Брз одговор
Означените пептиди можат да направат експеримент видлив без да го направат едноставно неговото толкување. Светлиот сигнал може да ја рефлектира планираната интеракција, површина-здружение…
Позитивен означен-пептиден сигнал - контроли за конкурентни објаснувања
Означените пептиди можат да направат експеримент видлив без да го направат едноставно неговото толкување. Светлиот сигнал може да ја рефлектира планираната интеракција, материјал поврзан со површината, позадина поврзана со етикетата, разлики во подготовката, или поставки за мерење. Нарекувањето на резултатот позитивен е значајно само откако ќе се наведе кој заклучок би требало да го поддржува сигналот.
Хипотетичко предавање: Лабораторијата А ја набљудува флуоресценцијата поврзана со клетките по употреба на означен пептид и ја опишува како навлегување. Лабораторијата Б ги прима избраните слики и краткото име на пептидот, но не може да го репродуцира очигледниот ефект. Достапните записи не ја идентификуваат локацијата за прикачување, остаток без етикета, историја на подготовка, или поставки за анализа на слики.
Ова е истрага за потенцијално лажно-позитивно толкување, не е доказ дека првичното набљудување било лажно. Флуоресценција поврзана со клетките, интрацелуларна локализација, специфично врзување, а биолошката активност се различни тврдења. Примопредавањето треба да зачува доволно докази за да се оцени секој одделно.
Наведете ја истрагата и споредбата што го создала тврдењето
Запишете ја целосната секвенца на пептиди, терминални групи, конфигурација каде што е релевантно, флуорофор идентитет, локација за прикачување, поврзувач, и наменета стехиометрија за обележување. Вклучете дали препаратот е дефиниран означен вид или дистрибуција на производи. Името на бојата и прекарот на пептид не се целосен молекуларен опис.
На официјален ProForma стандард поддржува описи со контролирана форма на пептид, вклучувајќи ја и тековната финална верзија 2.1. Чувајте ја целосната структурна дефиниција на сондата и релевантниот доказ на локацијата со записот. Препознатливата нотација или соодветниот недопрен состав не воспоставува клеточна локализација.
Поврзете го молекуларниот опис со добавувачот, многу, вијала или аликвот, и аналитички докази. Вклучете релевантни хроматографски методи, услови за откривање, и проценка на немодифициран пептид, нецелосни производи, бесплатна етикета, или други видови кои се важни за толкувањето. Трагата во која доминира флуоресценција може да не ја карактеризира секоја компонента на ист начин.
Наведете ја основата на количината и за означената сонда и за кој било компаратор. Еднаквите бруто маси на различни конјугати не мора да значат еднакви моларни количини. Концентрацијата запишана во тетратка треба да може да се следи до доделената вредност и пресметката на подготовката.
Флуорофор студија на Кавако и неговите колеги поддржува третирање на бојата како можна пертурбација во испитуваните мембрано-активни пептидни системи. Не воспоставува навлегување за оваа сонда или не предвидува дека менувањето на бојата ќе го реши меѓулабораториското несовпаѓање. Идентитетот на сондата и толкувањето на мерењето имаат потреба од сопствен преглед.
Зачувајте ги минималните записи потребни за втора лабораторија
Видови пептиди Минималниот материјален запис ја вклучува целосната дефиниција на сондата, анализа поврзана со многу, доделување количина, и историја на подготовка. Снимајте медиум, релевантна pH вредност и основа на концентрација, контејнери, трансфери, складирање, изминатото време, и познатите разлики во експозицијата. Експлицитно означете ја историјата што недостасува.
Биолошкиот запис треба да го идентификува моделот, релевантна историја на ќелија или примерок, низа на третман, контроли, и точниот прозорец за набљудување. Лабораторија за прием треба да знае што е споредено, не само која слика е избрана за презентација.
Записот за мерење треба да ги зачува оригиналните податоци, поставки за стекнување, релевантно ракување со позадината, и метод на анализа. За слики, да ги задржи чекорите на обработка кои влијаат на прикажаниот сигнал, вклучително и нормализација, прагови, сегментација, и исклучувања. Сликата приспособена на екранот не е замена за основното мерење.
Чувајте го прилагодувањето на екранот одвоено од квантификацијата. Независното растегнување на секоја слика до својот минимум и максимум може да направи слабите и силните сирови сигнали да изгледаат слично светли. Избраниот екран може да комуницира просторно Споредба на цените на пептидите детал, но истата визуелна осветленост не воспоставува еднаков измерен интензитет. Задржете ги необработените вредности и трансформацијата на екранот наместо да се обидувате да пресметате меѓулабораториски сооднос од сликите на презентацијата.
Чувајте ги јасни единиците и именителот на секој пријавен резултат. Просечен сигнал по поле, сигнал по ќелија, дропка над прагот, и локализиран сигнал во дефиниран регион се различни исходи. Две лаборатории можат да направат различни резимеа од ист тип на набљудување ако користат различни дефиниции.
Проверете го броителот пред да го усогласите екранот
Несогласување на хипотетички именител. Секоја од две полиња содржи вкупно корегирана позадина 10,000 сигнални единици. Едниот содржи 100 вклучени клетки и другиот 200. Нивните збирови се согласуваат додека нивните средства се 100 и 50 единици по вклучена ќелија. Тоа е аритметичка разлика, не е доказ за биолошка разлика. Избор на клетки, сегментацијата и дефинираната мерна област одредуваат што значи именителот.
Миристоил хексапептид 16 Еднаквите средства исто така можат да прикријат различни распределби. Хипотетичко поле со 100 ќелии сите на 100 единиците ја имаат истата средина како поле со десет ќелии на 1,000 и деведесет на нула. Делот над однапред договорениот праг може остро да се разликува. Зачувај ги дистрибуциите или исходот потребен за наведеното тврдење наместо да се избере резимето што ги тера лабораториите да се согласат.
Прагот на позитивност е избор на анализа со последици. Запишете како е дефиниран и применет, вклучувајќи исклучени предмети и третман на позадина. Ако вториот тим користи различен праг или брои различни региони, споредете ги тие избори пред да го протолкувате несогласувањето како неуспех на производството на сондата. Не менувајте го прагот откако ќе ги видите резултатите само за да репродуцирате претпочитана позитивна фракција.
Hoofnagle и колегите ја поврзуваат карактеризацијата на пептидите, квантификација, и справување со нивните препораки за анализа. Општата лекција за евиденција е да се поврзе материјалот со мерењето. Нивниот контекст на масовна спектрометрија не обезбедува потврден протокол за сликање за оваа хипотетичка студија.
На ФЕР принципи поддржуваат податоци што можат да се најдат и повторно да се користат со соодветни услови за пристап. Корисно предавање го поврзува делот на сондата, оригинални датотеки и верзија на анализа. Тоа Миристоил хексапептид 23 преглед на дозволите на организацијата; не го потврдува позитивното толкување или не бара неограничено откривање на доверливи материјали. Формирање на пептидни врски
Изберете контроли што ги разликуваат конкурентните толкувања
| Експериментална цел | Избор на сонда или модификација | Релевантни контроли | Читање и ограничување |
|---|---|---|---|
| Поставете сигнал над позадината | Целосно дефиниран флуоресцентен пептид | Неозначен примерок, возилото, и контроли за позадина соодветни на инструментот | Сигнал во однос на наведената позадина; сè уште не е навлегување или специфично врзување |
| Проценете го придонесот поврзан со етикетата | Дефинирана сонда со соодветни дизајни на компаратор | Релевантни контроли со слободна етикета и еднокомпонентни контроли каде што се информативни | Доказ за одредени позадински механизми; нема универзален доказ дека приврзаноста е неутрална |
| Разликувајте ја асоцијацијата на површината од интрацелуларната локализација | Карактеризираната сонда се користи во дефинираниот модел | Контроли за локализација и површински сигнал соодветни за моделот | Локација поддржана од мерењето; не се заклучува само од вкупната флуоресценција |
| Проценете ја биолошката функција | Сонда и неозначен кандидат врз основа на оправдани износи | Позитивна специфична за анализата, негативен, и контроли на возилото | Независен функционален одговор; само флуоресценцијата е недоволна |
| Споредете ги лабораториите | Соодветна спецификација на сонда и документирани делови | Заеднички план за референца или споредба со хармонизирани дефиниции за исходот | Договор во рамките на разгледаните услови и опсегот на анализа |
Слободната боја не е хемиски идентична со бојата прикачена на пептид. Негативната контрола на слободна боја може да одговори на едно предложено објаснување без да докаже дека конјугатот се однесува како мајчин пептид. Исто така, различен флуорофор може да ги промени и оптичките и молекуларните својства, така што замена на боја не е совршено изолирана промена на осветленоста.
За спорниот заклучок треба да се изберат контроли. Општата позитивна контрола која покажува дека инструментот детектира флуоресценција не утврдува дека пептидот конкретно ја врзува својата цел или стигнува до предложениот оддел.
Прегледајте го несовпаѓањето по репродуктивен редослед
- Прецизно наведете го оригиналното тврдење. Одделете го набљудуваниот сигнал поврзан со клетката од локализацијата, обврзувачки, и функција.
- Помирете го материјалот. Споредете ја структурата на сондата, дистрибуција на етикетирање, многу, износ основа, и релевантни докази за нечистотија.
- Помирете ја подготовката и историјата на моделот. Идентификувајте ги разликите што би можеле да влијаат на она што го достигнува мерењето.
- Помири стекнување и анализа. Споредете ги оригиналните податоци, поставувања, дефиниции за исходот, прагови, и исклучувања.
- Оценете ги контролите според водечките објаснувања. Определете кои хипотези ги разликуваат постоечките докази и кои бараат дополнителна работа.
- Пријавете ограничен заклучок. Наведете што е забележано, што беше поддржано, а кое толкување останува нерешено.
Во хипотетичкиот случај, исчезнатите информации за локацијата за прикачување и за преостанатата етикета го спречуваат сигурно тврдење дека двата тима користеле еквивалентна сонда. Недостатокот на оригинални слики и поставки за анализа спречува сигурна споредба на пријавениот флуоресцентен исход. Ниту еден јаз не докажува дека навлегувањето се случило или не се случило.
Ако повторната анализа го промени заклучокот, зачувајте го оригиналниот резултат и документирајте ја ревизијата. Не заменувајте тивко избраните слики или не го редефинирајте резултатот откако ќе видите кој избор дава согласност. Друг рецензент треба да може да ја следи промената. Миристоил пентапептид 17
Корисна прва споредба може да го користи истиот оригинален сет со две декларирани верзии за анализа. Доколку се промени пријавената разлика, истражете ги дефинициите, маски, исклучувања и трансформации пред да се повтори биолошката подготовка. Доколку опстојува под заедничка соодветна анализа, потоа испита материјал, подготовка и разлики во моделите. Ова етапно расудување не докажува причина; тој идентификува на кој нерешен слој се обраќа следната споредба.
Фокусирано барање за предавање е: „Ве молиме наведете ја целосната молекуларна дефиниција и дефиниција на сондата, релевантна проценка на нечистотија, количина и евиденција за подготовка, оригинални мерни датотеки, контроли, и верзија на анализа. Идентификувајте кои докази го разликуваат сигналот поврзан со површината од локализацијата или функционалното тврдење.
Прво одлучете дали несогласувањето се однесува на сурово набљудување, резиме на анализа или биолошко толкување. Зачувајте ги доказите потребни за тоа ниво и пријавете го она што останува нерешено. Повторувањето на целиот експеримент без заедничка дефиниција за исходот може да го репродуцира истиот аргумент со нови слики.
Најчесто поставувани прашања
Дали светлиот сигнал поврзан со ќелијата докажува навлегување? бр. Утврдете ја локацијата и адресата на соодветните објаснувања за површината и позадината користејќи методи и контроли соодветни на моделот.
Дали нискиот сигнал за слободна боја може да ги исклучи сите артефакти на етикетата? бр. Приложениот конјугат може да се однесува поинаку од бесплатната боја. Таа контрола се однесува на ограничено прашање и треба да се толкува во тој опсег.
Кои записи најчесто се потребни кога лабораториите не се согласуваат? Целосната структура на истрагата и многу докази, количина и историја на подготовка, оригинални податоци, поставки за стекнување, контроли, и точната дефиниција за анализа се суштински појдовни точки.
Кога оригиналниот резултат е потврден лажно позитивен? Кога соодветните докази покажуваат дека тврденото позитивно толкување не е поддржано или објаснето од друг извор под тестираните услови. Само нецелосно предавање воспоставува несигурност, не тој конечен заклучок.
