अमीनो एसिड आणविक भार - रिकॉन्सिल टर्मिनी, संशोधन और सामूहिक सम्मेलन
Argireline तत्काल पेप्टाइड किसी अनुक्रम को सही ढंग से कॉपी किया जा सकता है जबकि उसका परिकलित द्रव्यमान गलत है. गुम जानकारी अक्सर अंत में होती है: एक मुक्त अमीनो समूह या एक एसिटिलेटेड नाइट्रोजन, एक मुफ़्त कार्बोक्सिल समूह या एक टर्मिनल एमाइड. एक छात्र के लिए कैलकुलेटर परिणाम की तुलना आपूर्तिकर्ता प्रमाणपत्र से करना, ये संरचनात्मक अंतर हैं जिन्हें अंकगणित का निर्णय लेने से पहले हल किया जाना चाहिए. अकेले अमीनो एसिड आणविक भार तालिका संपूर्ण पेप्टाइड को परिभाषित नहीं करती है.
यह ट्यूटोरियल एक ही तटस्थ के लिए दो लेखांकन विधियों की तुलना करता है, रैखिक पेप्टाइड. दोनों साधारण पेप्टाइड बांड मानते हैं, मुफ़्त अमीनो और कार्बोक्सिल टर्मिनी, और जब तक निर्दिष्ट न किया जाए कोई अतिरिक्त संशोधन नहीं. शिक्षण उदाहरण H-Gly-Ala-Lys-OH है, संक्षिप्त रूप से H-GAK-OH, इसके चिरल अमीनो एसिड केंद्रों पर एल विन्यास के साथ. ग्लाइसीन अचिरल है. एच और ओएच यहां टर्मिनल समूहों का वर्णन करते हैं; वे अतिरिक्त हिस्टिडाइन या अनुक्रम अवशेष नहीं हैं.
परिणाम एक सैद्धांतिक आणविक द्रव्यमान है, शीशी में सामग्री का माप नहीं. प्रतिवाद, पानी, अवशिष्ट विलायक, अशुद्धियों, सांद्रण तैयार करते समय और अपूर्ण विघटन पर अलग से विचार करने की आवश्यकता होती है. इसलिए एक सही गणना एक संकीर्ण प्रश्न का उत्तर देती है: कौन सा द्रव्यमान इस निर्दिष्ट आणविक संरचना से मेल खाता है?
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मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान निर्दिष्ट आइसोटोप का उपयोग करता है, इन सामान्य पेप्टाइड रचनाओं के लिए पारंपरिक रूप से प्रत्येक तत्व का सबसे प्रचुर आइसोटोप. औसत द्रव्यमान आइसोटोप बहुतायत भारित परमाणु द्रव्यमान का उपयोग करता है. ये परिपाटी एक ही अणु के लिए अलग-अलग संख्याएँ उत्पन्न करती हैं. इनमें से कोई भी केवल इसलिए सही नहीं हो जाता क्योंकि एक स्प्रेडशीट अधिक दशमलव स्थान प्रदर्शित करती है.
डाल्टन में द्रव्यमान एक अणु का वर्णन करता है. ग्राम प्रति मोल में मोलर द्रव्यमान पदार्थ की मात्रा का वर्णन करता है और यहां उपयोग की गई सटीकता पर अनिवार्य रूप से समान संख्यात्मक मान होता है. कठोरता से, सापेक्ष आणविक द्रव्यमान आयामहीन होता है, हालाँकि इन संबंधित मात्राओं के लिए "आणविक भार" का प्रयोग अक्सर अनौपचारिक रूप से किया जाता है. बताएं कि संख्या किस मात्रा और परिपाटी को दर्शाती है.
नीचे दिए गए अवशेष इनपुट से आते हैं ExPASy FindMod मास टेबल. G के लिए इसकी अवशेष प्रविष्टियों का उपयोग करें, ए और के, मुक्त-अमीनो-एसिड अभिकर्मक लेबल से कॉपी किए गए द्रव्यमान के बजाय. जल शब्द को एक ही टेबल से रखें. एक स्प्रेडशीट जो मुक्त-अमीनो-एसिड मानों को अवशेष-योग सूत्र के साथ जोड़ती है, परमाणुओं की दो बार गिनती करेगी, भले ही प्रत्येक जोड़ संख्यात्मक रूप से सही हो.
पेप्टाइड्स की लागत src='https://molchanges.com/wp-content/uploads/2026/11/pub_20261110_110948_512_bc93331741f34970a1bcc34ce7bd40a1.png”>
| अवयव | मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान, और | औसत द्रव्यमान, और |
|---|---|---|
| ग्लाई अवशेष, जी | 57.02146 | 57.0519 |
| अला अवशेष, ए | 71.03711 | 71.0788 |
| लिस अवशेष, के | 128.09496 | 128.1741 |
| जल लेखा अवधि | 18.01056 | 18.01524 |
ये गोलाकार सारणीबद्ध इनपुट हैं. नीचे रखे गए अतिरिक्त अंक गणना को पुन: प्रस्तुत करने योग्य बनाते हैं; वे अतिरिक्त भौतिक परिशुद्धता नहीं बनाते हैं. संपूर्ण रूप से एक सुसंगत तालिका और परिपाटी का उपयोग करें, विशेष रूप से पुराने कैलकुलेटर की तुलना करते समय जो थोड़े भिन्न परमाणु द्रव्यमान स्थिरांक का उपयोग कर सकते हैं.
दो विधियाँ जो समान फ्री-एंडेड पेप्टाइड के लिए सहमत होनी चाहिए
विधि एक: अवशेष द्रव्यमान का योग करें और एक पानी डालें. काल्पनिक H-GAK-OH अणु के लिए, मोनोआइसोटोपिक गणना है 57.02146 + 71.03711 + 128.09496 + 18.01056 = 274.16409 और. इस रैखिक श्रृंखला के दो मुक्त टर्मिनी को पूरा करने के लिए आवश्यक परमाणुओं के लिए अंतिम पानी जिम्मेदार है.
औसत गणना है 57.0519 + 71.0788 + 128.1741 + 18.01524 = 274.32004 और. संगत औसत दाढ़ द्रव्यमान है पामिटॉयल ट्रिपेप्टाइड 1 लगभग 274.32004 इन इनपुट का उपयोग करके g/mol. प्रत्येक अवशेष के लिए पानी जोड़ने से टर्मिनल परमाणुओं की बार-बार गिनती होगी.
विधि दो: मुक्त अमीनो एसिड द्रव्यमान का योग करें और बंधन जल को घटाएं. प्रत्येक मुक्त अमीनो एसिड द्रव्यमान को एक पानी जोड़कर एक ही अवशेष तालिका से प्राप्त करें. इसलिए मोनोआइसोटोपिक मान हैं 75.03202, 89.04767, और 146.10552 और. तीन मुक्त अमीनो एसिड दो पारंपरिक पेप्टाइड बांड बनाते हैं, दे रही है 310.18521 − 2 × 18.01056 = 274.16409 और.
औसत समकक्ष है 75.06714 + 89.09404 + 146.18934 − 2 × 18.01524 = 274.32004 और. यह रचना बहीखाता है, यह दावा नहीं है कि एक विशेष सिंथेटिक प्रतिक्रिया वस्तुतः प्रत्येक युग्मन चरण पर मुक्त पानी छोड़ती है. संरक्षित भवन ब्लॉकों और सक्रिय मध्यवर्ती में अलग-अलग प्रतिक्रिया रसायन विज्ञान होता है.
| फ़ायदा | परिसीमन | लागू शर्तें | सत्यापन विधि |
|---|---|---|---|
| अवशेष योग एक टर्मिनल जल पद के साथ एक कॉम्पैक्ट गणना देता है. | यदि मुक्त अमीनो एसिड मान को गलती से अवशेष मान मान लिया जाता है या टर्मिनल रसायन शास्त्र छोड़ दिया जाता है तो विफल हो जाता है. | ज्ञात संशोधनों और एक कथित जन सम्मेलन के साथ एक पूरी तरह से निर्दिष्ट रैखिक अनुक्रम. | मुक्त अमीनो एसिड और स्पष्ट बांड लेखांकन का उपयोग करके पुनर्गणना करें; प्रत्येक टर्मिनल समायोजन का निरीक्षण करें. |
| मुक्त अमीनो एसिड योग संघनन समकक्षों की संख्या को दृश्यमान बनाता है. | सही बॉन्ड गिनती की आवश्यकता है और बिना बदलाव के शाखाओं या छल्लों को एक सामान्य रैखिक श्रृंखला के रूप में नहीं माना जा सकता है. | अवशेष विधि द्वारा समान मुक्त-अंत लक्ष्य और समान द्रव्यमान स्थिरांक का उपयोग किया जाता है. | तीन अवशेषों की पुष्टि करें, दो रीढ़ की हड्डी के बंधन, और अवशेष गणना के साथ समझौता. |
दोनों विधियाँ पूरक जाँच हैं, स्वतंत्र प्रायोगिक साक्ष्य नहीं. वे उसी ग़लत लिखित अनुक्रम को साझा करते हुए सहमत हो सकते हैं. मिलान योग का जश्न मनाने से पहले आणविक विनिर्देश सत्यापित करें.
घोषित संदर्भ संरचना में टर्मिनल संशोधन लागू करें
The यूनिमॉड एसिटाइल रिकॉर्ड एक निर्दिष्ट करता है +42.010565 दा मोनोआइसोटोपिक वृद्धि; इसका संशोधन रिकार्ड निर्दिष्ट करता है -0.984016 Da. ये एक परिभाषित प्रारंभिक संरचना से संबंधित परिवर्तन हैं. यहां एसिटाइल समूह एन-टर्मिनल नाइट्रोजन पर है, लाइसिन साइड-चेन अमीनो समूह को अपरिवर्तित छोड़ना, और संशोधन सी-टर्मिनल मुक्त एसिड को कार्बोक्सामाइड से बदल देता है. वेतन वृद्धि का उपयोग करने से पहले उन साइटों को निर्दिष्ट करें. बायोटिनॉयल ट्रिपेप्टाइड 1
| काल्पनिक लक्ष्य | H-GAK-OH से बदलें | तटस्थ मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान, और |
|---|---|---|
| एच-गक-ओह | कोई संशोधन नहीं | 274.16409 |
| एसी-जीएके-ओएच | एन-टर्मिनल एसिटिलीकरण | 316.17466 |
| H-GAK-NH2 | सी-टर्मिनल संशोधन | 273.18007 |
| एसी-GAK-NH2 | दोनों निर्दिष्ट टर्मिनल परिवर्तन | 315.19064 |
रिकॉर्ड की गई वृद्धियों को जोड़ने के बाद प्रदर्शित परिणामों को पांच दशमलव स्थानों तक पूर्णांकित किया जाता है. औसत द्रव्यमान गणना के लिए औसत वृद्धि की आवश्यकता होती है, ये मोनोआइसोटोपिक मान नहीं. एक मिश्रित-सम्मेलन कुल असंगत है, भले ही यह रिपोर्ट की गई चोटी के समान हो.
गोलाकार अंतर को संरचनात्मक अंतर से अलग करें. यदि एक काल्पनिक विखंडित तटस्थ परिणाम थे 274.16500 और, गोलाकार GAK गणना से इसका अंतर होगा 0.00091 और, या के बारे में 3.32 परिकलित मूल्य का प्रति मिलियन भाग. वह अंकगणित एक सापेक्ष विसंगति का वर्णन करता है; यह कोई स्वीकृति सीमा नहीं है. परिणाम किसी असाइनमेंट का समर्थन करता है या नहीं यह अंशांकन पर निर्भर करता है, अनिश्चितता, शिखर चयन और विश्लेषणात्मक विधि.
प्रत्येक अवशेष को योग से पहले एक पूर्णांक में पूर्णांकित न करें और फिर पांच दशमलव स्थानों पर अंतिम उत्तर का मूल्यांकन करें. प्रारंभिक चरण में छोड़ी गई जानकारी को कुल स्वरूपण द्वारा पुनर्स्थापित नहीं किया जा सकता है. इसके विपरीत, अंतिम प्रदर्शित अंक में असहमति एक अलग अणु के बजाय अलग-अलग बनाए गए स्थिरांक को प्रतिबिंबित कर सकती है. उपलब्ध होने पर अनराउंडेड कार्यशील मानों को सहेजें और इच्छित रिपोर्ट के लिए एक बार राउंड करें.
एक विसंगति तालिका उनके अनुमानित प्रभाव के साथ अलग-अलग परिकल्पनाओं को सूचीबद्ध कर सकती है: ग़लत टर्मिनल समूह, मिश्रित जन सम्मेलन, अलग-अलग आयन चार्ज, या अधूरा क्रम. विनिर्देश और स्पेक्ट्रम मेटाडेटा का उपयोग करके उन्हें हटा दें, कैलकुलेटर डिफॉल्ट्स को बार-बार बदलने के बजाय जब तक कि एक नंबर मैच न हो जाए. एक अनुचित धारणा के माध्यम से प्राप्त संख्यात्मक मिलान मूल पहचान प्रश्न को अनसुलझा छोड़ देता है. पेप्टाइड निर्माता यूएसए
एन टर्मिनस के बजाय लाइसिन साइड चेन पर एसिटिलेशन एक एसिटाइल समूह के लिए समान संरचना वृद्धि देगा. अक्षुण्ण द्रव्यमान अकेले अपना स्थान स्थापित नहीं कर सकता. उसी प्रकार, एल अवशेष को उसके डी समकक्ष में बदलने से मौलिक संरचना नहीं बदलती है. एक सामूहिक मेल स्टीरियोकेमिकल पहचान स्थापित नहीं कर सकता.
चक्रीय या शाखित पेप्टाइड के लिए, वास्तविक बांड और टर्मिनल समूहों के आसपास लेखांकन का पुनर्निर्माण करें. फ्री-एंडेड फॉर्मूला लागू न करें और फिर एक अनौपचारिक "चक्रीय" लेबल संलग्न करें. संरचनात्मक विनिर्देश को यह पहचानना चाहिए कि क्या किससे जुड़ा है, इसमें यह भी शामिल है कि क्या चक्रीकरण टर्मिनी का उपभोग करता है या इसमें साइड चेन शामिल है.
संख्या का उपयोग करने से पहले विसंगति का समाधान करें
एक उपयोगी विसंगति समीक्षा रिपोर्ट की गई मात्रा से शुरू होती है. यह प्रमाणपत्र तटस्थ मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान को सूचीबद्ध करता है, औसत आणविक द्रव्यमान, या एक विशेष आयन? एक पृथक मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान-से-चार्ज शिखर के साथ सीधे औसत तटस्थ मूल्य की तुलना करने से एक साथ दो अंतर सामने आते हैं. रासायनिक अशुद्धता के रूप में अवशिष्ट अंतर की व्याख्या करने से पहले सम्मेलन और आयन असाइनमेंट को हल करें.
काम किया आयन तुलना. मान लीजिए, केवल अंकगणित के लिए, वह H-GAK-OH बिना किसी अन्य जोड़ के दोगुना प्रोटोनेटेड आयन उत्पन्न करता है. गोलाकार एक्सपेसी प्रोटॉन द्रव्यमान के साथ 1.00728 और, इसका अनुमानित द्रव्यमान-से-आवेश अनुपात है (274.16409 + 2 × 1.00728) / 2 = 138.089325. एकल प्रोटोनेटेड विकल्प है 275.17137. किसी भी परिणाम का मतलब यह नहीं है कि एक तटस्थ पेप्टाइड ने एक अतिरिक्त अवशेष प्राप्त कर लिया है; जोड़े गए प्रोटॉन और आवेश द्वारा विभाजन अंतर स्पष्ट करते हैं.
संगत दोहरे प्रोटोनेटेड एमाइड के लिए, भविष्यवाणी बन जाती है (273.180074 + 2 × 1.00728) / 2 = 137.597317. इस प्रकार एसिड-टू-एमाइड पृथक्करण के बारे में है 0.492008 मास-टू-चार्ज इकाइयों में चार्ज दो पर, इसके बजाय 0.984016. एक समीक्षक जो प्रत्येक आवेशित शिखर पर सीधे तटस्थ वृद्धि लागू करता है वह सही संरचना को अस्वीकार कर सकता है. यह उदाहरण दोनों असाइनमेंट के लिए समान चार्ज और ऐडडक्ट प्रकार मानता है; किसी अज्ञात चार्ज को संशोधन का अनुमान लगाकर तय नहीं किया जा सकता.
आयन असाइन करने के बाद, लिखित संरचनाओं की तुलना करें. इस त्रिपेप्टाइड के लिए, तीन अवशेषों को सत्यापित करें, दो टर्मिनल समूह, और क्या लाइसिन संशोधित है. ज्ञात वेतन वृद्धि के करीब एक अस्पष्टीकृत अंतर एक उम्मीदवार स्पष्टीकरण है, साइट असाइनमेंट नहीं. समूह को एक अलग नाइट्रोजन पर रखते समय एक स्थितीय एसिटाइल आइसोमर का परिकलित द्रव्यमान समान हो सकता है.
विसंगति को दूर करने के लिए, बताएं कि किस स्पष्टीकरण की जांच किस रिकार्ड से की गई. एक संशोधित टर्मिनल विनिर्देश एक संशोधित आयन असाइनमेंट से भिन्न समस्या का समाधान करता है. पहले के परिणाम और सुधार के कारण को सुरक्षित रखें ताकि बाद का समीक्षक निर्णय का पालन कर सके.
जब गणना की गई आणविक द्रव्यमान सही है लेकिन स्टॉक एकाग्रता गलत है तो एक अलग त्रुटि होती है. मान लीजिए कि एक काल्पनिक पाउडर में संबंधित काउंटरियन और पानी होता है जिसकी मात्रा निर्दिष्ट नहीं की गई है. एकाग्रता कैलकुलेटर में सही तटस्थ द्रव्यमान दर्ज करने से तौले गए पाउडर में उनका योगदान नहीं हटता है. इसके विपरीत, पेप्टाइड सामग्री को मापने से अनिर्दिष्ट टर्मिनल संरचना का समाधान नहीं होता है. गणना और सामग्री राशि असाइनमेंट के लिए अलग-अलग साक्ष्य की आवश्यकता होती है.
विसंगति कार्यपत्रक को संक्षिप्त रखें: घोषित संरचना, सामूहिक सम्मेलन, तटस्थ परिणाम, प्रस्तावित आयन सूत्र, देखा गया मूल्य, और शेष अंतर. अंतिम प्रदर्शन को पूर्णांकित करने से पहले मध्यवर्ती संख्याओं को रिकॉर्ड करें. एक अन्य समीक्षक फिर तुलना को दोहरा सकता है और देख सकता है कि क्या अनसुलझा मुद्दा अंकगणित से संबंधित है, एक आयन असाइनमेंट, या रसायन शास्त्र.
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्नों
अवशेष द्रव्यमान से पेप्टाइड की गणना करते समय मैं पानी क्यों जोड़ता हूँ? अवशेष द्रव्यमान एक पारंपरिक रैखिक पेप्टाइड के दो मुक्त टर्मिनी को पूरा करने के लिए आवश्यक परमाणुओं को छोड़ देते हैं. एक पानी उस संरचना को पुनर्स्थापित करता है. विभिन्न टर्मिनल या रिंग रसायन विज्ञान के लिए स्पष्ट रूप से समायोजित सूत्र की आवश्यकता होती है.
क्या सी-टर्मिनल संशोधन से पेप्टाइड द्रव्यमान बढ़ता है?? संगत मुक्त कार्बोक्सिल टर्मिनस के सापेक्ष, साधारण संशोधन से मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान लगभग कम हो जाता है 0.984016 और. संदर्भ संरचना मायने रखती है; "एमाइड जोड़ना" पर्याप्त गणना निर्देश नहीं है.
क्या दो अलग-अलग संशोधित पेप्टाइड्स का द्रव्यमान समान हो सकता है?? हाँ. विभिन्न पात्र स्थलों पर एक एसिटाइल समूह समान संरचना वाले स्थितीय आइसोमर्स का उत्पादन कर सकता है. अनुक्रम आइसोमर्स और स्टीरियोइसोमर्स भी द्रव्यमान साझा कर सकते हैं. अतिरिक्त संरचनात्मक साक्ष्य की आवश्यकता है.
मुझे तकनीकी टीम को कौन सा मूल्य भेजना चाहिए?? स्पष्ट रूप से लेबल किए गए तटस्थ मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान या औसत दाढ़ द्रव्यमान के साथ संपूर्ण लक्ष्य विवरण भेजें, के रूप में उपयुक्त. अस्पष्ट संख्या भेजने के बजाय टीम से टर्मिनल समूहों और माप तुलना की पुष्टि करने के लिए कहें.
