Тиҙ яуап
A docking hit is a ranked hypothesis, һөҙөмтә түгел. The question that decides whether a campaign was worth running is narrower than "did the model score well":...
Ниндәй пептид–аҡһым үҙ-ара эш ағымы хәл итергә тейеш, ниндәй ҙә булһа док йүгерә алдынан
Пептид заказ биреүсе Геопептидтар Эш ағымы’идара итеү ҡағиҙәһе булып тора, тип, этапта ғына үтергә мөмкин алға, нимә киләһе этапта фальсификациялай ала .. Был мәҡәләлә ҡалған бөтә нәмә, тип ҡағиҙә дүрт тапҡыр ҡулланыла ..
Тапшырыу тикшерелеүҙәре тәжрибәләр алдынан юҡ дәлилдәрҙе фашлай ала, әммә был мәҡәлә кампания уңышһыҙлыҡтарының таралыуын үлсәмәй. Эҙмә-эҙлекле биремдәрҙе ҡабатлау, эҙләү параметрҙары, поза фараздары, матди үҙенсәлек һәм анализ контроле бергә.
Ҡорал һорауы икенсе урында тора ., һәм был һорау тураһында алдан белем түгел, ә теүәллек. Пептид док тәүге тапҡыр CAPRI-ла турҙарҙа баһаланды. 28 һәм 29, һәм артабанғы баһалау ғәмәлдәге критерийҙарға яҡшыраҡ һайлау ҡағиҙәләре кәрәк тип раҫланы, бигерәк тә бәйләү урыны билдәһеҙ булғанда (CAPRI пептиды түңәрәктәре). Яландың намыҫлы хәле шулай .: ысулдары эталонлаштырыла, критерийҙары бәхәсле, һәм бер ҡағыҙ ҙа бирелгән ҡулланыу осрағы өсөн ғәҙәттәгесә ысулды тәҡдим итмәй. Шулай итеп, ҡарар һеҙ ысынында ҡабул итеү алдынан док-был ниндәй ҡул-критерийҙары һеҙҙең кампания кәрәк ..
Асҡыс алып барыу: Этап тик алға үтергә мөмкин, нимә киләһе этап фальсификациялай ала.
Аҙым 1: Китапхананы төрлөлөк үлсәүе ярҙамында билдәләгеҙ, һанау юлы менән түгел
Индереү: биологик һорау, Һеҙ эшләргә ниәтләгән сағыштырыу булараҡ әйтелгән. Ғәмәл: нығытыу оҙонлоғо, ҡалдыҡ алфавиты, офсет һәм идара итеү. Сығыш: дизайн яҙмаһы, синтез командаһы төҙөй ала, һеҙҙән бер нәмә лә һорамай. Ҡасан эшләнде дизайн яҙмаһында был китапхана ни өсөн был һорауға яуап бирә һәм аңлы рәүештә нимәне ҡапламай, тип яҙылған.
Тулыһынса яҡтыртыу юҡ, һәм эҙмә-эҙлеклелек-киңлек арифметикаһы аргументты тиҙ хәл итә. мерлы арауыҡта 1,28×109 эҙмә-эҙлеклелек һаҡлана, 10-мерлы 1,024×1013, һәм 15-мерлы 3,2768×1019, ҡаршы практик дисплей-китапхана түшәм тирәләй 109 ағзалары (эҙмә-эҙлеклелек-киңлек арифметикаһы). Ул түшәм - ҙурлыҡ тәртибе конвенцияһы, үлсәү сиге түгел, әммә һығымта теләһә ниндәй ышаныслы ҡиммәттә тота: үткән яҡынса алты йәки ете ҡалдыҡтар һеҙ өлгө, иҫәпкә алмау.
Бына ҡайҙа төрлөлөк-өлгө пептидомика үҙ урынын ала. Һеҙ һайлайһығыҙ панель, химик һәм структур төрлөлөгөн үҙ эсенә ала сығанаҡ пептидтар түгел, ә бер пептид асыҡланған үҙенсәлеге ., һәм һеҙ шулай тиһегеҙ дизайн яҙмаһында. Китапхана-проектлау принцибы беҙҙең үҙ хеҙмәте документацияһында әйтелгән етешһеҙлектәр режимын асыҡтан-асыҡ ҡуя: пептид китапханаһы синтезға тиклем күптән етешһеҙлеккә осрауы мөмкин Геопептидтар Цикллы пептидтар менән тәьмин итеүсе башлана, әгәр дизайн биологик һорауға тап килмәһә. Оҙонлоҡ, ҡапланыу, Ҡалдыҡ алфавит һәм мутация даирәһе бөтә диск пептидтар һаны, синтез ҡатмарлылығы һәм анализ үткәреүсәнлеге, был ни өсөн пептид китапханаһы дизайны эҙмә-эҙлеклелек һайлауҙа туҡталырға тейеш түгел. Контроль бер үк яҙмаға ҡарай: билдәле бәйләүсе, скремблланған версия, һәм һеҙ көткән пептид уңышһыҙлыҡҡа осрай.
Аҙым 2: Аналитик скрининг үткәрергә һәм провенанс менән пептид таблицаһын тапшырырға
Индереү: сеймал LC-MS/MS файлдар һәм өлгө-обработка яҙма. Ғәмәл: фермент спецификлығы булмаған эҙләү, киңәйтелгән үҙгәртеүсән модификациялар һәм маҡсатлы-приманка FDR контроле менән. Сығыш: үҙ сығышын йөрөткән пептид таблицаһы. Ҡасан эшләнде док-команда фильтрлай ала, бер сеймал файлын асмайынса исемлекте яңынан ранжировать итеү һәм яҡлау. Цикллы пептидтар заводы
Ҡуйырға һәм баһаларға ялған-асыш контроле өсөн ысын пептидомика эш ағымы. Өйрәнеү-конкрет комбинацияһы пептид һәм аҡһым фильтрҙар гарантиялай алмай, аҙ 100-ҙән. 1% пептид FDR башҡа мәғлүмәттәр йыйылмаһында, бигерәк тә фермент спецификлығы булмаған йәки киңәйтелгән модификациялар менән эҙләүҙәрҙә. Параболик пептидтар
Шаблон отчета уже существует. MIAIPE отчет тикшерелгән исемлеге, иммунопептидомика өсөн HUPO ярҙамында эшләнгән, идентификациялау эҙмә-эҙлеклелеккә нигеҙләнгәнме йәки de novo булыуын белдереүҙе талап итә, пик-исемлеге ҡоралы һәм уның параметрҙары, эҙләү системаһы параметрҙары, һәм һәр фильтр ҡулланыла (MIAIPE отчет тикшерелгән исемлеге). Уның структураһын хатта иммунологик булмаған өлгө өсөн дә бурысҡа алырға. Тағы бер яланды оноторға еңел .: дөйөм пептидомика аналитик эш ағымы өлгөләрҙе алдан эшкәрткәндән алып экстракция аша бара, фракционлаштырыу, MS анализлау һәм идентификациялау, һәм экстракция етерлек тиҙ булырға тейеш, ҡотолоу өсөн дауамлы ферменталь деградация. Өлгөлә булған пептидтар үлсәү менән эш итеү тарихы, шулай яҙып алырға.
Аҙым 3: Док менән өҫтөнлөк бирегеҙ, һәм иҫәпте яҡынлыҡ түгел, ә дәрәжә тип уҡығыҙ
Индереү: пептид таблицаһы. Ғәмәл: пептид оҙонлоғо буйынса протокол һайлау, рецептор дәүләте һәм һеҙгә алдан сайт мәғлүмәте бармы. Сығыш: ранжированный поза таблицаһы менән протокол һәм критерий теркәлгән. Ҡасан эшләнде һәр рәттә уны ниндәй протокол етештергәне һәм ниндәй уңыш критерийы ҡулланылғаны яҙылған.
Баҫылған уңыш күрһәткестәре риза түгел, һәм ризаһыҙлыҡ фәһемле. ХЭДДОК’s пептид протоколы, өс конформацион ансамблдән башлап, тейелгән 79.4% ҡабул итеү өсөн модель бәйләнгән рецептор ҡаршы бәйләнмәгән пептид һәм 69.4% бәйләнмәгән/бәйләнмәгән өсөн (ХЭДДОК’s пептид протоколы). HPEPDOCK’s һуҡыр режимда эталон отчеттары 33.3% 2019 йылда иң яҡшы 10 уңыш 57 бәйләнмәгән осраҡтар, тиклем күтәрелә. 72.6% ҡасан бәйләү урыны бирелә (Һуҡыр режимдағы эталон). Яңынан эталон пептид док ысулдары ҡуя CABS-док 1000 . 53.0% бәйләнгән һәм 37.0% пептиДБ-ла бәйләнмәгән, һәм АвтоДок КранкПеп 2012 йылда. 85.7% локаль режимда тығыҙыраҡ RMSD өҙөклөгө аҫтында LEADS-PEP өҫтөндә (пептидтарҙы йәбештереү ысулдарының яңынан эталоны). АльфаFold2’s пептид һөҙөмтәләре йүгерә 75% эсендә 1.5 Å бәйләүсе мотив билдәле булғанда һәм 36% эсендә 2.5 Å ҡасан ул түгел (Альфа-Фолд2 пептид һөҙөмтәләре).
Ул һандар лига таблицаһы түгел. Улар мәғлүмәттәр йыйылмаһында айырыла, пептид оҙонлоғо һәм уңыш критерийы, һәм таралыу критерийҙарҙы сағылдыра, нисек ысулдар. Нимә эшләй тапшырыу йүнәлеше эффекттар. Һуҡыр док-был ҡатмарлыраҡ һорау, ә сайт-йүнәлтелгән док, был ни өсөн HADDOCK мәғлүмәт-двигателдәр док: мутагенездан үҙ-ара тәьҫир итешеүҙең ике мәғәнәле сикләүҙәре, М.С., ЯМР йәки һаҡлау кодлау, һеҙ инде беләһегеҙ (HADDOCK — мәғлүмәткә нигеҙләнгән док). CABS-док һуҡыр йүгерә, Ҡабул итеү пептид тулыһынса һығылмалы һәм ҡайтарыу траекториялары кластер түгел, ә бер ранглы поза (CABS-док һуҡыр йүгерә). AlphaFold 3’s үҙ баһалау отчеттары аҡһым һәм антитело интерфейстары һәм дәүләттәр, тип күҙаллай статик структуралар ., ансамблдәр түгел (3-сө Альфа-Фолдтың үҙ баһаһы). Протокол һайлау, тура килгән алдан белем һеҙгә ., Һуңынан сығышты ранг итеп уҡығыҙ.
Аҙым 4: Сифатлы кластар менән поза судья, Һуңынан синтезға нимә лайыҡ икәнен хәл итегеҙ
DockQ һылтанма структураһына ҡарата күҙалланған комплексты баһалай һәм ретроспектив бенчмаркинг өсөн файҙалы .. Ул роман комплексы өсөн үлсәү сифаты диапазонын тәьмин итә алмай, уның һылтанмаһы билдәһеҙ. Перспективалы һайлау өсөн, калибрланған ышаныс дәлилдәрен ҡулланыу, төрлөлөк, ғәмәлгә ашырыу мөмкинлеге һәм алдан билдәләнгән эксперименталь раҫлау планы. DockQ ысулы.
<һүрәт класы="блог-диаграмма" стиль="максималь киңлек:640px;һаҡлам:1.5рем авто;шрифт ҙурлығы:12px;һыҙыҡ бейеклеге:1.3;төҫ:мираҫҡа ала"> <svg ҡарау ҡоҫҡоһо="0 0 560 380" стиль="максималь киңлек: 100%; буй: авто; шрифт-ғаиләһе: 'Интер', система-UI, серифһыҙ; төҫ: #1е293б; --диаграмма тын: #64748б;" роль="имг" ария-ярлыҡланған="dockq-класс-өҙөүҙәр-өҫтөндә-а-0-1-масштаб-исем dockq-класс-отрезки-на-а-0-1-масштаб-тасуирлау"> <стиль> /* Рендерер диаграмманы iframe-ға ҡуя, уның элемент фоны ҡара, һәм iframe диаграммаға ҡарағанда икенсе формала, тимәк, хат йәшниктәре һыҙаттары уның тирәһендә ҡара рамкалар кеүек күрһәтте (прод 09-22). Документ эсендә iframe үтә күренмәле ғәҙәттәгесә; һүрәт төшөрөү уны бында элемент фонын ҡаплай, ә диаграмма урынына был бер нәмәгә лә тап килмәй. Был блоктан мөйөш йәйәләрен ситтә тотоғоҙ: SVG эсендәге стиль элементы сит йөкмәтке булараҡ анализлана, тимәк, бер йәйә унда һәр ҡағиҙәне ташлай. */ html, тән { ерлек: #фффффф; һаҡлам: 0; } @медиа (өҫтөнлөк бирә-кәметелгән-хәрәкәт: кәметергә) { * { анимация: бер кем дә !мөһим; күсеү: бер кем дә !мөһим; } } </стиль> <тура х="0" у="0" киңлеге="560" бейеклеге="380" rx="8" тултырырға="#фффффф" /> <титул id="dockq-класс-өҙөүҙәр-өҫтөндә-а-0-1-масштаб-исем">DockQ класс өҙөктәре өҫтөндә а 0-1 мизан</исем> <диск идентификаторы="dockq-класс-өҙөүҙәр-өҫтөндә-а-0-1-масштаб-тасуирлау">DockQ класс өҙөктәре өҫтөндә а - мизан: Дөрөҫ булмаған өсөн ҡиммәттәр, Ҡабул ителә, Уртаса, Юғары. DockQ класс өҙөктәре өҫтөндә а 0-1 мизан. юл мәғлүмәттәре: Дөрөҫ түгел 0.23; Ҡабул ителә 0.49; Уртаса 0.8; Юғары 1.Сығанаҡ: Басу & Валлнер, ПЛОС БЕР 11(8):2016 йыл.</тасуирлау> <текст х="280.0" у="29" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="18" шрифт ауырлығы="800" тултырырға="ағымдағы Төҫ">DockQ класс өҙөктәре өҫтөндә а 0-1 мизан</текст> <һыҙыҡ х1="70" у1="292.0" х2="500" у2="292.0" инсульт="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.08" /> <һыҙыҡ х1="70" у1="239.5" х2="500" у2="239.5" инсульт="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.08" /> <һыҙыҡ х1="70" у1="187.0" х2="500" у2="187.0" инсульт="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.08" /> <һыҙыҡ х1="70" у1="134.5" х2="500" у2="134.5" инсульт="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.08" /> <һыҙыҡ х1="70" у1="82.0" х2="500" у2="82.0" инсульт="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.08" /> <текст х="64" у="296.0" текст-якорь="бөтөргә" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.7">0</текст> <текст х="64" у="243.5" текст-якорь="бөтөргә" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.7">0.25</текст> <текст х="64" у="191.0" текст-якорь="бөтөргә" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.7">0.5</текст> <текст х="64" у="138.5" текст-якорь="бөтөргә" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.7">0.75</текст> <текст х="64" у="86.0" текст-якорь="бөтөргә" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.7">1</текст> <күп һыҙыҡлы нөктәләр="70.0,243.7 213.3,189.1 356.7,124.0 500.0,82.0" тултырырға="бер кем дә" инсульт="#f97316" штрих-киңлеге="2.5" штрих-һыҙыҡ ҡапҡасы="түңәрәк" штрих-һыҙыҡ ҡушылыуы="түңәрәк" /> <түңәрәк cx="70.0" cy="243.7" р="4" тултырырға="#f97316" /> <текст х="70.0" у="234.7" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="9" тултырырға="ағымдағы Төҫ">0.23</текст> <текст х="70.0" у="312.0" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.8"><цпан х="70.0" dy="0">Дөрөҫ түгел</цпан></текст> <түңәрәк cx="213.3" cy="189.1" р="4" тултырырға="#38бдф8." /> <текст х="213.3" у="180.1" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="9" тултырырға="ағымдағы Төҫ">0.49</текст> <текст х="213.3" у="312.0" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.8"><цпан х="213.3" dy="0">Ҡабул ителә</цпан></текст> <түңәрәк cx="356.7" cy="124.0" р="4" тултырырға="#а78бфа" /> <текст х="356.7" у="115.0" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="9" тултырырға="ағымдағы Төҫ">0.8</текст> <текст х="356.7" у="312.0" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.8"><цпан х="356.7" dy="0">Уртаса</цпан></текст> <түңәрәк cx="500.0" cy="82.0" р="4" тултырырға="#22с55е" /> <текст х="500.0" у="73.0" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="9" тултырырға="ағымдағы Төҫ">1</текст> <текст х="500.0" у="312.0" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="ағымдағы Төҫ" асыҡ булмау="0.8"><цпан х="500.0" dy="0">Юғары</цпан></текст> <текст х="280.0" у="366" текст-якорь="урта" шрифт ҙурлығы="10" тултырырға="беҙҙең(--диаграмма тын, ағымдағы Төҫ)">Сығанаҡ: Басу & Валлнер, ПЛОС БЕР 11(8):д0161879 (2016)</текст> </свг> </фигура>
Спецификация ҡайҙа иҫәпләү һәм эксперименталь командалар, ғәҙәттә, бер-береһен юғалта .. Теүәл эҙмә-эҙлеклелек версияһын атағыҙ, модификация һәм уның сайты, һәм ҡаршы ион формаһында, сөнки уларҙың теләһә ниндәй үҙгәреш үҙгәртә, һеҙ нимә һынайһығыҙ. Аналитик-ВЭЖХ таҙалығы менән анализ тураһында таныҡлыҡ һорау, масс-спектрометрия үҙенсәлеге һәм таҙа пептид составы, һәм өҫтәргә эндотоксин тикшерергә йәки контр-ион анализ ҡайҙа анализ кәрәк. кеүек тәьмин итеүсе. МОЛ үҙгәрештәре был пакетты пептид менән бергә тапшыра ала, был практик сәбәп булып тора, мәғлүмәт талаптарын хәл итеү өсөн заказға тиклем түгел, ә унан һуң.
Аҙым 5: Эксперименталь рәүештә раҫлау, анализды бирелгән һорауға тап килтереү
Индереү: синтезланған пептидтар һәм уларҙы лот мәғлүмәттәре. Ғәмәл: анализ үткәрергә, уның уҡыуы аныҡ һорауға яуап бирә. Сығыш: үлсәү шарттары менән бәйләүсе йәки бәйләүсе булмаған һөҙөмтә. Ҡасан эшләнде һөҙөмтәһе менән сағыштырырға мөмкин док-прогноз шарттарында ике яҡ та ҡабул итә.
Анализды дәғүәгә тап килтерегеҙ. Док-поза бәйләү урынын һәм яҡынса геометрияны күҙаллай; конкурент анализы йәки мутагенез серияһы сайтты һынай, ә туранан-тура бәйләү үлсәүе яҡынлыҡты тикшерә. Улар бер-береһен алмаштырғыһыҙ ., ә дөрөҫ булмаған анализдың нуль һөҙөмтәһе һеҙгә поза тураһында бер нәмә лә әйтмәй. SKEMPI аффинлыҡ базаһы күрһәтә, ни өсөн ысул һан менән сәйәхәт итергә тура килә 1.1.: уның яҙмалары үлсәү ысулын һәм температураны теркәй, һәм ер өҫтө плазмон резонанс һәм флуоресценция спектроскопияһы әҙәбиәттә өҫтөнлөк итә (SKEMPI яҡынлыҡ базаһы). Теләһә ниндәй “типик Kd” һеҙ ҡаршы сағыштырырға мираҫҡа ҡаршы тенденциялар шул ике ысул ., шулай итеп, үҙ шарттарығыҙ тураһында хәбәр итегеҙ һәм оҡшаған кеүек сағыштырығыҙ.
Раҫланған бәйләүсе бәйләүсе гипотезаны раҫлай, әммә күҙалланған позаны иҫбатламай йәки тотош док-протоколды раҫламай. Несвязывающий һәм көсһөҙ бәйләүсе һөҙөмтәләр икеһе лә фәһемле, ҡасан анализ һиҙгерлеге, матди сифаты һәм шарттары аңлашыла.
Дөйөм уңышһыҙлыҡ нөктәләре һәм уларҙы нисек тотоу өсөн ҡул-өҫтөндә
Өҫтәл артында ҡалып, һәр уңышһыҙлыҡ арзан тотоу өсөн өҫкө һәм ҡиммәтле аҫҡы .. Пептид таблицаһы уның FDR параметрҙары булмаһа, яңынан фильтрлана алмай ., шуға күрә док-команда йә уға ышана, йә уны яңынан төҙөй. Уның протоколы булмаған рейтинглы исемлекте аңлатып булмай, тимәк, яҡшы поза һәм бәхетле поза бер үк күренә. Ҡаршы ион формаһы булмаған спецификация пептид етештерә, ул үҙен моделләштерелгәндән башҡаса тота ала..
Һығымта
Был ҡағиҙә шулай уҡ һеҙгә һөйләй, нисек даирәһе кампанияһы йәки хөкөм партнер тәҡдим бер .. Ҡайһы этапта ниндәй артефакт етештерелә, тип һорағыҙ, док-протокол һайланғанмы, алдан булған белемдәргә ярашлы, һәм синтез запросы үҙ ҡабул итеү критерийҙарын йөрөтәме. Партнер, был өс һорауға яуап бирә ала, эш ағымы бар .. Иҫәп менән етәкселек иткән партнер рейтингы бар.
Ҡайҙа документация бөтә, артефакт тураһында ҡарар ҡабул итеү. Әгәр ҙә эҙләү параметрҙары булмаған пептид таблицаһы килә, причал алдынан уларҙы һорағыҙ. Әгәр ҙә поза таблицаһы үҙ критерийынан башҡа килһә, ҡайһыһы ҡулланылғанын һорау. Әгәр ҙә спецификация эҙмә-эҙлекле версияһыҙ килһә, ниндәй молекуланы һынап ҡарарға ҡушалар, тип һорағыҙ. Был һорауҙар бер нәмәгә лә тормай һәм бәхәстең күпселек өлөшөн хәл итә.
МОЛ үҙгәрештәр был эш ағымын ярҙам итә, унда артефакттар етештерелә .: билдәләнгән оҙонлоҡтағы пептид китапханаһы дизайны, офсет, мутация һәм контроль логикаһы, һәм ҡулланыусылар өсөн синтез сертификаты менән анализ ҡаплау таҙалыҡ ВЭЖХ, MS үҙенсәлеге һәм пептидтар составы. Әгәр һеҙ кампанияны үҙ эсенә алаһығыҙ икән, беҙгә үҙегеҙҙең маҡсатығыҙҙы ебәрегеҙ, пептид оҙонлоғо һәм анализ планы, һәм беҙ һеҙҙең менән техник-иҡтисади мөмкинлектәрҙе тикшерәсәкбеҙ.
Нәшриәтсе асыҡлау: МОЛ үҙгәрештәр пептид хеҙмәттәрен тәьмин итә һәм был темаға коммерция ҡыҙыҡһыныуы бар. Хеҙмәтләндереүҙең диапазоны һәм мөмкинлектәре тураһында белдереүҙе тәьмин итеүселәр дәғүә итә; аныҡ конструкция өсөн булыуы һәм етештереүсәнлеге проектҡа хас дәлилдәр талап итә.
