Rutedesign
Kemisk syntesemetode (fastfasesyntese SPPS, væskefasesyntese): for korte peptider (som regel ≤50 aminosyrer), skal vælge beskyttelsesgruppestrategi, koblingsreagenser, osv.
Biosyntese (rekombinant DNA-teknologi): ekspression af lange peptider eller komplekst modificerede peptider af mikroorganismer eller celler, kræver optimering af værtsvalg (f.eks. E. coli, gær) og kulturforhold..
Procesoptimering
Syntese/udtryksoptimering: øge udbyttet (f.eks. temperatur, pH, katalysatorkoncentration).
Oprensningsproces: kromatografi (omvendt fase HPLC, ionbytning) er nøglen, behov for at optimere elueringsbetingelserne.
Urenhedskontrol: fjerne manglende peptider, umatchede sekvenser, oxidationsprodukter, osv. for at sikre renhed (som regel >98%).