मुस्कुराहट का क्रम - स्टीरियोकेमिस्ट्री को संरक्षित करें, कनेक्टिविटी और पेप्टाइड टर्मिनी
एमएपीएस पेप्टाइड मूल्य तुलना एक पेप्टाइड प्रतिनिधित्व सफलतापूर्वक पार्स कर सकता है और फिर भी गलत अणु को एनकोड कर सकता है. कौन सी टर्मिनी तय करने के बाद ही GA को एक संरचना में परिवर्तित करना सीधा है, कॉन्फ़िगरेशन और नमूना प्रपत्र GA दर्शाता है. उपयोगी समीक्षा आणविक ग्राफ के माध्यम से उन निर्णयों का अनुसरण करती है; यह एक प्रशंसनीय ड्राइंग या हरे पार्सर स्थिति पर नहीं रुक सकता.
नीचे दी गई पाँच ग़लतफ़हमियाँ काल्पनिक रूपांतरण चुनौतियों का उपयोग करती हैं. वे वर्णन करते हैं कि एक समीक्षक को क्या परीक्षण करना चाहिए, यह दावा करने के बजाय कि एक विशेष सॉफ़्टवेयर पाइपलाइन चलायी गयी है या मान्य की गयी है. एक ही असंशोधित अनुक्रम को बार-बार परिवर्तित करने की तुलना में एक संक्षिप्त चुनौती सेट अधिक जानकारीपूर्ण हो सकता है, क्योंकि प्रत्येक इनपुट एक संरचनात्मक विशेषता को बदलता है जिसका संरक्षण मायने रखता है.
H-Gly-L-Ala-OH जैसे लिखित संदर्भ से शुरुआत करें, मुक्त टर्मिनी के साथ एक रैखिक डाइपेप्टाइड. इसका संक्षिप्त अवशेष अनुक्रम GA है. ग्लाइसिन में कोई अल्फा-कार्बन स्टीरियोसेंटर नहीं है, जबकि एलानिन करता है. कुछ भी उत्पन्न करने से पहले, सहमत हैं कि क्या अनुरोधित प्रतिनिधित्व को एक अनावेशित सहसंयोजक रूप दिखाना चाहिए, एक विशेष प्रोटोनेशन अवस्था, या एक निर्दिष्ट नमक संरचना. वे अलग-अलग रिपोर्टिंग विकल्प हैं.
ग़लतफ़हमी एक: अक्षर प्रत्येक परमाणु और अंतिम समूह को निर्दिष्ट करते हैं
दोषपूर्ण तर्क यह है कि जीए में नमूने को परिभाषित करने के लिए आवश्यक सभी जानकारी शामिल है. It does not distinguish the free carboxyl terminus from a C-terminal amide, nor does it identify an N-terminal acetyl group. A sequence importer may supply defaults, but an unstated default is an assumption about the molecule.
The correction is to separate residue order from the rest of the target specification. Record N-to-C order, free or modified termini, every modification site, and any side-chain connection. If a reagent has been attached through a linker, specify the linker and attachment bond rather than adding the reagent’s commercial name to a comment field.
In the hypothetical example, H-Gly-L-Ala-OH and H-Gly-L-Ala-NH2 share the letters GA but have different terminal compositions. A conversion using the wrong terminal default can produce a perfectly valid structure that is wrong for the order. व्याख्या किए गए आणविक ग्राफ में सीधे टर्मिनल परमाणुओं की समीक्षा करें.
फ्री-एसिड जीए युक्त प्रस्तावित चुनौती सेट पर विचार करें, जीए के बीच, एन-एसिटाइल-जीए मुक्त एसिड, और ग्लाइ-डी-अला मुक्त एसिड. पहले तीन जानबूझकर टर्मिनल संरचना बदलते हैं; चौथा एक कॉन्फ़िगर किए गए केंद्र को बदलते समय फ्री-एसिड संरचना रखता है. एक सूत्र तुलना को प्रासंगिक टर्मिनल परिवर्तनों को अलग करना चाहिए लेकिन एल/डी जोड़ी को अलग नहीं करेगा. एक स्टीरियोकेमिकल तुलना उस शेष अंतर को संबोधित करती है. इनमें से कोई भी इनपुट किसी शाखा या गैरमानक लिंकर के लिए समर्थन स्थापित नहीं करता है, जिसके लिए एक अलग चुनौती की आवश्यकता होगी.
एक महत्वपूर्ण प्रति उदाहरण इस चेतावनी को सीमित करता है: एक प्रलेखित आंतरिक प्रारूप स्पष्ट रूप से सभी अचिह्नित अनुक्रमों को मुक्त टर्मिनी के साथ रैखिक एल पेप्टाइड्स के रूप में परिभाषित कर सकता है. उस नियंत्रित सम्मेलन के भीतर, चूक वैध हो सकती है. आवश्यकता कन्वेंशन को संरक्षित करने और यह पुष्टि करने की है कि यह विशिष्ट इनपुट पर लागू होता है, प्रत्येक वर्कफ़्लो में डिफ़ॉल्ट को प्रतिबंधित न करें.
ग़लतफ़हमी दो: @ प्रतीक का अर्थ है एल अमीनो एसिड
दोषपूर्ण तर्क L को एक निश्चित SMILES वर्ण में और D को दूसरे में अनुवाद करना है. मुस्कान में, टेट्राहेड्रल स्टीरियोकेमिकल संकेतन उस क्रम पर निर्भर करता है जिसमें पड़ोसी परमाणुओं का प्रतिनिधित्व किया जाता है. यह जैव रासायनिक एल/डी प्रणाली के लिए एक सार्वभौमिक मुद्रित लेबल नहीं है.
The ओपनस्माइल्स विशिष्टता स्ट्रिंग में पड़ोसी परमाणुओं के संबंध में चिरलिटी को परिभाषित करता है. ट्रैवर्सल को पुन: व्यवस्थित करने से समान कॉन्फ़िगरेशन बनाए रखते हुए @ मार्कर बदल सकता है. कॉन्फ़िगर किए गए ग्राफ़ या समकक्ष स्टीरियोकेमिकल संदर्भ की समीक्षा करें, मुद्रित मार्कर को एल/डी लेबल के रूप में मानने के बजाय.
एच-ग्लाइ-एल-अला-ओएच के लिए, एलेनिन केंद्र का निरीक्षण करें और पहचानें कि ग्लाइसिन को अल्फा-कार्बन चिरैलिटी असाइनमेंट की आवश्यकता नहीं है. अतिरिक्त स्टीरियोसेंटर वाले अवशेषों के लिए, केवल अल्फा कार्बन की जाँच करना अपर्याप्त है. एक गैर-मानक अमीनो एसिड को एक-अक्षर वर्णमाला के अनौपचारिक विस्तार के बजाय पूरी तरह से स्पष्ट संरचना की आवश्यकता हो सकती है.
द करेंट RDKit आणविक-फ़ाइल दस्तावेज़ीकरण एल या डी अमीनो एसिड के लिए मोलफ्रॉमसीक्वेंस प्रोटीन फ्लेवर और स्टीरियोकेमिकल आउटपुट के विकल्पों का वर्णन करता है. एक वैश्विक स्वाद मिश्रित-विन्यास का पूर्ण विवरण नहीं है, चयनात्मक रूप से संशोधित पेप्टाइड. समीक्षा करें कि चयनित आयातक क्या समर्थन करता है और परिणामी केंद्रों का निरीक्षण करें; स्टीरियोकेमिकल आउटपुट का अनुरोध उस कॉन्फ़िगरेशन की आपूर्ति नहीं कर सकता जिसे इनपुट ने छोड़ दिया है.
आवश्यक साक्ष्य एक समीक्षा की गई इनपुट परंपरा और परिणामी ग्राफ की एक स्टीरियोकेमिकल तुलना है. एक आणविक सूत्र या कुल द्रव्यमान एनैन्टीओमर्स को अलग नहीं करता है. कॉन्फ़िगरेशन-संवेदनशील लक्ष्य के लिए एकमात्र स्वीकृति परीक्षण के रूप में इसका उपयोग न करें.
भ्रांति तीन: मिलान सूत्र मिलान कनेक्टिविटी को सिद्ध करता है
दोषपूर्ण तर्क यह है कि समान मौलिक संरचना वाले दो आउटपुट को समान पेप्टाइड का वर्णन करना चाहिए. काल्पनिक डाइपेप्टाइड्स ग्लाइ-अला और अला-ग्लाइ दुकान/ समान अवशेष संरचना है और, मिलान मुक्त टर्मिनी के साथ, वही आणविक सूत्र. उनके अवशेष क्रम और टर्मिनल वातावरण अलग-अलग हैं.
सुधार घोषित एन टर्मिनस से सी टर्मिनस तक रीढ़ की हड्डी का पालन करना है. सत्यापित करें कि प्रत्येक अवशेष साइड चेन इच्छित बैकबोन स्थिति से जुड़ा हुआ है. फिर संशोधन बांड और किसी शाखा या रिंग का अलग से निरीक्षण करें. एक सामान्य अनुक्रम जांच एक अनिर्दिष्ट चक्रीकरण टोपोलॉजी स्थापित नहीं कर सकती है.
दूसरी काल्पनिक तुलना में एक एसिटाइल समूह शामिल होता है जो या तो पात्र एन-टर्मिनल नाइट्रोजन या लाइसिन साइड-चेन नाइट्रोजन से जुड़ा होता है।. अकेले बड़े पैमाने पर वृद्धि अनुलग्नक स्थल की पहचान नहीं करती है. एक प्रतिनिधित्व जो केवल ग्राफ़ में कहीं सही परमाणु जोड़ता है, एक मान्य रूपांतरण नहीं है.
एक उपयोगी त्रुटि डिटेक्टर के रूप में रचना का उपयोग करें: लुप्त परमाणु या कोई अनपेक्षित अंत समूह इसे बदल सकता है. फिर कनेक्टिविटी और स्टीरियोकेमिस्ट्री को अतिरिक्त के रूप में उपयोग करें कच्चा अमीनो पेप्टाइड्स विभिन्न उद्देश्यों के साथ परीक्षण. ये चेक एक दूसरे के पूरक हैं; उन्हें एक "संरचना मिलान" चेकबॉक्स में संपीड़ित नहीं किया जाना चाहिए.
भ्रांतियाँ चार और पाँच: पार्सर सफलता और पाठ पहचान समीक्षा को व्यवस्थित करती है
ग़लतफ़हमी चार: यदि सॉफ़्टवेयर स्ट्रिंग को पढ़ता है, लक्ष्य सही है. सफल पार्सिंग का मतलब है कि सॉफ़्टवेयर ने अपने नियमों के तहत प्रतिनिधित्व स्वीकार कर लिया है. यह नहीं दिखाता कि इनपुट ने अनुरोधित पेप्टाइड का वर्णन किया है. एक वैध लेकिन उलटा क्रम, अनिर्दिष्ट स्टीरियोसेंटर, या गलत टर्मिनल समूह सिंटैक्स जांच से बच सकता है.
एक अनुक्रम दौर की यात्रा भ्रामक हो सकती है. एक रूपांतरण प्रणाली की कल्पना करें जो पूरी तरह से एनोटेटेड जीए एमाइड को पढ़ती है, डिफ़ॉल्ट रूप से एक फ्री-एसिड ग्राफ़ बनाता है, और फिर GA अक्षर निर्यात करता है. पहले और आखिरी अवशेष स्ट्रिंग की तुलना करने पर सहमति की रिपोर्ट मिलती है, भले ही अनुरोधित टर्मिनल एमाइड खो गया हो. निर्यात ने त्रुटि को उजागर करने के लिए आवश्यक सुविधा को बिल्कुल खारिज कर दिया. प्रत्येक सुविधा के लिए एक संरचना-स्तरीय संदर्भ बनाए रखें जिसे अंतिम अनुक्रम प्रारूप प्रस्तुत नहीं कर सकता है.
यही समस्या तब होती है जब कोई अनुक्रम निर्यातक स्टीरियोकेमिकल एनोटेशन को छोड़ देता है. ऐसी निर्यात नीति के तहत ग्लाइ-एल-अला और ग्लाइ-डी-अला दोनों जीए में गिर सकते हैं. उस कम वर्णमाला के माध्यम से एक सफल दौर की यात्रा अवशेषों की पहचान और व्यवस्था का परीक्षण करती है, पूर्ण आणविक तुल्यता नहीं. बताएं कि राउंड-ट्रिप समझौते को सत्यापन मानने से पहले प्रत्येक रूपांतरण में कौन सी जानकारी बची रहती है.
विफलता को संबंधित स्तर पर विफलता के रूप में दर्ज करें: असमर्थित इनपुट, वाक्यविन्यास अस्वीकृति, ग़लत टर्मिनल ग्राफ़, गायब स्टीरियोकेमिस्ट्री, या एक तुलना नीति जो आवश्यक भेद मिटा देती है. एक पार्सर अस्वीकृति असमर्थित रसायन विज्ञान के प्रति एक ईमानदार प्रतिक्रिया हो सकती है. सामान्य अवशेष का मौन प्रतिस्थापन अधिक गंभीर व्याख्या त्रुटि पैदा करता है क्योंकि आउटपुट पूर्ण दिखाई देता है.
भ्रांति पांचवां: अलग-अलग मुस्कान टेक्स्ट का मतलब हमेशा अलग-अलग केमिस्ट्री होता है. विभिन्न परमाणु ट्रैवर्सल ऑर्डर एक ही आणविक ग्राफ का प्रतिनिधित्व कर सकते हैं. इसलिए कच्चे पाठ की तुलना एक अविश्वसनीय सार्वभौमिक पहचान परीक्षण है. एक प्रलेखित सॉफ़्टवेयर वातावरण में कैनोनिकलाइज़ेशन प्रक्रिया मदद कर सकती है, लेकिन यह अभी भी इनपुट रसायन विज्ञान और प्रतिनिधित्व नीतियों पर निर्भर करता है. इनोपेप्टाइड
सुधार तुलना स्तर को निर्दिष्ट करने के लिए है. आरोपों के एक सहमत उपचार के तहत कनेक्टिविटी और स्टीरियोकैमिस्ट्री की तुलना करें, प्रतिवाद, और अन्य प्रासंगिक विशेषताएं. यदि डाउनस्ट्रीम कार्य के लिए उन भेदों की आवश्यकता होती है तो नमक को स्वचालित रूप से न हटाएं या प्रोटोनेशन को मानकीकृत न करें. डेटाबेस खोज के लिए समतुल्यता भौतिक नमूना विनिर्देश के लिए समतुल्यता से भिन्न हो सकती है. तंत्रिका विज्ञान अनुसंधान क्षेत्र/पेज/2
| जांच की चौकी | संरक्षित करने हेतु रिकार्ड | पास क्या स्थापित नहीं करता |
|---|---|---|
| अनुक्रम व्याख्या | वर्णमाला, दिशा, स्रोत, दोहराव, और अनसुलझे प्रतीक | टर्मिनल रसायन विज्ञान या संशोधन स्थान जब तक स्पष्ट रूप से शामिल न हो |
| ग्राफ निर्माण | टर्मिनल परमाणु, रीढ़ की हड्डी का आदेश, लिंकेज, और संशोधन बांड | सही कनेक्टिविटी से ही सही स्टीरियोकेमिस्ट्री |
| स्टीरियोकेमिकल समीक्षा | प्रत्येक को कॉन्फ़िगर किया गया केंद्र और उसका संदर्भ असाइनमेंट आवश्यक है | संश्लेषित शीशी की भौतिक एनैन्टीओमेरिक शुद्धता |
| प्रतिनिधित्व तुलना | सॉफ़्टवेयर संस्करण और शुल्क, नमक, और सामान्यीकरण नीति | जैविक तुल्यता या पूर्ण नमूना लक्षण वर्णन |
एक व्यावहारिक हैंडओवर में मूल विशिष्टता शामिल होती है, उत्पन्न प्रतिनिधित्व, व्याख्या की गई संरचना, रूपांतरण सेटिंग्स, और समीक्षा निर्णय. एक दूसरे व्यक्ति को यह पहचानने में सक्षम होना चाहिए कि क्या माना गया था और क्या स्पष्ट रूप से निर्दिष्ट किया गया था. विफल मामलों के साथ-साथ स्वीकृत आउटपुट को भी सुरक्षित रखें ताकि असमर्थित रसायन विज्ञान रिकॉर्ड से गायब न हो जाए.
असंबद्ध घटकों को अपनी स्वयं की समीक्षा की आवश्यकता है. SMILES में एक बिंदु घटकों को उनके बीच सहसंयोजक बंधन निर्दिष्ट किए बिना अलग करता है. यदि किसी इनपुट में पेप्टाइड और काउंटरियन शामिल है, एक सामान्यीकरण कदम जानबूझकर केवल पेप्टाइड घटक को बनाए रख सकता है. यह एक वर्णनकर्ता गणना के अनुरूप हो सकता है लेकिन आपूर्ति किए गए नमक विनिर्देश से जानकारी हटा देता है. स्रोत को अधिलेखित करने के लिए सामान्यीकरण की अनुमति देने के बजाय मूल घटक रिकॉर्ड और रूपांतरित गणना इनपुट को लिंक रखें.
रिंग अंकों को भी देखभाल की आवश्यकता होती है: वे एक प्रतिनिधित्व के भीतर एक बांड समापन का संकेत देते हैं, पेप्टाइड चक्रवात स्थल की अवशेष संख्या के बजाय. एक अलग ट्रैवर्सल एक ही ग्राफ़ के लिए अलग-अलग मुद्रित अंकों का उपयोग कर सकता है. किसी रिंग या शाखा की जाँच करते समय वास्तविक अनुलग्नक परमाणुओं की समीक्षा करें. एक स्ट्रिंग में एक अंक को ऑर्डर फॉर्म में क्रमांकित अवशेषों से मिलाना एक संरचनात्मक मानचित्रण नहीं है.
अंत में, किसी निर्यातक को उसके इनपुट के निर्माण में उपयोग की गई उन्हीं मान्यताओं के साथ जाँचने से बचें. यदि निर्माण चरण और तुलना चरण दोनों टर्मिनल एनोटेशन को त्याग दें, वे उसी चूक को साझा करते हुए सहमत हो सकते हैं. अलग से समीक्षा की गई फ़ीचर सूची या संदर्भ ग्राफ़ से तुलना करें जिसका टर्मिनी, कॉन्फ़िगरेशन और अनुलग्नक साइटें स्पष्ट रहती हैं. समझौता केवल उन विशेषताओं के लिए उपयोगी है जिनकी तुलना वास्तव में जांच करती है.
अनुक्रम-उन्मुख एनोटेशन और आणविक ग्राफ़ विभिन्न समीक्षा उद्देश्यों को पूरा करते हैं. यदि कोई संशोधन रिकॉर्ड प्रोफार्मा या किसी अन्य नियंत्रित नोटेशन से स्थानांतरित किया जाता है, ग्राफ़ में इसकी अवशेष स्थिति को स्पष्ट रूप से मैप करें और नोटेशन संस्करण को संरक्षित करें. एक मान्यता प्राप्त संशोधन नाम इस बात का प्रमाण नहीं है कि किसी निर्यातक ने अपने अनुलग्नक बांड या कॉन्फ़िगरेशन को बरकरार रखा है.
डाउनस्ट्रीम गणना से पहले, तय करें कि कार्य के लिए किस आणविक रूप की आवश्यकता है. डेटाबेस डिडुप्लीकेशन नीति जानबूझकर प्रतिवादों की अनदेखी कर सकती है, जबकि एक ऑर्डर विनिर्देश के लिए उन्हें रिकॉर्ड करने की आवश्यकता हो सकती है. सामान्यीकरण से पहले आपूर्ति की गई संरचना को सुरक्षित रखें, और किसी भी परिवर्तित प्रतिनिधित्व की व्याख्या करें. अन्यथा दो समीक्षक अलग-अलग उत्तर प्राप्त कर सकते हैं जबकि दोनों का मानना है कि उन्होंने एक ही लक्ष्य की तुलना की है.
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्नों
क्या प्रत्येक एक-अक्षर पेप्टाइड अनुक्रम को सीधे परिवर्तित किया जा सकता है? केवल तभी जब सॉफ़्टवेयर वर्णमाला का समर्थन करता है और आवश्यक संरचनात्मक मान्यताओं को परिभाषित किया जाता है. अस्पष्ट अवशेष, असामान्य रसायन शास्त्र, या गुम टर्मिनल जानकारी के लिए स्पष्टीकरण या स्पष्ट संरचना निर्माण की आवश्यकता होती है.
क्या आइसोमेरिक स्माइल्स सही एल या डी कॉन्फ़िगरेशन की गारंटी देता है? नहीं. यह आणविक वस्तु में मौजूद स्टीरियोकेमिकल जानकारी को एनकोड कर सकता है. उस जानकारी की शुद्धता और पूर्णता अभी भी इनपुट और उसकी व्याख्या पर निर्भर करती है.
क्या मुझे दो SMILES स्ट्रिंग्स की वर्ण दर वर्ण तुलना करनी चाहिए?? सामान्य रासायनिक पहचान परीक्षण के रूप में नहीं. विभिन्न मान्य स्ट्रिंग एक ही ग्राफ़ का वर्णन कर सकते हैं. एक सहमत ग्राफ़ तुलना विधि का उपयोग करें और सॉफ़्टवेयर और सामान्यीकरण सेटिंग्स को संरक्षित करें.
मुझे स्वतंत्र समीक्षा के लिए क्या भेजना चाहिए?? पूर्ण आणविक विशिष्टता भेजें, स्रोत अनुक्रम, टर्मिनल और संशोधन परिभाषाएँ, उत्पन्न प्रतिनिधित्व, सॉफ्टवेयर सेटिंग्स, और कोई अनसुलझी धारणाएँ. समीक्षक से केवल वाक्यविन्यास के बजाय इच्छित रसायन विज्ञान की जाँच करने के लिए कहें.
