Azịza ngwa ngwa
Nọmba "MW" enweghị nkọwa nwere ike zoo nhọrọ atọ: ihe kemịkalụ, mgbakọ ukwu na ọnụ ọgụgụ nke nkeji. Maka GAK, na-agbanwe tebụl mgbakọ shou…
Ngụkọta ịdị arọ nke Amino Acid - Ụdị fọdụrụ, Mgbakọ Isotopic, na acetylation
Dipeptide - 2 Polypeptide na protein Nọmba "MW" enweghị nkọwa nwere ike zoo nhọrọ atọ: ihe kemịkalụ, mgbakọ ukwu na ọnụ ọgụgụ nke nkeji. Maka GAK, ịgbanwe mgbakọ tebụl kwesịrị ichekwa molekul akọwapụtara, mgbe acetylation na-agbanwe molekul n'onwe ya. Debe ọrụ ndị ahụ iche n'akwụkwọ ndekọ ego tupu atụlee mpụta ma ọ bụ spectra.
Nke Nkọwapụta akwụkwọ ọla edo IUPAC maka oke molekul na-emeso arọ molekụla dị ka oke, N'ihi ya, a dimensionless ukwu. Uka molecular na daltons na molar mass na gram kwa mole nwere njikọ ma akọwapụta ya n'ụzọ dị iche.. Kwupụta nke pụtara kama iji nkeji na akara ngbanwe.
Isiokwu a na-enyocha mgbanwe atọ iche iche: free-amino-acid na ụkpụrụ fọdụrụnụ, nkezi megide mgbakọ monoisotopic, na njedebe acetylation. Ngụkọta na-eji a ozizi echiche, H-GAK-OH: glycine-alanine-lysine nwere free termini, nkịtị L alanine na L lysine, enweghị isotope labelụ, na enweghị mgbakwunye ọzọ.
Glycine bụ achiral. Koodu ọkọlọtọ bụ Gly/G, Ụzọ/A, na Lys/K. Ngụkọ echiche abụghị njirimara ma ọ bụ nha ịdị ọcha na ezigbo nlele.
Mgbanwe otu: ụkpụrụ nke free-amino-acid na ụkpụrụ fọdụrụnụ
Jide usoro e bu n'obi na mgbakọ ukwu mgbe niile, wee jụọ ụdị ntinye tebụl a na-eji. A na-edekarị oke peptide residue mass dị ka mwepu mmiri nke free-amino acid nke kwekọrọ na ya.. Ọ bụ ihe ndekọ ego maka polymer, ọ bụghị ihe a na-ekwu na ihe fọdụrụ n'efu bụ reagent ewepụtara.
Nke RESID nkọwa nke usoro fọdụrụnụ na mmezi njedebe na-akwado ngụkọta oge n'efu na-agbanwe agbanwe. Ịgbanwe n'etiti free-amino acid na idebe akwụkwọ fọdụrụnụ ekwesịghị ịgbanwe usoro ikpeazụ. Azịza dị iche na-egosi ntinye agwakọtara ma ọ bụ echiche nhazi agbanwere, ọ bụghị ọhụrụ anụ ahụ sample.
| Akụkụ | Monoisotopic residue mass, Na | Enwetara oke amino acid n'efu, Na |
|---|---|---|
| Glycine | 57.02146 | 75.03202 |
| Alanine | 71.03711 | 89.04767 |
| Lysine | 128.09496 | 146.10552 |
Nke SIB ExPASy tebụl na-enye ụkpụrụ gbara okirikiri ejiri ebe a. Kọlụm-amino-acid n'efu ewepụtara na-agbakwụnye ntinye aka nhata mmiri kwuru. Chekwaa isi mmalite na mgbakọ ka onye na-agụ na-esote nwee ike wughachi nchikota n'ebughị amụma ihe ahịrị ọ bụla na-anọchi anya ya.
Maka H-GAK-OH, ego fọdụrụnụ bụ 256.15353 Na. Ịgbakwunye otu mmiri na-enye 274.16409 Na. Nhọrọ, nke Dipeptide 2 Onye nrụpụta uru atọ free-amino-acid nchikota na 310.18521 Na; na-ewepu mmiri abụọ, ngụkọta 36.02112 Na, na-enye otu nsonaazụ ahụ.
Ịgbanwe mgbakọ ndebe akwụkwọ kwesịrị ịhapụ uka peptide gbakọrọ nke ọma agbanweghị. Njehie a na-ahụkarị bụ ikpokọta ụkpụrụ fọdụrụnụ wee wepụ mmiri abụọ ọzọ. Nke ahụ na-ewepụ mmiri ugboro abụọ na ndekọ ego ma mepụta ihe mejupụtara molekụla na-ezighi ezi.
Ngwakọta anụ ahụ nke glycine, alanine, na lysine abụghị tripeptide. Dakọtara mgbakọ na mwepụ na-akọwa yinye akọwapụtara, emeghị peptide n'onwe ya na ngwakọta. Kwado ụdị molekụla tupu i jiri uka gbakọọ iji kọwaa ihe nlele.
Mgbanwe abụọ: nkezi uka megide monoisotopic uka
Ugbu a, jide molekul na ọnụ kemịkalụ mgbe niile wee gbanwee naanị mgbakọ mkpesa. Monoisotopic mass na-eji oke isotope akọwapụtara maka nhazi isotopic akọwapụtara. Nkezi uka na-eji mgbakọ dị arọ nke isotope-ụba. Ihe nlele ahụ agbanwebeghị naanị n'ihi na ọnụọgụ akụkọ gbanwere.
Iji ụkpụrụ fọdụrụnụ ExPASy, glycine na-enye aka 57.0519, alanine 71.0788, na lysine 128.1741 Na. Nchikota ha bụ 256.3048 Na. Na-agbakwunye otu okpokoro ntụaka nkezi oke mmiri nke 18.01524 Da na-enye 274.32004 Na, kwekọrọ na ihe dịka 274.32 g/mol maka mgbako molar-mass.
Nsonaazụ monoisotopic maka otu ụdị nnọpụiche adịghị agbanwe agbanwe bụ ihe dịka 274.1641 Na. Ihe dị iche n'etiti abụọ ndị a Glp-1 peptide a na-atụ anya ụkpụrụ site na nkọwa ha; ọ bughi ihe ruru unyi, ihe fọdụrụ efu, ma ọ bụ ihe akaebe nke njehie ndị na-eweta ngwaahịa.
Maka ihe atụ a, nkezi uru dị elu karịa uru monoisotopic. Atụgharịla nleba anya ahụ ka ọ bụrụ iwu enweghị mmachi maka mmemme ọ bụla ma ọ bụ mgbakọ isotope. Ihe emelitere n'ụzọ dịpụrụ adịpụ na-achọkwa nkọwapụta aha aha ya n'ezie kama ịgbakọ mkpokọta ihe okike.
Otu ụdịdị dị iche iche na-egosi ion na nkesa isotope ha. Achọpụtara m/z dabere na ụgwọ na nhazi ion, gụnyere nkwado ọ bụla dị mkpa. Tụnyere nkezi na-anọpụ iche ozugbo na ọnụ ọgụgụ ion chaja nwere ike mepụta nghọtahie ọzọ pụtara ìhè na-enweghị njikọ na njirimara peptide.. Tripeptide-1 na-eweta
Dekọọ mgbakọ nke ihe mgbako ji mee ihe, akuko, na ngwanrọ nyocha. Ọ bụrụ na ha dị iche, mekọrịta nkọwapụta tupu ịba ụba nnabata ma ọ bụ kwupụta mgbanwe nhazi.
Nye otu nọmba ahụ akara dị iche iche naanị mgbe ọnụọgụ ahụ kwadoro ya. Na nkezi ntụaka ndabere eji ebe a, akọrọ molekụla uka bụ banyere 274.32004 Da kwa molekul akọwapụtara, mgbe bara uru molar-oke uru bụ banyere 274.32004 g/mol. Ogwu molekụla nke ikwu bụ oke na-enweghị otu. Ụkpụrụ ọnụọgụgụ ha emetụtara emeghị “Da,""g/mol" na akara enweghị akụkụ nke na-agbanwe agbanwe na ngụkọ.
Ọnụ ego mgbako chọrọ uka molar na oke ekenyere n'ezie nke ụdị a chọrọ. Otutu ntụ ntụ enweghị ike ịghọ oke e lekwasịrị anya nanị n'ihi na tebụl dị arọ nke molekul bụ kpọmkwem. Debe kemịkalụ na ntọala ego nke ọma tupu itinye n = m/M. Ọnụọgụ agbakwunyere na M anaghị edozi ejighị n'aka na ihe m na-anọchi anya ya.
Mgbanwe atọ: na-agbakwunye otu N-terminal acetyl akọwapụtara
Maka ntụnyere nke atọ, jigide usoro GAK, stereochemistry, free C-terminus, na mgbakọ monoisotopic, mana gbanwee N-terminus site na amino efu gaa na acetylated. Usoro nkuzi ọhụrụ bụ Ac-GAK-OH. Nke a bụ ezigbo mgbanwe n'ime ihe mejupụtara molekụla akọwapụtara, n'adịghị ka ịgbanwee naanị mgbakọ mkpesa. Peptides na ọrịa cancer
Nke Unimod acetylation ntinye na-enye net monoisotopic mgbakwunye nke 42.010565 Na. Itinye ya n'ọrụ 274.16409 Da na-enye 316.174655 Da maka ihe ngosi acetylated na-anọpụ iche. Ndozi ahụ metụtara atọm echekwabara na ngwaahịa ahụ, Ọ bụghị nnukwu mkpokọta reagent njikọ.
Iji nkezi mgbakọ na-eme ihe mgbe nile, otu ntinye na-enye nkezi increment nke 42.0367 Na. Na-agbakwunye ya 274.32004 Da na-enye ihe dị ka 316.35674 Na, ma ọ bụ 316.36 g/mol maka uru molar-mass bara uru na ndabere ahụ.
Mpempe akwụkwọ a na-eche echiche nwere ike ime njehie dị nro karịa ịhapụ ihe fọdụrụnụ. Malite na uru GAK monoisotopic 274.16409, mana gbakwunye nkezi nke acetyl 42.0367. Ihe mmepụta na-aghọ 316.20079, kama monoisotopic na-adịgide adịgide 316.174655. Ihe dị iche bụ 0.026135 Na, ihe dị ka 82.7 akụkụ kwa nde ikwu nke ikpeazụ n'ihi.
A na-agbakọ ihe ndị a dị iche site na ntinye okirikiri, ọ bụghị ngwaọrụ arụmọrụ data. Ịbawanye nnabata nke dakọtara ọnụ ruo mgbe ọnụọgụ abụọ ahụ gafere ga-ezobe ụdị na-ekwekọghị ekwekọ. Buru ụzọ dozie mgbakọ ahụ. Ọ bụrụ na ndakọrịta nnwale na-adịgide mgbe nkọwa kemịkalụ na ion kwekọrịtara, nyochaa nlebanya ahụ dị iche iche kama ịgwọ oke nnabata dị ka nkọwa nhazi.
Mmụba bụ mgbanwe net site na nhazi adịghị agbanwe agbanwe, Ọ bụghị uka nke a dum reagent eji n'oge njikọ. Ịtinye ma mmụba acetyl na mmezi mmiri na-enweghị njikọ ga-achọ nkwenye kemịkalụ dị iche.
Debe akwụkwọ akụkọ nwere otu ahịrị maka nhazi ntụaka na-anọpụ iche yana otu ahịrị maka mgbanwe kemịkalụ ọ bụla kpachara anya. Mgbanwe mgbakọ bụ na isiokwu kọlụm, ọ bụghị dị ka ahịrị mgbanwe. Nhazi a dị mfe na-egbochi ime otu ọrụ ahụ ugboro abụọ ma mee ka o doo anya ma a gwara ngwaọrụ abụọ iji gbakọọ otu ihe.
Ọmụmaatụ, N-terminal acetylation na-agbanwe nhazi akọwapụtara ka ọ na-ejigide njedebe C efu ekwuputara. Ọ bụrụ na ihe mgbako na-ewerekwa C-terminal amide, ọ na-akọwa molekul ọzọ ma chọọ mgbazi kwekọrọ. Ejikọtala ndabara ndị ahụ na nkwụghachi ikpeazụ enweghị nkọwa. Akwụkwọ akụkọ ahụ kwesịrị ikpughe nhọrọ molekụla kama ime ka mpụta pụta dị nso.
Nhazi saịtị bụ ajụjụ ọzọ nọọrọ onwe ya. Otu otu acetyl dị na lysine nwere ike chekwaa otu mmụba n'ozuzu ya dị ka mgbakwunye N-terminal.. Ọbụlagodi ngụkọ mkpokọta na-agbanwe agbanwe enweghị ike ịchọta ya. Jiri akwụkwọ ndekọ ego kwupụta echiche a nke ọma, wee dabere na ihe akaebe nhazi dabara adaba iji nyochaa nlele anụ ahụ. Ịgbakọ ọnụ na-agbanwe agbanwe bara uru n'ihi na ọ na-ewepụ enweghị mgbagwoju anya, ọ bụghị n'ihi na ọ na-anọchi nha.
Ndozi net acetyl nwekwara nkọwa kemịkal. A naghị agbakwunye ihe mgbakwunye acetyl agbakwunyere ka ọ na-ejigide atọm ọ bụla nke otu amino mbụ: mgbakwunye na-anọchi hydrogen na otu ahụ. Ngwakọta ụgbụ nke Unimod ji bụ ya mere C2H2O. Tinye ụdị ihe dị iche iche akọwapụtara karia otu ahaghị aha ya ma ọ bụ usoro reagent dum. Nke a na-eme ka mgbako ahụ soro atom nke ngwaahịa ahụ ma na-enyere aka ikpughe njehie ọzọ-hydrogen zoro ezo.
Agbụ-akụkụ na kemịlụ ọnụ dịkwa mkpa iji kwụọ ụgwọ na omume. Agbụ akụkụ Lysine bụ isi dị iche na otu amino N-terminal. Mgbanwe oke ibu amụma anaghị akọwapụta mgbanwe na solubility, njide, ma ọ bụ ọrụ ndu; ajụjụ ndị ahụ chọrọ ihe akaebe nke ha.
Jiri tebụl mmetụta na ndetu ngụkọ
Tebụl ahụ na-achịkọta ntụzịaka nke mmetụta ọ bụla ma na-echekwa oke ya anya. Ọmụmaatụ ọnụọgụgụ ndị dị n'elu bụ mgbako stoichiometric sitere na ụkpụrụ ntụnyere aka ekwuputara, Atụleghị nha nzaghachi na nnwale.
| Mgbanwe gbanwere naanị ya | Mmetụta tụrụ anya | Ihe na-agbanweghị agbanwe | Oke nke mmechi |
|---|---|---|---|
| Ntinye Amino-acid efu na ntinye nke fọdụrụ | Ọnụ ahịa e depụtara n'otu n'otu na-agbada site na mmiri; Usoro yinye ga-eji mgbazi ọdụ dabara adaba | Uka agbakọrọ nke ọma maka otu peptide akọwapụtara | Achọpụtaghị ma ihe nlele anụ ahụ bụ ngwakọta ma ọ bụ peptide |
| Monoisotopic ruo nkezi mgbakọ | Ọnụ ahịa akọpụtara na-agbanwe; ọ na-abawanye maka ihe atụ GAK a | Usoro kemịkalụ a chọrọ | Ọ pụtaghị na mgbanwe kemịkalụ ma ọ bụ guzobe ion's m/z hụrụ |
| N-terminus efu gaa na N-acetyl terminus | Ọnụ ọgụgụ na-anọpụ iche na-abawanye site na net acetyl kwesịrị ekwesị | Usoro ihe fọdụrụ na C-terminus akọwapụtara | Ọ naghị egosipụta n'onwe ya mgbanwe ọnọdụ ma ọ bụ buru amụma arụmọrụ nyocha |
Tupu ịnakwere mmepụta mgbako, lelee ihe ndị a:
- Kwenye usoro ihe fọdụrụ na ntụzịaka N- ruo-C.
- Kpebie akara ndị amabeghị, ihe fọdụrụ na-enweghị ọkọlọtọ, stereochemistry, na isotope labels.
- Chọpụta ma ụkpụrụ ntinye na-akọwa amino asịd ma ọ bụ ihe fọdụrụ n'efu.
- Họrọ otu mgbakọ mgbakọ ma tinye ya mgbe niile.
- Ezipụta ọnụ ọnụ, mgbanwe, ịgba ígwè, counterions, ma ọ bụ na-edozi dịka ọ dabara na ụlọ ọrụ a na-ekwu.
- Debe oke molekul na-anọpụ iche site na charged-ion m/z yana na ọnụọgụ nke ebumnuche dị na vial.
Usoro usoro dị mkpa maka njirimara ọbụlagodi na ọ naghị agbanwe oke emebibeghị. GAK na KAG nwere otu ihe mejupụtara yana gbakọọ oke anaghị agbanwe agbanwe mana ha bụ usoro dị iche iche. Ihe mgbako nwere ike ịlele atụmanya dabere na usoro; ọ nweghị ike ịmepụta usoro zuru oke nke ihe nlele amaghi ama.
Nzọụkwụ na-esote mgbe ọnụọgụ abụọ ekwenyeghị bụ idetu ma nkọwapụta na nkọwapụta molekụla. Nchọpụta nsogbu kachasị bara uru na-amalite na ntụnyere ahụ, sochiri ihe akaebe nyocha achọrọ maka ajụjụ nhazi ọ bụla fọdụrụnụ.
Ajụjụ a na-ajụkarị
Kedu ihe kpatara njupụta nke amino acid ji dị ala karịa ụdị efu ya? Ọnụ ahịa fọdụrụnụ bụ maka ntinye amino-acid na-eji mgbakọ e wepụrụ mmiri. Maka peptide linear nwere termini efu, ngụkọta fọdụrụ ụkpụrụ ma tinye otu mmiri.
Nkezi uka ọ pụtara na akụrụngwa tụrụ ọtụtụ sample? Mba. N'ebe a, ọ na-ezo aka na mgbakọ n'ụba dị arọ nke isotope. Ọ bụghị nkezi nke nyocha ụlọ nyocha ugboro ugboro.
Enwere m ike ịgbakwunye nkezi mgbanwe mgbanwe na oke peptide monoisotopic? Ime otú ahụ na-emepụta mgbakọ dị iche iche. N'ihe atụ ọrụ, iji 42.0367 kama 42.010565 na-agbakwụnye ihe artificial 0.026135 Da na amụma acetylated. Nke ahụ bụ mgbako-ihe nlereanya dị iche, ọ bụghị a tụrụ uka njehie. Jiri mgbakwunye dabara na nhazi zuru oke, wee nyochaa ezi nghọtahie nnwale ọ bụla n'otu aka ahụ.
Otu uka agbakọrọ dabara na-egosi njirimara usoro? Mba. Ntugharị usoro na ụfọdụ usoro usoro nhazi ndị ọzọ nwere ike ịkekọrịta oke. Jiri ihe akaebe dabara na usoro ebe ihe dị iche dị mkpa.
