Ho Tšoara Cell Maps joalo ka Taba ea Pele, Ha se Lethathamo la Liphatsa tsa lefutso
Phetoho e molemo ka ho fetisisa ke ea kelello: nka sephetho sa omics e le karolo ea bohlokoa e khethang moo baeloji e tsepamisitseng maikutlo teng, 'me u boloke liqeto tsa moralo oa peptide kamora hore khetho eo e netefatsoe. Ho aha ho sibolloa ha peptide ho tsoa ho data ea sebaka le ea sele e le 'ngoe ho fapana le manane a mangata a fapaneng ke hona ho lumellang lenaneo ho shebana le boemo ba lisele tsa 'nete ho fapana le karolelano.. Mokhoa oa ho sibolla lithethefatsi, tatellano ea sele e le 'ngoe ea RNA e se e le leano le tloaelehileng bakeng sa ho khetha le ho beha lipehelo pele hobane e rarolla phapang e ka bang teng ka tatellano ea li-avareji tse ngata.. Maikutlo a ts'ebeliso ea tatellano ea sele e le 'ngoe ea RNA ha ho sibolloa lithethefatsi hlalosa kamoo scRNA-seq e tšehetsang boitsebahatso ba sepheo, tlhahlobo e khethehileng ea lisele, le, ka ho nyatsa, kotsi ea pele ea ho fokotseha ka ho bonts'a hore na ke lisele life tse arabelang le hore na dosing e li ama joang. Mekhoa ea sebaka ebe e eketsa litaba tse ngata tse senyang: ho boloka tlhahisoleseling ea sebaka se phahameng ke hona ho lumellang bahlahlobisisi hore ba bone mefuta e mecha ea lisele, litšebelisano tsa lisele, le metsoako ea linama seo se utloahala hang ha sebaka sa sele se bolokoa.
Bakeng sa sepheo sa peptide, likarolo tse ka etsahalang li putlama ho ba lenane le lekgutshwane:
| Seo u ka se ntšang | Hobaneng ho le bohlokoa bakeng sa peptide | Peptide Synthesis Mokhoa o tloaelehileng |
|---|---|---|
| Li-cell-surface receptors li matlafalitsoe sebakeng seo ho shebiloeng ho sona khahlano le baahisani | Likopano tsa mokhethoa bakeng sa peptide e fihlellehang holimo | scRNA-seq polelo e fapaneng e tlhotliloeng ho ea holimo |
| Li-niches tse thibetsoeng sebakeng se shebileng moamoheli | Lisele tse fokolang tse sa lebelloang, boemo bo phahameng ba sebaka | Spatial transcriptomics niche/marker co-localization |
| Lipara tsa Ligand-receptor ho tsoa puisanong ea lehae | E qolla bobedi axis le moelelo wa yona | CellPhoneDB / Tlhaloso ea CellChat |
| Matšoao a phetoho-ea boemo (pseudotime, trajectory, lebelo) | Lipehelo tse kentsoeng tšebetsong, khathetse, e hlaselang, kapa boemo bo fapaneng - eseng mofuta oa lisele tse sa fetoheng | Tlhahlobo ea litsela |
Qetellong ea mokhahlelo ona o na le lenane la bakhethoa ba behiloeng pele, eseng kahlolo. Qeto e tsoa ho mekhahlelo ea netefatso e latelang.
Ho etelletsa pele sepheo sa Peptide: Moo Cell-State Specificity e Fumanehang
Sepheo se hlalosoang ka mokhoa o fapaneng ho sampole kaofela ke sebaka se fokolang sa ho qala peptide, hobane boleng ba peptide hangata bo phela khethong ea eona. Intuition eo e na le tšehetso ea bongata. Tlhahlobo e kholo ea morao-rao ea data ea sele e le 'ngoe ho pholletsa le lisele tsa motho e fumane hore mofuta oa sele le boits'oaro ba lisele tsa lefu ka bobeli ke likarolo tse ntlafalitsoeng har'a lipheo tse kenang ntlafatsong ea bongaka., le hore mofuta oa sele-mofuta ka ho khetheha ka lefu le amanang le lefu e ne e ponelopele e matla ea tsoelo-pele ea sepheo ho tloha Mokhahlelong oa I ho ea Mokhahlelong oa II. Sephetho ke ho hlaha le preprint-level, 'me e lokeloa ke mantsoe a lekantsoeng - empa e lumellana le' nete e sebetsang: receptor e ngotsweng feela sebakeng sa sele eo o e tsotellang, le sebakeng seo mmuso o phelang ho sona, ke eona e nang le monyetla oa ho fa peptide fensetere e hloekileng ea sepheo.
Ka hona, ho beha pele ho lokela ho putsa thepa e meraro ka nako e le 'ngoe:
- Bolela ka ho khetheha. Moamoheli o lokela ho ruisoa maemong a sele e amanang le lefu e amanang le linaha tsa boahelani le tse tšoanang ka tsela e tšoanang., eseng feela ka har'a lesela.
- Thibelo ea sebaka. E lokela ho tsepamisa mohopolo sebakeng se ka fihlellehang ka tsela e reriloeng, eo ka nako e ts'oanang e fokotsang palo ea lisele tse sa lebelloang tseo ligand e tla kopana le tsona.
- Botho ba Surfaceome. Hobane li-peptide li sebetsa ho liphofu tsa kantle ho sele kapa tse fumanehang, beha pele liphatsa tsa lefutso tseo lihlahisoa tsa tsona li tsejoang e le liprotheine tsa lera ho e-na le mefuta ea intracellular kapa e sirelelitsoeng.
Sefe ea bohlokoa ke ho tšoaea motho e mong le e mong lilepeng tsena tse tharo le ho ntšetsa pele lenane le lekhuts'oane le hlakolang kaofela. Seamoheli se khethehileng sa naha empa se patiloe, kapa e pepeneneng empa e fumaneha hohle, ke bethe ea pele e mpe ho sa tsotelehe hore na phetoho ea eona ea log-fold e shebahala e khahla hakae.
Sekhetho sa Naha ea Sele: Tlhahlobo ea 'Nete ea Boemo ba Protheine
Mona ke moo mananeo a mangata a fanang ka likeletso ka khutso. Transcriptomic cell-state specificity ke khopolo-taba mabapi le 'nete ea protheine; ha se bopaki ba yona. Lefutso le ka ba teng ka matla sebakeng sa sele 'me le ntse le sa be teng joalo ka ha le bonts'oa, protheine e holim'a metsi eo peptide e hlokang ho e tlama. Ka hona, ho khetha peptide e ikhethileng ea lisele ho hloka bopaki ba hore boemo ba sengoloa bo tsoela pele ho fetolela le ho rekisoa - re sa nke hore ho joalo..
Lingoliloeng tse mabapi le boenjineri ba ligand tse khethang lisele li bontša hore na ke hobane'ng ha sena se le bohlokoa. Khetho ea batho ba lisele e hlalosoa hantle ka mokhoa o sebetsang - joalo ka karo-karolelano ea ligand e tlamelletsoeng ho batho ba lisele tse shebiloeng ho feta ligand e tlamelletsoeng ho batho bao e seng bao e lebiloeng - mme ho e fihlela ho ipapisitse le nehelano ea 'nete ea bokaholimo., eseng palo ea sengoloa sa eona. Mme hobane li-peptide ka kakaretso li tlameha ho fihla ho epitope e kantle ho sele, phihlello ea sepheo e ka ba ea bohlokoa joalo ka boemo ba polelo; protheine e hlahisoang haholo e patiloeng ka har'a e rarahaneng kapa e qabeletsoeng ka har'a selikalikoe ha e fihlellehe.
Sekhahla sa netefatso ea boemo ba protheine, ka tshebetso, e khuts'oane ebile e na le orthogonal:
- cytometry e phallang e tiile, disele tse se nang permeabilized ke tlhahlobo ea pele ea hore moamoheli o lutse bokaholimong bo kantle mme e lekanya ho fapana ha sele ho isa ho sele.. Liphetolelo tse phahameng li thehiloe hantle bakeng sa ho hlahisa boemo ba selefouno.
- Immunofluorescence kapa immunohistochemistry e tiisa sebaka sa lera le ho khetholla pontšo ea 'nete ea holim'a metsi ho tloha letamong la intracellular.
- Proteomics ea holim'a lefatše kapa spectrometry ea boima e lebisitsoeng e fana ka bopaki bo se nang leeme ba boemo ba protheine mme e ka hlahisa li-isoform kapa bonkgetheng ba se nang li-antibodies tse ntle.
- Mekhoa ea proteo-genomic joalo ka lipalo tsa mokhoa oa CITE-seq li kopanya RNA ea sele ka 'ngoe le protheine ea eona e kaholimo, le sele e le 'ngoe limmapa tsa proteo-genomic e teng ka nepo ho netefatsa hore boemo ba lisele bo hlalosoang ke RNA bo na le protheine e boletsoeng esale pele ea bokaholimo.
Molaetsa o le mong oa nako: tlhahlobo ea cellular thermal shift (KOALA) e atisa ho boleloa hammoho le lisebelisoa tsena, empa e lemoha botsitso ba protheine e susumetsoang ke ligand - ke boithuto ba boitlamo bo nkang hore binder e se e ntse e le teng.. E sebelise ka mor'a hore u be le mokhethoa, eseng joalo ka heke e pepesang bokaholimo.
Key Takeaway: Tšoara polelo e fapaneng e le tšusumetso ea ho shebahala, ebe u paka hore protheine e holim'a sebaka se reriloeng sa sele pele u theha peptide e le 'ngoe ho e potoloha. Sebopeho sa sele se pholohang tlhahlobo ea boemo ba protheine ke seo skrini se ka se bonang.
Ho khetha Ligand Axis: Ho netefatsa Moamoheli-Ligand Pair
Hang ka holimo-a fumaneha, receptor e khethehileng ea mmuso e pholoha ho netefatsoa, Potso ea moralo e fetoha hore na o lokela ho etsa eng - mme mona moleko ke ho tšepa tlhahiso ea sesebelisoa sa inference joalo ka ha eka ke ketsahalo e tlamang.. Ha se.
Lisebelisoa tse kang CellPhoneDB le CellChat curate ligand-receptor interaction databases le infer hore li-axes tsa puisano li ntlafatsoa ka lipalo lipakeng tsa lihlopha tsa lisele ka sele e le 'ngoe kapa data ea sebaka.. Li ntle haholo bakeng sa ho beha pele hore na ke lipara life tsa moamoheli tse lokelang ho lekoa, le CellChat ka ho khetheha mefuta ea li-multisubunit complexes, agonists, bahanyetsi, le li-co-receptors. Empa axis inferred ke mokhethoa, eseng tšebelisano e tiisitsoeng. Ho penya peptide khahlano le receptor le ho bona tlamaha ka bohona ha ho pake hore peptide ke ligand e sebetsang e shebileng lisele., 'me para e boletsoeng esale pele ka komporo e hloka netefatso ea orthogonal pele e fumana tekanyetso ea tšebeliso.
Sephutheloana sa tiiso bakeng sa ligand axis ke:
- Bopaki ba tlholisano kapa phalliso, kapa puiso enngwe e tlamang ya orthogonal, hore peptide le seo ho nahanoang hore ke receptor li sebelisana e le kannete.
- Phanele ea counter-screen e hahiloeng esale pele, e kopanyang li-subtypes tse amanang haufi-ufi le lisele tse sa lebelloang. Kamano ha se khetho; subtype selectivity e thehoa feela ka ho leka mokhethoa khahlanong le lelapa le pharaletseng la li-receptor, joalo ka ha mosebetsi oa moralo mabapi le ho eketseha ha li-receptor-subtype selectivity o hlakisitse.
- Moralo o tsebang mmuso bakeng sa li-receptor tse matla tsa conformationally. Lipheo tse ngata tsa peptide joalo ka li-GPCR li teng ka har'a likhokahano tse sebetsang le tse sa sebetseng, 'me khetho ea ligand e ka itšetleha ka hore na ho na le baahi ba naha efe. Ho rala khahlano le boemo bo lakatsehang ho fapana le sebopeho se sa fetoheng e ka ba phapang lipakeng tsa agonist e tsamaisang biology eo u e batlang le e sa e tsebeng..
Teko ea liqeto tse kopanetsoeng ke: ke moamoheli ea ruisitsoeng boemong boo ho shebiloeng, na e fumaneha holimo liseleng tsa tlhaho, mme na ho na le bopaki bo tobileng ba peptide e e tlamang ka matla ho feta li-homolog tse haufi le li-tissue tse sa lebelloang? "Che" ho e 'ngoe ea tsena ke lebaka la ho hlophisa bocha axis pele u itlama ho lintho tse bonahalang.
The Pre-Synthesis Bopaki Package: A Go/No-Go Gate
Mothating ona, lenaneo le se le netefalitsoe, receptor e fumanehang le axis e tiisitsoeng ea ligand. Taeo eo lihlopha tse ngata li e hlokang haholo ke se le seng, keke e hlakileng e tlamehang ho hlaka pele chelete e theko e boima le tšebeliso ea tlhahlobo e lumelloa.
Sephutheloana sa bopaki ba pre-synthesis se kopanya licheke tse ka holimo hore e be lenane le ka hlahlojoang. E khutšoanyane ka boomo, hobane heke ya bopaki e boima haholo e a tlolwa, 'me e bobebe haholo e lumella bakhethi ba fokolang ho feta:
| Bopaki | E theoa joang | Mokhoa oa ho hloleha haeba o le sieo |
|---|---|---|
| Maikemisetso a amanang le baeloji boemong ba lefu/sele | Sebaka + seleng e le 'ngoe pele, moelelo oa tsela, data e sebetsang | E tlamahaneng e phahameng ho protheine e sa sebetseng |
| Protheine ea moamoheli e teng holim'a metsi | Cytometry ea phallo, IF/IHC, protheomics e ka holimo, proteo-genomic pairing | Peptide e etselitsoe khahlano le sengoloa sa phantom |
| Tšebelisano ea li-receptor-ligand Li-Peptide tsa Synthetic tiisitsoe | Tlholisano/ phalliso, tlamahano ya orthogonal, ho kokota/ ho thibela | Axis e iqapetsoeng eo ho seng mohla e tlamang ka 'mele |
| Kamano ea pele Tlhahiso ea Peptide | Tlamahano e tobileng kapa tlholisano → Kd/Ki | Ha e khone ho khetholla setlamo sa 'nete ho lerata |
| Khetho ea lisele khahlano le sepheo se seng / li-receptor tse nyane | Counter-screen ho pholletsa le lelapa + lisele tse qhekellang | Peptide "e khethehileng" e sa khethoeng |
| Tsoelopele ho hlahloba kapele | Solubility, kopanelo, botsitso ba serum/plasma, protheolysis, ho etsa lintho | Ho otla ka matla ho ke keng ha ts'oaroa kapa ho hlahisoa hape |
Mokhethoa ea hlakolang mola o mong le o mong o lokela ho kopanngoa le ho hlahlojoa. E hlolehileng esita le mola o le mong o lokela ho hlophisoa bocha, hlahiloe bocha, kapa o theohile ho ena le hore o qobelloe. Ho hloleha ho theko e boima ha ho sibolloa ha peptide ha se hangata tatellano eo ho neng ho hlakile hore e ne e le mpe - ke tatellano e neng e shebahala e le ntle ho axis e le 'ngoe' me ha ho mohla e kileng ea lekoa ho tse ling ho fihlela ka mor'a tšebeliso ea tšebeliso..
Ho Tloha ho Mokhethoa ho ea ho Boitsebiso: Ho itokisa bakeng sa Synthesis le Screening
Kahlolo ea ho qetela e mabapi le thepa ka boeona, 'me ho bohlokoa ho arola boikemelo ba lik'hemik'hale ho tloha ho boitokisetso ba likokoana-hloko e le hore bobeli ba bona ba se ke ba kopana.
Ho itokisetsa lik'hemik'hale ke taba ea litekanyetso tsa boleng tse hlalositsoeng, mme maemo a fapana ho ya ka mokgahlelo. Bakeng sa tlhahlobo ea ho sibolla, sebaka se tloaelehileng sa kamohelo ea lipatlisiso ke bohloeki ba chromatographic bonyane 95% ka HPLC ea morao-rao kapa UHPLC, hoo e ka bang 98–99% e boloketsoe lisebelisoa tsa boemo ba bongaka; boitsebiso ba peptide le bohloeki hangata li thehiloe ke orthogonal reversed-phase HPLC-UV le mass spectrometry ho fapana le tlhahlobo e le 'ngoe.. Hobane litekanyetso tsa bohloeki le litebello tsa ho se hloeke li fapane haholo pakeng tsa skrine ea lipatlisiso le lenaneo le laoloang, tlhahlobo ea peptide ea tlhahlobo le moralo oa QC li lokela ho beoa pele, eseng kamora, pelehi ea pele.
Boitokisetso ba baeloji ke moo mosebetsi oa 'mapa oa lisele o lefang teng. Peptide e fihlang tlhahlobong e lokela ho ba le netefatso eo e e fumaneng holimo: seamohedi se kgethehileng sa mmuso se fihlellehang, tšebelisano e tiisitsoeng, le palo ea pele ea Kd le khetho ea khetho. Ntle le tseo, lets'oao le nepahetseng la skrini ha le na moelelo 'me le lebe ha le na tsebo. Ke ka lebaka leo tloaelo ea boleng bo phahameng ka ho fetesisa tšebetsong ena ea mosebetsi e leng ho ts'oarana ka morao ho sephutheloana sa bopaki eseng pele ho eona..
Hona hape ke ntlha eo mokhethoa ea neng a behiloe pele ho limmapa a kopanang le 'nete ea benche ea peptide synthesis lits'ebeletso tse felletseng tsa peptide - moralo oa tatellano, leano la ho fetola, moralo oa analoge o tsebang ho solubility, le litokomane tsa boemo ba batch tsa HPLC/MS kaofela li fetoha litlatsetso tsa liqeto tse etsang qeto ea hore na thepa eo tlhahlobo ea hau e e bonang ke molek'hule eo biology ea hau e e rerileng..
Bakeng sa Keletso: Odara phanele e nyane ea li-analog tse haufi - eseng tatellano e le 'ngoe - kahoo motsoako oa hau oa pele o u fa lets'oao la SAR., lekhoakhoa la ho qhibiliha, le kgetho ya ho bala kgatong e le nngwe sebakeng sa tse mmalwa.
Ho aha Pono ea Peptide ho tsoa ho data ea Spatial le ea Cell e le 'ngoe ho potoloha Bopaki, Eseng Cheseho
Se arolang lenaneo la ho sibolla peptide le fetolang baeloji ea maemo a holimo hore e be batho ba tsamaeang ho tsoa ho e bokellang limmapa tse khahlisang ke ho hana ho kopanya lets'oao le tharollo.. Limmapa lia khetha; netefatso khetha; 'me heke ea bopaki bo hlakileng e etsa qeto ea hore na mokhethoa o na le thepa e theko e boima neng.
Taelo ea ts'ebetso e bohlokoa ho feta sesebelisoa se le seng. Beha pele sebaka se fumanehang holimo, receptor e khethehileng ea naha. Paka hore e holim'a mofuta oa sele e reretsoeng. Netefatsa ligand axis eo u rerang ho e etsa. Bokella sephutheloana se khuts'oane se ka hlahlojoang - bohlokoa, boteng ba bokahodimo, tšebelisano e tiisitsoeng, Kd, kgetho, le tsoelo-pele - 'me feela ka nako eo ho qeta ka synthesis le screening.
Ha sehlopha sa bakhethoa ba hau se hlakola heke eo, monahano o latelang ke hore na motsoako oa hau le molekane oa QC o ka fana ka sebopeho sa orthogonally, lisebelisoa tse ngotsoeng ka bongata lenaneo la ho hlahloba - mofuta oa taeo o bolokang teko e lekanya molek'hule ea hau eseng lerata.. Ke moo molekane ea joalo ka MOL Changes e fanang ka pheletso ho isa pheletsong tloaelo ea peptide synthesis le Sehlopha 100 tlhahiso e nyopa, tlhahlobo ea peptide le QC, le lethathamo le pharalletseng la litokiso li ka thusa - kahoo peptide eo skrini sa hau e e bonang ke eona 'mapa oa hau o ts'episitseng. Ho hokahanya qeto ea baeloji le ts'ebetso ea k'hemistri ho tloha ka letsatsi la pele ke hona ho fetolang 'mapa oa sele hore e be lenaneo la mokhethoa le hlileng le tsamaeang..
