәм башҡа ҡушылмаларҙан ҡалдыҡтарҙы һаҡлауҙы айырыу |
| Кислота-лабиль һаҡлау тамамланыуға яҡын алынды | Ҡуйылған үҙгәрештәр һәм тәғәйенләнгән продукт ярылыу мөхитендә йәшәйәсәкме? | Ярлыҡ профиле үҙгәртелде, көтөлмәгән аддукттар, йәки тулыһынса һаҡланмаған төрҙәр | Сағыштырыу билдәләнгән арауыҡ һәм баһалау һәм продукт бөтөнлөгө һәм депротекция тулылығы |
| Һайлап алыу ян сылбырын асыу | Һайланған маршрут шарттарында тәғәйенләнгән сайт ҡына эшләй аламы?? | Күп һанлы тамғаланған төрҙәр йәки хәл ителмәгән позицион изомерҙар | Сайт-һиҙгер дәлилдәр талап итә; дөйөм масса ғына етерлек түгел |
| Хәүефле урында арҡа амидтарын һаҡлау | Инеш һүҙ, муфта, һәм һуңғы бөтөрөү башҡа үҙенсәлектәргә зыян килтермәйенсә тамамланырға тейеш? | Баҫылған маҡсатлы яҡ реакцияһы, әммә яңы бәйләү йәки бөтөрөү проблемалары | Бөтә бысраҡлыҡ профилен баһалау һәм айырым маҡсатлы тергеҙеү . |
Ян реакцияларҙы бер пиктан диагноз ҡуймайынса интерпретациялау
Аспартимид барлыҡҡа килтереүҙең актуаль булыуы, ҡасан Asp-содержащий эҙмә-эҙлеклелек һәм уның экспозиция тарихы циклизация рөхсәт итеү ҡатнашлығында ян сылбырлы карбоксил функциональ һәм күрше амид магистраль .. Артабанғы реакцияларҙа бәйле структур варианттар барлыҡҡа килә ала. Ҡалдыҡтың булыуы ғына Asp яңы проектта ниндәй ҙә булһа бысраҡлыҡтың күләмен йәки үҙенсәлеген билдәләмәй ..
Ғәбдел-Аал һәм коллегалары’ Hmnb өйрәнеү һайланған агрегацияла умыртҡа һөйәген һаҡлауҙы күрһәтә- һәм аспартимға бирешкән миҫалдар. Уны индереү һәм алып ташлау өҫтәмә үҙгәртеп ҡороуҙар булып тора ., ябай ғына түгел, бер хәүефте бөтөрөүсе коммутатор. Ике теглы маҡсат өсөн был алымды бурысҡа алыу алдынан, тикшерергә, кәрәкле һуңыраҡ операциялар һаҡлаймы тегтар һәм алып ташлау тәғәйенләнгән магистраль бөтөн килеш ҡалдырамы.
Рацемизация һәм тулы булмаған депротекция айырым һорауҙар талап итә .. Ҡалған блоклау төркөмө конфигурацияны үҙгәртмәйенсә теләк бәйләүгә ҡамасаулай ала .; конфигурация үҙгәреше номиналь составты үҙгәрмәй ҡалдыра ала. Икеһен дә диагноз ҡуйырға мөмкин түгел, тик түбән һуңғы маркировка яуап. Һуңынан шикле молекуляр айырма һәм арауыҡта, унда ул барлыҡҡа килергә мөмкин ине.
Тулы булмаған депротекция тәғәйенләнгән реактив урынды ҡулланыуһыҙ ҡалдырырға мөмкин. Әлегә тиклем түбән маркировкалау уңышы башҡа мөмкин булған аңлатмалар бар, шул иҫәптән конкурент реакциялар, еткерә алмаҫлыҡ материал, йәки эшләү ваҡытында юғалтыуҙар. Билдәләү, тейешле арауыҡ ысынында булғанмы, етешһеҙлектәрҙе яҡлаусы төркөмгә йөкмәткәнсе. Ялҡынһыныу өсөн пептид
Сеймал хроматограмма тикшерергә лайыҡлы айырмаларҙы асыҡлай ала, әммә һаҡлау ваҡыты ғына ян продуктты билдәләмәй. Интакт масса состав йөкләмәләрен ярҙам итә ала, шул уҡ ваҡытта позицион йәки стереохимик айырмалар юҡ. Артабанғы үлсәүҙәр һәм белешмә материалдарын һайлау өсөн шикле механизм ҡулланыу .; альтернатив аңлатмаларҙы дәлилдәр айырғансы һаҡлап ҡала.
Маршрутты тикшерелгән химик хәлдәр эҙмә-эҙлеге булараҡ күсерергә
Минималь яҙма тулы маҡсатлы эҙмә-эҙлеклелекте һәм номерлауҙы үҙ эсенә ала ., конфигурация, Һуңғы термин, һәр тәғәйенләнгән үҙгәртеү һәм беркетмә бәйләнеш, һәм һәр урында һәр һаҡлаусы төркөмдөң шәхесе. Ул шулай уҡ ярҙам йәки линкер инә ., маршрут версияһы, оператив тарихы, арауыҡ өлгө идентификаторҙары, таҙартыу ҡарарҙары, һәм һуңғы аналитик пакет.
Һәр этап өсөн ., сығарыу өсөн тәғәйенләнгән төркөмдө күрһәтегеҙ, йәшәргә тейешле һәр үҙенсәлек, һәм күҙәтеү, тип айыра ине тәғәйенләнгән арауыҡ ышаныслы альтернативалар. Lys8 асыу этабы өсөн, был тигәнде аңлата дәлилдәр өсөн доступный Lys8 менән бергә һаҡланған Lys13 һаҡлау һәм бөтөн беренсе бирка. Һуңғы сертификат юғалған арауыҡ сағыштырыуҙы реконструкциялай алмай.
Ҡабатланған дауалауҙы яҙып алыу, химик тарих өлөшө булараҡ, тотҡарланған эшкәртмәләр һәм ҡабаттан эшкәртелгән аралашсылар. Әгәр бер партия өҫтәмә һайлап алыу-алыу циклы талап итә, тейешле һаҡланған һәм асыҡланған төрҙәрен сағыштырыу, тип ҡарар ҡабул итеү алдынан, тип, тәүге совместимость дәлилдәре һаман да ҡулланыла. Уңышлы ла, һөҙөмтәһеҙ аралыҡ эштәрен дә һаҡлап ҡалыу ..
Операциялар эҙмә-эҙлеген раҫлау алдынан совместимость тикшерергә. Һайлау алдынан сеймал һәм арауыҡ мәғлүмәттәрен ҡарап сығыу таҙартыу. Һуңғы сайттың шәхесен тикшерергә, ҡалған һаҡлау, сумма биреү, һәм тейешле функция ҡабул итеү алдынан продукт өсөн уның тәғәйенләнгән эксперимент. Был айырым ҡарарҙар һәм төрлө аналитик ысулдар талап итеүе мөмкин ..
Әгәр сайт-конкрет дәлилдәр юҡ, яҡлаулы һығымта «көтөлгән дөйөм составы булған төр» булыуы мөмкин.,” түгел, “һоралған Lys8 конъюгаты.” Әгәр арауыҡ яҙмалары булмаһа, Һуңыраҡ лаборатория номиналь рецептты башҡа һөҙөмтәне аңлата алмайынса ҡабатлай ала. Маршрутты күсерелгән тип ҡарағансы, был бушлыҡтарҙы ябығыҙ.
Ике маршрутты сағыштырғанда ., номиналь бәйләү аҙымдарынан күберәк һанала. Ҡыҫҡа план ҡатмарлы һуң айырыу позицион изомерҙар талап итә ала ., ә оҙайлы план таҙараҡ сайтҡа инеү мөмкинлеген тәьмин итә ала, әммә башҡа тег-тотороҡлолоҡ һорауын индереү. Файҙалы сағыштырыу булып тора, дәлилдәр һәм айырымланған тәғәйенләнгән материал алынған һәр тулы маршрут ., шул иҫәптән таҙартыуҙан һуң хәл ителмәй ҡалған нәмәләр.
Йыш бирелгән һорауҙар .
Fmoc ҡаршы Boc бөтә һаҡлау-төркөм ҡарары? Юҡ. Альфа-амино стратегияһы бер генә өлөшө. Ян сылбыр һайлап алыусанлығы, арҡа хәүефтәре, линкер тәртибе, тег тотороҡлолоғо, һәм һуңыраҡ үҙгәртеп ҡороуҙар тәртибе лә ярашыусанлыҡты билдәләй.
Ортогональ һаҡлау һайлап алыу маркировкаһын гарантиялаймы? Ул һайлап алыу өсөн проектлау нигеҙен тәьмин итә ., әммә ысын арауыҡ һәм реакция һөҙөмтәһе тикшерергә кәрәк. Тулы булмаған алып ташлау, уйламағанда ҡағылыу, йәки конкурент реакциялар һаман да һайлап алыусанлыҡты боҙа ала.
Һәр Asp-содержащий пептид ҡулланыу тейешме арҡа һаҡлау? Һылтанмалы тикшеренеүҙәрҙән бер ниндәй ҙә универсаль ҡағиҙә килеп сыҡмай. Эҙмә-эҙлеклелек контексы, кумулятив экспозиция, күҙәтелгән бысраҡлыҡ тәртибе, һәм өҫтәмә маршрут аҙымдарының хаҡы маҡсатлы ҡарар ҡабул итеүгә етәкселек итергә тейеш.
Күп аҙымлы маршрутты күсерер алдынан нимә һорарға кәрәк? Сайт-сайт һаҡлау картаһын һорау, һәр һайлап алыу күсеүе өсөн дәлилдәр, сеймал арауыҡ һәм йомғаҡлау мәғлүмәттәре, һәм тикшерелмәгән уйнашлыҡ фараздары исемлеге. Был яҙмалар маршруттың сиктәрен күренеп тора.
