Тиҙ яуап
Пептид күрһәтеү уңышлы анализлай ала һәм һаман да дөрөҫ булмаған молекуланы кодлай. GA структураһына үҙгәртеп ҡороу туранан-тура хәл иткәндән һуң ғына whic...
Йылмайыуҙарға эҙмә-эҙлеклелек — стереохимияны һаҡлау, Тоташыу һәм пептид терминдары
Карталар Пептид хаҡтарын сағыштырыу Пептид күрһәтеү уңышлы анализлай ала һәм һаман да дөрөҫ булмаған молекуланы кодлай. GA структураһына үҙгәртеп ҡороу туранан-тура хәл иткәндән һуң ғына ниндәй терминдар ., конфигурация һәм өлгө формаһында GA күрһәтә. Файҙалы тикшерелгән был ҡарарҙарҙы молекуляр график аша эҙләй; ул ышаныслы һүрәттә йәки йәшел анализатор статусында туҡтай алмай.
Түбәндәге биш дөрөҫ булмаған фекерҙәр гипотезалы конверсия проблемаларын ҡуллана .. Улар һүрәтләй, нимә тикшерергә тейеш рецензент ., тип дәғүә итеү урынына, айырым программа тәьминәте торбаһы эшләгән йәки раҫланған. Ҡыҫҡа һынау йыйылмаһы ҡат-ҡат бер үк үҙгәртелмәгән эҙмә-эҙлеклелекте үҙгәртеп ҡороуҙан да фәһемлерәк була ала ., сөнки һәр индереү бер структур үҙенсәлекте үҙгәртә, уны һаҡлау мөһим.
Яҙма белешмә менән башлай, мәҫәлән, Н-Гли-Л-Ала-ОН, ирекле терминдары булған һыҙыҡлы дипептид. Уның ҡыҫҡартылған ҡалдыҡтар эҙмә-эҙлеге — GA .. Глициндың альфа-углерод стереоцентры юҡ, ә аланин эшләй. Бер нәмә лә генерациялау алдынан, һоралған күрһәтеү зарядһыҙ ковалент форма күрһәтергә тейешме, юҡмы икәнлеген килешергә, айырым протонлашыу хәле, йәки билдәләнгән тоҙ составы. Был төрлө отчет һайлау.
Беренсе яңылыш фекер: хәрефтәр һәр атомды һәм аҙаҡҡы төркөмдө күрһәтә
Хаталы фекерләү шунда: ГА өлгөһөн билдәләү өсөн кәрәкле бөтә мәғлүмәттәрҙе үҙ эсенә ала .. Ул ирекле карбоксил остарын С-ос амидынан айырмай, шулай уҡ N-терминаль ацетил төркөмөн билдәләмәй. Эҙмә-эҙлекле импортер ғәҙәттәгесә тәьмин итә ала, әммә әйтелмәгән ғәҙәттәгесә — молекула тураһында фараз.
Төҙәтеү ҡалдыҡтар тәртибен айырыу өсөн ҡалған маҡсатлы спецификацияһы .. Яҙма N-C тәртибе, ирекле йәки үҙгәртелгән терминдар, һәр үҙгәртеү сайты, һәм теләһә ниндәй ян-сылбырлы тоташыу. Әгәр реагент линкер аша беркетелгән булһа, комментарий яланына реагенттың коммерция исемен өҫтәү урынына линкер һәм беркетмә бәйләнешен күрһәтегеҙ.
Гипотезалы миҫалда ., Һ-Гли-Л-Ала-ОН һәм Н-Гли-Л-Ала-НХ2 GA хәрефтәрен бүлешә, әммә төрлө терминаль составҡа эйә. Яңылыш терминал ҡулланып үҙгәртеп ҡороу ғәҙәттәгесә етештереү мөмкин идеаль дөрөҫ структураһы, был тәртип өсөн дөрөҫ түгел .. Терминаль атомдарҙы туранан-тура интерпретацияланған молекуляр графикта ҡарап сығығыҙ.
Ҡарап тәҡдим ителгән һынау йыйылмаһы составында ирекле кислоталы GA ., ГА амиды, N-ацетил-GA ирекле кислота, һәм Гли-Д-Ала ирекле кислота. Тәүге өс аңлы рәүештә терминаль составын үҙгәртә; дүртенсеһе ирекле кислота составын һаҡлай, шул уҡ ваҡытта бер конфигурацияланған үҙәкте үҙгәртә. Формула сағыштырыу тейешле терминал үҙгәрештәрен айырырға тейеш, әммә L/D парын айырмаясаҡ. Стереохимик сағыштырыу был ҡалған айырманы хәл итә. Был индереүҙәрҙең береһе лә тармаҡ йәки стандарт булмаған линкер өсөн ярҙам булдырмай ., был айырым һынау талап итер ине.
Мөһим ҡаршы миҫал был иҫкәртмәне сикләй: документлаштырылған эске формат бөтә билдәләнмәгән эҙмә-эҙлеклелекте ирекле терминдар менән һыҙыҡлы L пептидтары тип асыҡтан-асыҡ билдәләй ала. Шул контролдә тотолған конвенция сиктәрендә, ғәҙәттән тыш хәлдәр законлы булыуы мөмкин. Талап булып тора, конвенцияны һаҡлап ҡалыу һәм раҫлау, тип ҡағыла конкрет индереү ., һәр эш ағымында ғәҙәттән тыш хәлдәрҙе тыймаҫҡа.
Яңылыш фекер икенсе: @ символы L аминокислотаһын аңлата
Хаталы фекерләү - L-ны бер нығытылған SMILES символына, ә D-ны икенсеһенә тәржемә итеү.. ЙЫЛМЫУҘАРҙа, тетраэдрлы стереохимик билдәләү күрше атомдарҙың ниндәй тәртиптә күрһәтелеүенә бәйле. Был биохимик L/D системаһы өсөн универсаль баҫылған этикетка түгел.
был OpenSMILES спецификацияһы телмәрҙәге күрше атомдарға ҡарата хиральлыҡты билдәләй. Траверсты үҙгәртеп тәртипкә килтереп, шул уҡ конфигурацияны һаҡлап ҡалыу менән бергә @ маркерын үҙгәртә ала. Конфигурацияланған графикты йәки эквивалентлы стереохимик һылтанманы ҡарау, урынына, баҫылған маркерҙы L/D ярлығы кеүек ҡарау.
Н-Гли-Л-Ала-ОН өсөн, аланин үҙәген тикшерергә һәм глициндың альфа-углерод хираль йөкләмәһен талап итмәүен танырға. Өҫтәмә стереоцентрҙар менән ҡалдыҡтар өсөн, альфа-углеродты ғына тикшереү етерлек түгел. Стандарт булмаған аминокислотаға бер хәрефле алфавиттың рәсми булмаған оҙонлоғо түгел, ә тулыһынса асыҡ структура кәрәк булыуы ихтимал.
Ағымдағы RDKit молекуляр-файл документацияһы һүрәтләй MolFromSequence аҡһым тәмдәре өсөн L йәки D аминокислоталар һәм варианттар өсөн стереохимик сығыш. Глобаль тәм ҡатнаш-конфигурацияның тулы спецификацияһы түгел, һайлап үҙгәртелгән пептид. Ҡабаттан ҡарау, нимә һайланған импортер ярҙам итә һәм һөҙөмтәлә үҙәктәрен тикшерергә .; стереохимик сығыш һорап, индереү төшөрөп ҡалдырылған конфигурацияны тәьмин итә алмай.
Кәрәкле дәлилдәр булып тикшерелгән индереү конвенцияһы һәм стереохимик сағыштырыу һөҙөмтәһендә график .. Молекуляр формула йәки дөйөм масса энантиомерҙарҙы айырмай. Ҡулланмағыҙ, йәки берҙән-бер ҡабул итеү һынауы өсөн конфигурация-һиҙгер маҡсат.
Өсөнсө яңылыш фекер: тап килгән формула тап килгән тоташыуҙы иҫбатлай
Хаталы фекерләү шунда: бер үк элементар составлы ике сығыш бер үк пептидты һүрәтләргә тейеш .. Гипотезалы дипептидтар Gly-Ala һәм Ala-Gly Магазин/ ҡалдыҡ составы бер үк һәм, тап килгән ирекле терминдар менән, бер үк молекуляр формула. Улар ҡалдыҡтар тәртибе һәм терминаль мөхит айырыла.
Төҙәтеү - иғлан ителгән N осонан C осона тиклем нигеҙ эйәреп барыу.. Тикшерергә, һәр ҡалдыҡ ян сылбыр тоташтырылған тәғәйенләнгән арҡа позицияһы .. Һуңынан тикшерергә модификация бәйләнештәре һәм теләһә ниндәй тармаҡ йәки йөҙөк айырым .. Ғәҙәти эҙмә-эҙлеклелек тикшерелеүе билдәләнмәгән циклизация топологияһын булдыра алмай ..
Икенсе гипотезалы сағыштырыу йәки хоҡуҡлы N-терминаль азотҡа йәки лизин ян сылбырлы азотҡа беркетелгән бер ацетил төркөмөн үҙ эсенә ала .. Масса өҫтәүе генә беркетмә урынын билдәләмәй. Ҡайҙалыр графикта дөрөҫ атомдарҙы өҫтәп кенә күрһәтеү раҫланған үҙгәртеп ҡороу түгел ..
Композицияны файҙалы хата асыҡлаусы булараҡ ҡулланыу: юҡ атомдар йәки уйламаған аҙаҡҡы төркөм уны үҙгәртә ала. Һуңынан өҫтәмә рәүештә тоташыу һәм стереохимия ҡулланыу . Сей аминопептидтар төрлө маҡсатлы һынауҙар. Был тикшереүҙәр бер-береһен тулыландыра .; уларҙы бер ҡыҫтырырға ярамай “структура тап килә” һыҙыҡ.
Дүртенсе һәм бишенсе дөрөҫ булмаған фекерҙәр: синтаксик анализатор уңыш һәм текст үҙенсәлеге тикшерелгән хәл итеү
Дүртенсе яңылыш фекер: әгәр программа строканы уҡыһа, маҡсат дөрөҫ. Уңышлы анализлау тигәнде аңлата, программа тәьминәте үҙ ҡағиҙәләре буйынса күрһәтеүҙе ҡабул итте .. Ул күрһәтмәй, тип индереү һүрәтләнгән һоралған пептид .. Дөрөҫ, әммә кире эҙмә-эҙлеклелек, билдәләнмәгән стереоүҙәк, йәки дөрөҫ булмаған терминал төркөмө синтаксис тикшерелеүен иҫән ҡала ала.
Эҙмә-эҙлекле тура сәйәхәт ялғау мөмкин. Күҙ алдына килтерегеҙ, конверсия системаһы, тулыһынса аннотацияланған ГА амид уҡый ., ғәҙәттәгесә ирекле кислоталы график төҙөй, һәм һуңынан GA хәрефтәрен экспортлай. Беренсе һәм һуңғы ҡалдыҡ телдәрҙе сағыштырыу килешеп хәбәр итә, хатта һоралған терминал амид юғалған. Экспорт тап хатаны асыу өсөн кәрәкле функцияны ташланы. Һуңғы эҙмә-эҙлеклелек форматы күрһәтә алмаған һәр үҙенсәлек өсөн структура кимәлендәге һылтанманы һаҡлап ҡалыу.
Шул уҡ проблема килеп сыға, әгәр эҙмә-эҙлеклелек экспортеры стереохимик аннотацияларҙы төшөрөп ҡалдырһа .. Икеһе лә Гли-Л-Ала һәм Гли-Д-Ала тарҡала ала GA аҫтында бындай экспорт сәйәсәте. Уңышлы тура сәйәхәт аша, тип кәметелгән алфавит һынауҙары ҡалдыҡтар үҙенсәлеге һәм тәртибе, тулы молекуляр эквивалентлыҡ түгел. Ҡайһы мәғлүмәт иҫән ҡалған һәр конверсия ҡабул итеү алдынан әйләнеп-сәйәхәт килешүе раҫлау булараҡ.
Уңышһыҙлыҡты тейешле кимәлдәге уңышһыҙлыҡ тип теркәү: ярҙам итмәгән индереү, синтаксисты кире ҡағыу, дөрөҫ булмаған терминал графигы, стереохимия юҡ, йәки кәрәкле айырмаларҙы юйған сағыштырыу сәйәсәте. Парсерҙы кире ҡағыу ярҙамһыҙ химияға намыҫлы яуап булыуы мөмкин. Ғәҙәти ҡалдыҡты тауышһыҙ алмаштырыу етдиерәк интерпретация хатаһын барлыҡҡа килтерә, сөнки сығыш тулы булып күренә ..
Яңылыш фекер бишенсе: төрлө ЙЫЛМАЙЫУ тексы һәр ваҡыт төрлө химияны аңлата. Төрлө атомдар аша үткән тәртиптәр бер үк молекуляр графикты күрһәтә ала. Шуға күрә сеймал тексты сағыштырыу ышанысһыҙ универсаль үҙенсәлек һынауы булып тора .. Канонизациялау процедураһы документлаштырылған программа тәьминәте мөхитендә ярҙам итә ала, әммә ул һаман да индереү химияһына һәм күрһәтеү сәйәсәтенә бәйле. Иннопептид
Төҙәтеү - сағыштырыу кимәлен күрһәтеү өсөн .. Зарядтарҙы килешелгән дауалау аҫтында тоташыу һәм стереохимияны сағыштырыу, ҡаршы иондар, һәм башҡа актуаль үҙенсәлектәр. Автоматик рәүештә тоҙҙарҙы йәки протонлаштырыуҙы стандартлаштырыуҙы алып ташламағыҙ, әгәр ҙә аҫҡы ағым бурысы был айырмаларҙы талап итә .. Мәғлүмәттәр базаһында эҙләү өсөн эквивалентлыҡ физик өлгө спецификацияһы өсөн эквивалентлыҡтан айырыла ала. Нейрофән тикшеренеүҙәре өлкәһе/Бит/2.
| Контроль пункты . | Һаҡлау өсөн яҙма | Ниндәй үткәүел нигеҙләмәй |
|---|---|---|
| Эҙмә-эҙлеклелекте интерпретациялау | Әлифба ., йүнәлеш, сығанаҡ, ҡайтанан тикшереү, һәм хәл ителмәгән символдар | Терминал химия йәки үҙгәртеү урыны, әгәр аныҡ индерелгән |
| График төҙөү | Терминаль атомдар, арҡа тәртибе, бәйләнештәр, һәм модификация бәйләнештәре | Дөрөҫ стереохимия дөрөҫ бәйләнештән генә |
| Стереохимик тикшерелеү | Һәр кәрәкле конфигурацияланған үҙәк һәм уның һылтанма заданиеһы | Синтезланған флакондың физик энантиомер таҙалығы |
| Күрһәтеүҙе сағыштырыу | Программа версияһы һәм заряд, тоҙ, һәм нормалаштырыу сәйәсәте | Биологик эквивалентлыҡ йәки тулы өлгө характеристикаһы |
Ғәмәли тапшырыуҙа тәүге спецификация бар, генерацияланған күрһәтеү, интерпретацияланған структура, үҙгәртеп ҡороу параметрҙары, һәм ҡабаттан ҡарау ҡарары. Икенсе кеше асыҡлай белергә тейеш, нимә фаразланған һәм нимә аныҡ күрһәтелгән. Уңышһыҙ осраҡтарҙы, шулай уҡ ҡабул ителгән һөҙөмтәләрҙе һаҡлап ҡалыу, шулай итеп, ярҙамһыҙ химия яҙманан юғалмай.
Өҙөлгән компоненттар үҙ тикшерергә кәрәк. SMILES-та нөктә компоненттарҙы улар араһындағы ковалент бәйләнеште күрһәтмәйенсә айыра. Әгәр индереү пептид һәм контрионды үҙ эсенә алһа, нормалаштырыу этабы аңлы рәүештә тик пептид компонентын ғына һаҡлап ҡала ала. Был бер дескриптор иҫәпләүгә яраҡлы булыуы мөмкин, әммә бирелгән тоҙ спецификацияһынан мәғлүмәтте юя. Тәүге компонент яҙмаһын һаҡлау һәм үҙгәртеп иҫәпләү индереү бәйләнгән түгел, ә нормалләштереү рөхсәт итеү өсөн сығанаҡты өҫтөнә яҙыу ..
Йөҙөк һандары ла һаҡлыҡ талап итә .: улар вәкиллек сиктәрендә облигацияларҙы ябыуҙы күрһәтә, ҡалдыҡтар һаны түгел, ә пептид циклизацияһы урыны. Төрлө траверсал бер үк график өсөн төрлө баҫылған һандарҙы ҡуллана ала. Йөҙөк йәки тармаҡ тикшергәндә ысын беркетмә атомдарын тикшерергә. Тәртип формаһында һанлы ҡалдыҡҡа телмәрҙәге һанды тап килтереүҙең структур картаһы түгел ..
Ахырҙа, ҡотолоу тикшерергә экспортер тик шул уҡ фараздар менән ҡулланыла, уның индереү төҙөү өсөн. Әгәр ҙә төҙөлөш аҙымы һәм сағыштырыу аҙымы терминал аннотацияларын ташлаһа, улар бер үк етешһеҙлекте бүлешкәндә килешә ала. Айырым тикшерелгән функциялар исемлеге йәки һылтанма график ҡаршы сағыштырыу, уның терминдары, конфигурациялар һәм ҡушымталар сайттары асыҡ булып ҡала. Килешеү файҙалы ғына үҙенсәлектәре өсөн, тип сағыштырыу ысынында тикшерә ..
Эҙмә-эҙлеклелеккә йүнәлтелгән аннотациялар һәм молекуляр графиктар төрлө тикшерелгән маҡсаттарға хеҙмәт итә. Әгәр үҙгәртеү яҙмаһы ProForma йәки башҡа контролдә тотолған билдәләүҙән күсерелһә, Ҡалдыҡ позицияһын графикҡа асыҡтан-асыҡ картаға төшөрөү һәм билдәләү версияһын һаҡлау. Танылған үҙгәртеү исеме дәлил түгел, тип экспортер һаҡлап ҡалды, уның беркетмә облигацияһы йәки конфигурацияһы ..
Аҫҡы ағымда иҫәпләү алдынан, эштең ниндәй молекуляр форма талап ителеүен хәл итеү. Мәғлүмәттәр базаһын дедубликациялау сәйәсәте аңлы рәүештә ҡаршы иондарҙы иғтибарға алмай ала, ә заказ спецификацияһы уларҙы теркәргә кәрәк булыуы мөмкин. Нормалләштереү алдынан бирелгән структураны һаҡлап ҡалыу, һәм теләһә ниндәй үҙгәртелгән күрһәтеүҙе аңлатыу. Юғиһә ике рецензент төрлө яуаптар ала ала, шул уҡ ваҡытта икеһе лә ышанам, улар бер үк маҡсатлы сағыштырҙы.
Йыш бирелгән һорауҙар .
Һәр бер хәрефле пептид эҙмә-эҙлеклелеген туранан-тура үҙгәртеп буламы? Тик программа тәьминәте алфавитты ярҙам иткәндә һәм кәрәкле структур фараздар билдәләнгәндә генә .. Ике мәғәнәле ҡалдыҡтар, ғәҙәти булмаған химия, йәки юҡ терминал мәғлүмәт асыҡлыҡ индереүҙе талап итә йәки аныҡ структура төҙөү ..
Изомерлы SMILES дөрөҫ L йәки D конфигурацияһын гарантиялаймы?? Юҡ. Ул молекуляр объектта булған стереохимик мәғлүмәтте кодлай ала .. Ул мәғлүмәттең дөрөҫлөгө һәм тулылығы һаман да индереүгә һәм уны аңлатыуға бәйле ..
Мин ике ЙЫЛМАЙЫУ телдәрен символдан символға сағыштырырға тейешменме? Дөйөм химик үҙенсәлеклелек һынауы булараҡ түгел. Төрлө дөрөҫ юлдар бер үк графикты һүрәтләй ала. Килешелгән график сағыштырыу ысулын ҡулланыу һәм программа тәьминәтен һаҡлау һәм нормалләштереү параметрҙары ..
Бойондороҡһоҙ тикшерергә нимә ебәрергә кәрәк? Тулы молекуляр спецификацияны ебәрегеҙ, сығанаҡ эҙмә-эҙлеге, терминал һәм модификация билдәләмәләре, генерацияланған күрһәтеү, программа тәьминәте параметрҙары, һәм теләһә ниндәй хәл ителмәгән фараздар. Һорау рецензент тикшерергә тәғәйенләнгән химия түгел, ә синтаксис яңғыҙ ..
