N-terminal modifikasyon reaktiflerinin derin özgüllük profilinin çıkarılması için proteomdan türetilmiş peptit kütüphaneleri

Protein ve peptid N terminalleri, kemoproteomik reaktifler ve biyokonjugasyon araçlarıyla seçici modifikasyon için önemli hedeflerdir. N-terminal a-amin, her polipeptit zincirinde yalnızca bir kez oluşur, onu protein biyokonjugasyonu için çekici bir hedef haline getiriyor. Hücrelerde, yeni N terminalleri, proteolitik bölünme yoluyla üretilebilir ve tandem kütle spektrometresi ile proteaz substratlarının proteom çapında tanımlanmasını sağlayan N-terminal modifikasyon reaktifleri tarafından yakalanabilir (LC-MS/MS). Modifikasyon reaktiflerinin N-terminal sekans spesifikliğinin anlaşılması bu uygulamaların her biri için kritik öneme sahiptir.. LC-MS/MS ile kombinasyon halinde proteomdan türetilmiş peptit kütüphaneleri, N-terminal modifikasyon reaktiflerinin sekans spesifikliğinin profilini çıkarmak için güçlü araçlardır. Bu kütüphaneler oldukça çeşitlidir, ve LC-MS/MS, tek bir deneyde onbinlerce dizinin modifikasyon verimliliğinin analizini mümkün kılar. Proteomdan türetilmiş peptit kütüphaneleri, enzimatik ve kimyasal peptit etiketleme reaktiflerinin sekans spesifikliklerinin profilini çıkarmak için güçlü bir araçtır. Subtiligaz ve 2-piridinkarboksaldehit (2PCA) seçici N-terminal peptid modifikasyonu için geliştirilen ve proteomdan türetilmiş peptid kütüphaneleri kullanılarak incelenebilen iki reaktiftir.. Bu protokol, N-terminal olarak çeşitli proteom türevli peptit kütüphaneleri oluşturmaya ve bu kütüphaneleri N-terminal modifikasyon reaktiflerinin özgüllüğünün profilini çıkarmak için uygulamaya yönelik adımları özetlemektedir.. 2-piridinkarboksaldehitin özgüllüğünün profilini çıkarmaya yönelik adımları detaylandırıyoruz, kimyasal modifikasyon reaktifi, ve subtiligaz, enzimatik modifikasyon reaktifi. Bu protokoller alternatif proteom kaynaklarına ve diğer N-terminal peptid etiketleme reaktiflerine kolayca uyarlanabilir.