Bibliotecas de péptidos derivados de proteomas para un perfil de especificidad profunda de reactivos de modificación N-terminal

Los extremos N de proteínas y péptidos son objetivos importantes para la modificación selectiva con reactivos quimioproteómicos y herramientas de bioconjugación.. La α-amina N-terminal ocurre solo una vez en cada cadena polipeptídica., convirtiéndolo en un objetivo atractivo para la bioconjugación de proteínas. en las celdas, Se pueden generar nuevos extremos N mediante escisión proteolítica y capturarlos mediante reactivos de modificación N-terminal que permiten la identificación de sustratos de proteasa en todo el proteoma con espectrometría de masas en tándem. (LC-MS/MS). Comprender la especificidad de la secuencia N-terminal de los reactivos de modificación es fundamental para cada una de estas aplicaciones.. Las bibliotecas de péptidos derivados de proteomas en combinación con LC-MS/MS son herramientas poderosas para perfilar la especificidad de secuencia de reactivos de modificación N-terminal. Estas bibliotecas son muy diversas., y LC-MS/MS permite el análisis de las eficiencias de modificación de decenas de miles de secuencias en un solo experimento. Las bibliotecas de péptidos derivados de proteomas son una herramienta poderosa para perfilar las especificidades de secuencia de reactivos de etiquetado de péptidos enzimáticos y químicos.. Subtiligasa y 2-piridinacarboxaldehído (2PCA) son dos reactivos que se han desarrollado para la modificación selectiva de péptidos N-terminales y se pueden estudiar utilizando bibliotecas de péptidos derivados de proteomas.. Este protocolo describe los pasos para generar bibliotecas de péptidos derivados de proteomas N-terminalmente diversos y para aplicar estas bibliotecas para perfilar la especificidad de los reactivos de modificación N-terminales.. Detallamos los pasos para perfilar la especificidad del 2-piridinacarboxaldehído., un reactivo de modificación química, y subtiligasa, un reactivo de modificación enzimática. Estos protocolos se pueden adaptar fácilmente a fuentes de proteoma alternativas y otros reactivos de etiquetado de péptidos N-terminales..