Thư viện peptide có nguồn gốc từ proteome để định hình tính đặc hiệu sâu của thuốc thử biến đổi đầu N

Protein và peptide N termini là mục tiêu quan trọng để biến đổi có chọn lọc bằng thuốc thử chemoproteomics và các công cụ liên hợp sinh học. α-amine ở đầu N chỉ xuất hiện một lần trong mỗi chuỗi polypeptide, làm cho nó trở thành mục tiêu hấp dẫn cho quá trình liên hợp sinh học protein. Trong tế bào, Đầu cuối N mới có thể được tạo ra bằng cách phân tách protein và được thu giữ bằng thuốc thử biến đổi đầu N cho phép xác định cơ chất protease trên toàn bộ protein bằng phép đo phổ khối song song (LC-MS/MS). Sự hiểu biết về tính đặc hiệu của trình tự đầu N của thuốc thử biến đổi là rất quan trọng đối với từng ứng dụng này.. Các thư viện peptide có nguồn gốc từ proteome kết hợp với LC-MS/MS là những công cụ mạnh mẽ để xác định tính đặc hiệu trình tự của thuốc thử biến đổi đầu N. Các thư viện này rất đa dạng, và LC-MS/MS cho phép phân tích hiệu quả sửa đổi của hàng chục nghìn trình tự trong một thử nghiệm. Thư viện peptide có nguồn gốc từ proteome là một công cụ mạnh mẽ để xác định đặc tính trình tự của thuốc thử ghi nhãn peptide hóa học và enzyme. Subtiligase và 2-pyridinecarboxaldehyde (2PCA) là hai thuốc thử đã được phát triển để biến đổi peptide đầu N có chọn lọc và có thể được nghiên cứu bằng cách sử dụng các thư viện peptide có nguồn gốc từ proteome. Giao thức này phác thảo các bước để tạo ra các thư viện peptide có nguồn gốc từ protein đa dạng ở đầu N và để áp dụng các thư viện này để xác định tính đặc hiệu của thuốc thử biến đổi đầu N. Chúng tôi trình bày chi tiết các bước để xác định tính đặc hiệu của 2-pyridinecarboxaldehyde, thuốc thử biến đổi hóa học, và subtiligaza, thuốc thử biến đổi enzym. Các giao thức này có thể dễ dàng được điều chỉnh cho phù hợp với các nguồn protein thay thế và các thuốc thử ghi nhãn peptide đầu N khác.