Тиҙ яуап
O пирролизинды күрһәтә, ҡыҫҡартылған Пыл, был генетик кодланған ҡалдыҡты таныған киңәйтелгән аминокислоталар эҙмә-эҙлеге билдәләүендә. It is distinct from the s…
O аминокислоталар билдәләүендә — пирролизин, Контекст һәм структур үҙгәрештәр
Трипептид-1 күмәртәләп һатыу Пептид һәм аҡһым O пирролизинды күрһәтә, ҡыҫҡартылған Пыл, был генетик кодланған ҡалдыҡты таныған киңәйтелгән аминокислоталар эҙмә-эҙлеге билдәләүендә. Ул стандарт лизин коды К -нан айырыла.. Яҙмалағы О-ны аңлатыу алдынан, раҫлау, тип текст пептид эҙмә-эҙлеклелеге ҡулланып, был конвенция: химик формулала, O кислородты белдерә, һәм аңлашылмаған урындағы символ автоматик аминокислоталар биреүҙе түгел, ә асыҡлыҡ индереүҙе талап итә.
Өс үҙгәртеүсе интерпретацияны ойошторорға ярҙам итә: билдәләү системаһы, ҡалдыҡҡа бирелгән үҙенсәлек, һәм ҡалдыҡ’сылбырҙағы позицияһы .. Һәр үҙгәртеү төрлө һығымтаға йоғонто яһай ала. Түбәндәге миҫалдар гипотезаларҙы уҡыта һәм үлсәүле эшмәкәрлекте раҫламай., тотороҡлолоҡ, йәки синтездың ғәмәлгә яраҡлылығы.
Символдың сығанағынан башлағыҙ .
был RESID базаһы FAQ Ҡайһы бер мәғлүмәт базаларында һәм программаларҙа O/Pyl пирролизин тип билдәләй һәм төрлө күрһәтеүҙәрҙе билдәләй. Вариацияһы сәбәп булып тора, яҙма тикшерергә’конвенциялар ., Пилды химик яҡтан лизин менән алмаштырырға рөхсәт бирелмәй. Маҡсатты күсергәндә тәүге эҙмә-эҙлеклелекте һәм уның аннотацияларын һаҡлау.
Хао һәм коллегалары’ 2002 метилтрансфераза структураһы ҡағыҙы метаногенда махсус UAG-кодланған ҡалдыҡ тураһында хәбәр итә һәм L-пирролизин тәҡдим итә. Ҡаршылыҡ, был NCBI стандарт генетик-код таблицаһы тейешле ДНК формаһындағы кодон TAG-ты туҡтатыу тип билдәләй; NCBI аңлата, уның ҡулланыу Т шул таблицалар өсөн РНК U .. Биологик контекст мөһим, тимәк, үҙ теләге менән UAG осрауҙары барыһы ла Pyl үҙгәртелергә тейеш түгел.
Аминокислоталар эҙмә-эҙлеклелеген билдәләү һәм нуклеотидтарҙы тәржемә итеү, шуға күрә төрлө бурыстар .. Аннотацияланған аҡһым яҙмаһында O-ны уҡыу өсөн O-ны нуклеотид тип ҡыланыу талап ителмәй.. Нуклеин кислотаһы эҙмә-эҙлеген тәржемә итеү өсөн тейешле генетик-код һәм биологик контекст талап ителә, ғәҙәти булмаған аминокислота менән һәр күренгән туҡталышты алмаштырыуҙан бигерәк.
Үҙгәреүсе беренсе: символды һаҡлап, билдәләү контексын үҙгәртергә
Бер үк баҫма тамға төрлө телдәрҙә ҡатнаша ала .. Асыҡ O/Pyl конвенцияһы булған эҙмә-эҙлеклелек яланында, ҡалдыҡты белдерә. Молекуляр формулала, ул кислород атомдарын һанай. Иҫке яҙма һүрәтендә, уны хатта нуль һанынан айырырға кәрәк булыуы ихтимал. Контекст персонаждың формаһын үҙгәртмәйенсә интерпретацияны үҙгәртә ..
| Контекст | Нисек интерпретацияларға О . | Артабан нимә тикшерергә кәрәк |
|---|---|---|
| Аннотацияланған пептид йәки аҡһым эҙмә-эҙлеге киңәйтелгән кодты ярҙам итә | Пирролизин ҡалдығы, Пыл | Сығанаҡ билдәләмәһе, позиция, һәм тейешле аннотациялар |
| Химик формула | Кислород элементы символы | Формула синтаксисы һәм атомдар һаны |
| Аңлашылмаған урындағы лаборатория аббревиатураһы | Мәғәнәһе раҫланмаған булып ҡала . | Билдәләү асҡысы йәки асыҡлыҡ индереү яҙма’авторы |
| Ике мәғәнәле типографиялы һүрәт йәки текст | Ҡабаттан ҡарауҙы талап иткән транскрипция мәсьәләһе булыуы мөмкин | Төп яҙма һәм О һәм нуль хәрефтәре араһындағы айырма |
| Нуклеотид эҙмә-эҙлеклелеге йәки тәржемә сығышы | Ялан һәм тәржемә конвенцияһын ҡабаттан ҡарауҙы талап итә | Тип последовательности, код таблицаһы, һәм биологик аннотациялар |
Көтөлгән эффект асыҡлау контексы яҡшыраҡ интерпретациялау, нигеҙендә ятҡан молекуланың үҙгәреүе түгел. Транскрипцияны төҙәтеү тәҡдим ителгән маҡсатты үҙгәртә ала, әммә, әгәр ҙә элекке интерпретация дөрөҫ булмаһа. Тексты өнһөҙ генә нормалаштырыу урынына төп яҙманы ла, документлаштырылған төҙәтеүҙе лә һаҡлап ҡалыу ..
Программа К ҡабул иткәне өсөн генә ярҙам итмәгән О-ны К-ға алмаштырмағыҙ.. Техник яҡтан уңайлы алмаштырыу химик объектты үҙгәртә ала .. Аралашсы пептидтары Әгәр ҡорал тәғәйенләнгән ҡалдыҡты күрһәтә алмаһа, тейешле аннотация йәки мәғәнәһен раҫларға мөмкин булған башҡа күрһәтеү ҡулланыу.
Икенсе үҙгәртеүсе: бер позицияла пирролизинды лизин менән алмаштырырға
Гипотетик уҡытыу .: дүрт ҡалдыҡлы маҡсат GOAS тип яҙыла, O менән асыҡтан-асыҡ билдәләнгән Pyl позицияһында 2. Шул ҡалдыҡты К менән алмаштырыу ГКАС бирә.. Ҡалдыҡтар һаны дүрт булып ҡала ., әммә ҡалдыҡтың үҙенсәлеге һәм химик составы үҙгәрә. Шуға күрә ике эҙмә-эҙлеклелек айырым маҡсатлы билдәләмәләргә һәм тейешле иҫәпләнгән массаларға эйә булырға тейеш ..
Үҙгәреш заряд тураһында универсаль фаразды аҡламай, эреүсәнлеге, йәки биологик эшмәкәрлек. Пирролизин’лизинға мөнәсәбәт уларҙы ян сылбырҙары алмаштырғыс итмәй .. Трипептид 1 Етештереүсе Физик үҙенсәлекте аңлатыу өсөн, теүәл структураларҙы ҡарау, ҡалған эҙмә-эҙлеклелек, термины, модификациялар, һәм үлсәү шарттары.
Файҙалы сағыштырыу күрһәтер ине, нимә проекты өйрәнергә ынтыла алмаштырыу һәм башҡа тейешле үҙенсәлектәрен эҙмә-эҙлекле тотоу .. Ул шулай уҡ ниндәй ҙә булһа үҙенсәлектәрен билдәләргә тейеш, улар үлсәү булмаған .. Иҫәпләнгән состав үҙгәреше эксперименталь күрһәтелгән функциональ үҙгәрештән айырыла.
Заказ өсөн, техник команданан заказ формаһында ҡабул ителгән хат ҡына түгел, ә тулы химик үҙенсәлекте раҫлауҙы һорағыҙ. Әгәр тәьмин итеүсе алмаштырыусы йәки һаҡланған сығарылыш тәҡдим итә, тәғәйенләнгән һуңғы маҡсатҡа тап килгәнме-юҡмы икәнлеген билдәләү. Аминокислота төҙөлөш блогы сығанағы автоматик рәүештә дәлил түгел, тип һоралған әҙер пептид етештерелгән һәм характеристика бирелгән .. Күк пептиды
Өсөнсө үҙгәртеүсе: Ҡалдыҡ составын һаҡлап ҡалыу менән бергә O-ны күсерергә
Хәҙер GOAS менән сағыштырырға GAOS шул уҡ күрһәтелгән терминал һәм үҙгәртеү фараздары аҫтында .. Икеһендә лә Гли бар., Пыл, Ала, һәм Сер бер тапҡыр, әммә Пыл позицияһында 2 беренсе эҙмә-эҙлеклелектә һәм позицияла 3 икенсеһендә .. Ҡалдыҡ составы үҙгәрмәй, ә тәртип үҙгәрә.
Бер үк химик фараздар аҫтында, составына нигеҙләнгән нейтраль массалар, шуға күрә бер үк. Һуңғы интакт масса үҙенән-үҙе был позицион эҙмә-эҙлеклелекте айыра алмай. Кәрәкле дәлилдәр мөрәжәғәт итергә тейеш тәртип йәки сайт айырмаһы, был проект өсөн мөһим .. Дөрөҫ иҫәпләнгән масса файҙалы ., әммә ул эҙмә-эҙлеклелектең үҙенсәлеген тулыһынса иҫбатлаусы түгел.
Ҡалдыҡты күсереү урындағы үҙ-ара тәьҫир итешеүҙе үҙгәртә ала, әммә был уҡытыу миҫалынан бер ниндәй ҙә универсаль йүнәлеш йәки функциональ үҙгәреш күләме килеп сыҡмай. Бер вариантты тотороҡлораҡ тип билдәләмәгеҙ, күберәк иретелгән, йәки тейешле дәлилдәрһеҙ әүҙемерәк. Бында сифатлы күҙаллау ярҙам итә, тип структуралар айырыла, ҡарамаҫтан, бүлешеп составы ..
Һанлауҙы тулы эҙмә-эҙлеклелеккә һәм уның күрһәтелгән йүнәлешенә нығытып тотоғоҙ. Әгәр яҙма прекурсорҙы үҙ эсенә ала икән, ярлыҡ, йәки эшкәртелгән форма, ниндәй номерлау системаһы ҡулланылғанын асыҡлау. Был һылтанмаһыҙ позиция ярлығы икенсе документтағы башҡа ҡалдыҡҡа күрһәтә ала.
Дүрт гипотезалы маҡсат менән позициянан ҡалдыҡтың айырым үҙенсәлеге
Ике структур үҙгәрештәрҙе бәләкәй сағыштырыу матрицаһы булараҡ ойошторорға мөмкин .. Ирекле N һәм C терминдары булған дүрт гипотезалы һыҙыҡлы пептидты билдәләгеҙ, өҫтәмә үҙгәрештәр юҡ, һәм L конфигурацияһы һәр хираль ҡалдыҡта. Глицин ахираль булып тора. O асыҡтан-асыҡ бында пирролизинды билдәләй. Был уҡытыу маҡсаттары төҙөлгән ., синтездар тураһында хәбәр ителмәгән, үлсәүҙәр йәки биологик һөҙөмтәләр. Трипептид 1 Тәьмин итеүсе
| Ҡалдыҡ үҙенсәлеге | позицияһында махсус ҡалдыҡ. 2 | позицияһында махсус ҡалдыҡ. 3 |
|---|---|---|
| Пирролизин | Н-КӘЗӘ-ОХ | Н-ГАОС-ОН |
| Лизин | Н-ГКАС-ОН | Н-ГАКС-ОН |
Икеһен дә интерпретациялау алдынан бер күсәр буйлап сағыштырығыҙ
GOAS ҡаршы GKAS икенсе позицияла үҙенсәлекте үҙгәртә, шул уҡ ваҡытта башҡа позицияларҙы нығытылған ҡалдыра. GAOS ҡаршы GAKS өсөнсө позицияла тейешле үҙенсәлекле үҙгәрештәр индерә. Ике сағыштырыу ҙа Пилды Лис менән алмаштыра., тимәк, ҡалдыҡтар алмаштырыла тигән дәғүә лә түгел. Улар айырым молекуляр контрасттарҙы билдәләй, уларҙы үҙ характеристикаһы һәм тейешле үлсәүҙәр кәрәк булыр ине..
GOAS ҡаршы GAOS урынына ҡалдыҡтар инвентаризацияһын һаҡлау менән бергә Pyl һәм Ala позицияларын алмаштыра .. ГКАС ҡаршы ГАКС аналог алмашыу яһай Lys һәм Ala .. Һәр күсерелгән пар бер үк элементар составҡа эйә, тип әйтелгән фараздар буйынса, тәртибе айырылһа ла. Композицияға нигеҙләнгән интакт масса ниндәй ағзаһы йәки күсеү пары барлығын хәл итә алмай.
Диагональ сағыштырыу, GOAS ҡаршы GAKS кеүек, үҙенсәлеген һәм позицияһын бергә үҙгәртә. Был айырым проект өсөн файҙалы сағыштырыу булыуы мөмкин ., әммә айырманы тик Пилды алмаштырыуға йәки күсерергә генә йөкмәтергә ярамай. Матрица был бутауҙы үҙенсәлек үлсәүен интерпретациялау алдынан күренеп тора.
Позиция номеры ҡалдыҡты билдәләй, тулы урындағы мөхит түгел
Махсус ҡалдыҡты икенсе позициянан өсөнсө позицияға күсереү уның эҙмә-эҙлекле күршеләрен үҙгәртә .: ул беренсе аранжировкала Глы менән Ала араһында, икенсеһендә Ала менән Сер араһында ята. Тәғәйенләнгән терминдар шул уҡ ҡала, әммә уларҙы эҙмә-эҙлеклелек арауыҡтары шул ҡалдыҡҡа ла айырыла. Был структур күҙәтеүҙәр ., йөкләмәнең айырым үҙгәрешен күҙаллау түгел, конформация, эреүсәнлеге йәки эшмәкәрлеге.
Әгәр һуңыраҡ үткәрелгән тәжрибә айырманы тапһа, үлсәү шарттарында билдәләнгән пар өсөн һөҙөмтә тип һүрәтләү. Уны дөйөмләштереү түгел, һәр пептид составында Pyl .. Һөҙөмтә тирә-яҡтағы эҙмә-эҙлеклелеккә һәм үлсәү мөлкәтенә бәйле булыуы мөмкин. Дүрт маҡсатлы дизайн был бәйлелектәрҙе фекер алышыу өсөн уйлап табылған йүнәлеш йәки күләм менән тәьмин итмәйенсә эшләй.
Шартлы һорау ҡуйыу өсөн дүрт үлсәүҙе ҡулланығыҙ .
Уйларға, гипотеза буйынса, тип, тейешле ос нөктәһе үлсәү өсөн бөтә дүрт характеристика маҡсатлы сағыштырмаса шарттарҙа. Pyl пары өсөн күсеү айырмаһын Lys пары өсөн күсеү айырмаһы менән сағыштырығыҙ .. Әгәр был айырмалар үлсәү билдәһеҙлеген иҫәпкә алып айырыла икән, был системалағы ике ҡалдыҡтың үҙенсәлеге өсөн позиция эффекты бер үк түгел.
Был анализ планы ., үҙ-ара тәьҫир итешеү барлығын раҫлау түгел. Бында ос нөктәһе ҡиммәттәре бирелмәй. Килешеү шулай уҡ һаҡ интерпретация кәрәк булыр ине: Һиҙгер булмаған ысул йәки аныҡ булмаған һөҙөмтәләр айырманы йәшерә ала. Һайлау үҙенсәлеге һәм аҡланған сағыштырыу ҡиммәттәрен йыйыу алдынан түгел, ә теләһә ниндәй дүрт һанды тулы молекуляр аңлатма булараҡ ҡарау ..
Мөлкәтте интерпретациялау алдынан структур дәлилдәр һайлау
GOAS менән тап килгән интакт масса ҡайһы бер составын үҙгәртеүсе альтернативаларҙы айырырға ярҙам итә ала, шул иҫәптән тейешле Lys алмаштырыу, әммә ул яңғыҙы ғына GOAS-ҡаршы-GAOS тәртибен булдыра алмай. Шәхес дәлилдәре һәр пар өсөн актуаль айырманы хәл итергә тейеш. Мөлкәт айырмаһы ҡыйын интерпретациялау, әгәр бер әҙерлек’эҙмә-эҙлеклелек йәки ҡалдыҡтар индерелгән хәл ителмәгән ҡала ..
Шулай уҡ сағыштырыу һаҡлау’ күләме нигеҙендә һәм һуңғы химик формалары етерлек эҙмә-эҙлекле аҙаҡҡы нөктәһе өсөн .. Әгәр бер препарат тулайым порошок массаһы буйынса баһаланһа, икенсеһе билдәләнгән маҡсатлы күләмдә, Күренеп торған айырма сумма-тапшырыу айырмаһын үҙ эсенә алырға мөмкин. Әгәр терминдар йәки өҫтәмә төркөмдәр айырыла, документлаштырыу, был үҙгәрештәр түгел, ә барыһын да ике матрица күсәренә йөкмәтергә.
Файҙалы һығымта булып сикләнгән контраст тора .: ниндәй молекуляр үҙенсәлек үҙгәрҙе, ниндәй үҙенсәлек нығытылған ҡалды, ниндәй дәлилдәр сағыштырған маҡсаттарҙы билдәләй, һәм һайланған аҙаҡҡы нөктә нимә күрһәтә ала. Был O мәғәнәһен аныҡ химик һорауға әйләндерә, шул уҡ ваҡытта үлсәүһеҙ тәртипте асыҡтан-асыҡ билдәһеҙ ҡалдыра ..
Күмәк иҫәп-хисап һәм дәлилдәр сиген асыҡ тотоу
Ирекле пирролизин һәм пирролизин ҡалдыҡтары пептидҡа индерелгән төрлө формула-иҫәп объекттары. Ирекле N менән үҙгәртелмәгән һыҙыҡлы сылбыр өсөн.- һәм С-терминалар, Ҡалдыҡтарға нигеҙләнгән иҫәпләү ҡалдыҡтар өлөшөн йыйып, сылбыр өсөн бер һыу молекулаһын өҫтәй. Үҙгәртелгән терминдар, һылтанмалар, һәм башҡа химик үҙгәрештәр үҙ бухгалтерия талап итә ..
Иҫәпләүҙә моноизотоп масса йәки уртаса моляр масса ҡулланыламы икәнлеген билдәләгеҙ, һәм тейешле берәмектәрҙе ҡулланыу. 1990 йылдарҙа был йүнәлештәге эшмәкәрлекте үҫтереүҙең төп маҡсаты булып нейтраль массаны үлсәү ионының масса-заряд нисбәтенән айырыу тора.. Был мәҡәләлә гипотезалы маҡсаттарға һанлы массалар бирелмәй, сөнки уларҙы тулы химик характеристикалар тәүҙә раҫлау кәрәк булыр ине..
| Үҙгәртеүсе үҙгәртелде | Сифатлы эффект ярҙам итә | Һығымта автоматик рәүештә ярҙам итмәй | Тикшереү кәрәк |
|---|---|---|---|
| Билдәләү контексы | Персонаждың нисек интерпретацияланыуын үҙгәртә | Физик өлгө айырым ҡалдыҡҡа эйә булыуын иҫбатламай | Сығанаҡ конвенцияһы, ялан төрө, һәм ике аңлашылмаусанлыҡты асыҡлау |
| О/Пил К/Лис менән алмаштырыла | Ҡалдыҡтар үҙенсәлеген һәм составын үҙгәртә, шул уҡ ваҡытта сылбыр оҙонлоғон һаҡлай | Универсаль заряд йәки эшмәкәрлек үҙгәрешен булдырмай | Тулы структура һәм үлсәүҙәр тәғәйенләнгән сағыштырыу өсөн актуаль |
| O бер үк состав эсендә хәрәкәт иткән | Эҙмә-эҙлеклелек тәртибен үҙгәртә, шул уҡ ваҡытта составҡа нигеҙләнгән массаны тап килгән фараздар буйынса үҙгәрешһеҙ ҡалдыра | Функциональ эквивалентлыҡты булдырмай . | Позиция-аңлы шәхес дәлилдәре һәм теләһә ниндәй кәрәкле функциональ баһалау |
Пилды Лис менән алмаштырыу һәм Пилды икенсе урынға күсереү — төрлө структур үҙгәрештәр .. Беренсеһе ҡалдыҡтың үҙенсәлеген һәм составын үҙгәртә; икенсеһе тап килгән химик фараздар буйынса составын һаҡлап ҡалыу менән бер рәттән тәртипте үҙгәртә. Дәлилдәр һайлағанда һәм сағыштырыуҙы аңлатҡанда шул айырмаларҙы һаҡлап ҡалығыҙ.
Яҙманы ҡулланыр алдынан, код конвенцияһын раҫлау, тулы эҙмә-эҙлеклелек, N-C йүнәлеше, вазифалар, стереохимия, термины, һәм үҙгәрештәр. Теләһә ниндәй аналитик дәлилдәрҙе ысын өлгөгә бәйләү. Яҡындағы таныш аминокислота менән тултырғансы, хәл ителмәгән мәғлүмәтте асыҡтан-асыҡ билдәләгеҙ.
Йыш бирелгән һорауҙар .
Пилды икенсе урындан өсөнсө урынға күсереү составын үҙгәртәме?? GOAS/GAOS пары өсөн түгел, шул уҡ терминал һәм үҙгәртеү фараздары аҫтында. Заказ үҙгәрештәре, тимәк, бөтөн состав ҡына парҙы айыра алмай.
GOAS-GAKS сағыштырыу Pyl-Lys алмаштырыу эффектын айыра аламы? Юҡ. Ул ҡалдыҡтар үҙенсәлеген һәм позицияһын бергә үҙгәртә. Ҡулланыу контрасты, һаҡлап ҡала үҙенсәлеге үткәрелә нығытылған.
Был матрица ниндәй маҡсаттың әүҙемерәк йәки иретелгән булыуын күҙаллаймы?? Юҡ. Ул гипотезалы структур сағыштырыуҙарҙы билдәләй .. Мөлкәт һығымтаһы тейешле үлсәүҙәр кәрәк фактик характеристика бирелгән препараттар ..
