पेप्टाइड संश्लेषण लागत तुलना - प्रत्यक्ष एसपीपीएस बनाम फ्रैगमेंट लिगेशन
पेप्टाइड लेबल पेप्टाइड संलयन जब कोई प्रयोगशाला पेप्टाइड संश्लेषण की लागत पूछती है, एक ही खरीदारी का वर्णन करने के लिए दो मार्ग प्रस्ताव प्रकट हो सकते हैं. एक पूरी श्रृंखला की सीधी असेंबली की पेशकश करता है. दूसरा टुकड़े बनाने और उन्हें जोड़ने का प्रस्ताव करता है. एक सार्थक तुलना को एक ही विशेषता के दोनों मार्गों का अनुसरण करना चाहिए, प्रयोग करने योग्य उत्पाद.
अकेले प्रतिक्रिया गणना से सस्ता रास्ता नहीं चुना जा सकता. प्रत्यक्ष असेंबली खंड-हैंडलिंग चरणों से बच सकती है लेकिन श्रृंखला बढ़ने पर मुश्किल हो जाती है. तैयारी जोड़ते समय खंड बंधाव छोटे मध्यवर्ती को प्रबंधित करना आसान बना सकता है, में शामिल होने, शुद्धि, और विश्लेषणात्मक कार्य. सापेक्ष लागत अनुक्रम और पूरी प्रक्रिया के माध्यम से पुनर्प्राप्ति पर निर्भर करती है.
यह मार्गदर्शिका एक काल्पनिक अनुसंधान लक्ष्य के लिए दो मार्गों की तुलना करती है. सभी कीमतें उद्धृत की जानी बाकी हैं. तुलना एक नियोजन अभ्यास है, लागत अनुमान नहीं, एक आपूर्तिकर्ता रैंकिंग, या दावा है कि उदाहरण के लिए किसी भी मार्ग का प्रदर्शन किया गया है.
लक्ष्य अनुक्रम H-AGLQKSEAVGATQALGEKASVAGAQVKCLAEGAQLAGEVAKSAGTAVKQALGSEA-OH है, साथ 55 प्रत्येक चिरल अवशेष पर अवशेष और एल विन्यास. Ser42 फॉस्फोराइलेटेड है; अन्य सेरीन असंशोधित हैं. Cys28 एकमात्र सिस्टीन है और इसे अंतिम उत्पाद में एक मुक्त थिओल रहना चाहिए. दोनों बैकबोन टर्मिनी निःशुल्क हैं.
दोनों उद्धरणों में क्या शामिल होना चाहिए?
शिक्षण तुलना के लिए, अनुरोध 50 एमजी समान स्पष्ट रूप से परिभाषित लक्ष्य-पेप्टाइड आधार पर. कम से कम प्रपोज तो करो 95% एक सहमत उपयुक्त विधि के तहत क्षेत्र की शुद्धता, फॉस्फेट स्थान और सिस्टीन अवस्था को संबोधित करने वाले साक्ष्य के साथ. ये काल्पनिक चर्चा पैरामीटर हैं, सार्वभौमिक गुणवत्ता मानक नहीं. अंतिम मानदंड वास्तविक परख का पालन करना चाहिए.
समान अंतिम काउंटरियन विनिर्देश का उपयोग करें, नमूना प्रारूप, भंडारण की जानकारी, और विश्लेषणात्मक डिलिवरेबल्स. यदि एसीटेट विनिमय की आवश्यकता है, उद्धरणों की तुलना करने से पहले संलग्न अवशिष्ट-प्रतिमान मानदंड और माप को परिभाषित करें. वांछित नमक का नाम यह स्थापित नहीं करता है कि किसी अन्य प्रतिरूपण को पूरी तरह से कैसे हटा दिया गया है.
दोनों प्रस्तावों को समान लक्ष्य-राशि के आधार पर रखें. पाउडर की एक सकल मात्रा यहां अनुरोधित निर्धारित मात्रा को चुपचाप प्रतिस्थापित नहीं कर सकती है. प्रति स्वीकृत मिलीग्राम लागत की गणना करने से पहले परिभाषा और अंतिम रूप के दायरे को हल करें.
पहचान प्रमाण के समान दायरे की भी आवश्यकता होती है. एक फॉस्फेट के साथ संगत एक अक्षुण्ण द्रव्यमान यह स्थापित नहीं करता है कि कई सेरीन में से कौन सा संशोधित है. वैसे ही, अपेक्षित श्रृंखला वाली सामग्री सिस्टीन ऑक्सीकरण अवस्था में भिन्न हो सकती है या इसमें अंतर-आणविक प्रजातियां शामिल हो सकती हैं. उपयुक्त विश्लेषणात्मक पैकेज को उन विशेषताओं को संबोधित करना चाहिए जो इस लक्ष्य के लिए महत्वपूर्ण हैं.
आणविक लक्ष्य बनाओ, अंतिम फॉर्म, दोनों प्रस्तावों में विश्लेषणात्मक साक्ष्य और मात्रा का आधार स्पष्ट है. सामान्य क्षमता विवरण इस क्रम के लिए कोई उद्धरण स्थापित नहीं करते हैं. समान मूल्य शीर्षकों से एक सामान्य समापन बिंदु का अनुमान लगाने के बजाय प्रत्येक मार्ग स्वामी से बहिष्करण की पहचान करने के लिए कहें.
प्रत्यक्ष एसपीपीएस और फ्रैगमेंट लिगेशन कैसे भिन्न हैं??
सीधे विकल्प में, संपूर्ण 55-अवशेष श्रृंखला को एसपीपीएस द्वारा अंतिम मुक्त एसिड और निर्दिष्ट संशोधन के साथ संगत सुरक्षा और रिलीज रणनीति का उपयोग करके इकट्ठा किया जाता है।. प्रस्ताव में दरार शामिल होनी चाहिए, संरक्षण, शुद्धि, वसूली, और लक्षण वर्णन. चेन असेंबली समय के बारे में एक बयान डिलिवरेबल का केवल एक हिस्सा है.
The तीव्र प्रोटीन रासायनिक संश्लेषण का एमआईटी रिकॉर्ड लेबल पेप्टाइड निर्माता चयनित लंबी श्रृंखलाओं की सीधी असेंबली के लिए संदर्भ प्रदान करता है. यह इस फॉस्फोपेप्टाइड की पुनर्प्राप्ति को स्थापित नहीं करता है, अशुद्धता प्रोफाइल, व्यवहार्यता या कीमत.
खंडित विकल्प में, उम्मीदवार का विभाजन Lys27 और Cys28 के बीच है. शास्त्रीय देशी रासायनिक बंधाव के लिए उपयुक्त सी-टर्मिनल थायोस्टर के रूप में अवशेष 1-27 और उपलब्ध एन-टर्मिनल सिस्टीन के साथ अवशेष 28-55 की आवश्यकता होगी।. दूसरे टुकड़े में निर्दिष्ट फॉस्फोसेरिन होता है. इसका टर्मिनल कार्बोक्सिल अंतिम फ्री-एसिड लक्ष्य के साथ संगत रहना चाहिए.
दायरे की तुलना करने से पहले स्थानीय टुकड़े की स्थिति का मानचित्र बनाएं. प्रस्तावित विभाजन Lys27 पर समाप्त होने वाला 27-अवशेषों वाला पहला खंड और Cys28 पर शुरू होने वाला 28-अवशेषों वाला दूसरा खंड बनाता है।. इसलिए अंतिम लक्ष्य बरकरार रहता है 27 + 28 = 55 अवशेष; शामिल होने से जानबूझकर कोई अन्य अवशेष नहीं डाला जाता है. एसिटाइल हेक्सापेप्टाइड-1 थोक
अनुरोधित फॉस्फोसेरिन अंतिम-श्रृंखला Ser42 है, जो स्थिति बन जाती है 15 दूसरे खंड का: 42 − 27 = 15. केवल "फ़ॉस्फ़ोसेरिन 15" लेबल वाले खंड के उद्धरण के लिए उस संदर्भ फ़्रेम की आवश्यकता होती है. अंतिम श्रृंखला में Ser6 भी शामिल है, सेर20 और सेर53, इसलिए पूर्ण-श्रृंखला एनोटेशन को संरक्षित करना स्थानीय सूचकांक को एक अलग संशोधन अनुरोध बनने से रोकता है.
दोनों समन्वय प्रणालियों को मध्यवर्ती विनिर्देश में रखें. सही अंकगणित वास्तविक फॉस्फेट का स्थानीयकरण नहीं करता है, लेकिन यह किसी भी सामग्री के निर्माण से पहले रूट योजना को साइट को चुपचाप स्थानांतरित करने से रोकता है.
The मूल देशी रासायनिक बंधाव अध्ययन एक पेप्टाइड थायोस्टर का वर्णन करता है जो एक एन-टर्मिनल सिस्टीन के साथ प्रतिक्रिया करके एक देशी एमाइड बॉन्ड बनाता है. प्रस्तावित जंक्शन उस संरचनात्मक विचार का अनुसरण करता है; इन सटीक मध्यवर्ती की अनुकूलता और सफल तैयारी परियोजना प्रश्न बनी हुई है.
| मार्ग | लाभ | सीमाएँ | विचार के पक्ष में स्थितियाँ | सत्यापन की आवश्यकता है |
|---|---|---|---|---|
| 55-मेर का प्रत्यक्ष एसपीपीएस | एक मुख्य श्रृंखला-असेंबली मार्ग; अलग-अलग टुकड़े जोड़ने और मध्यवर्ती सूची से बचा जाता है | संचित अपूर्ण प्रतिक्रियाएँ या कठिन श्रृंखला व्यवहार पुनर्प्राप्ति योग्य लक्ष्य को कम कर सकते हैं | एक संगत पूर्ण-श्रृंखला प्रक्रिया और व्यावहारिक अंतिम शुद्धि समर्थित है | पूर्ण-श्रृंखला पहचान, संशोधन असाइनमेंट, अशुद्धता मूल्यांकन, और वसूली स्वीकार कर ली |
| देशी रासायनिक बंधाव के बाद एसपीपीएस टुकड़े | छोटे खंडों की अलग से जांच की जा सकती है; मूल Cys28 एक उम्मीदवार जंक्शन प्रदान करता है | थियोएस्टर तैयारी की आवश्यकता है, दो खंड पुनर्प्राप्ति, बंधाव, और आगे की समाप्ति | खंडित पहुंच और समाधान व्यवहार अतिरिक्त संचालन को ऑफसेट करने के लिए पर्याप्त अनुकूल हैं | खंड पहचान, सही जंक्शन और फॉस्फेट स्थान, थिओल अवस्था, और अंतिम रूप से स्वीकृत वसूली |
एक उपयोगी प्रस्ताव इसके मार्ग चयन के पीछे के साक्ष्य की पहचान करता है. यदि आपूर्तिकर्ता के पास निकट से संबंधित अनुक्रम का अनुभव है, पूछें कि कौन सी विशेषताएँ मेल खाती हैं और कौन सी भिन्न हैं. यदि किसी भी मार्ग के पास प्रासंगिक समर्थन नहीं है, एक परिभाषित व्यवहार्यता चरण की लागत अलग से हो सकती है. किसी संभावित विभाजन को गारंटीशुदा विनिर्माण योजना में न बदलें.
एक साधारण मुक्त कार्बोक्सिल-टर्मिनल पेप्टाइड के रूप में पहले खंड के लिए एक कीमत स्वचालित रूप से आवश्यक थायोस्टर के लिए एक कीमत नहीं है जीएलपी पेप्टाइड्स प्रस्तावित शास्त्रीय एनसीएल मार्ग. प्रतिक्रियाशील-टर्मिनल तैयारी, इसका लक्षण वर्णन और इसका समर्थित संचालन इनपुट दायरे का हिस्सा है.
वैसे ही, दूसरे खंड में नियोजित जुड़ाव चरण के लिए आवश्यक एन-टर्मिनल सिस्टीन मौजूद होना चाहिए. एक सामान्य खंड प्रमाणपत्र उस प्रतिक्रियाशील-स्थिति प्रश्न का उत्तर नहीं दे सकता है. मार्ग स्वामी से वास्तविक मध्यवर्ती प्रपत्रों की पहचान करने के लिए कहें और वे कहाँ योग्य हैं.
इन आवश्यकताओं का अर्थ यह नहीं है कि कोई विशेष तैयारी मार्ग काम करेगा या कोई भी टुकड़ा अस्थिर है. वे पहचानते हैं कि क्यों दो समान दिखने वाले टुकड़ों की कीमतें अलग-अलग खरीदारी का वर्णन कर सकती हैं. कम ज्वाइनिंग चार्ज उन इनपुट की भरपाई नहीं कर सकता है जिन्हें कोटेशन में शामिल नहीं किया गया है.
मध्यवर्ती मिलीग्राम मात्राएं न जोड़ें और योग को अंतिम लक्ष्य राशि कहें. खंड अपनी स्वयं की टर्मिनल परिभाषाओं के साथ अलग-अलग अणु हैं, और प्रतिक्रियाशील रूप में रसायन विज्ञान शामिल है जिसे केवल अंतिम श्रृंखला पर एक अतिरिक्त समूह के रूप में बनाए नहीं रखा जाता है. मार्ग स्वामी को यह बताना चाहिए कि आपूर्ति किए गए मध्यवर्ती वादे किए गए स्वीकृत उत्पाद का समर्थन कैसे करते हैं, आकर्षक कुल मध्यवर्ती भार पर निर्भर रहने के बजाय.
स्पष्ट बचत कहाँ गायब हो सकती है??
सीधी असेंबली के लिए, एक आकर्षक संश्लेषण चार्ज अतिरिक्त शुद्धि को बाहर कर सकता है, कठिन अलगाव, या निर्दिष्ट राशि प्राप्त करने के लिए दूसरे प्रयास की आवश्यकता है. खंड बंधाव के लिए, दो टुकड़ों की कीमतें प्रतिक्रियाशील-टर्मिनल तैयारी को छोड़ सकती हैं, मध्यवर्ती विश्लेषण, में शामिल होने, और अंतिम शुद्धि. कुल योग की तुलना करने से पहले पूरा दायरा पूछें.
प्रत्येक चरण में सामग्री की खपत को शामिल करें. स्पष्ट अधिकता में उत्पन्न कोई टुकड़ा तभी उपयोगी होता है जब उसकी पहचान हो, प्रतिक्रियाशील अवस्था, और स्थिरता अगले ऑपरेशन का समर्थन करती है. समाधान में मापा गया एक बंधाव रूपांतरण प्रयोगशाला में वितरित शुद्ध अंतिम पेप्टाइड की मात्रा के समान नहीं है.
दोनों मार्ग अलग-अलग अशुद्धता समस्याएँ उत्पन्न कर सकते हैं. प्रत्यक्ष संश्लेषण में अनुक्रम-संबंधित उत्पाद हो सकते हैं जिन्हें अलग करना मुश्किल होता है. बंधाव जुड़ने और संभालने से जुड़े खंडों या अन्य उत्पादों को अप्रयुक्त छोड़ सकता है. न तो अशुद्धता प्रोफ़ाइल स्वचालित रूप से आसान है, और एक सामान्य अंतिम एचपीएलसी प्रतिशत विभिन्न विश्लेषणात्मक ब्लाइंड स्पॉट को छिपा सकता है. पॉलीपेप्टाइड प्रोटीन
अंतिम आणविक परिभाषा तक प्रत्येक मध्यवर्ती का पालन करें. नेटिव एमाइड जंक्शन एक कनेक्टिविटी आवश्यकता है, और अंतिम फ्री-थिओल आवश्यकता एक अलग विशेषता बनी हुई है. सम्मिलित प्रतिक्रिया के पूरा होने को सभी अंतिम सिस्टीन-अवस्था या अशुद्धता आवश्यकताओं के प्रमाण के रूप में न मानें.
न ही अंतिम उत्पाद के परिणाम के लिए मध्यवर्ती शुद्धता प्रतिशत को प्रतिस्थापित किया जाना चाहिए. जुड़ना और ख़त्म करना एक अलग विश्लेषणात्मक वस्तु बनाता है. वितरित 55-मेर को अपने स्वयं के विनिर्देश के लिए उपयुक्त साक्ष्य की आवश्यकता है, जबकि मध्यवर्ती रिकॉर्ड इसे प्राप्त करने के लिए उपयोग किए गए मार्ग की व्याख्या करते हैं.
सबसे उपयोगी मिलान तुलना बताती है कि प्रत्येक उद्धृत उप-योग के बाद क्या किया जाना बाकी है. यदि प्रत्यक्ष असेंबली में अंतिम शुद्धिकरण शामिल होता है जबकि टुकड़ा प्रस्ताव पृथक खंडों पर रुक जाता है, किसी मार्ग को सस्ता घोषित करने से पहले छूटे हुए कार्य की तुलना करें. यदि बंधाव मार्ग अभी भी एक व्यवहार्यता अध्ययन है, उस स्थिति को सुरक्षित रखें. प्रश्न समान स्वीकृत समापन बिंदु तक पहुँचने की लागत और अनिश्चितता का है, अपूर्ण रूप से परिभाषित प्रतिक्रिया शुल्कों का सबसे छोटा योग नहीं.
काउंटरियन एक्सचेंज और एलिकोटिंग भी रिकवरी को बदल सकते हैं. यदि दोनों प्रस्ताव एक ही अंतिम रूप का वादा करते हैं, दोनों में वे ऑपरेशन और संबंधित माप शामिल होने चाहिए. यदि एक प्रस्ताव प्राप्तकर्ता प्रयोगशाला द्वारा आगे काम करने की आवश्यकता वाली बड़ी मात्रा में सामग्री की आपूर्ति करता है, उस कार्य को तुलना में शामिल करें.
परिभाषित करें कि वितरण प्रतिबद्धता सार्थक होने से पहले किस मार्ग की अनिश्चितताओं को हल किया जाना चाहिए. एक व्यवहार्यता प्रस्ताव और एक प्रतिबद्ध अंतिम-उत्पाद प्रस्ताव दोनों उपयोगी हो सकते हैं, लेकिन उनकी कीमतें अलग-अलग दायित्वों को दर्शाती हैं. आविष्कृत विफलता संभावनाओं को निर्दिष्ट करने के बजाय उन क्षेत्रों को दृश्यमान रखें.
एक मिलान आरएफक्यू और लागत वर्कशीट
पूरा एनोटेटेड लक्ष्य भेजें और एक ही समापन बिंदु के लिए दो प्रस्तावों का अनुरोध करें. प्रत्येक प्रस्ताव को निम्नलिखित बातें बताने के लिए कहें, "शामिल" का उपयोग करना," "छोड़ा गया,या अस्पष्ट रिक्त स्थान छोड़ने के बजाय एक अलग से उद्धृत राशि.
| लागत या दायरा मद | प्रत्यक्ष एसपीपीएस प्रस्ताव | खंड-बंधाव प्रस्ताव |
|---|---|---|
| व्यवहार्यता मूल्यांकन या विधि विकास | उद्धृत और दायरा किया जाना है | उद्धृत और दायरा किया जाना है |
| असेंबली और प्रतिक्रियाशील-मध्यवर्ती तैयारी | संपूर्ण-श्रृंखला असेंबली और रिलीज़ स्कोप | दोनों टुकड़े, थिओस्टर तैयारी, और शामिल होने का दायरा |
| शुद्धिकरण, अंतिम फॉर्म, और अलगाव | अंतिम उत्पाद के माध्यम से उद्धृत किया जाना है | अंतिम उत्पाद के माध्यम से उद्धृत किया जाना है |
| सहमत पहचान और अशुद्धता सबूत | बताए जाने वाले तरीके और डिलिवरेबल्स | वही समापन बिंदु साक्ष्य, अतिरिक्त मध्यवर्ती कार्य की पहचान की गई |
| स्वीकृत लक्ष्य-पेप्टाइड मात्रा | 50 सहमत माप के आधार पर मिलीग्राम | 50 उसी आधार पर एमजी |
| एलिकोट्स, प्रलेखन, शिपिंग, और लागू शुल्क | उद्धृत किया जाए | उद्धृत किया जाए |
| दोहराव-कार्य की शर्तें और अनुसूची धारणाएँ | कहा जाना है | कहा जाना है |
इच्छित प्रयोगशाला उपयोग के साथ आरएफक्यू को पूरा करें, आवश्यक आगमन तिथि, शिपिंग गंतव्य, उद्धरण मुद्रा और वैधता, अंतिम स्वीकृति मानदंड, और कोई गोपनीयता व्यवस्था. निर्दिष्ट करें कि क्या अप्रयुक्त मध्यवर्ती या विश्लेषणात्मक संदर्भ सामग्री अनुरोधित डिलीवरी का हिस्सा है. इस उदाहरणात्मक तुलना के लिए किसी आपूर्तिकर्ता से संपर्क नहीं किया गया है.
एक बार प्रतिक्रियाएँ आ जाएँ, मिलान किए गए वितरण योग्य के लिए कुल देय लागत की तुलना करें. सामग्री असाइनमेंट में अंतर को हल करने के बाद ही प्रति स्वीकृत मिलीग्राम लागत की गणना करें, बहिष्कृत सेवाएँ, और परीक्षण सामग्री को बरकरार रखा. यदि साक्ष्य अभी भी किसी भी मार्ग के पक्ष में नहीं है, सबसे कम अपूर्ण उप-योग का चयन करने के बजाय अगला व्यवहार्यता प्रयोग चुनें जो सबसे अधिक परिणामी अनिश्चितता को हल करता है.
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न: लागत के आधार पर पेप्टाइड संश्लेषण मार्गों की तुलना करना
क्या लंबे पेप्टाइड के लिए टुकड़ा बंधाव हमेशा सस्ता होता है? नहीं. छोटे खंड मदद कर सकते हैं, लेकिन जुड़ने और मध्यवर्ती संचालन से काम जुड़ जाता है. शेष राशि पूर्ण अनुक्रम और स्वीकृत अंतिम वसूली पर निर्भर करती है.
क्या तेज़ स्वचालित असेंबली कम डिलीवरी समय की गारंटी देती है? नहीं. शुद्धिकरण, विश्लेषण, अंतिम रूप की तैयारी, और शिपमेंट परियोजना का हिस्सा बना हुआ है. स्वीकृत डिलीवरी के माध्यम से एक शेड्यूल के लिए पूछें.
क्या कोई मार्ग उपज में सुधार के लिए अनुक्रम बदल सकता है?? केवल स्पष्ट रूप से अनुमोदित लक्ष्य परिवर्तन के माध्यम से. यहां इच्छित जंक्शन बिना कोई अवशेष जोड़े मौजूदा Cys28 का उपयोग करता है. एक स्थायी टैग, अवशिष्ट हैंडल या परिवर्तित लिंकेज समापन बिंदु को बदल देगा और इस प्रकार इसकी समीक्षा की जानी चाहिए.
दो उद्धरणों को वास्तव में तुलनीय क्या बनाता है?? वही आणविक विशिष्टता, मात्रा के आधार पर, विश्लेषणात्मक समापन बिंदु, अंतिम फॉर्म, वितरण का दायरा, और अनसुलझे विशिष्टताओं का उपचार. यह तय करने से पहले कि कौन सी कीमत प्रयोग के लिए बेहतर मूल्य दर्शाती है, उन शर्तों को हल करें.
