Што е модификација на N-терминалот?

Пептидни библиотеки добиени од протеом за длабоко специфично профилирање на реагенси за модификација на N-терминалот

Протеините и пептидните N завршетоци се важни цели за селективна модификација со хемопротеомски реагенси и алатки за биокоњугација. N-терминалниот α-амин се јавува само еднаш во секој полипептиден синџир, што го прави атрактивна цел за биоконјугација на протеини. Во клетките, нови N завршетоци може да се генерираат со протеолитичко расцепување и да се заробат со реагенси за модификација на N-терминалот кои овозможуваат идентификација на протеазни супстрати на ниво на протеом со тандемска масена спектрометрија (LC-MS/MS). Разбирањето на специфичноста на N-терминалната секвенца на модифицираните реагенси е критично за секоја од овие апликации. Пептидните библиотеки добиени од протеом во комбинација со LC-MS/MS се моќни алатки за профилирање на специфичноста на секвенцата на реагенси за модификација на N-терминалниот. Овие библиотеки се многу разновидни, и LC-MS/MS овозможува анализа на ефикасноста на модификацијата на десетици илјади секвенци во еден експеримент. Пептидните библиотеки добиени од протеом се моќна алатка за профилирање на специфичностите на секвенцата на ензимските и хемиските реагенси за означување на пептидите. Субтилигаза и 2-пиридинкарбоксалдехид (2PCA) се два реагенси кои се развиени за селективна модификација на N-терминалниот пептид и може да се проучуваат со користење на библиотеки на пептиди добиени од протеом. Овој протокол ги прикажува чекорите за генерирање на N-терминално различни пептидни библиотеки добиени од протеом и за примена на овие библиотеки за профилирање на специфичноста на реагенсите за модификација на N-терминалниот. Ги детализираме чекорите за профилирање на специфичноста на 2-пиридинкарбоксалдехид, реагенс за хемиска модификација, и субтилигаза, реагенс за ензимска модификација. Овие протоколи лесно може да се прилагодат на алтернативни извори на протеом и други N-терминални реагенси за означување на пептиди.