Proteomeista johdetut peptidikirjastot N-terminaalisten modifikaatioreagenssien syvän spesifisyyden profilointiin

Proteiini- ja peptidi-N-päät ovat tärkeitä kohteita selektiiviselle modifikaatiolle kemoproteomiikkareagensseilla ja biokonjugaatiotyökaluilla. N-terminaalinen a-amiini esiintyy vain kerran kussakin polypeptidiketjussa, mikä tekee siitä houkuttelevan kohteen proteiinien biokonjugaatiolle. Soluissa, uusia N-päitä voidaan tuottaa proteolyyttisellä pilkkoutumisella ja siepata N-pään modifiointireagensseilla, jotka mahdollistavat proteaasisubstraattien proteominlaajuisen tunnistamisen tandem-massaspektrometrialla (LC-MS/MS). Modifikaatioreagenssien N-terminaalisen sekvenssispesifisyyden ymmärtäminen on kriittistä jokaisessa näistä sovelluksista. Proteomeista johdetut peptidikirjastot yhdessä LC-MS/MS:n kanssa ovat tehokkaita työkaluja N-terminaalisten modifikaatioreagenssien sekvenssispesifisyyden profilointiin. Nämä kirjastot ovat hyvin erilaisia, ja LC-MS/MS mahdollistaa kymmenien tuhansien sekvenssien modifiointitehokkuuksien analysoinnin yhdessä kokeessa. Proteomeista johdetut peptidikirjastot ovat tehokas työkalu entsymaattisten ja kemiallisten peptidileimausreagenssien sekvenssispesifisyyksien profilointiin. Subtiligaasi ja 2-pyridiinikarboksaldehydi (2PCA) ovat kaksi reagenssia, jotka on kehitetty selektiivistä N-terminaalista peptidin modifiointia varten ja joita voidaan tutkia käyttämällä proteomista johdettuja peptidikirjastoja. Tämä protokolla hahmottelee vaiheet N-terminaalisesti monimuotoisten proteomeista peräisin olevien peptidikirjastojen luomiseksi ja näiden kirjastojen soveltamiseksi N-terminaalisten modifikaatioreagenssien spesifisyyden profiloimiseksi.. Kerromme yksityiskohtaisesti vaiheet 2-pyridiinikarboksaldehydin spesifisyyden profiloimiseksi, kemiallinen modifiointireagenssi, ja subtiligaasi, entsymaattinen modifiointireagenssi. Nämä protokollat ​​voidaan helposti mukauttaa vaihtoehtoisiin proteomilähteisiin ja muihin N-terminaalisiin peptidileimausreagensseihin.