Proteom-afledte peptidbiblioteker til dyb specificitetsprofilering af N-terminale modifikationsreagenser

Protein- og peptid N-termini er vigtige mål for selektiv modifikation med kemoproteomiske reagenser og biokonjugeringsværktøjer. Den N-terminale a-amin forekommer kun én gang i hver polypeptidkæde, hvilket gør det til et attraktivt mål for proteinbiokonjugation. In cells, new N termini can be generated by proteolytic cleavage and captured by N-terminal modification reagents that enable proteome-wide identification of protease substrates with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). En forståelse af den N-terminale sekvensspecificitet af modifikationsreagenserne er kritisk for hver af disse anvendelser. Proteome-derived peptide libraries in combination with LC-MS/MS are powerful tools for profiling the sequence specificity of N-terminal modification reagents. Disse biblioteker er meget forskellige, og LC-MS/MS muliggør analyse af modifikationseffektiviteten af ​​titusindvis af sekvenser i et enkelt eksperiment. Proteome-derived peptide libraries are a powerful tool for profiling the sequence specificities of enzymatic and chemical peptide labeling reagents. Subtiligase og 2-pyridincarboxaldehyd (2PCA) are two reagents that have been developed for selective N-terminal peptide modification and can be studied using proteome derived peptide libraries. This protocol outlines the steps for generating N-terminally diverse proteome-derived peptide libraries and for applying these libraries to profile the specificity of N-terminal modification reagents. Vi detaljerer trinene til profilering af specificiteten af ​​2-pyridincarboxaldehyd, et kemisk modifikationsreagens, and subtiligase, et enzymatisk modifikationsreagens. Disse protokoller kan let tilpasses til alternative proteomkilder og andre N-terminale peptidmærkningsreagenser.