Брз одговор
Низата може правилно да се копира додека нејзината пресметана маса е погрешна. Информациите што недостасуваат често се на крајот: слободна амино група или ацетилиран азот…
Молекуларна тежина на аминокиселина - помирување на крајот, Измени и масовни конвенции
Аргирелин Инстант пептид Низата може правилно да се копира додека нејзината пресметана маса е погрешна. Информациите што недостасуваат често се на крајот: слободна амино група или ацетилиран азот, слободна карбоксилна група или терминален амид. За студент кој споредува резултат на калкулатор со сертификат за добавувач, ова се структурни разлики кои мора да се решат пред да се процени аритметиката. Табела со молекуларна тежина на аминокиселини сама по себе не го дефинира целосниот пептид.
Ова упатство споредува два сметководствени методи за иста неутрална, линеарен пептид. И двете претпоставуваат обични пептидни врски, слободни амино и карбоксилни завршетоци, и без дополнителни модификации освен ако не е наведено. Наставниот пример е H-Gly-Ala-Lys-OH, скратено H-GAK-OH, со L конфигурација во неговите хирални аминокиселински центри. Глицинот е ахирален. H и OH овде ги опишуваат терминалните групи; тие не се екстра хистидин или остатоци од низа.
Резултатот е теоретска молекуларна маса, не мерење на материјалот во вијала. Бројачи, вода, остаток на растворувач, нечистотии, и нецелосно растворање бараат посебно разгледување при подготовка на концентрација. Затоа, точната пресметка одговара на потесно прашање: која маса одговара на овој наведен молекуларен состав?
Изберете дефиниција за маса пред да ја изберете аритметиката
Моноизотопската маса користи одредени изотопи, конвенционално најзастапениот изотоп на секој елемент за овие вообичаени пептидни состави. Просечната маса користи изотопски изобилство пондерирани атомски маси. Овие конвенции произведуваат различни броеви за иста молекула. Ниту едното ниту другото не станува точно само затоа што табеларната табела прикажува повеќе децимални места.
Масата во далтони опишува молекула. Моларната маса во грамови по мол опишува количина на супстанција и во суштина има иста нумеричка вредност со прецизноста што се користи овде. Строго, релативната молекуларна маса е бездимензионална, иако „молекуларната тежина“ често се користи неформално за овие поврзани количини. Наведете која количина и конвенција претставува бројот.
Влезовите за остатоци подолу доаѓаат од Табела за маса на ExpASy FindMod. Користете ги неговите записи за остатоци за Г, А и К, наместо масите копирани од етикетите на реагенси со слободни аминокиселини. Чувајте го терминот за вода од истата табела. Табелата што ги комбинира вредностите на слободните аминокиселини со формулата за собирање на остатоци ќе ги брои атомите двапати дури и кога секое собирање е нумерички точно.
Цена на пептиди src=”https://molchanges.com/wp-content/uploads/2026/11/pub_20261110_110948_512_bc93331741f34970a1bcc34ce7bd40a1.png“>
| Компонента | Моноизотопска маса, И | Просечна маса, И |
|---|---|---|
| Гли остаток, Г | 57.02146 | 57.0519 |
| Остатоци од Ала, А | 71.03711 | 71.0788 |
| Остаток од лиза, К | 128.09496 | 128.1741 |
| Термин на сметководство за вода | 18.01056 | 18.01524 |
Овие се заоблени табеларни влезови. Дополнителните цифри задржани подолу ја прават пресметката репродуктивна; тие не создаваат дополнителна физичка прецизност. Користете една конзистентна табела и конвенција насекаде, особено кога се споредуваат постари калкулатори кои можат да користат малку различни константи на атомска маса.
Два методи кои мора да се согласат за истиот пептид со слободен крај
Метод еден: збирете ги остатоците од масата и додадете една вода. За хипотетичката молекула H-GAK-OH, моноизотопската пресметка е 57.02146 + 71.03711 + 128.09496 + 18.01056 = 274.16409 И. Конечната вода ги опфаќа атомите потребни за завршување на двете слободни завршници на овој линеарен синџир.
Просечната пресметка е 57.0519 + 71.0788 + 128.1741 + 18.01524 = 274.32004 И. Соодветната просечна моларна маса е Палмитоил трипептид 1 приближно 274.32004 g/mol користејќи ги овие влезови. Додавањето вода за секој остаток ќе ги брои терминалните атоми постојано.
Метод два: ги сумира слободните аминокиселински маси и ги одзема водите од врската. Изведете ја секоја слободна аминокиселинска маса од истата маса за остатоци со додавање на една вода. Моноизотопските вредности се затоа 75.03202, 89.04767, и 146.10552 И. Три слободни амино киселини формираат две конвенционални пептидни врски, давање 310.18521 − 2 × 18.01056 = 274.16409 И.
Просечниот пандан е 75.06714 + 89.09404 + 146.18934 − 2 × 18.01524 = 274.32004 И. Ова е книговодство на составот, не е тврдење дека одредена синтетичка реакција буквално ослободува слободна вода при секој чекор на спојување. Заштитените градежни блокови и активираните посредници имаат различна реакција на хемија.
| Предност | Ограничување | Применливи услови | Метод на верификација |
|---|---|---|---|
| Збирот на остатоци дава компактна пресметка со еден терминален термин за вода. | Неуспешно ако вредностите на слободните аминокиселини се помешаат со вредности на остаток или ако терминалната хемија е испуштена. | Целосно специфицирана линеарна низа со познати модификации и наведена масовна конвенција. | Повторно пресметајте користејќи слободни амино киселини и експлицитно сметководство за врски; проверете го секое прилагодување на терминалот. |
| Збирот на слободните аминокиселини го прави видлив бројот на еквиваленти на кондензација. | Бара правилно броење на врски и не може да ги третира гранките или прстените како обичен линеарен синџир без промени. | Истата цел со слободни краеви и истите масени константи што се користат со методот на остаток. | Потврдете три остатоци, две врски на 'рбетот, и договор со пресметката на остаток. |
Двата методи се комплементарни проверки, не е независен експериментален доказ. Тие можат да се согласат додека ја споделуваат истата погрешно транскрибирана низа. Потврдете ја молекуларната спецификација пред да ги прославите соодветните збирови.
Применете ги модификациите на терминалот на декларирана референтна структура
На Унимод ацетил рекорд одредува а +42.010565 Моноизотопско зголемување; нејзиниот амидација рекорд специфицира −0,984016 Да. Тоа се промени во однос на дефинирана почетна структура. Овде ацетил групата е на N-терминалниот азот, оставајќи ја амино групата со страничниот ланец на лизин непроменета, а амидацијата ја заменува слободната киселина на C-терминалот со карбоксамид. Наведете ги тие локации пред да ги користите зголемувањата. Биотиноил трипептид 1
| Хипотетичка цел | Промена од H-GAK-OH | Неутрална моноизотопска маса, И |
|---|---|---|
| H-GAK-OH | Нема модификација | 274.16409 |
| Ac-GAK-OH | N-терминална ацетилација | 316.17466 |
| H-GAK-NH2 | C-терминална амидација | 273.18007 |
| Ac-GAK-NH2 | И двете наведени терминални промени | 315.19064 |
Прикажаните резултати се заокружуваат на пет децимални места по додавањето на снимените зголемувања. Пресметките за просечна маса бараат просечни зголемувања, не овие моноизотопски вредности. Вкупниот износ со мешана конвенција е неконзистентен дури и ако се случи да личи на пријавениот врв.
Одделете ја разликата за заокружување од структурната разлика. Ако хипотетички деконволвиран неутрален резултат беа 274.16500 И, неговата разлика од заокружената ГАК пресметка би била 0.00091 И, или околу 3.32 делови на милион од пресметаната вредност. Таа аритметика опишува релативно несовпаѓање; тоа не е ограничување за прифаќање. Дали резултатот поддржува задача зависи од калибрацијата, неизвесност, избор на врв и аналитички метод.
Не заокружувајте го секој остаток на цел број пред собирање, а потоа оценувајте го конечниот одговор со пет децимални места. Информациите отфрлени во раниот чекор не може да се обноват со форматирање на вкупниот број. Спротивно на тоа, несогласувањето во последната прикажана цифра може да рефлектира различни задржани константи наместо различна молекула. Зачувајте незаокружени работни вредности кога се достапни и заокружете еднаш за планираниот извештај.
Табелата за несовпаѓање може да наведе различни хипотези заедно со нивниот предвиден ефект: погрешна терминална група, конвенција за мешана маса, различен јонски полнеж, или нецелосна низа. Елиминирајте ги користејќи ги спецификацијата и метаподатоците на спектарот, наместо постојано менување на стандардните вредности на калкулаторот додека не се поклопи еден број. Нумеричкото совпаѓање добиено преку неоправдана претпоставка го остава нерешено оригиналното прашање за идентитетот. Производители на пептиди САД
Ацетилацијата на страничниот синџир на лизин наместо N-крајот ќе го даде истиот прираст на составот за една ацетил група. Неоштетената маса сама не може да ја утврди нејзината локација. Слично на тоа, менувањето на L остаток на неговиот пандан D не го менува елементарниот состав. Масовниот натпревар не може да воспостави стереохемиски идентитет.
За цикличен или разгранет пептид, обнова на сметководството околу реалните обврзници и терминални групи. Не ја применувајте формулата со слободни краеви и потоа закачувајте неформална „циклична“ ознака. Структурната спецификација мора да идентификува што е поврзано со што, вклучително и дали циклизацијата ги троши завршниците или вклучува странични синџири.
Решете го несовпаѓањето пред да го користите бројот
Корисен преглед на несовпаѓање започнува со пријавената количина. Дали сертификатот наведува неутрална моноизотопска маса, просечна молекуларна маса, или одреден јон? Споредување на просечна неутрална вредност директно со изолиран моноизотопски врв од маса до полнење, воведува две разлики одеднаш. Решете ја конвенцијата и доделувањето јони пред да ја толкувате преостанатата разлика како хемиска нечистотија.
Работена јонска споредба. Претпоставете, само за аритметика, дека H-GAK-OH произведува двојно протониран јон без други адукти. Со заоблената ExPASy протонска маса на 1.00728 И, неговиот предвиден однос маса-полнење е (274.16409 + 2 × 1.00728) / 2 = 138.089325. Единечно протонираната алтернатива е 275.17137. Ниту еден резултат не значи дека неутрален пептид добил дополнителен остаток; додадените протони и делењето по полнеж ја објаснуваат разликата.
За соодветниот двојно протониран амид, предвидувањето станува (273.180074 + 2 × 1.00728) / 2 = 137.597317. Така, сепарацијата киселина од амид е околу 0.492008 во единици за масовно полнење на полнење два, наместо 0.984016. Рецензент кој го применува неутралниот прираст директно на секој наполнет врв може да ја одбие правилната структура. Овој пример го претпоставува истиот тип на полнење и додаток за двете задачи; непознатото полнење не може да се поправи со погодување на модификацијата.
По доделувањето на јонот, споредете ги пишаните структури. За овој трипептид, проверете три остатоци, двете терминални групи, и дали лизинот е модифициран. Необјаснета разлика блиску до познат прираст е објаснување на кандидатот, не е задача на локацијата. Позиционен ацетил изомер може да има иста пресметана маса додека ја става групата на различен азот.
За да се затвори несовпаѓањето, наведете кое објаснување е проверено со кој запис. Изменетата спецификација на терминалот решава различен проблем од коригираното доделување јони. Зачувајте го претходниот резултат и причината за корекција за да може подоцнежен рецензент да ја следи одлуката.
Постои поинаква грешка кога пресметаната молекуларна маса е точна, но концентрацијата на залихи е погрешна. Да претпоставиме дека хипотетичкиот прав содржи поврзан контрајон и вода чии количини не се доделени. Внесувањето на правилната неутрална маса во калкулаторот за концентрација не го отстранува нивниот придонес во измерениот прав. Спротивно на тоа, мерењето на содржината на пептид не решава неодредена терминална структура. За пресметката и доделувањето на материјалниот износ потребни се посебни докази.
Работниот лист за несовпаѓање нека биде компактен: декларирана структура, масовна конвенција, неутрален резултат, предложена јонска формула, набљудувана вредност, и преостанатата разлика. Запишете ги средните броеви пред да го заокружите конечниот екран. Друг рецензент потоа може да ја репродуцира споредбата и да види дали нерешениот проблем се однесува на аритметиката, јонска задача, или хемија.
Најчесто поставувани прашања
Зошто додавам вода при пресметување на пептид од остатоци од маси? Преостанатите маси ги испуштаат атомите потребни за комплетирање на двете слободни завршетоци на конвенционален линеарен пептид. Една вода го враќа тој состав. Различната хемикалија на терминалот или прстенот бара експлицитно прилагодена формула.
Дали C-терминалната амидација ја зголемува масата на пептидите? Во однос на соодветниот слободен карбоксилен крај, обичната амидација ја намалува моноизотопската маса приближно 0.984016 И. Референтната структура е важна; „Додавањето амид“ не е доволна инструкција за пресметка.
Дали два различно модифицирани пептиди можат да имаат иста маса? Да. Една ацетил група на различни подобни места може да произведе позициони изомери со идентичен состав. Секвенциските изомери и стереоизомери исто така можат да делат маса. Потребни се дополнителни структурни докази.
Која вредност треба да ја испратам до технички тим? Испратете го целосниот опис на целта заедно со јасно означена неутрална моноизотопска маса или просечна моларна маса, како што е соодветно. Побарајте од тимот да ги потврди терминалните групи и споредбата на мерењето наместо да испрати необјаснет број.
