مكتبات الببتيد المشتقة من البروتينات لتحديد ملامح الخصوصية العميقة لكواشف تعديل الطرف N

يعد البروتين والببتيد N Termini أهدافًا مهمة للتعديل الانتقائي باستخدام كواشف البروتينات الكيميائية وأدوات الاقتران الحيوي. يحدث α-amine الطرفي N مرة واحدة فقط في كل سلسلة بولي ببتيد, مما يجعلها هدفًا جذابًا للاقتران الحيوي للبروتين. في الخلايا, يمكن إنشاء محطة N جديدة عن طريق الانقسام البروتيني والتقاطها بواسطة كواشف التعديل الطرفية N التي تتيح التعرف على نطاق البروتين على ركائز الأنزيم البروتيني باستخدام قياس الطيف الكتلي الترادفي (إل سي-MS/MS). يعد فهم خصوصية تسلسل N-terminal لكواشف التعديل أمرًا بالغ الأهمية لكل من هذه التطبيقات. تعد مكتبات الببتيد المشتقة من البروتينات مع LC-MS/MS أدوات قوية لتحديد خصوصية تسلسل كواشف تعديل الطرف N. هذه المكتبات متنوعة للغاية, ويتيح LC-MS/MS تحليل كفاءات التعديل لعشرات الآلاف من التسلسلات في تجربة واحدة. تعد مكتبات الببتيد المشتقة من البروتينات أداة قوية لتحديد خصائص التسلسل للكواشف الأنزيمية والكيميائية الخاصة بوضع العلامات على الببتيد. سابتيليجاز و2-بيريدين كاربوكسالديهيد (2PCA) هما كاشفان تم تطويرهما لتعديل الببتيد الطرفي N الانتقائي ويمكن دراستهما باستخدام مكتبات الببتيد المشتقة من البروتين.. يوضح هذا البروتوكول الخطوات اللازمة لإنشاء مكتبات الببتيد المشتقة من البروتينات المتنوعة من N ولتطبيق هذه المكتبات لتحديد خصوصية كواشف تعديل N-terminal. نحن بالتفصيل الخطوات اللازمة لتحديد خصوصية 2-بيريدين كاربوكسالديهيد, كاشف التعديل الكيميائي, و subtiligase, كاشف التعديل الأنزيمي. يمكن بسهولة تكييف هذه البروتوكولات مع مصادر البروتين البديلة وغيرها من كواشف وضع العلامات على الببتيد N-terminal.