Azịza ngwa ngwa
Nnọchite anya peptide nwere ike ịtụgharị nke ọma ma ka na-etinye mkpụrụ ndụ na-ezighi ezi. Ịtụgharị GA ka ọ bụrụ ihe owuwu dị mfe naanị mgbe ekpebie nke…
Usoro maka SMILES - Chekwaa Stereochemistry, Njikọ na Peptide Termini
Maapụ Ntụle ọnụahịa Peptide Nnọchite anya peptide nwere ike ịtụgharị nke ọma ma ka na-etinye mkpụrụ ndụ na-ezighi ezi. Ịtụgharị GA ka ọ bụrụ ihe owuwu kwụ ọtọ naanị mgbe ikpebiri njedebe, nhazi na ụdị sample GA na-anọchi anya. Nyocha bara uru na-agbaso mkpebi ndị ahụ site na eserese molekụla; ọ nweghị ike ịkwụsị na eserese nwere ezi uche ma ọ bụ ọkwa parser green.
Echiche ezighi ezi ise dị n'okpuru na-eji ihe ịma aka ntụgharị echiche. Ha na-akọwa ihe onye nyocha kwesịrị ịnwale, kama ịsị na e meela ma ọ bụ kwadoro otu pipeline sọftụwia. Usoro ihe ịma aka dị mkpirikpi nwere ike inye nkọwa karịa ịtụgharị otu usoro agbanweghị ugboro ugboro, n'ihi na ntinye ọ bụla na-agbanwe otu ihe nhazi nke nchekwa ya dị mkpa.
Malite na ntụnyere ederede dị ka H-Gly-L-Ala-OH, a linear dipeptide nwere free termini. Usoro nbibiri ya bụ GA. Glycine enweghị alfa-carbon stereocenter, mgbe alanine na-eme. Tupu ịmepụta ihe ọ bụla, kwenye ma nnochite anya nke a rịọrọ kwesịrị igosi fọm covalent akwụghị ụgwọ, otu steeti protonation, ma ọ bụ ihe mejupụtara nnu akọwapụtara. Ndị ahụ bụ nhọrọ mkpesa dị iche iche.
Echiche na-ezighi ezi: Akwụkwọ ozi ndị ahụ na-akọwapụta atọm na njedebe otu ọ bụla
Echiche na-ezighị ezi bụ na GA nwere ozi niile dị mkpa iji kọwaa ihe nlele ahụ. Ọ naghị ekewa ọnụ ahịa carboxyl efu na C-terminal amide, ọ dịghịkwa akọwapụta otu N-terminal acetyl. Onye mbubata usoro nwere ike ịnye ndabara, mana ndabara na-akọwaghị bụ echiche gbasara molekul.
Ndozigharị ahụ bụ ikewapụ usoro ihe fọdụrụ na nkọwapụta ebumnuche ndị ọzọ. Dekọọ usoro N- ruo-C, n'efu ma ọ bụ gbanwetụrụ ọnụ, saịtị mgbanwe ọ bụla, na njikọ akụkụ ọ bụla. Ọ bụrụ na etinyere reagent site na njikọ njikọ, ezipụta njikọ njikọ na njikọ mgbakwunye kama ịgbakwunye aha azụmahịa reagent na mpaghara ikwu.
N'atụmatụ echiche, H-Gly-L-Ala-OH na H-Gly-L-Ala-NH2 na-ekerịta mkpụrụedemede GA mana ha nwere nhazi njedebe dị iche iche.. Ntugharị site na iji ndabara ọdụ ọnụ na-ezighi ezi nwere ike iwepụta nhazi zuru oke nke na-ezighi ezi maka usoro ahụ. Nyochaa atọm ọnụ ozugbo na eserese molekụla atụgharịrị.
Tụlee ihe ịma aka atụpụtara nke nwere acid GA efu, GA amide, N-acetyl-GA acid efu, na Gly-D-Ala acid free. Atọ ndị mbụ kpachaara anya gbanwee nhazi ọnụ; nke anọ na-edobe ihe mejupụtara acid n'efu ka ọ na-agbanwe otu etiti ahaziri. Ntụnyere usoro kwesịrị ịmata ọdịiche dị na njedebe njedebe mana ọ gaghị amata ụzọ L/D. Ntụle stereochemical na-akọwa ọdịiche ahụ fọdụrụnụ. Ọ dịghị nke ọ bụla n'ime ntinye ndị a na-ewepụta nkwado maka alaka ụlọ ọrụ ma ọ bụ njikọ na-enweghị isi, nke ga-achọ ịma aka dị iche.
Ihe atụ dị mkpa na-egbochi ịdọ aka ná ntị a: usoro ime edeputara nwere ike kọwapụta nke ọma usoro niile enweghị akara dị ka linear L peptides nwere njedebe efu.. N'ime mgbakọ a na-achịkwa, ndabara nwere ike ịbụ nke ziri ezi. Ihe a chọrọ bụ ichekwa mgbakọ ahụ wee gosi na ọ na-emetụta ntinye a kapịrị ọnụ, ọ bụghị iji gbochie ndabara na usoro ọrụ ọ bụla.
Echiche ụgha abụọ: akara @ pụtara L amino acid
Echiche na-ezighi ezi bụ ịtụgharị L ka ọ bụrụ otu agwa SMILES etinyere na D n'ime nke ọzọ. Na SILES, tetrahedral stereochemical notation dabere n'usoro a na-anọchi anya atọm agbataobi. Ọ bụghị akara ebipụtara zuru ụwa ọnụ maka sistemụ biochemical L/D.
Nke Mepee nkọwapụtaSMILES na-akọwa chirality n'ihe gbasara atọm agbataobi na eriri. Ịhazigharị njem ahụ nwere ike ịgbanwe akara @ ka ị na-ejigide otu nhazi ahụ. Nyochaa eserese ahaziri ma ọ bụ ntụaka stereochemical dakọtara, kama na-emeso akara e biri ebi dị ka akara L/D.
Maka H-Gly-L-Ala-OH, nyochaa alanine center wee mata na glycine anaghị achọ ọrụ alfa-carbon chirality.. Maka ihe ndị fọdụrụ nwere stereocenter ndị ọzọ, ịlele naanị alfa carbon ezughị oke. Amino acid na-enweghị ọkọlọtọ nwere ike ịchọ nhazi nke ọma karịa ịgbatị mkpụrụedemede otu mkpụrụedemede..
Nke ugbu a Akwụkwọ RDKit molekul na-akọwa ụtọ protein MolFromSequence maka L ma ọ bụ D amino acid yana nhọrọ maka mmepụta stereochemical.. Atọ ụtọ zuru ụwa ọnụ abụghị nkọwa zuru oke nke nhazi agwakọta, peptide ahọpụtara nke ọma. Nyochaa ihe onye mbubata ahọpụtara na-akwado wee lelee ụlọ ọrụ arụpụtara; Ịrịọ mmepụta stereochemical enweghị ike ịnye nhazi nke ntinye ewepụrụ.
Ihe akaebe achọrọ bụ mgbakọ ndenye enyochara na ntụnyere stereochemical nke eserese nke ga-apụta. Usoro ihe omimi ma ọ bụ mkpokọta mkpokọta anaghị ekewa ndị enantiomers. Ejila nke ọ bụla dịka naanị ule nnabata maka ebumnuche nhazi nwere mmetụta.
Echiche ụgha atọ: usoro dakọtara na-egosi na njikọta dakọtara
Echiche na-ezighi ezi bụ na mpụta abụọ nwere otu ihe mejupụtara ga-akọwapụta otu peptide. The hypothetical dipeptides Gly-Ala na Ala-Gly Ụlọ ahịa/ nwere otu ihe fọdụrụ mejupụtara na, na dakọtara free termini, otu usoro ihe omimi. Usoro ha fọdụrụ na ebe njedebe dị iche.
Ndozi bụ ịgbaso ọkpụkpụ azụ site na njedebe N nke ekwuputara na njedebe C. Nyochaa na ejikọrọ yinye akụkụ ọ bụla fọdụrụ na ọnọdụ ọkpụkpụ azụ echere. Lelee agbụ mgbanwe yana alaka ma ọ bụ mgbanaka ọ bụla iche. Nyocha usoro nkịtị enweghị ike ịmepụta topology cyclization na-akọwapụtaghị.
Ntụnyere echiche nke abụọ gụnyere otu acetyl nke etinyere na nitrogen N-terminal tozuru oke ma ọ bụ na nitrogen n'akụkụ lysine.. Mmụba oke naanị anaghị achọpụta saịtị mgbakwunye. Nnọchite anya nke na-agbakwunye naanị atọm ziri ezi ebe dị na eserese ahụ abụghị ntughari akwadoro.
Jiri ihe mejupụtara dị ka ihe nchọpụta njehie bara uru: atọm na-efu ma ọ bụ otu njedebe na-atụghị anya ya nwere ike ịgbanwe ya. Mgbe ahụ jiri njikọta na stereochemistry dịka mgbakwunye Amino peptides dị ala ule na ebumnuche dị iche iche. Nyocha ndị a na-akwado ibe ha; e kwesịghị itinye ha n'otu igbe nlele "matches structure"..
Echiche ụgha anọ na ise: ihe ịga nke ọma parser na njirimara ederede dozie nyocha ahụ
Echiche ụgha anọ: ọ bụrụ na ngwanrọ na-agụ eriri, ebumnuche ziri ezi. Ntụle nke ọma pụtara na ngwanro ahụ nabatara nnochite anya n'okpuru iwu ya. Ọ naghị egosi na ntinye ahụ kọwara peptide achọrọ. Usoro ziri ezi mana tụgharịa, stereocenter na-akọwapụtaghị, ma ọ bụ otu njedebe na-ezighi ezi nwere ike ịlanarị nlele syntax.
Otu usoro njem okirikiri nwere ike iduhie. Cheedị echiche usoro ntụgharị nke na-agụ GA amide nkọwapụta nke ọma, na-eji ndabara na-arụ eserese acid efu, wee bupụ mkpụrụedemede GA. Ntụle nke mbụ na nke ikpeazụ fọdụrụ strings na-akọ nkwekọrịta n'agbanyeghị na ọnụ ahịa amide furu efu. Mbupụ ahụ tụfuru kpọmkwem njirimara achọrọ iji kpughee mperi ahụ. Jido nrụtụ aka n'ọkwa nhazi maka atụmatụ ọ bụla nke usoro usoro ikpeazụ enweghị ike ịnọchite anya.
Otu nsogbu ahụ na-eme ma ọ bụrụ na onye na-ebupụ usoro na-ahapụ nkọwa stereochemical. Ma Gly-L-Ala na Gly-D-Ala nwere ike ịdaba na GA n'okpuru amụma mbupụ dị otú ahụ. Njem okirikiri na-aga nke ọma site na ule mkpụrụedemede mbelata ahụ bụ njirimara na usoro, ezughị oke nhata molekul. Kwupụta ozi ga-adị ndụ ntugharị ọ bụla tupu ị na-emeso nkwekọrịta njem njem dịka nkwado.
Dekọọ ọdịda dị ka ọdịda na ọkwa dabara adaba: ntinye akwadoghi, ịjụ syntax, eserese ọnụ ọnụ ezighi ezi, stereochemistry efu, ma ọ bụ amụma ntụnyere nke na-ehichapụ ndịiche chọrọ. Ọjụjụ nke nzacha nwere ike ịbụ nzaghachi n'eziokwu nye kemistri anaghị akwado. Ndochi nkịtị nke ihe fọrọ nke nta ka ọ bụrụ nkịtị na-emepụta njehie nkọwa dị njọ karị n'ihi na mmepụta ahụ yiri ka ọ zuru oke.
Echiche ụgha ise: ederede SMILES dị iche iche na-apụtakarị kemistri dị iche iche. Usoro ntụgharị atọ dị iche iche nwere ike ịnọchite anya otu eserese molekụla. Ya mere ntụnyere ederede ederede bụ ule njirimara zuru ụwa ọnụ enweghị ntụkwasị obi. Usoro ntughari akwụkwọ nwere ike inye aka n'ime ebe ngwanrọ edekọtara, mana ọ ka dabere na ntinye kemịkalụ na amụma nnọchite anya. Innopeptide
Ndozi bụ ịkọwa ọkwa ntụnyere. Tulee njikọta na stereochemistry n'okpuru ọgwụgwọ ekwekọrịtara nke ụgwọ, counterions, na ihe ndị ọzọ dị mkpa. Ewepụla nnu na-akpaghị aka ma ọ bụ hazie protonation ma ọ bụrụ na ọrụ mgbada na-achọ ihe ndị ahụ. Nhata maka nchọta nchekwa data nwere ike ịdị iche na nhata maka nkọwapụta nlele anụ ahụ. Mpaghara Nchọpụta Neuroscience/Ibe/2
| Ebe nlele | Dekọọ iji chekwaa | Ihe ngafe anaghị eguzobe |
|---|---|---|
| Nkọwa usoro | Alphabet, uzo, isi iyi, ntughari, na akara na-edozibeghị | Kemistri njedebe ma ọ bụ ọnọdụ mgbanwe ọ gwụla ma etinyere ya nke ọma |
| Ihe owuwu eserese | Atọm ọnụ, usoro ọkpụkpụ azụ, njikọ, na njikọ mgbanwe | Dezie stereochemistry naanị site na njikọta ziri ezi |
| Nyocha stereochemical | Onye ọ bụla chọrọ etiti ahaziri yana ọrụ ntụnye aka ya | Ịdị ọcha enantiomeric anụ ahụ nke vial emepụtara |
| Ntụnyere nnọchite anya | Ụdị ngwanrọ na ụgwọ, nnu, na iwu normalization | Nha nhata ndu ma ọ bụ nkọwa nlere zuru oke |
Enyemaka bara uru nwere nkọwapụta izizi, ihe nnọchianya nke emepụtara, usoro a kọwara, ntọala ntọghata, na mkpebi nyocha. Onye nke abụọ kwesịrị ịma ihe e chere na ihe akọwapụtara nke ọma. Chekwaa ikpe dara yana nsonaazụ anabatara ka kemistiri akwadoghị wee pụọ na ndekọ ahụ.
Ngwa ndị a kwụsịrị jikọọ chọrọ nyocha nke ha. Na SMILES ntụpọ na-ekewa akụkụ na-akọwapụtaghị njikọ dị n'etiti ha. Ọ bụrụ na ntinye gụnyere peptide na mgbochi, usoro imeziwanye ihe nwere ike kpachapụrụ anya idowe naanị ihe mejupụtara peptide. Nke ahụ nwere ike dabara otu ngụkọ nkọwa mana na-ewepụ ozi na nkọwapụta nnu ewepụtara. Debe ndekọ akụrụngwa izizi yana ndenye mgbako gbanwere ka ejikọta ya kama ikwe ka nhazigharị ya degharịa isi mmalite ahụ.
Ọnụọgụ mgbanaka chọkwara nlekọta: ha na-egosi mmechi nkekọ n'ime nnọchite anya, karịa ọnụ ọgụgụ fọdụrụ nke saịtị peptide cyclization. Njegharị dị iche iche nwere ike iji mkpụrụ edemede ebipụta dị iche iche maka otu eserese ahụ. Nyochaa n'ezie atom mgbakwunye mgbe ị na-elele mgbanaka ma ọ bụ alaka ụlọ ọrụ. Itinye mkpụrụọnụ n'ime eriri na ihe fọdụrụ nwere nọmba n'ụdị usoro abụghị nkewa nhazi..
N'ikpeazụ, zere ịlele onye na-ebupụ naanị site n'otu echiche ahụ ejiri wulite ntinye ya. Ọ bụrụ na ma nzọụkwụ ihe owuwu na ntụnyere ntụle tụfuo nkọwa nkọwa, ha nwere ike ikwenye mgbe ha na-ekekọrịta otu ihe ahụ. Tulee megide ndepụta atụmatụ enyochala iche iche ma ọ bụ eserese ntụaka nke njedebe ya, nhazi na saịtị mgbakwụnye ka na-edo anya. Nkwekọrịta bara uru naanị maka njirimara ndị ntụnyere na-enyocha n'ezie.
Nkọwa usoro na eserese molekụla na-enye ebumnuche nyocha dị iche iche. Ọ bụrụ na ebufee ndekọ mgbanwe site na ProForma ma ọ bụ ọkwa ọzọ a na-achịkwa, maapụ ọnọdụ nke fọdụrụ na eserese ahụ nke ọma ma chekwaa ụdị nrịbama. Aha mgbanwe amatara abụghị ihe akaebe na onye mbupụ na-ejigide njikọ ma ọ bụ nhazi ya.
Tupu mgbako mgbako ala, kpebie ụdị molekụla ọrụ ahụ chọrọ. Amụma mwepu nchekwa data nwere ike kpachaara anya leghara mgbochi anya, ebe nkọwapụta iwu nwere ike chọọ ka edekọ ha. Chekwaa ihe ewepụtara tupu emezi ya, ma kọwaa ihe nnọchianya ọ bụla gbanwere. Ma ọ bụghị ya, ndị nyocha abụọ nwere ike nweta azịza dị iche iche ebe ha abụọ kwenyere na ha tụnyere otu ebumnuche.
Ajụjụ a na-ajụkarị
Enwere ike ịgbanwe usoro peptide otu mkpụrụedemede ọ bụla ozugbo? Naanị mgbe ngwanro na-akwado mkpụrụedemede na nkọwapụta usoro nhazi dị mkpa. Ihe fọdụrụ na-enweghị isi, kemistri pụrụ iche, ma ọ bụ ozi ọnụ na-efu chọrọ nkọwa ma ọ bụ iwu ihe owuwu doro anya.
Isomeric SMILES na-ekwe nkwa nhazi L ma ọ bụ D ziri ezi? Mba. Ọ nwere ike idekọ ozi stereochemical dị na ihe molekụla. Izizi na izu oke nke ozi ahụ ka dabere na ntinye na nkọwa ya.
Ekwesịrị m atụnyere agwa eriri SMILES abụọ site na agwa? Ọ bụghị dị ka nyocha njirimara kemịkalụ izugbe. Eriri eriri dị iche iche nwere ike ịkọwa otu eserese. Jiri usoro ntụnyere eserese ekwenyero ma chekwaa ngwanro na ntọala nhazi.
Kedu ihe m ga-eziga maka nyocha nke onwe? Zipu nkọwapụta molikula zuru ezu, usoro mmalite, nkọwa ọnụ na mgbanwe, emepụtara ihe nnọchianya, ntọala software, na echiche ọ bụla na-edozibeghị. Rịọ onye nlegharị anya ka o lelee kemịkalụ e bu n'obi karia ka syntax naanị.
