Брз одговор
Соработник испраќа низа што содржи Б, Ј, или X и бара друга лабораторија да ја репродуцира анализата. The immediate temptation is to replace unfamiliar …
Кратенки на амино киселини - Зачувај двосмислени и нестандардни кодови
Блог Синтеза пептиди Соработник испраќа низа што содржи Б, Ј, или X и бара друга лабораторија да ја репродуцира анализата. Непосредно искушение е да се заменат непознатите букви со познати остатоци. Тоа може тивко да го претвори несигурното набљудување во лажно прецизна структура. Корисна табела со кратенки на аминокиселини треба да објасни што ви дозволува симболот да заклучите, што останува нерешено, и кој нотациски систем му го дава тоа значење.
Овој водич се фокусира на двосмислени и нестандардни записи наместо на повторување на сите дваесет заеднички амино киселини. Нејзините хипотетички примери за предавање се наставни вежби, не објавени задачи на низа. Целта е да се зачуваат доволно информации за друга лабораторија да го реконструира толкувањето и да ја оспори секоја неподдржана замена.
Започнете со разлика: двосмислениот код опишува нецелосно знаење или дефиниран сет на алтернативи; нестандарден остаток може да опише специфична хемиска структура надвор од вообичаената азбука со дваесет остатоци. Овие ситуации бараат различни записи. Ниту едното ниту другото не се решава безбедно со погодување од најблиската позната буква.
Прочитајте го симболот заедно со системот за нотација
На RESID нотација ЧПП ги наведува симболите за двосмисленост вклучувајќи го B за Asp/Asn, J за Leu/Ile и Z за Glu/Gln. Прочитајте го секој симбол во именуваната конвенција. Значењето на знакот во биолошката база на податоци не утврдува што ќе прифати формуларот за нарачка или како ќе го преведе тој знак.
| Симбол или нотација | Значењето да се потврди | Она што мора да остане експлицитно |
|---|---|---|
| Б / Asx | Аспарагинска киселина или нејасност на аспарагин, Д или Н | Кои докази ја оставаат позицијата нерешена; не избирајте еден без оправдување |
| З / Glx | Двосмисленост на глутаминска киселина или глутамин, Е или П | Без разлика дали ова е нерешена задача или намерно дефиниран алтернативен сет |
| Ј | Леуцин или изолеуцин двосмисленост во конвенциите што го користат | Применливата конвенција и поддршката на алатката за примање |
| X | Непознат или неодреден остаток според наведената конвенција | Секое ограничување на можностите; не претпоставувајте сигнал за стоп или една фиксна маса |
| У / Сек | Селеноцистеин | Поддршка во софтверот за анализа и сите наведени хемиски модификации |
| О / Пил | Пиролизин | Вистинскиот идентитет на остаток и неговиот третман во низа и структура софтвер |
| Д / Asp наспроти D конфигурација | Буквата D ја означува аспарагинската киселина; стереохемискиот дескриптор D има друга улога | Одделете го идентитетот на остатокот од конфигурацијата со експлицитна легенда за нотација |
На NCBI документација за кодирање секвенца илустрира зошто азбуката е важна: ги разликува симболите за надворешни остатоци, записи за празнина и завршување, и внатрешни шифрирања. Случај, интерпункцијата и неподдржаните симболи имаат потреба од експлицитен третман за време на преносот. Малата буква не смее тивко да стане инструкција за конфигурација D само затоа што една локална табела ја користи таа конвенција.
Нотација со три букви може да ја подобри читливоста без да ја реши хемијата. На кратенката како што е „изменета Lys“ сè уште треба дефинирана модификација и Објекти сајт. Краткото име специфично за добавувачот бара негов целосен хемиски идентитет или недвосмислена структура референца, вклучувајќи ја и конфигурацијата каде што е релевантно.
Чувајте ја неизвесноста одвоена од физичка мешавина
Размислете за хипотетичката низа AGXK. Добитничката лабораторија знае дека третата позиција не е доделена. Не знае дека испорачаниот материјал е мешавина од сите можни трети остатоци. Несигурноста во евиденцијата и хетерогеноста во примерокот се различни тврдења кои бараат различни докази.
Ако подоцнежната анализа го стеснува X на леуцин или изолеуцин, запишете ги поддржаните алтернативи и ограничувањето на методот. Тие два остатоци го делат елементарниот состав, така што неоштетената маса сама не избира меѓу нив. Ревидираниот запис треба да објасни што е подобрено, а што останува нерешено; не треба да објавува целосно идентификувана низа.
Различен хипотетички проект намерно го споредува АГИК со АГЛК. Ова се две специфицирани цели, секој со свој идентификатор, примерок историја, и анализа Означени пептиди рекорд. Пишувањето на двете како AGJK може да биде погодно за разговор за семејство, но ја губи разликата потребна за одделни нарачки или припишување на резултат.
За Б и З, кандидатските алтернативи не го делат истиот состав. Затоа, масовната пресметка треба да го наведе идентитетот на кандидатот или да ги пријави одделно пресметаните алтернативи според дефиниран модел. Доделувањето недокументиран просек на двосмислена позиција може да создаде број што не опишува ниту една од предвидените молекули. Политика за приватност
Вежба со сет на кандидати. Да претпоставиме дека хипотетички запис ABBA дозволува D или N независно на секое B. Нејзините четири кандидатски секвенци се ADDA, ДНК, ТИ и АНА. Ако експерименталниот доказ наместо тоа ги дозволува само спарените алтернативи DD или NN, дозволеното множество содржи две секвенци. Самото пишување ББ не може да ја зачува таа корелација. Прикачете ги ограничувањата или набројте ги дозволените кандидати наместо автоматски да ја конструирате секоја комбинација.
Користејќи ги вредностите на моноизотопскиот остаток во Табела за маса на ExpPASy, заменувајќи N со D менува кандидат со 115.02694 − 114.04293 = 0.98401 Да користејќи ги заоблените влезови. АДНА и АНДА содржат по едно Д и едно Н, па нивните вкупни состави се совпаѓаат и покрај различниот редослед на остатоци. Дури и точниот вкупен износ во согласност со тој состав не би одредил која позиција го носи Д. Затоа, стеснувањето засновано на маса мора да ја задржи позиционата нејаснотија.
Бројот на кандидати не е распределба на веројатност. Четири дозволени секвенци немаат автоматски a 25% шанса секој, и симболот за двосмисленост на базата на податоци не одредува еднаква смеса за купување. На веројатностите ќе им треба наведен статистички модел и придружни набљудувања; за пропорциите на смесата ќе биде потребна физичка подготовка или мерење. Држете ги и двете одвоени од едноставниот сет на можности.
Оваа разлика е важна во истрагата за деамидација. Наоѓањето маса конзистентна со еден дополнителен D во двосмислена D/N регион само по себе не покажува дека складирањето го конвертирало оригиналниот N во D. Задачата на почетната низа веќе беше нерешена, и различни позиции може да го делат тој збир. Барањето за деградација бара докази за почетната состојба и промената со текот на времето, наместо да се третира едно дозволено толкување како документирана основна линија.
Ако алатката за пребарување не може да ги зачува ограничувањата на зглобовите, чувајте ја комплетната листа на кандидати надвор од алатката и означете ја увезената апроксимација. Погодноста за пребарување може да ги прошири или да ги уништи можностите. Пријавете ги погодоците во однос на вистинското дозволено множество пред да направите заклучок на ниво на секвенца.
Редоследот може целосно да се реши додека локацијата за модификација останува неизвесна. Чувајте ги тие неизвесности одвоени: едно се однесува на кој остаток е присутен, друга се однесува на која врска или атом ја носи модификацијата. Нотација со експлицитен механизам за несигурност може да ги зачува доказите; изборот на прецизна локација исклучиво за да се задоволи потребното поле за база на податоци, додава неподдржани информации.
Минималната евиденција на друга лабораторија треба
Одржувајте го примениот запис како непроменлив извор и креирајте посебна интерпретирана верзија. За АББА, зачувајте ги двете двосмислени позиции, дозволените алтернативи на секоја од нив, и какви било ограничувања на зглобовите. Ова му дозволува на подоцнежниот аналитичар да ги разликува новите експериментални докази од службеничкиот избор направен да помине до увозникот.
| Задолжително поле | Пример за корисни детали | Последица ако нема |
|---|---|---|
| Потекло на секвенца | Изворна евиденција, ревизија, идентификатор на примерок, и датум на толкување | Толкуваната низа не може веродостојно да се поврзе со оригиналниот материјал |
| Азбука и насока | Именувана конвенција за нотација; секвенца напишана од N до C | Значењето на симболот и редоследот на остатоци може погрешно да се прочитаат |
| Карта за нумерирање | Дали позициите се однесуваат на претходник, зрел синџир, или синтетички фрагмент | Може да се додели модификација на погрешен физички остаток |
| Нерешени позиции | Позиција, дозволени алтернативи, докази, и нерешено прашање | Единствена структура или единствена теоретска маса може да биде неоправдана |
| Целосна целна хемија | Термини, конфигурација, ознаки за изотоп, врски со страничен синџир, и модификации | Соодветните букви не можат да воспостават соодветни молекули |
| Аналитички контекст | Метод, подготовка на примерок, критериуми за доделување, и релевантни необработени податоци | Примачот не може да процени дали тврдената разлика била мерлива |
| Историја на толкување | Кој сменил задача, зошто, и кои downstream датотеки беа ажурирани | Старите и новите толкувања може да се мешаат во една анализа |
За нестандарден остаток, додадете доволно структурни информации за да го идентификувате вградениот остаток наместо само слободен градежен блок. Заштитните групи присутни за време на синтезата не се автоматски дел од финалниот пептид. Исто така, форма на сол на купена аминокиселина сама по себе не го дефинира конечниот контрајонски состав на пептидот. Аминопептид
Конфигурацијата заслужува свое поле. L/D дескрипторите не се синоним за насоката на оптичката ротација, и не треба да се мешаат со шифри за остатоци од една буква. Каде што структурата содржи дополнителни стереоцентри, наведете ги наместо да претпоставувате дека алфа-јаглеродниот дескриптор го таложи целиот остаток.
Прегледајте го предавањето без да ги избришете нерешените информации
Прво, споредете ја интерпретираната низа со изворниот знак по знак, вклучително и прибелешки. Второ, проширете ги непознатите симболи користејќи ја наведената конвенција. Трето, мапирајте ја секоја позиција на планираниот систем за нумерирање. Четврто, проверете дали термините и модификациите се претставени надвор од обичните преостанати букви каде што е потребно.
Потоа проценете го секое аналитичко тврдење во однос на методот. Прашајте дали доказите го разликуваат составот, редослед на остатоци, страница за модификација, и конфигурација. Ова се посебни прашања. Методот што воспоставува еден може да остави нерешен друг. Запишете го ограничувањето до побарувањето наместо да го закопате во општо одрекување.
За хипотетичкото предавање на AGXK, корисна одлука е: „Третиот остаток нерешен; нема единствена структура поднесена за синтеза; анализата на кандидатите се задржува посебно“. Ако проектот намерно избере еден кандидат за скрининг експеримент, означете го тој материјал како дизајниран кандидат, не како докажаната оригинална низа.
Кога експериментот бара одредени кандидати, креирајте посебни записи за дизајн наместо препишување на нерешениот родител. На пример, ADNA и ANDA можат да добијат различни идентификатори на нарачката додека и двете остануваат поврзани со записот за докази на ABBA. Резултатите на еден кандидат потоа ја тестираат дизајнираната молекула; тие ретроактивно не го утврдуваат идентитетот на оригиналниот примерок. Доколку не се нареди ниту еден кандидат, зачувувањето на нерешениот сет сè уште е валиден и корисен исход.
Изберете ја претставата за задачата. Семејното пребарување може да прифати дефиниран алтернативен сет; хемиската нарачка бара разрешена цел или експлицитно одредена мешавина; за теоретски масовен извештај може да бидат потребни неколку збирки на кандидати. Документирајте го тој избор до низата, така што пригодното претставување за пребарување подоцна не се смета за упатство за производство.
Брза проверка на предавањето е да побарате од рецензентот да ги наведе дозволените кандидати само од записот. Ако рецензентот измисли мешавина, пропушта поврзано ограничување или избира еден остаток без докази, подобрете го рекордот пред да го увезете на друго место. Целта е репродуктивна несигурност, наместо вештачки определена низа.
Најчесто поставувани прашања
Дали X значи дека пептидот содржи стоп-кодон? Не во општа интерпретација на аминокиселинската секвенца. X најчесто означува непознат или неодреден остаток. Ознаката за завршување на преводот и локалните конвенции на датотеки мора да се проверат посебно.
Може ли да го заменам J со леуцин за да направам софтверот да прифати низа? Само како експлицитно означена претпоставка или кандидат, со зачувана оригиналната нејасност. Прифаќањето преку софтвер не дава доказ дека леуцинот е правилниот остаток.
Дали U и O се нужно печатни грешки? бр. Тие се користат за селеноцистеин и пиролизин во проширени азбуки на аминокиселини. Потврдете ја изворната конвенција и поддршката за алатката пред да ги промените.
Кој е најважниот додаток на табелата со кратенки? Легенда за нотација поврзана со вистинскиот запис за секвенца, вклучувајќи ги нерешените позиции и нивните докази. Табелата ги објаснува симболите; записот објаснува зошто тие симболи биле користени за тој примерок.
