Ruttdesign
Kemisk syntesmetod (fastfassyntes SPPS, vätskefassyntes): för korta peptider (vanligtvis ≤50 aminosyror), måste välja strategi för skyddsgrupp, kopplingsreagens, etc.
Biosyntes (rekombinant DNA-teknik): uttryck av långa peptider eller komplext modifierade peptider av mikroorganismer eller celler, kräver optimering av värdval (till exempel. E. coli, jäst) och kulturförhållanden..
Processoptimering
Syntes/uttrycksoptimering: öka avkastningen (till exempel. temperatur, pH, katalysatorkoncentration).
Reningsprocess: kromatografi (omvänd fas HPLC, jonbytare) är nyckeln, behovet av att optimera elueringsförhållandena.
Föroreningskontroll: ta bort saknade peptider, felmatchade sekvenser, oxidationsprodukter, etc. för att säkerställa renhet (vanligtvis >98%).