Nghiên cứu thiết kế và NMR về peptide tuần hoàn nhắm vào miền N-terminal của Protein Tyrosine Phosphatase YopH

Chúng tôi báo cáo về việc thiết kế và đánh giá các peptide tuần hoàn mới nhắm vào miền đầu N của protein tyrosine phosphatase YopH từ Yersinia. Các peptide tuần hoàn được thiết kế dựa trên một chuỗi ngắn từ protein SKAP-HOM [CỦA(pY)DDPF (pY = phosphotyrosine)], và tất cả chúng đều chứa mô típ DEZXDPfK (trong đó Z là một phosphotyrosine hoặc một chất bắt chước phosphotyrosine không thủy phân được, X là axit aspartic hoặc leucine và f là d-phenylalanine). Những peptide này thể hiện cấu trúc 'từ đầu đến đuôi', tạo điều kiện cho quá trình tạo vòng thông qua việc hình thành liên kết amit ở giữa các chuỗi bên của axit aspartic thứ nhất và các gốc lysine. Các nghiên cứu nhiễu loạn dịch chuyển hóa học đã được thực hiện để theo dõi sự liên kết của các peptide này với miền đầu N của YopH. Các peptide chứa một nửa phosphotyrosine thể hiện ái lực liên kết ở phạm vi micromol thấp; việc thay thế phosphotyrosine bằng một trong những dẫn xuất không thủy phân được của nó làm giảm đáng kể ái lực liên kết. Những nghiên cứu sơ bộ này có thể mở đường cho việc phát hiện ra các phối tử dựa trên peptide mạnh hơn và chọn lọc hơn của vùng đầu cuối YopH N mà có thể được nghiên cứu sâu hơn về khả năng ức chế nhiễm trùng Yersiniae của chúng..