Тиҙ яуап
Аңлашылмаған “МВт” һаны өс һайлауҙы йәшерә ала: химик берәмек, масса конвенцияһы һәм күләм’берәмектәре. ГАК өсөн, Өҫтәл конвенцияһын үҙгәртеү ҡысҡырып...
Аминокислоталар молекуляр ауырлығын иҫәпләү — ҡалдыҡтар моделе, Изотоптар конвенциялары, һәм ацетилләшеү
Дипептид-2. Полипептид һәм аҡһым Аңлашылмаған “МВт” һаны өс һайлауҙы йәшерә ала: химик берәмек, масса конвенцияһы һәм күләм’берәмектәре. ГАК өсөн, таблица конвенцияһын үҙгәртеү билдәләнгән молекуланы һаҡларға тейеш, ә ацетилләшеү молекуланың үҙен үҙгәртә. Һөҙөмтәләрҙе йәки спектрҙарҙы сағыштырыу алдынан иҫәпләү китабында был операцияларҙы айырым тотоғоҙ ..
был IUPAC алтын китабы сағыштырмаса молекуляр массаның билдәләмәһе молекуляр ауырлыҡты нисбәт итеп ҡарай, тимәк, үлсәмһеҙ күләм. Дальтондарҙағы молекуляр масса һәм бер моль граммдарындағы моляр масса бер-береһенә бәйле, әммә төрлөсә билдәләнгән күләмдәр. Дәүләт, был аңлатыла, ә берәмектәр һәм ярлыҡтар ҡулланыу алмаштырып.
Был мәҡәләлә өс үҙгәртеүсе айырым тикшерелә .: ирекле аминокислота һәм ҡалдыҡ ҡиммәттәре, уртаса һәм моноизотоплы конвенция, һәм терминаль ацетилләшеү. Иҫәпләүҙәрҙә а уҡытыу гипотезаһы, Н-ГАК-ОН: ирекле терминдар менән глицин-аланин-лизин, ғәҙәти L аланин һәм L лизин, изотоп билдәһе юҡ, һәм өҫтәмә үҙгәрештәр юҡ.
Глицин ахираль булып тора. Стандарт кодтар Gly/G ., Юл/А, һәм Лис/К. Гипотезалы иҫәпләү ысын өлгө буйынса берҙәмлек йәки таҙалыҡ үлсәүе түгел ..
Үҙгәреүсе беренсе: Ҡалдыҡ ҡиммәттәренә ҡарата ирекле аминокислота ҡиммәттәре
Тәҡдим ителгән эҙмә-эҙлеклелекте һәм масса конвенцияһын даими тотоу, Һуңынан ниндәй типтағы таблица яҙмаһы ҡулланыла икәнен һорағыҙ. Пептид ҡалдыҡтары массаһы ғәҙәттә тейешле ирекле аминокислота массаһы һыуҙан кәметелгән тип таблицаға бирелә.. Ул полимер өсөн иҫәп берәмеге булып тора ., дәғүә түгел, тип айырымланған ирекле ҡалдыҡ тәьмин ителгән реагент булып тора.
был Ҡалдыҡ формулалары һәм терминаль төҙәтеүҙәрҙең RESID аңлатмаһы эҙмә-эҙлекле ирекле терминаль сылбыр иҫәпләүен хуплай. Эквивалентлы ирекле аминокислота һәм ҡалдыҡ бухгалтерияһы араһында күсеү һуңғы формуланы үҙгәртергә тейеш түгел. Төрлө яуап ҡатнаш индереүҙәрҙе йәки үҙгәртелгән структур фаразды күрһәтә, яңы физик өлгө түгел.
| Компонент | Моноизотоплы ҡалдыҡ массаһы, Һәм | Алынған ирекле аминокислота массаһы, Һәм |
|---|---|---|
| Глицин | 57.02146 | 75.03202 |
| Аланин | 71.03711 | 89.04767 |
| Лизин | 128.09496 | 146.10552 |
был SIB ExPASy таблицаһы бында ҡулланылған түңәрәкләнгән ҡиммәттәрҙе тәьмин итә. Алынған ирекле аминокислота колонкаһы һыу эквивалентлы өлөшөн өҫтәй. Сығанаҡты һәм конвенцияны һаҡлап ҡалыу, шулай итеп, киләһе уҡыусы сумманы реконструкциялай ала, һәр рәт нимәне күрһәтә.
Н-ГАК-ОН өсөн, ҡалдыҡ суммаһы 100 була. 256.15353 Һәм. Бер һыу ҡушһаң, 1000 була. 274.16409 Һәм. Йәки, был Дипептид 2 Етештереүсе өс ирекле аминокислота ҡиммәте йыйыла 310.18521 Һәм; ике һыуҙы алыу, дөйөм алғанда 36.02112 Һәм, бер үк һөҙөмтә бирә.
Шуға күрә бухгалтерия конвенцияһын үҙгәртеү дөрөҫ иҫәпләнгән пептид массаһын үҙгәрешһеҙ ҡалдырырға тейеш .. Ҡалдыҡ ҡиммәттәрен йыйып, һуңынан тағы ике һыуҙы кәметергә йыш осрай торған хата .. Шул һыуҙы ике тапҡыр бухгалтериянан сығара һәм дөрөҫ булмаған молекуляр состав етештерә.
Глициндың физик ҡатнашмаһы, аланин, һәм лизин трипептид түгел. Арифметик эквивалентлыҡ күрһәтелгән сылбырҙы һүрәтләй ., ҡатнашмала үҙ-үҙенән пептидтар барлыҡҡа килмәй. Өлгөне интерпретациялау өсөн иҫәпләнгән массаны ҡулланыр алдынан молекуляр формаһын раҫлағыҙ.
Икенсе үҙгәртеүсе: уртаса масса һәм моноизотоплы масса
Хәҙер молекула һәм терминаль химия даими тотоп, отчет конвенцияһын ғына үҙгәртергә .. Моноизотоп массаһы билдәләнгән изотоп составы өсөн билдәләнгән изотоп массаларын ҡуллана. Уртаса масса изотоп-күплек-ауырлыҡлы конвенция ҡуллана. Өлгө үҙгәрмәгән, сөнки отчет һаны үҙгәрә.
ExPASy уртаса ҡалдыҡ ҡиммәттәрен ҡулланыу, глицин үҙ өлөшөн индерә 57.0519, аланин 71.0788, һәм лизин 128.1741 Һәм. Уларҙың суммаһы 100 тәшкил итә. 256.3048 Һәм. Өҫтәп, шул уҡ һылтанма таблицаһы’уртаса һыу массаһы . 18.01524 Да бирә 274.32004 Һәм, яҡынса 100-гә тап килә. 274.32 г/моль моляр масса иҫәпләү өсөн.
Шул уҡ модификацияланмаған нейтраль структура өсөн моноизотоп һөҙөмтә яҡынса 1000 тәшкил итә. 274.1641 Һәм. Был ике араһындағы айырма . Glp-1 пептиды ҡиммәттәре уларҙы билдәләүҙән көтөлә; ул үлсәүле бысраҡлыҡ түгел, юҡ ҡалдыҡ, йәки тәьмин итеүсенең хатаһын иҫбатлау.
Был миҫал өсөн, уртаса ҡиммәт моноизотоп ҡиммәтенән юғарыраҡ. Был күҙәтеүҙе һәр элемент йәки изотоп конвенцияһы өсөн сикләнмәгән ҡағиҙәгә әйләндермәгеҙ. Изотоплы байытылған материал шулай уҡ уның ысынбарлыҡтағы ярлыҡ спецификацияһын талап итә, ә ғәҙәти тәбиғи-күплек иҫәпләү түгел ..
Масса спектры иондарҙы һәм уларҙың изотоптарының таралыуын күрһәтә. Күҙәтелгән м/з зарядҡа һәм ион составына бәйле, шул иҫәптән теләһә ниндәй тейешле аддукт. Нейтраль уртаса массаны туранан-тура зарядлы ион пигы менән сағыштырыу пептидтың үҙенсәлеге менән бәйле булмаған тағы ла бер күренеш тап килмәүен булдыра ала.. Трипептид-1 Поставщик
Калькулятор ҡулланылған конвенцияны яҙып алыу ., отчет, һәм анализлау программа тәьминәте. Әгәр улар айырылһа, масса толерантлығын арттырыу йәки структур үҙгәрештәр иғлан итеү алдынан билдәләмәләрҙе яраштырыу.
Бер үк һанға төрлө ярлыҡтар бирегеҙ, тик күләмдәр уны аҡлағанда ғына. Бында ҡулланылған уртаса белешмә нигеҙендә, хәбәр ителгән молекуляр масса яҡынса 274.32004 Da билдәләнгән молекулаға, ә практик моляр масса ҡиммәте яҡынса 1000 тәшкил итә. 274.32004 г/моль. Сағыштырмаса молекуляр масса — берәмекһеҙ нисбәт .. Улар менән бәйле һанлы ҡиммәттәр “Да .,” “г/моль” һәм иҫәпләүҙә алмаштырыла торған үлсәмһеҙ ярлыҡ.
Күләм иҫәпләү өсөн моляр масса һәм тәғәйенләнгән төрҙөң ысынбарлыҡта тәғәйенләнгән массаһы кәрәк. Тулайым порошок массаһы маҡсатлы массаға әйләнә алмай, сөнки молекуляр ауырлыҡ таблицаһы теүәл. Химик субъект һәм күләм нигеҙендә асыҡ тотоу алдынан ҡулланыу n = м/М .. М-да өҫтәмә һандар м нимәне күрһәткәнен билдәһеҙлекте хәл итмәй..
Өсөнсө үҙгәртеүсе: билдәләнгән N-терминаль ацетил төркөмөн өҫтәү
Өсөнсө сағыштырыу өсөн ., ГАК эҙмә-эҙлеген һаҡлап ҡала, стереохимия, ирекле С-терминал, һәм моноизотоплы конвенция, әммә N-осонда ирекле аминоидтан ацетилланғанға үҙгәртергә. Яңы уҡытыу структураһы — Ac-GAK-OH .. Был күрһәтелгән молекуляр составтың ысын үҙгәреше ., отчет биреүҙең конвенцияһын ғына алмаштырыуҙан айырмалы рәүештә. Пептидтар һәм яман шеш
был Унимод ацетилләштереү яҙмаһы 1-ҙең таҙа моноизотоп өҫтәүен бирә. 42.010565 Һәм. Ҡулланыу уны . 274.16409 Да бирә 316.174655 Да нейтраль ацетилланған модель өсөн күрһәтелгән. Төҙәтеү продуктта һаҡланған атомдарға ҡағыла, синтез реагенты тулайым массаһы түгел.
Уртаса конвенцияны эҙмә-эҙлекле ҡулланыу, шул уҡ яҙма уртаса 100 өҫтәү бирә. 42.0367 Һәм. Уны 100-гә өҫтәү. 274.32004 Да яҡынса 100 бирә. 316.35674 Һәм, йәки 316.36 г/моль өсөн практик моляр-масса ҡиммәте шул нигеҙҙә.
Гипотезалы электрон таблица тотош ҡалдыҡты төшөрөп ҡалдырғанға ҡарағанда нескәрәк хата яһай ала. Моноизотоплы ГАК ҡиммәтенән башлағыҙ 274.16409, әммә уртаса ацетил өҫтәү өҫтәй 42.0367. Сығыш 100 була. 316.20079, урынына эҙмә-эҙлекле моноизотоплы 316.174655. Айырма 100 . 0.026135 Һәм, яҡынса 82.7 Һуңғы һөҙөмтәгә ҡарата миллионға 2 өлөш.
Был түңәрәкләнгән индереүҙәрҙән иҫәпләнгән айырмалар, приборҙар эшмәкәрлеге мәғлүмәттәре түгел. Ике һан да үткәнсе массаға тап килгән толерантлыҡты арттырыу эҙмә-эҙлекһеҙ модельде йәшерер ине. Тәүҙә конвенцияны төҙәтегеҙ .. Әгәр ҙә химик һәм ион билдәләмәләре килешкәндән һуң эксперименталь тап килмәү ҡалһа, тикшерергә, тип айырым күҙәтеү түгел, ә ҙурыраҡ толерантлыҡты структур аңлатма булараҡ ҡарау.
Өҫтәү — үҙгәртелмәгән структуранан таҙа үҙгәреш, синтез ваҡытында ҡулланылған тотош реагенттың массаһы түгел. Өҫтәү һәм ацетил өҫтәү һәм бәйле булмаған һыу коррекцияһы айырым химик аҡлау талап итер ине ..
Нейтраль һылтанма структураһы өсөн бер рәт һәм һәр аңлы химик үҙгәреш өсөн бер рәт менән баш китап тотоу .. Конвенция үҙгәреше бағана башлыҡтарына ҡарай, үҙгәртеү рәте булараҡ түгел. Был ябай ойоштороу бер үк операцияны ике тапҡыр ҡулланырға ҡамасаулай һәм асыҡ күрһәтә, ике ҡоралдың бер үк субъектты иҫәпләү өсөн һоралғанмы ..
Мәҫәлән, N-терминаль ацетилләшеү күрһәтелгән составты үҙгәртә, шул уҡ ваҡытта күрһәтелгән ирекле С терминалын һаҡлай. Әгәр калькулятор шулай уҡ С-терминаль амидты ҡабул итһә, ул икенсе молекуланы һүрәтләй һәм тейешле төҙәтеүгә мохтаж. Был ғәҙәттәгесә аңлашылмаған һуңғы офсетҡа берләштермәгеҙ. Баш китабы асыҡларға тейеш молекуляр һайлау түгел, ә сығыштар яҡыныраҡ күренә ..
Сайт локализацияһы-был тағы ла бер бойондороҡһоҙ һорау .. Лизин өҫтөндәге бер ацетил төркөмө N-терминаль өҫтәү кеүек үк дөйөм өҫтәүҙе һаҡлай ала .. Хатта идеаль эҙмә-эҙлекле масса иҫәпләү ҙә уны таба алмай .. Гипотезаны аныҡ итеп әйтер өсөн баш китапты ҡулланығыҙ, Һуңынан физик өлгөнө баһалау өсөн яраҡлы структур дәлилдәргә таянырға. Иҫәпләү эҙмә-эҙлеклелеге ҡиммәтле, сөнки ул ҡотолорға мөмкин булған ике аңлашылмаусанлыҡты бөтөрә, үлсәүҙе алмаштырғанға түгел.
Таҙа ацетил коррекцияһы шулай уҡ химик аңлатма бар .. Беркетелгән ацетил алмаштырыусы өҫтәлмәй, шул уҡ ваҡытта тәүге аминотөркөмдөң һәр атомын һаҡлап ҡала .: беркетмә был төркөмдәге водородты алмаштыра. Шуға күрә Unimod ҡулланған таҙа составы C2H2O .. Билдәләнгән айырма составын индереү түгел, ә иркен исемле төркөм йәки тотош реагент формулаһы .. Был иҫәп-хисапты продукттың атомдарына эйәреп эшләй һәм башҡаса йәшерен өҫтәмә водород хатаһын фашларға ярҙам итә ..
Ян-сылбыр һәм терминал химияһы шулай уҡ мөһим заряд һәм тәртибе. Лизин’s төп ян сылбыр айырыла N-терминаль аминотөркөмө .. Күҙалланған масса үҙгәреше эретелгәнлек үҙгәрешен миҡдар менән билдәләмәй, һаҡлап ҡалыу, йәки биологик эшмәкәрлек; был һорауҙар үҙ дәлилдәрен талап итә.
Һиҙгерлек таблицаһын һәм иҫәпләү тикшерелгән исемлеген ҡулланыу
Таблицала һәр эффекттың йүнәлеше дөйөмләштерелә, шул уҡ ваҡытта уның сиктәре күренеп тора. Үрҙәге һанлы миҫалдар — күрһәтелгән эталон ҡиммәттәрҙән стехиометрик иҫәпләүҙәр, эксперименталь рәүештә үлсәнмәгән яуап күләмдәре.
| Үҙгәртеүсе яңғыҙы үҙгәрҙе | Көтөлгән эффект | Нимә үҙгәрешһеҙ ҡала . | Һығымта яһау сиге . |
|---|---|---|---|
| Ҡалдыҡҡа ирекле аминокислота инеүе | Айырым таблица ҡиммәте һыу менән түбәнерәк; сылбыр формулаһы тап килгән терминал төҙәтеүен ҡулланырға тейеш | Шул уҡ күрһәтелгән пептид өсөн дөрөҫ иҫәпләнгән масса | Физик өлгө ҡатнашма йәки пептид булыуын асыҡламай |
| Моноизотоптан уртаса конвенцияға тиклем | Отчет ҡиммәте үҙгәрә; был ГАК миҫалы өсөн арта | Тәғәйенләнгән химик төҙөлөшө | Химик үҙгәртеү йәки күҙәтелгән ион булдырыуҙы күҙ уңында тотмай’s m/z . |
| Ирекле N-осонда N-ацетил осона тиклем | Нейтраль масса тейешле таҙа ацетил өҫтәү менән арта | Ҡалдыҡтар тәртибе һәм күрһәтелгән С-осон | Үҙ-үҙенән модификациялау урынын иҫбатламай йәки анализдың һөҙөмтәлелеген күҙаллай |
Калькулятор сығышын ҡабул иткәнсе, түбәндәгеләрҙе тикшерегеҙ:
- Ҡалдыҡтарҙы тулы эҙмә-эҙлеклелек һәм N-C йүнәлешен раҫлау.
- Таныш булмаған символдарҙы хәл итеү ., стандарт булмаған ҡалдыҡтар, стереохимия, һәм изотоп ярлыҡтары.
- Билдәләү, индереү ҡиммәттәре ирекле аминокислоталар йәки ҡалдыҡтарҙы һүрәтләйме.
- Бер күмәк конвенция һайлап, уны эҙмә-эҙлекле ҡулланыу.
- Терминдарҙы күрһәтегеҙ, модификациялар, цикллаштырыу, ҡаршы иондар, йәки дәғүә ителгән субъектҡа ҡағылышлы булған сольваттар.
- Нейтраль молекуляр массаны зарядлы ионлы м/з һәм флакондағы маҡсат күләменән айырым тотоғоҙ.
Эҙмә-эҙлеклелек тәртибе үҙенсәлек өсөн мөһим, хатта ул бөтөн массаны үҙгәртмәгәндә лә. ГАК һәм КАГ бер үк составҡа эйә һәм үҙгәртелмәгән масса иҫәпләнгән, әммә төрлө эҙмә-эҙлеклелектә. Калькулятор формулаға нигеҙләнгән көтөүҙе тикшерә ала; билдәһеҙ өлгөнөң тулы төҙөлөшөн билдәләй алмай.
Киләһе аҙым, ҡасан ике һан риза түгел, тип яҙырға һәм аныҡлауҙар һәм молекуляр спецификацияһы .. Иң файҙалы проблемаларҙы хәл итеү башлана, тип сағыштырыу ., Һуңынан ҡалған теләһә ниндәй структур һорау өсөн кәрәкле аналитик дәлилдәр.
Йыш бирелгән һорауҙар .
Ни өсөн аминокислота’ҡалдыҡ массаһы уның ирекле формаһынан түбәнерәк? Ҡалдыҡ ҡиммәте аминокислоталар индереү өсөн иҫәпкә һыу-алып алыу конвенцияһы ҡулланып .. Ирекле терминдары булған һыҙыҡлы пептид өсөн, Ҡалдыҡ ҡиммәттәрен йыйып, бер һыу өҫтәйбеҙ.
Уртаса масса тигәнде аңлатамы прибор үлсәү бер нисә өлгө? Юҡ. Бында ул изотоп-күплек-ауырлыҡлы масса конвенцияһына ҡағыла. Ул лабораторияла ҡабатланған үлсәүҙәрҙең уртаса күрһәткесе түгел ..
Мин өҫтәй алам модификация’уртаса өҫтәү моноизотоп пептид массаһы? Шулай эшләү ҡатнаш конвенция барлыҡҡа килтерә .. Эшләнгән миҫалда ., ҡулланыу 42.0367 урынына 42.010565 яһалма өҫтәй 0.026135 Да ацетилланған күҙаллауға тиклем. Был иҫәпләү-модель айырмаһы, үлсәү массаһы хатаһы түгел. Ҡулланыу тап килгән өҫтәү һәм тулы структура, Һуңынан эквивалентлы нигеҙҙә теләһә ниндәй ысын эксперименталь ризаһыҙлыҡты тикшерергә.
Тап килгән иҫәпләнгән масса эҙмә-эҙлеклелектең үҙенсәлеген иҫбатлаймы?? Юҡ. Эҙмә-эҙлеклелек алмаштырыуҙары һәм ҡайһы бер башҡа структур альтернативалар масса бүлешә ала. Ҡулланыу эҙмә-эҙлеклелек-актуаль дәлилдәр, унда айырма мөһим.
