Брз одговор
Необјаснет број „MW“ може да скрие три избори: хемискиот ентитет, масовната конвенција и единиците на количината. За ГАК, changing a table convention shou…
Пресметки на молекуларна тежина на амино киселини - модели на остатоци, Изотопски конвенции, и ацетилација
Дипептид-2 Полипептиди и протеини Необјаснет број „MW“ може да скрие три избори: хемискиот ентитет, масовната конвенција и единиците на количината. За ГАК, менувањето на конвенцијата на табелата треба да ја зачува дефинираната молекула, додека ацетилацијата ја менува самата молекула. Чувајте ги тие операции одделно во книгата за пресметување пред да ги споредите излезите или спектрите.
На IUPAC Gold Book Дефиниција за релативна молекуларна маса ја третира молекуларната тежина како сооднос, па оттука и бездимензионална количина. Молекуларната маса во далтони и моларната маса во грамови по мол се поврзани, но различно дефинирани количини. Наведете што е наменето наместо да се користат единици и етикети наизменично.
Оваа статија разгледува три променливи одделно: слободните аминокиселини наспроти вредностите на резидуите, просечна наспроти моноизотопска конвенција, и терминална ацетилација. Пресметките користат a наставна хипотеза, H-GAK-OH: глицин-аланин-лизин со слободни завршетоци, обичен L аланин и L лизин, без ознака на изотоп, и без дополнителна модификација.
Глицинот е ахирален. Стандардните шифри се Gly/G, Пат/А, и Lys/K. Хипотетичката пресметка не е мерење на идентитет или чистота на вистински примерок.
Променлива еден: вредности на слободни аминокиселини наспроти вредности на резидуи
Задржете ја константна предвидената низа и конвенцијата на масата, потоа прашајте кој тип на запис во табелата се користи. Масата на остатоци од пептид најчесто се табеларизира како соодветна маса на слободни аминокиселини минус вода. Тоа е сметководствена единица за полимерот, не е тврдење дека изолиран слободен остаток е испорачаниот реагенс.
На RESID објаснување за формулите за остатоци и корекции на терминалот поддржува конзистентна пресметка на синџирот на слободен терминал. Префрлањето помеѓу еквивалентно книговодство со слободни аминокиселини и остатоци не треба да ја промени конечната формула. Различен одговор укажува на мешани влезови или променета структурна претпоставка, не е нов физички примерок.
| Компонента | Моноизотопска маса на остатоци, И | Изведена слободна амино-киселинска маса, И |
|---|---|---|
| Глицин | 57.02146 | 75.03202 |
| Аланин | 71.03711 | 89.04767 |
| Лизин | 128.09496 | 146.10552 |
На Табела SIB ExpASy ги обезбедува заокружените вредности што се користат овде. Изведената колона со слободни аминокиселини го додава наведениот придонес воден еквивалент. Зачувај го изворот и конвенцијата за следниот читател да може да го реконструира збирот без да погодува што претставува секој ред.
За H-GAK-OH, збирот на остаток е 256.15353 И. Додавањето на една вода дава 274.16409 И. Алтернативно, на Дипептид 2 Производителот три вредности на слободни аминокиселини се збир на 310.18521 И; одземајќи две води, вкупно 36.02112 И, го дава истиот резултат.
Според тоа, промената на конвенцијата за книговодство треба да ја остави правилно пресметаната маса на пептид непроменета. Вообичаена грешка е да се збират вредностите на остатокот и потоа да се одземат уште две води. Тоа двапати ја отстранува водата од сметководството и произведува погрешен молекуларен состав.
Физичка мешавина од глицин, аланин, а лизинот не е трипептид. Аритметичката еквиваленција го опишува наведениот синџир, не спонтано формирање на пептиди во смеса. Потврдете ја молекуларната форма пред да користите пресметана маса за интерпретација на примерокот.
Променлива два: просечна маса наспроти моноизотопска маса
Сега држете ја константна молекулата и терминалната хемија и променете ја само конвенцијата за известување. Моноизотопската маса користи одредени изотопски маси за дефиниран изотопски состав. Просечната маса користи конвенција пондерирана со изотоп-изобилство. Примерокот не е променет само затоа што се менува пријавениот број.
Користење на просечните вредности на остаток на ExPASy, глицин придонесува 57.0519, аланин 71.0788, и лизин 128.1741 И. Нивната сума е 256.3048 И. Додавање на просечната водена маса на истата референтна табела од 18.01524 Да дава 274.32004 И, што одговара приближно на 274.32 g/mol за пресметка на моларна маса.
Моноизотопскиот резултат за истата немодифицирана неутрална структура е приближно 274.1641 И. Разликата помеѓу овие две Glp-1 пептид вредностите се очекуваат од нивните дефиниции; тоа не е измерена нечистотија, остаток што недостасува, или доказ за грешка на добавувачот.
За овој пример, просечната вредност е повисока од моноизотопската вредност. Не го претворајте тоа набљудување во неограничено правило за секој елемент или конвенција на изотоп. Изотопски збогатениот материјал, исто така, бара неговата вистинска спецификација на етикетата наместо обична пресметка на природното изобилство.
Масен спектар ги прикажува јоните и нивните изотопски дистрибуции. Набљудуваниот m/z зависи од полнежот и јонскиот состав, вклучувајќи го и секој релевантен додаток. Споредувањето на неутрална просечна маса директно со наелектризираниот јонски врв може да создаде друга очигледна несовпаѓање што не е поврзана со идентитетот на пептидот. Добавувач на трипептид-1
Запишете ја конвенцијата што ја користи калкулаторот, извештај, и софтвер за анализа. Доколку се разликуваат, усогласување на дефинициите пред да се зголеми толеранцијата на масата или да се прогласи структурна промена.
Дајте му на ист број различни етикети само кога количините го оправдуваат тоа. На просечна референтна основа што се користи овде, пријавената молекуларна маса е околу 274.32004 Да по дефинирана молекула, додека практична вредност на моларна маса е околу 274.32004 g/mol. Релативната молекуларна маса е однос без единица. Нивните сродни нумерички вредности не прават „Да,” “g/mol” и бездимензионална етикета што може да се заменат во пресметката.
За пресметките на износот е потребна моларна маса и вистинската доделена маса на наменетиот вид. Бруто масата на прашок не може да стане целна маса само затоа што табелата со молекуларна тежина е прецизна. Чувајте го хемискиот ентитет и основата на количината експлицитни пред да се примени n = m/M. Дополнителните цифри во M не ја разрешуваат неизвесноста во тоа што претставува m.
Променлива три: додавање на дефинирана N-терминална ацетил група
За третата споредба, ја задржуваат секвенцата на ГАК, стереохемија, слободен C-терминал, и моноизотопска конвенција, но сменете го N-крајот од слободен амино во ацетилиран. Новата наставна структура е Ac-GAK-OH. Ова е вистинска промена во наведениот молекуларен состав, за разлика од самото менување на конвенцијата за известување. Пептиди и рак
На Внесување на унимод ацетилација дава нето моноизотопско додавање на 42.010565 И. Применувајќи го на 274.16409 Да дава 316.174655 Да за наведениот неутрален ацетилиран модел. Корекцијата се однесува на атомите задржани во производот, не бруто маса на реагенс за синтеза.
Доследно користење на просечната конвенција, истиот запис дава просечен прираст од 42.0367 И. Додавајќи го во 274.32004 Да дава приближно 316.35674 И, или 316.36 g/mol за практична вредност на моларна маса на таа основа.
Хипотетичката табела може да направи посуптилна грешка отколку да испушти цел остаток. Започнете со моноизотопската вредност GAK 274.16409, но додадете го просечниот прираст на ацетил 42.0367. Излезот станува 316.20079, наместо конзистентно моноизотопскиот 316.174655. Разликата е 0.026135 И, приближно 82.7 делови на милион во однос на вториот резултат.
Ова се пресметани разлики од заоблените влезови, не податоци за перформансите на инструментот. Зголемувањето на толеранцијата за совпаѓање на маса додека не поминат двата броја ќе го прикрие неконзистентниот модел. Прво поправете ја конвенцијата. Ако постои експериментално несовпаѓање откако хемиските и јонските дефиниции се договорат, истражете го тоа одвоено набљудување наместо да третирате поголема толеранција како структурно објаснување.
Инкрементот е нето промена од немодифицираната структура, не масата на цел реагенс што се користи за време на синтезата. Додавањето и на ацетил прираст и на неповрзана корекција на вода ќе бара посебно хемиско оправдување.
Чувајте книга со еден ред за неутралната референтна структура и еден ред за секоја намерна хемиска промена. Промената на конвенцијата припаѓа во насловите на колоните, не како модификација ред. Овој едноставен аранжман спречува истата операција да се применува двапати и јасно покажува дали две алатки биле побарани да пресметаат ист ентитет.
На пример, N-терминалната ацетилација го менува наведениот состав додека го задржува наведениот слободен C крај. Ако калкулаторот претпоставува и C-терминален амид, опишува друга молекула и му треба соодветна корекција. Не ги комбинирајте тие стандардни вредности во необјаснето финално поместување. Леџерот треба да го открие молекуларниот избор наместо да прави излезите да изгледаат поблиску.
Локализацијата на локацијата е друго независно прашање. Една ацетил група на лизин може да го зачува истиот вкупен прираст како N-терминалниот додаток. Дури и совршено конзистентна пресметка на масата не може да ја лоцира. Користете ја книгата за јасно да ја наведете хипотезата, потоа потпирајте се на соодветни структурни докази за да го процените физичкиот примерок. Конзистентноста на пресметката е вредна бидејќи ја отстранува нејаснотијата што може да се избегне, не затоа што го заменува мерењето.
Нето-ацетил корекцијата има и хемиско објаснување. Приложениот ацетил супституент не се додава додека го задржува секој атом од оригиналната амино група: прицврстувањето го заменува водородот во таа група. Затоа, нето составот што го користи Unimod е C2H2O. Внесете го дефинираниот состав на разликата наместо лабаво именувана група или цела формула за реагенс. Ова ја прави пресметката следејќи ги атомите на производот и помага да се открие инаку скриена екстра-водородна грешка.
Страничниот синџир и терминалната хемија, исто така, се важни за полнењето и однесувањето. Основниот страничен синџир на лизин е различен од N-терминалната амино група. Предвидената промена на масата не ја квантифицира промената во растворливоста, задржување, или биолошка активност; тие прашања бараат свои докази.
Користете табела за чувствителност и листа за проверка на пресметките
Табелата ја резимира насоката на секој ефект додека ги држи видливи неговите граници. Нумеричките примери погоре се стехиометриски пресметки од наведените референтни вредности, не експериментално измерени големини на одговор.
| Променливата се промени сама | Очекуван ефект | Она што останува непроменето | Граница на заклучокот |
|---|---|---|---|
| Внесување на слободни аминокиселини во влез на остатоци | Индивидуалната табеларна вредност е помала за вода; формулата на синџирот мора да ја користи усогласената корекција на терминалот | Правилно пресметана маса за истиот наведен пептид | Не идентификува дали физичкиот примерок е мешавина или пептид |
| Моноизотопска до просечна конвенција | Пријавената вредност се менува; се зголемува за овој ГАК пример | Предвидената хемиска структура | Не подразбира хемиска модификација или воспоставување на набљудуваниот јонски m/z |
| Слободен крај од N до Н-ацетил | Неутралната маса се зголемува за соодветното нето зголемување на ацетил | Редоследот на остатоци и наведениот C-крај | Само по себе не ја докажува локацијата на модификација или не ја предвидува изведбата на анализата |
Пред да прифатите излез од калкулаторот, проверете го следново:
- Потврдете ја целосната низа на остатоци и насоката N-to-C.
- Решавање на непознати симболи, нестандардни остатоци, стереохемија, и изотопски ознаки.
- Идентификувајте дали влезните вредности опишуваат слободни амино киселини или остатоци.
- Изберете една масовна конвенција и применувајте ја доследно.
- Наведете термини, модификации, циклизација, контрајони, или солвати како релевантни за бараниот ентитет.
- Чувајте ја неутралната молекуларна маса одвоена од наелектризираниот јон m/z и од количината на целта во вијалата.
Редоследот на низата е суштински за идентитетот дури и кога не ја менува недопрената маса. ГАК и КАГ имаат ист состав и пресметана немодифицирана маса, но се различни низи. Калкулаторот може да провери очекувања засновани на формула; не може да ја утврди целосната структура на непознат примерок.
Следниот чекор кога два броја не се согласуваат е да се запишат и дефинициите и молекуларните спецификации. Најкорисното решавање проблеми започнува со таа споредба, проследено со аналитички докази потребни за секое преостанато структурно прашање.
Најчесто поставувани прашања
Зошто масата на остаток на аминокиселината е помала од нејзината слободна форма? Вредноста на преостанатата вредност го зема предвид вградувањето на аминокиселините користејќи конвенција одземена со вода. За линеарен пептид со слободни завршетоци, збирете ги преостанатите вредности и додадете една вода.
Дали просечната маса значи дека инструментот измери неколку примероци? бр. Овде се однесува на масовна конвенција пондерирана со изотопско изобилство. Тоа не е просек од повторени лабораториски мерења.
Може ли да додадам просечен прираст на модификација на моноизотопска пептидна маса? Со тоа се создава мешана конвенција. Во обработениот пример, користење 42.0367 наместо 42.010565 додава вештачка 0.026135 Да до ацетилираното предвидување. Тоа е пресметка-модел разлика, не е грешка на измерената маса. Користете го соодветниот прираст и целосна структура, потоа истражете го секое вистинско експериментално несогласување на еквивалентна основа.
Дали совпаѓачката пресметана маса го докажува идентитетот на низата? бр. Пермутациите на низата и некои други структурни алтернативи можат да делат маса. Користете докази релевантни за редоследот каде разликата е важна.
