Protein Tirozin Fosfataz YopH'nin N-Terminal Alanını Hedefleyen Siklik Peptitlerin Tasarımı ve NMR Çalışmaları

Yersinia'dan protein tirozin fosfataz YopH'nin N-terminal alanını hedef alan yeni siklik peptidlerin tasarımını ve değerlendirilmesini rapor ediyoruz.. Siklik peptitler, SKAP-HOM proteininden alınan kısa bir diziye dayanarak tasarlanmıştır. [İLE İLGİLİ(pY)DDPF (pY = fosfotirozin)], ve hepsi DEZXDPfK motifini içeriyor (burada Z bir fosfotirozin veya hidrolize edilemeyen bir fosfotirozin mimetiğidir, X, bir aspartik asit veya bir lösindir ve f, bir d-fenilalanindir). Bu peptitler 'baştan sona' bir mimari sunar, birinci aspartik asidin yan zincirleri ile lizin kalıntıları arasında bir amid bağının oluşması yoluyla siklizasyonun sağlanması. Bu peptitlerin YopH'nin N-terminal alanına bağlanmasını izlemek için kimyasal değişim pertürbasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir.. Bir fosfotirozin kısmı içeren peptitler, düşük mikromolar aralıkta bağlanma afiniteleri sergiler; fosfotirozinin hidrolize edilemeyen türevlerinden biriyle ikame edilmesi bağlanma afinitelerini önemli ölçüde azaltır. Bu ön çalışmalar, Yersiniae enfeksiyonlarını inhibe etme yetenekleri açısından daha fazla araştırılabilecek YopH N-terminal alanının daha güçlü ve seçici peptit bazlı ligandlarının keşfedilmesine yol açabilir..