अमीनो एसिड नोटेशन में ओ - पायरोलिसिन, संदर्भ और संरचनात्मक परिवर्तन
ट्रिपेप्टाइड-1 थोक पेप्टाइड बनाम प्रोटीन O पाइरोलिसिन का प्रतिनिधित्व करता है, संक्षिप्त पाइल, विस्तारित अमीनो एसिड अनुक्रम संकेतन में जो इस आनुवंशिक रूप से एन्कोडेड अवशेष को पहचानता है. यह मानक लाइसिन कोड K से भिन्न है. किसी रिकॉर्ड में O की व्याख्या करने से पहले, पुष्टि करें कि पाठ उस सम्मेलन का उपयोग करके एक पेप्टाइड अनुक्रम है: एक रासायनिक सूत्र में, O ऑक्सीजन को दर्शाता है, और एक अस्पष्टीकृत स्थानीय प्रतीक को स्वचालित अमीनो एसिड असाइनमेंट के बजाय स्पष्टीकरण की आवश्यकता होती है.
तीन चर व्याख्या को व्यवस्थित करने में मदद करते हैं: अंकन प्रणाली, अवशेष को दी गई पहचान, और श्रृंखला में अवशेष की स्थिति. प्रत्येक को बदलने से भिन्न निष्कर्ष प्रभावित हो सकता है. नीचे दिए गए उदाहरण काल्पनिक शिक्षा दे रहे हैं और मापी गई गतिविधि पर जोर नहीं देते हैं, स्थिरता, या संश्लेषण व्यवहार्यता.
प्रतीक के स्रोत से प्रारंभ करें
The RESID डेटाबेस FAQ ओ/पाइल को पाइरोलिसिन के रूप में पहचानता है और कुछ डेटाबेस और कार्यक्रमों में अलग-अलग प्रतिनिधित्व नोट करता है. भिन्नता रिकॉर्ड की परंपराओं का निरीक्षण करने का एक कारण है, पाइल को रासायनिक रूप से लाइसिन से बदलने की अनुमति नहीं. लक्ष्य को स्थानांतरित करते समय मूल अनुक्रम और उसके एनोटेशन को सुरक्षित रखें.
हाओ और सहकर्मियों' 2002 मिथाइलट्रांसफेरेज़ संरचना कागज मेथनोजेन में एक विशिष्ट यूएजी-एन्कोडेड अवशेष की रिपोर्ट करता है और एल-पाइरोलिसिन का प्रस्ताव करता है. इसके विपरीत, the एनसीबीआई मानक आनुवंशिक-कोड तालिका संबंधित डीएनए-फॉर्म कोडन TAG को समाप्ति के रूप में चिह्नित करता है; एनसीबीआई आरएनए यू के लिए उन तालिकाओं में टी के उपयोग की व्याख्या करता है. जैविक संदर्भ आवश्यक है, इसलिए मनमानी यूएजी घटनाओं को सभी को पाइल में परिवर्तित नहीं किया जाना चाहिए.
इसलिए अमीनो एसिड अनुक्रम संकेतन और न्यूक्लियोटाइड अनुवाद अलग-अलग कार्य हैं. एनोटेटेड प्रोटीन रिकॉर्ड में O को पढ़ने के लिए यह दिखावा करने की आवश्यकता नहीं है कि O एक न्यूक्लियोटाइड है. न्यूक्लिक-एसिड अनुक्रम का अनुवाद करने के लिए उपयुक्त आनुवंशिक-कोड और जैविक संदर्भ की आवश्यकता होती है, प्रत्येक स्पष्ट रुकावट को एक असामान्य अमीनो एसिड से बदलने के बजाय.
परिवर्तनशील एक: चरित्र को बनाए रखते हुए नोटेशन संदर्भ बदलें
एक ही मुद्रित पात्र विभिन्न भाषाओं में भाग ले सकता है. एक स्पष्ट O/Pyl सम्मेलन के साथ अनुक्रम फ़ील्ड में, यह एक अवशेष को दर्शाता है. एक आणविक सूत्र में, यह ऑक्सीजन परमाणुओं की गिनती करता है. एक पुराने रिकॉर्ड की छवि में, इसे अंक शून्य से अलग करने की भी आवश्यकता हो सकती है. प्रसंग चरित्र के आकार को बदले बिना व्याख्या को बदल देता है.
| प्रसंग | ओ की व्याख्या कैसे करें? | आगे बढ़ने से पहले क्या जांचें? |
|---|---|---|
| विस्तारित कोड का समर्थन करने वाले एनोटेटेड पेप्टाइड या प्रोटीन अनुक्रम | पायरोलिसिन अवशेष, पाइल | स्रोत परिभाषा, पद, और प्रासंगिक टिप्पणियाँ |
| रासायनिक सूत्र | ऑक्सीजन तत्व का प्रतीक | सूत्र वाक्यविन्यास और परमाणु गणना |
| अस्पष्टीकृत स्थानीय प्रयोगशाला संक्षिप्तीकरण | अर्थ अपुष्ट रहता है | रिकॉर्ड के लेखक से संकेतन कुंजी या स्पष्टीकरण |
| अस्पष्ट टाइपोग्राफी वाली छवि या पाठ | एक प्रतिलेखन समस्या हो सकती है जिसकी समीक्षा की आवश्यकता है | मूल अभिलेख और अक्षर O और शून्य के बीच अंतर |
| न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम या अनुवाद आउटपुट | क्षेत्र और अनुवाद सम्मेलन की समीक्षा की आवश्यकता है | अनुक्रम प्रकार, कोड तालिका, और जैविक टिप्पणियाँ |
संदर्भ को स्पष्ट करने का अपेक्षित प्रभाव बेहतर व्याख्यात्मकता है, अंतर्निहित अणु में परिवर्तन नहीं. प्रतिलेखन को सही करने से प्रस्तावित लक्ष्य बदल सकता है, तथापि, यदि पहले की व्याख्या गलत थी. पाठ को चुपचाप सामान्यीकृत करने के बजाय मूल रिकॉर्ड और प्रलेखित सुधार दोनों को सुरक्षित रखें.
किसी असमर्थित O को केवल इसलिए K से न बदलें क्योंकि कोई प्रोग्राम K को स्वीकार करता है. तकनीकी रूप से सुविधाजनक प्रतिस्थापन रासायनिक वस्तु को बदल सकता है. बिचौलिया पेप्टाइड्स यदि उपकरण इच्छित अवशेष का प्रतिनिधित्व नहीं कर सकता है, एक उपयुक्त एनोटेशन या अन्य प्रतिनिधित्व का उपयोग करें जिसका अर्थ सत्यापित किया जा सके.
चर दो: एक स्थान पर पायरोलिसिन को लाइसिन से बदलें
काल्पनिक शिक्षण: चार-अवशेष लक्ष्य को GOAS लिखा जाता है, O के साथ स्थिति को स्पष्ट रूप से Pyl के रूप में परिभाषित किया गया है 2. उस अवशेष को K से बदलने पर GKAS मिलता है. अवशेषों की संख्या चार रहती है, लेकिन अवशेषों की पहचान और रासायनिक संरचना बदल जाती है. इसलिए दोनों अनुक्रमों में अलग-अलग लक्ष्य परिभाषाएँ और उचित रूप से गणना की गई जनता होनी चाहिए.
यह परिवर्तन चार्ज के बारे में सार्वभौमिक भविष्यवाणी को उचित नहीं ठहराता है, घुलनशीलता, या जैविक गतिविधि. पायरोलिसिन का लाइसिन से संबंध उनकी पार्श्व श्रृंखलाओं को विनिमेय नहीं बनाता है. त्रिपेपटाइड 1 उत्पादक किसी भौतिक संपत्ति की व्याख्या करना, सटीक संरचनाओं पर विचार करें, शेष क्रम, टर्मिनी, संशोधनों, और माप की शर्तें.
एक उपयोगी तुलना यह निर्दिष्ट करेगी कि परियोजना प्रतिस्थापन से क्या सीखना चाहती है और अन्य प्रासंगिक विशेषताओं को सुसंगत बनाए रखेगी. इसे उन संपत्तियों की भी पहचान करनी चाहिए जिन्हें मापा नहीं गया है. एक परिकलित संरचना परिवर्तन प्रयोगात्मक रूप से प्रदर्शित कार्यात्मक परिवर्तन से भिन्न होता है.
एक ऑर्डर के लिए, तकनीकी टीम से ऑर्डर फॉर्म द्वारा स्वीकार किए गए केवल पत्र के बजाय संपूर्ण रासायनिक पहचान की पुष्टि करने के लिए कहें. यदि कोई आपूर्तिकर्ता किसी विकल्प या संरक्षित व्युत्पन्न का प्रस्ताव करता है, निर्धारित करें कि क्या यह इच्छित अंतिम लक्ष्य से मेल खाता है. अमीनो एसिड बिल्डिंग ब्लॉक का स्रोत स्वचालित रूप से इस बात का सबूत नहीं है कि अनुरोधित तैयार पेप्टाइड का उत्पादन और विशेषता की गई है. स्काई पेप्टाइड
चर तीन: अवशेष संरचना को बनाए रखते हुए O को स्थानांतरित करें
अब समान निर्दिष्ट टर्मिनल और संशोधन मान्यताओं के तहत GOAS की GAOS से तुलना करें. दोनों में ग्लाइ होता है, पाइल, अला, और एक बार सेर, लेकिन पाइल स्थान पर है 2 पहले क्रम और स्थिति में 3 दूसरे में. क्रम बदलने पर अवशेष संरचना अपरिवर्तित रहती है.
समान रासायनिक धारणाओं के तहत, इसलिए रचना-आधारित तटस्थ द्रव्यमान समान होते हैं. एक मेल खाता अक्षुण्ण द्रव्यमान स्वयं उन स्थितीय अनुक्रमों को अलग नहीं कर सकता है. आवश्यक साक्ष्य को उस आदेश या साइट भेद को संबोधित करना चाहिए जो परियोजना के लिए मायने रखता है. सही ढंग से गणना किया गया द्रव्यमान उपयोगी होता है, लेकिन यह अनुक्रम पहचान का पूर्ण प्रमाण नहीं है.
किसी अवशेष को स्थानांतरित करने से स्थानीय इंटरैक्शन में परिवर्तन हो सकता है, लेकिन कार्यात्मक परिवर्तन की कोई सार्वभौमिक दिशा या परिमाण इस शिक्षण उदाहरण से अनुसरण नहीं करता है. एक वैरिएंट को अधिक स्थिर लेबल न करें, अधिक घुलनशील, या प्रासंगिक साक्ष्य के बिना अधिक सक्रिय. यहां समर्थित गुणात्मक भविष्यवाणी यह है कि संरचना साझा करने के बावजूद संरचनाएं भिन्न होती हैं.
नंबरिंग को पूरे अनुक्रम और उसकी बताई गई दिशा के अनुरूप रखें. यदि किसी रिकॉर्ड में कोई पूर्ववर्ती शामिल है, टैग, या संसाधित प्रपत्र, स्पष्ट करें कि कौन सी नंबरिंग प्रणाली का उपयोग किया जा रहा है. उस संदर्भ के बिना एक स्थिति लेबल किसी अन्य दस्तावेज़ में एक अलग अवशेष की ओर इशारा कर सकता है.
चार काल्पनिक लक्ष्यों के साथ अवशिष्ट पहचान को स्थिति से अलग करें
दो संरचनात्मक परिवर्तनों को एक छोटे तुलना मैट्रिक्स के रूप में व्यवस्थित किया जा सकता है. मुक्त एन और सी टर्मिनी के साथ चार काल्पनिक रैखिक पेप्टाइड्स को परिभाषित करें, कोई अतिरिक्त संशोधन नहीं, और प्रत्येक चिरल अवशेष पर एल विन्यास. ग्लाइसीन अचिरल है. O यहाँ स्पष्ट रूप से पाइरोलिसिन को दर्शाता है. ये डिज़ाइन किए गए शिक्षण लक्ष्य हैं, रिपोर्ट नहीं किए गए संश्लेषण, माप या जैविक परिणाम. त्रिपेपटाइड 1 देने वाला
| अवशेष पहचान | स्थान पर विशेष अवशेष 2 | स्थान पर विशेष अवशेष 3 |
|---|---|---|
| पायरोलिसिन | एच-गोस-ओह | एच-GAOS-ओएच |
| लाइसिन | एच-जीकेएएस-ओह | एच-GAKS-ओह |
दोनों की व्याख्या करने से पहले एक अक्ष पर तुलना करें
GOAS बनाम GKAS अन्य स्थितियों को स्थिर रखते हुए स्थिति दो पर पहचान बदल देता है. GAOS बनाम GAKS स्थिति तीन पर संबंधित पहचान परिवर्तन करता है. दोनों तुलनाएँ Pyl को Lys से प्रतिस्थापित करती हैं, इसलिए न तो यह दावा है कि अवशेष विनिमेय हैं. वे अलग-अलग आणविक विरोधाभासों को परिभाषित करते हैं जिनके लिए अपने स्वयं के लक्षण वर्णन और प्रासंगिक माप की आवश्यकता होगी.
जीओएएस बनाम जीएओएस इसके बजाय अवशेष सूची को संरक्षित करते हुए पाइल और अला की स्थिति का आदान-प्रदान करता है. GKAS बनाम GAKS Lys और Ala का समान आदान-प्रदान करता है. बताई गई धारणाओं के तहत प्रत्येक स्थानांतरण जोड़ी की मौलिक संरचना समान होती है, भले ही इसका क्रम अलग-अलग हो. संरचना-आधारित अक्षुण्ण द्रव्यमान यह तय नहीं कर सकता कि किसी भी स्थानांतरण जोड़ी का कौन सा सदस्य मौजूद है.
एक विकर्ण तुलना, जैसे कि GOAS बनाम GAKS, पहचान और स्थिति एक साथ बदलती है. यह किसी विशेष परियोजना के लिए उपयोगी तुलना हो सकती है, लेकिन अंतर को केवल पाइल के प्रतिस्थापन या केवल स्थानांतरण के लिए नहीं सौंपा जा सकता है. किसी संपत्ति माप की व्याख्या करने से पहले मैट्रिक्स उस उलझन को दृश्यमान बना देता है.
एक स्थिति संख्या एक अवशेष की पहचान करती है, संपूर्ण स्थानीय परिवेश नहीं
विशेष अवशेषों को स्थिति दो से स्थिति तीन पर ले जाने से इसके अनुक्रम पड़ोसी बदल जाते हैं: यह पहली व्यवस्था में ग्लाइ और अला के बीच और दूसरी व्यवस्था में अला और सेर के बीच स्थित है. इच्छित टर्मिनी वही रहती है, लेकिन उस अवशेष से उनकी अनुक्रम दूरी भी भिन्न होती है. ये संरचनात्मक अवलोकन हैं, प्रभारी में किसी विशेष परिवर्तन की भविष्यवाणी नहीं, रचना, घुलनशीलता या गतिविधि.
यदि बाद के प्रयोग में कोई अंतर मिलता है, इसे इसकी मापी गई शर्तों के तहत परिभाषित जोड़ी के परिणाम के रूप में वर्णित करें. इसे पाइल युक्त प्रत्येक पेप्टाइड के लिए सामान्यीकृत न करें. कोई परिणाम आसपास के अनुक्रम और मापी जा रही संपत्ति पर निर्भर हो सकता है. चार-लक्ष्य डिज़ाइन किसी आविष्कृत दिशा या परिमाण की आपूर्ति के बिना उन निर्भरताओं को चर्चा योग्य बनाता है.
सशर्त प्रश्न पूछने के लिए चार मापों का उपयोग करें
कल्पना करना, परिकल्पित, तुलनीय परिस्थितियों में सभी चार विशिष्ट लक्ष्यों के लिए एक उपयुक्त समापन बिंदु मापा जाता है. पाइल जोड़ी के लिए स्थानांतरण अंतर की तुलना Lys जोड़ी के लिए स्थानांतरण अंतर से करें. यदि माप की अनिश्चितता को देखते हुए वे अंतर अलग-अलग हैं, इस प्रणाली में दो अवशेष पहचानों के लिए स्थिति प्रभाव समान नहीं है.
यह एक विश्लेषण योजना है, यह दावा नहीं है कि कोई अंतःक्रिया मौजूद है. यहां कोई समापन बिंदु मान निर्दिष्ट नहीं किया गया है. समझौते को भी सावधानीपूर्वक व्याख्या की आवश्यकता होगी: एक असंवेदनशील विधि या गलत परिणाम अंतर छिपा सकते हैं. किन्हीं चार संख्याओं को पूर्ण आणविक स्पष्टीकरण मानने के बजाय मान एकत्र करने से पहले एक गुण का चयन करें और एक उचित तुलना करें.
संपत्ति की व्याख्या करने से पहले संरचनात्मक साक्ष्य चुनें
GOAS के अनुरूप एक अक्षुण्ण द्रव्यमान कुछ संरचना-परिवर्तनशील विकल्पों को अलग करने में मदद कर सकता है, संगत Lys प्रतिस्थापन सहित, लेकिन यह अकेले GOAS-बनाम-GAOS आदेश स्थापित नहीं कर सकता. पहचान साक्ष्य को प्रत्येक जोड़ी से संबंधित अंतर को संबोधित करना चाहिए. यदि किसी तैयारी का अनुक्रम या सम्मिलित अवशेष अनसुलझा रहता है तो संपत्ति अंतर की व्याख्या करना मुश्किल है.
साथ ही तुलना की मात्रा के आधार और अंतिम रासायनिक रूपों को समापन बिंदु के लिए पर्याप्त रूप से सुसंगत रखें. यदि एक तैयारी का मूल्यांकन सकल पाउडर द्रव्यमान पर और दूसरे का निर्धारित लक्ष्य मात्रा पर किया जाता है, स्पष्ट अंतर में राशि-असाइनमेंट अंतर शामिल हो सकता है. यदि टर्मिनी या अतिरिक्त समूह भिन्न हैं, प्रत्येक चीज़ का श्रेय दो मैट्रिक्स अक्षों को देने के बजाय उन परिवर्तनों का दस्तावेज़ीकरण करें.
उपयोगी निष्कर्ष एक सीमित विरोधाभास है: कौन सा आणविक गुण बदल गया, कौन सा फीचर स्थिर रहा, कौन से साक्ष्य तुलनात्मक लक्ष्य स्थापित करते हैं, और चुना गया समापन बिंदु क्या दिखा सकता है. यह O के अर्थ को एक विशिष्ट रासायनिक प्रश्न में बदल देता है जबकि बिना मापे गए व्यवहार को स्पष्ट रूप से अज्ञात छोड़ देता है.
बड़े पैमाने पर लेखांकन और साक्ष्य सीमा को स्पष्ट रखें
पेप्टाइड में शामिल मुक्त पायरोलिसिन और पायरोलिसिन अवशेष अलग-अलग सूत्र-लेखांकन वस्तुएं हैं. मुक्त एन के साथ एक असंशोधित रैखिक श्रृंखला के लिए- और सी-टर्मिनी, अवशेष-आधारित गणना अवशेषों के योगदान का योग करती है और श्रृंखला के लिए एक पानी के अणु को जोड़ती है. संशोधित टर्मिनी, क्रॉस-लिंक, और अन्य रासायनिक परिवर्तनों के लिए अपने स्वयं के लेखांकन की आवश्यकता होती है.
निर्दिष्ट करें कि क्या गणना मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान या औसत दाढ़ द्रव्यमान का उपयोग करती है, और उपयुक्त इकाइयों का उपयोग करें. इच्छित आइसोटोप संरचना बताएं और मापा आयन के द्रव्यमान-से-चार्ज अनुपात से तटस्थ द्रव्यमान को अलग करें. यह आलेख काल्पनिक लक्ष्यों को संख्यात्मक द्रव्यमान निर्दिष्ट नहीं करता है क्योंकि उनके पूर्ण रासायनिक विनिर्देशों को पहले पुष्टि की आवश्यकता होगी.
| वेरिएबल बदल गया | गुणात्मक प्रभाव समर्थित | निष्कर्ष स्वचालित रूप से समर्थित नहीं है | सत्यापन की आवश्यकता है |
|---|---|---|---|
| संकेतन प्रसंग | चरित्र की व्याख्या करने का तरीका बदल जाता है | यह साबित नहीं करता कि भौतिक नमूने में कोई विशेष अवशेष है | स्रोत सम्मलेन, क्षेत्र प्रकार, और अस्पष्टता का स्पष्टीकरण |
| O/Pyl को K/Lys द्वारा प्रतिस्थापित किया गया | श्रृंखला की लंबाई को संरक्षित करते हुए अवशेषों की पहचान और संरचना को बदलता है | सार्वभौमिक प्रभार या गतिविधि परिवर्तन स्थापित नहीं करता है | इच्छित तुलना के लिए प्रासंगिक पूर्ण संरचना और माप |
| ओ उसी रचना के भीतर चला गया | मेल खाती धारणाओं के तहत रचना-आधारित द्रव्यमान को अपरिवर्तित छोड़ते हुए अनुक्रम क्रम बदलता है | कार्यात्मक तुल्यता स्थापित नहीं करता है | स्थिति-जागरूक पहचान साक्ष्य और कोई आवश्यक कार्यात्मक मूल्यांकन |
पाइल को लिस से बदलना और पाइल को दूसरी स्थिति में ले जाना अलग-अलग संरचनात्मक परिवर्तन हैं. पहला परिवर्तन अवशेषों की पहचान और संरचना को बदलता है; दूसरा, सुमेलित रासायनिक मान्यताओं के तहत संरचना को संरक्षित करते हुए क्रम बदलता है. साक्ष्य का चयन करते समय और तुलना की व्याख्या करते समय उन अंतरों को सुरक्षित रखें.
रिकॉर्ड का उपयोग करने से पहले, कोड कन्वेंशन की पुष्टि करें, पूरा क्रम, एन-टू-सी दिशा, पदों, त्रिविम, टर्मिनी, और संशोधन. किसी भी विश्लेषणात्मक साक्ष्य को वास्तविक नमूने से जोड़ें. अनसुलझी जानकारी को निकटतम परिचित अमीनो एसिड से भरने के बजाय स्पष्ट रूप से चिह्नित करें.
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्नों
क्या पाइल को स्थिति दो से तीन तक ले जाने से संरचना बदल जाती है? समान टर्मिनल और संशोधन मान्यताओं के तहत GOAS/GAOS जोड़ी के लिए नहीं. आदेश परिवर्तन, इसलिए अक्षुण्ण रचना अकेले जोड़ी को अलग नहीं कर सकती.
क्या GOAS-to-GAKS तुलना Pyl-to-Lys प्रतिस्थापन प्रभाव को अलग कर सकती है? नहीं. यह अवशेषों की पहचान और स्थिति को एक साथ बदल देता है. ऐसे विरोधाभासों का उपयोग करें जो सुविधा को स्थिर बनाए रखें.
क्या यह मैट्रिक्स भविष्यवाणी करता है कि कौन सा लक्ष्य अधिक सक्रिय या घुलनशील है? नहीं. यह काल्पनिक संरचनात्मक तुलनाओं को परिभाषित करता है. एक संपत्ति निष्कर्ष के लिए वास्तविक विशिष्ट तैयारियों पर उचित माप की आवश्यकता होती है.
