अमीनो एसिड संक्षिप्ताक्षर - अस्पष्ट और गैरमानक कोड सुरक्षित रखें
ब्लॉग संश्लेषण पेप्टाइड्स एक सहयोगी बी युक्त एक अनुक्रम भेजता है, जे, या एक्स और किसी अन्य प्रयोगशाला से विश्लेषण को पुन: प्रस्तुत करने के लिए कहता है. तात्कालिक प्रलोभन अपरिचित अक्षरों को परिचित अवशेषों से बदलने का है. यह चुपचाप एक अनिश्चित अवलोकन को एक गलत सटीक संरचना में बदल सकता है. एक उपयोगी अमीनो एसिड संक्षिप्तीकरण चार्ट को यह बताना चाहिए कि एक प्रतीक आपको क्या निष्कर्ष निकालने की अनुमति देता है, जो अनसुलझा रह गया है, और कौन सी अंकन प्रणाली इसे वह अर्थ देती है.
यह मार्गदर्शिका सभी बीस सामान्य अमीनो एसिड को दोहराने के बजाय अस्पष्ट और गैरमानक प्रविष्टियों पर ध्यान केंद्रित करती है. इसके काल्पनिक हैंडओवर उदाहरण शिक्षण अभ्यास हैं, प्रकाशित अनुक्रम असाइनमेंट नहीं. इसका उद्देश्य व्याख्या के पुनर्निर्माण और किसी भी असमर्थित प्रतिस्थापन को चुनौती देने के लिए किसी अन्य प्रयोगशाला के लिए पर्याप्त जानकारी को संरक्षित करना है.
एक भेद से शुरू करें: एक अस्पष्ट कोड अधूरे ज्ञान या विकल्पों के परिभाषित सेट का वर्णन करता है; एक गैरमानक अवशेष सामान्य बीस-अवशेष वर्णमाला के बाहर एक विशिष्ट रासायनिक संरचना का वर्णन कर सकता है. इन स्थितियों के लिए अलग-अलग रिकॉर्ड की आवश्यकता होती है. इनमें से किसी को भी निकटतम परिचित पत्र से अनुमान लगाकर सुरक्षित रूप से हल नहीं किया जा सकता है.
संकेतन प्रणाली के साथ प्रतीक को पढ़ें
The RESID संकेतन अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न Asp/Asn के लिए B सहित अस्पष्टता प्रतीकों को सूचीबद्ध करता है, ल्यू/इले के लिए जे और ग्लू/ग्लेन के लिए जेड. नामित परिपाटी में प्रत्येक प्रतीक को पढ़ें. किसी जैविक डेटाबेस में किसी कैरेक्टर का अर्थ यह स्थापित नहीं करता है कि ऑर्डर फॉर्म क्या स्वीकार करेगा या वह उस कैरेक्टर का अनुवाद कैसे करेगा.
| प्रतीक या संकेतन | मतलब पुष्टि करना | क्या स्पष्ट रहना चाहिए |
|---|---|---|
| बी / एएसएक्स | एसपारटिक एसिड या शतावरी अस्पष्टता, डी या एन | कौन सा साक्ष्य स्थिति को अनसुलझा छोड़ देता है; बिना औचित्य के किसी का चयन न करें |
| जेड / ग्लक्स | ग्लूटामिक एसिड या ग्लूटामाइन अस्पष्टता, ई या क्यू | क्या यह एक अनसुलझा असाइनमेंट है या जानबूझकर परिभाषित वैकल्पिक सेट है |
| जे | इसका उपयोग करने वाले सम्मेलनों में ल्यूसीन या आइसोल्यूसीन अस्पष्टता | लागू सम्मेलन और प्राप्तकर्ता उपकरण का समर्थन |
| एक्स | किसी कथित परिपाटी के अंतर्गत अज्ञात या अनिर्दिष्ट अवशेष | संभावनाओं पर कोई प्रतिबंध; स्टॉप सिग्नल या एक निश्चित द्रव्यमान न मानें |
| यू / सेकंड | सेलेनोसिस्टीन | विश्लेषण सॉफ़्टवेयर और किसी निर्दिष्ट रासायनिक संशोधन में सहायता |
| हे / पाइल | पायरोलिसिन | वास्तविक अवशेष की पहचान और क्रम एवं संरचना सॉफ्टवेयर में उसका उपचार |
| डी / एएसपी बनाम डी कॉन्फ़िगरेशन | अक्षर D एस्पार्टिक एसिड की पहचान करता है; स्टीरियोकेमिकल डिस्क्रिप्टर डी की एक और भूमिका है | एक स्पष्ट नोटेशन किंवदंती के साथ कॉन्फ़िगरेशन से अवशेष पहचान को अलग करें |
The एनसीबीआई अनुक्रम-एन्कोडिंग दस्तावेज़ीकरण यह दर्शाता है कि वर्णमाला क्यों मायने रखती है: यह बाहरी अवशेष प्रतीकों को अलग करता है, अंतराल और समाप्ति प्रविष्टियाँ, और आंतरिक एन्कोडिंग. मामला, स्थानांतरण के दौरान विराम चिह्नों और असमर्थित प्रतीकों को स्पष्ट उपचार की आवश्यकता होती है. एक लोअरकेस अक्षर को केवल इसलिए चुपचाप डी कॉन्फ़िगरेशन के लिए एक निर्देश नहीं बनना चाहिए क्योंकि एक स्थानीय स्प्रेडशीट उस कन्वेंशन का उपयोग करती है.
तीन-अक्षर संकेतन रसायन विज्ञान को हल किए बिना पठनीयता में सुधार कर सकते हैं. "संशोधित Lys" जैसे संक्षिप्त नाम को अभी भी एक परिभाषित संशोधन की आवश्यकता है सुविधाएँ साइट. आपूर्तिकर्ता-विशिष्ट संक्षिप्त नाम के लिए उसकी पूर्ण रासायनिक पहचान या एक स्पष्ट संरचना संदर्भ की आवश्यकता होती है, जहां प्रासंगिक हो वहां कॉन्फ़िगरेशन भी शामिल है.
अनिश्चितता को भौतिक मिश्रण से अलग रखें
काल्पनिक अनुक्रम AGXK पर विचार करें. प्राप्तकर्ता प्रयोगशाला को पता है कि तीसरा स्थान नहीं सौंपा गया था. यह नहीं जानता कि आपूर्ति की गई सामग्री सभी संभावित तीसरे अवशेषों का मिश्रण है. रिकॉर्ड में अनिश्चितता और नमूने में विविधता अलग-अलग दावे हैं जिनके लिए अलग-अलग साक्ष्य की आवश्यकता होती है.
यदि बाद में विश्लेषण एक्स को ल्यूसीन या आइसोल्यूसीन तक सीमित कर देता है, समर्थित विकल्पों और विधि की सीमा को रिकॉर्ड करें. वे दो अवशेष मौलिक संरचना साझा करते हैं, इसलिए अक्षुण्ण द्रव्यमान अकेले उनके बीच चयन नहीं करता है. संशोधित रिकॉर्ड में स्पष्ट होना चाहिए कि क्या सुधार हुआ और क्या अनसुलझा रह गया; इसे पूरी तरह से पहचाने गए अनुक्रम की घोषणा नहीं करनी चाहिए.
एक अलग काल्पनिक परियोजना जानबूझकर एजीआईके की तुलना एजीएलके से करती है. ये दो निर्दिष्ट लक्ष्य हैं, प्रत्येक का अपना पहचानकर्ता है, नमूना इतिहास, और विश्लेषण लेबल पेप्टाइड्स अभिलेख. परिवार पर चर्चा के लिए दोनों को एजीजेके के रूप में लिखना सुविधाजनक हो सकता है, लेकिन यह अलग-अलग आदेशों या परिणाम एट्रिब्यूशन के लिए आवश्यक अंतर खो देता है.
बी और जेड के लिए, उम्मीदवार के विकल्पों की संरचना समान नहीं है. इसलिए एक सामूहिक गणना में उम्मीदवार की पहचान बतानी चाहिए या एक परिभाषित मॉडल के तहत अलग से गणना किए गए विकल्पों की रिपोर्ट करनी चाहिए. एक अज्ञात औसत को एक अस्पष्ट स्थिति में निर्दिष्ट करने से एक ऐसी संख्या बन सकती है जो किसी भी इच्छित अणु का वर्णन नहीं करती है. गोपनीयता नीति
एक उम्मीदवार-निर्धारित अभ्यास. मान लीजिए कि एक काल्पनिक रिकॉर्ड एबीबीए प्रत्येक बी पर स्वतंत्र रूप से डी या एन की अनुमति देता है. इसके चार उम्मीदवार अनुक्रम ADDA हैं, डीएनए, आप और अन्ना. यदि प्रायोगिक साक्ष्य इसके बजाय केवल युग्मित विकल्पों डीडी या एनएन की अनुमति देता है, अनुमत सेट में दो अनुक्रम हैं. अकेले बीबी लिखने से उस सहसंबंध को संरक्षित नहीं किया जा सकता है. प्रत्येक संयोजन को स्वचालित रूप से बनाने के बजाय बाधाएँ जोड़ें या अनुमत उम्मीदवारों की गणना करें.
में मोनोआइसोटोपिक अवशेष मानों का उपयोग करना एक्सपैसी मास टेबल, N को D से बदलने पर उम्मीदवार बदल जाता है 115.02694 − 114.04293 = 0.98401 दा गोलाकार इनपुट का उपयोग कर. ADNA और ANDA प्रत्येक में एक D और एक N होता है, इसलिए उनकी कुल रचनाएँ विभिन्न अवशेषों के क्रम के बावजूद मेल खाती हैं. यहां तक कि उस रचना के अनुरूप सटीक कुल भी यह निर्धारित नहीं करेगा कि डी किस स्थिति में है. इसलिए जन-आधारित संकुचन को स्थिति संबंधी अस्पष्टता बरकरार रखनी चाहिए.
उम्मीदवार की गिनती संभाव्यता वितरण नहीं है. चार अनुमत अनुक्रमों में स्वचालित रूप से एक नहीं होता है 25% प्रत्येक को मौका, और डेटाबेस अस्पष्टता प्रतीक खरीद के लिए एक समान मिश्रण निर्दिष्ट नहीं करता है. संभावनाओं के लिए एक घोषित सांख्यिकीय मॉडल और सहायक टिप्पणियों की आवश्यकता होगी; मिश्रण के अनुपात के लिए भौतिक तैयारी या माप की आवश्यकता होगी. दोनों को संभावनाओं के सरल सेट से अलग रखें.
डीमिडिएशन जांच में यह अंतर मायने रखता है. एक अस्पष्ट डी/एन क्षेत्र में एक अतिरिक्त डी के अनुरूप द्रव्यमान ढूंढना अपने आप में यह प्रदर्शित नहीं करता है कि भंडारण ने मूल एन को डी में बदल दिया है. आरंभिक अनुक्रम असाइनमेंट पहले से ही अनसुलझा था, और विभिन्न पद उस कुल को साझा कर सकते हैं. गिरावट के दावे के लिए प्रारंभिक स्थिति और समय के साथ परिवर्तन के बारे में साक्ष्य की आवश्यकता होती है, एक अनुमत व्याख्या को प्रलेखित आधार रेखा मानने के बजाय.
यदि कोई खोज उपकरण संयुक्त बाधाओं को संरक्षित नहीं कर सकता है, संपूर्ण उम्मीदवार सूची को टूल के बाहर रखें और आयातित सन्निकटन को लेबल करें. खोज सुविधा संभावनाओं को विस्तृत या ध्वस्त कर सकती है. अनुक्रम-स्तरीय निष्कर्ष निकालने से पहले रिपोर्ट वास्तविक अनुमत सेट के विरुद्ध हिट होती है.
एक अनुक्रम को पूरी तरह से हल किया जा सकता है जबकि एक संशोधन साइट अनिश्चित रहती है. उन अनिश्चितताओं को अलग रखें: एक चिंता का विषय है कि कौन सा अवशेष मौजूद है, दूसरी चिंता यह है कि कौन सा बंधन या परमाणु संशोधन करता है. स्पष्ट अनिश्चितता तंत्र वाला एक नोटेशन साक्ष्य को संरक्षित कर सकता है; केवल आवश्यक डेटाबेस फ़ील्ड को संतुष्ट करने के लिए एक सटीक साइट का चयन करना असमर्थित जानकारी जोड़ता है.
किसी अन्य प्रयोगशाला को न्यूनतम रिकॉर्ड की आवश्यकता है
प्राप्त रिकॉर्ड को एक अपरिवर्तनीय स्रोत के रूप में बनाए रखें और एक अलग व्याख्या किया गया संस्करण बनाएं. एबीबीए के लिए, दो अस्पष्ट स्थितियों को बचाएं, प्रत्येक पर अनुमत विकल्प, और कोई संयुक्त बाधा. इससे बाद के विश्लेषक को एक आयातक को पारित करने के लिए किए गए लिपिकीय विकल्प से नए प्रयोगात्मक साक्ष्य को अलग करने में मदद मिलती है.
| आवश्यक क्षेत्र | उपयोगी विवरण का उदाहरण | अनुपस्थित होने पर परिणाम |
|---|---|---|
| अनुक्रम उद्गम | स्रोत रिकार्ड, दोहराव, नमूना पहचानकर्ता, और व्याख्या की तारीख | व्याख्या किए गए अनुक्रम को मूल सामग्री से विश्वसनीय रूप से नहीं जोड़ा जा सकता है |
| वर्णमाला और दिशा | नामित संकेतन सम्मेलन; अनुक्रम N से C लिखा गया | प्रतीक अर्थ और अवशेष क्रम को गलत पढ़ा जा सकता है |
| क्रमांकन मानचित्र | क्या पद किसी पूर्ववर्ती को संदर्भित करते हैं, परिपक्व श्रृंखला, या सिंथेटिक टुकड़ा | एक संशोधन को गलत भौतिक अवशेष को सौंपा जा सकता है |
| अनसुलझे पद | पद, अनुमत विकल्प, प्रमाण, और अनसुलझा सवाल | एक अद्वितीय संरचना या अद्वितीय सैद्धांतिक द्रव्यमान अनुचित हो सकता है |
| संपूर्ण लक्ष्य रसायन शास्त्र | टर्मिनी, विन्यास, आइसोटोप लेबल, साइड-चेन लिंक, और संशोधन | मिलान करने वाले अक्षर मिलान वाले अणुओं को स्थापित नहीं कर सकते |
| विश्लेषणात्मक प्रसंग | तरीका, नमूना तैयार करना, असाइनमेंट मानदंड, और प्रासंगिक कच्चा डेटा | प्राप्तकर्ता यह आकलन नहीं कर सकता कि दावा किया गया अंतर मापने योग्य था या नहीं |
| व्याख्या इतिहास | जिसने एक असाइनमेंट बदल दिया, क्यों, और कौन सी डाउनस्ट्रीम फ़ाइलें अद्यतन की गईं | एक विश्लेषण में पुरानी और नई व्याख्याओं को मिलाया जा सकता है |
अमानक अवशेष के लिए, केवल एक मुक्त बिल्डिंग ब्लॉक के बजाय सम्मिलित अवशेषों की पहचान करने के लिए पर्याप्त संरचनात्मक जानकारी जोड़ें. संश्लेषण के दौरान मौजूद सुरक्षा समूह स्वचालित रूप से अंतिम पेप्टाइड का हिस्सा नहीं होते हैं. वैसे ही, खरीदे गए अमीनो एसिड का नमक रूप अपने आप में अंतिम पेप्टाइड की काउंटरियन संरचना को परिभाषित नहीं करता है. अमीनोपेप्टाइड
कॉन्फ़िगरेशन अपने स्वयं के क्षेत्र का हकदार है. एल/डी डिस्क्रिप्टर ऑप्टिकल रोटेशन की दिशा का पर्याय नहीं हैं, और उन्हें एक अक्षर वाले अवशेष कोड के साथ भ्रमित नहीं होना चाहिए. जहां संरचना में अतिरिक्त स्टीरियोसेंटर होते हैं, यह मानने के बजाय कि अल्फा-कार्बन डिस्क्रिप्टर पूरे अवशेष को व्यवस्थित कर देता है, उन्हें निर्दिष्ट करें.
अनसुलझे जानकारी को मिटाए बिना हैंडओवर की समीक्षा करें
पहला, स्रोत वर्ण के साथ व्याख्या किए गए अनुक्रम की तुलना वर्ण दर वर्ण करें, एनोटेशन सहित. दूसरा, बताई गई परिपाटी का उपयोग करके अपरिचित प्रतीकों का विस्तार करें. तीसरा, प्रत्येक स्थिति को इच्छित नंबरिंग सिस्टम पर मैप करें. चौथी, सत्यापित करें कि जहां आवश्यक हो वहां टर्मिनी और संशोधन सामान्य अवशेष अक्षरों के बाहर दर्शाए गए हैं.
फिर विधि के विरुद्ध प्रत्येक विश्लेषणात्मक दावे का मूल्यांकन करें. पूछें कि क्या साक्ष्य रचना को अलग करता है, अवशेष आदेश, संशोधन स्थल, और विन्यास. ये अलग प्रश्न हैं. एक विधि जो एक को स्थापित करती है वह दूसरे को अनसुलझा छोड़ सकती है. दावे को सामान्य अस्वीकरण में दफनाने के बजाय दावे के आगे सीमा को रिकॉर्ड करें.
काल्पनिक AGXK हैंडओवर के लिए, एक उपयोगी निर्णय है: “तीसरा अवशेष अनसुलझा; संश्लेषण के लिए कोई अद्वितीय संरचना प्रस्तुत नहीं की गई; उम्मीदवार का विश्लेषण अलग से रखा गया है।” यदि कोई प्रोजेक्ट जानबूझकर स्क्रीनिंग प्रयोग के लिए एक उम्मीदवार को चुनता है, उस सामग्री को डिज़ाइन किए गए उम्मीदवार के रूप में लेबल करें, सिद्ध मूल क्रम के समान नहीं.
जब किसी प्रयोग के लिए निश्चित उम्मीदवारों की आवश्यकता होती है, अनसुलझे पेरेंट को अधिलेखित करने के बजाय अलग-अलग डिज़ाइन रिकॉर्ड बनाएं. उदाहरण के लिए, एडीएनए और एएनडीए अलग-अलग ऑर्डर पहचानकर्ता प्राप्त कर सकते हैं जबकि दोनों एबीबीए साक्ष्य रिकॉर्ड से जुड़े रहेंगे. एक उम्मीदवार पर परिणाम तब डिज़ाइन किए गए अणु का परीक्षण करते हैं; वे मूल नमूने की पहचान पूर्वव्यापी रूप से स्थापित नहीं करते हैं. यदि किसी अभ्यर्थी को आदेश नहीं दिया गया है, अनसुलझे सेट को संरक्षित करना अभी भी एक वैध और उपयोगी परिणाम है.
कार्य के लिए प्रतिनिधित्व चुनें. एक पारिवारिक खोज एक परिभाषित वैकल्पिक सेट को स्वीकार कर सकती है; रासायनिक क्रम के लिए एक समाधानित लक्ष्य या स्पष्ट रूप से निर्दिष्ट मिश्रण की आवश्यकता होती है; एक सैद्धांतिक-जन रिपोर्ट के लिए कई उम्मीदवारों के योग की आवश्यकता हो सकती है. अनुक्रम के आगे उस विकल्प को दस्तावेज़ित करें ताकि एक सुविधाजनक खोज प्रतिनिधित्व को बाद में विनिर्माण निर्देश के लिए गलत न समझा जाए.
एक त्वरित हैंडओवर जांच में एक समीक्षक से अकेले रिकॉर्ड से अनुमति प्राप्त उम्मीदवारों की सूची बनाने के लिए कहा जाता है. यदि समीक्षक किसी मिश्रण का आविष्कार करता है, किसी लिंक की गई बाधा को छोड़ देता है या सबूत के बिना एक अवशेष का चयन करता है, कहीं और आयात करने से पहले रिकॉर्ड में सुधार करें. लक्ष्य प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य अनिश्चितता है, कृत्रिम रूप से निश्चित स्ट्रिंग के बजाय.
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्नों
क्या एक्स का मतलब यह है कि पेप्टाइड में स्टॉप कोडन होता है? सामान्य अमीनो एसिड अनुक्रम व्याख्या में नहीं. X आमतौर पर किसी अज्ञात या अनिर्दिष्ट अवशेष को चिह्नित करता है. अनुवाद समाप्ति नोटेशन और स्थानीय फ़ाइल कन्वेंशन की अलग से जाँच की जानी चाहिए.
क्या मैं सॉफ़्टवेयर को अनुक्रम स्वीकार करने के लिए J को ल्यूसीन से बदल सकता हूँ?? केवल स्पष्ट रूप से लेबल की गई धारणा या उम्मीदवार के रूप में, मूल अस्पष्टता को संरक्षित रखते हुए. सॉफ़्टवेयर द्वारा स्वीकृति इस बात का प्रमाण नहीं देती है कि ल्यूसीन सही अवशेष है.
क्या यू और ओ आवश्यक रूप से मुद्रण संबंधी त्रुटियाँ हैं? नहीं. इनका उपयोग विस्तारित अमीनो एसिड वर्णमाला में सेलेनोसिस्टीन और पायरोलिसिन के लिए किया जाता है. उन्हें बदलने से पहले स्रोत सम्मेलन और टूल समर्थन की पुष्टि करें.
संक्षिप्तीकरण चार्ट में सबसे महत्वपूर्ण जोड़ क्या है?? वास्तविक अनुक्रम रिकॉर्ड से जुड़ा एक अंकन किंवदंती, जिसमें अनसुलझे पद और उनके साक्ष्य शामिल हैं. चार्ट प्रतीकों की व्याख्या करता है; रिकॉर्ड बताता है कि उस नमूने के लिए उन प्रतीकों का उपयोग क्यों किया गया था.
