Lipalo tsa Boima ba Limolek'hule tsa Amino Acid - Mehlala ea Masalla, Likopano tsa Isotopic, le Acetylation
Dipeptide-2 Polypeptide le Protheine Nomoro e sa hlalosoang ea "MW" e ka pata likhetho tse tharo: setsi sa lik'hemik'hale, kopano ya bongata le diyuniti tsa bongata. Bakeng sa GAK, ho fetola kopano ea tafole ho lokela ho boloka molek'hule e hlalositsoeng, ha acetylation e fetola molek'hule ka boeona. Boloka lits'ebetso tseo li arohane ka har'a bukana ea lipalo pele u bapisa liphetho kapa spectra.
The IUPAC Gold Book tlhaloso ea boima ba molek'hule e tšoara boima ba limolek'hule joalo ka karo-karolelano, ka hona bongata bo senang tekanyo. Boima ba limolek'hule ho li-dalton le boima ba molar ka ligrama ka molek'hule bo amana empa bongata bo hlalosoa ka tsela e fapaneng.. Bolela se boleloang ho fapana le ho sebelisa liyuniti le lileibole ka ho fapanyetsana.
Sengoliloeng sena se hlahloba mefuta e meraro ka thoko: mahala-amino-acid khahlano le boleng ba masalla, karolelano khahlano le kopano ea monoisotopic, le terminal acetylation. Lipalo li sebelisa a khopolo-taba ea ho ruta, H-GAK-OH: glycine-alanine-lysine e nang le termini ea mahala, tloaelehileng L alanine le L lysine, ha ho label ea isotope, mme ha ho na phetoho e eketsehileng.
Glycine e nkoa e le ea bohlokoa. Likhoutu tse tloaelehileng ke Gly/G, Tsela/A, le Lys/K. Palo ea boinahanelo ha se boitsebiso kapa tekanyo ea bohloeki ho sampuli ea sebele.
E feto-fetohang: boleng ba mahala-amino-acid khahlano le boleng ba masalla
Tšoara tatellano e reriloeng le kopano ea bongata e sa fetohe, ebe u botsa hore na ho sebelisoa mofuta ofe oa tafole. Boima ba masalla a peptide hangata bo hlophisoa joalo ka boima ba amino acid ho tloswa metsi.. Ke karolo ea likarabello bakeng sa polymer, ha se tseko ea hore masala a sa lefelloeng a ka thoko ke reagent e fanoeng.
The Tlhaloso ea RESID ea liforomo tse setseng le litokiso tsa terminal e ts'ehetsa lipalo tse tsitsitseng tsa ketane ea mahala. Ho fetola pakeng tsa li-amino acid tse lekanang le ho boloka libuka tsa masalla ha hoa lokela ho fetola mokhoa oa ho qetela.. Karabo e fapaneng e bonts'a lintlha tse fapaneng kapa mohopolo o fetotsoeng oa sebopeho, eseng mohlala o mocha oa 'mele.
| Karolo | Boima ba masala a monoisotopic, Le | E entsoeng ka boima ba amino acid e sa lefelloeng, Le |
|---|---|---|
| Glycine | 57.02146 | 75.03202 |
| Alanine | 71.03711 | 89.04767 |
| Lysine | 128.09496 | 146.10552 |
The Tafole ea SIB ExPASy e fana ka litekanyetso tse pota-potiloeng tse sebelisoang mona. Kholomo e nkiloeng ea asiti ea mahala ea amino e eketsa monehelo o boletsoeng o lekanang le metsi. Boloka mohloli le kopano e le hore 'mali ea latelang a khone ho tsosolosa kakaretso ntle le ho hakanya hore na mola o mong le o mong o emela eng.
Bakeng sa H-GAK-OH, chelete e setseng ke 256.15353 Le. Ho eketsa metsi a le mong ho fana 274.16409 Le. Ntle le moo, the Dipeptide 2 Moetsi litekanyetso tse tharo tsa mahala tsa amino acid li akaretsa ho 310.18521 Le; ho tlosa metsi a mabeli, kakaretso 36.02112 Le, e fana ka sephetho se tšoanang.
Ho fetola kopano ea ho boloka libuka ka hona ho lokela ho siea boima ba peptide bo baliloeng ka nepo bo sa fetohe. Phoso e tloaelehileng ke ho akaretsa boleng ba masalla ebe o tlosa metsi a mang a mabeli. Seo se tlosa metsi habeli ho accounting mme se hlahisa sebopeho se fosahetseng sa limolek'hule.
Motsoako oa 'mele oa glycine, alanine, 'me lysine ha se tripeptide. Tekano ea lipalo e hlalosa ketane e boletsoeng, eseng sebopeho sa peptide ka boithatelo motsoakong. Netefatsa foromo ea molek'hule pele u sebelisa boima bo baloang ho hlalosa sampole.
Tse peli tse feto-fetohang: boima ba karolelano khahlano le boima ba monoisotopic
Joale tšoara molek'hule le khemistri e sa fetoheng 'me u fetole tumellano ea tlaleho feela. Boima ba Monoisotopic bo sebelisa bongata ba isotope bakeng sa sebopeho se hlalositsoeng sa isotopic. Karolelano ea boima e sebelisa kopano e boima ba isotope. Mohlala ha oa fetoha hobane feela palo e tlalehiloeng e fetoha.
Ho sebelisa ExPASy karolelano ea boleng ba masalla, glycine e kenya letsoho 57.0519, alanine 71.0788, le lysine 128.1741 Le. Kakaretso ea bona ke 256.3048 Le. Ho eketsa tekanyo e tšoanang ea tafole ea litšupiso boima ba metsi a 18.01524 Da o fana 274.32004 Le, e tsamaellanang hoo e ka bang le 274.32 g/mol bakeng sa lipalo tsa molar-mass.
Sephetho sa monoisotopic bakeng sa sebopeho se tšoanang se sa nke lehlakore se batlang se lekana 274.1641 Le. Phapang pakeng tsa tsena tse peli Glp-1 Peptide boleng bo lebeletsoe ho tsoa litlhalosong tsa bona; hase litšila tse lekantsoeng, masalla a sieo, kapa bopaki ba phoso ea mofani oa thepa.
Bakeng sa mohlala ona, boleng ba karolelano bo phahame ho feta boleng ba monoisotopic. Se ke oa fetola tlhokomeliso eo molao o sa thibeloang bakeng sa ntho e ngoe le e ngoe kapa kopano ea isotope. Thepa e ntlafalitsoeng ea Isotopically e boetse e hloka litlhaloso tsa eona tsa 'nete ho fapana le lipalo tse tloaelehileng tsa tlhaho..
A mass spectrum e hlahisa li-ion le kabo ea tsona ea isotopu. E shebiloeng m/z e ipapisitse le tefiso le sebopeho sa ion, ho kenyeletsoa keketso efe kapa efe e amehang. Ho bapisa boima ba 'mele bo sa nke lehlakore ka kotloloho le tlhoro ea ion-ion ho ka baka phapang e 'ngoe e sa amaneng le boitsebahatso ba peptide.. Tripeptide-1 Morekisi
Ngola kopano e sebelisoang ke sebali, tlaleha, le software ea tlhahlobo. Haeba ba fapane, ho dumellana le ditlhaloso pele ho eketsa mamello ya bongata kapa ho phatlalatsa phetoho ya sebopeho.
Fana ka palo e tšoanang lileibole tse fapaneng ha feela lipalo li e lokafatsa. Ka karolelano ea litšupiso tse sebelisitsoeng mona, boima ba limolek'hule bo tlalehiloeng bo ka 274.32004 Da ka molek'hule e hlalositsoeng, ha boleng bo sebetsang ba molar-mass bo ka 274.32004 g/mol. Boima bo amanang le molek'hule ke karo-karolelano ntle le yuniti. Lipalo tsa tsona tse amanang le tsona ha li etse hore “Da,” “g/mol” le leibole e senang dimension e ka fapanyetsanoang palong.
Lipalo tsa palo li hloka boima ba molar le boima ba 'nete bo abetsoeng ba mefuta e reriloeng. Boima ba phofo bo ke keng ba fetoha boima ba sepheo hobane feela tafole ea boima ba limolek'hule e nepahetse. Boloka k'hemik'hale le palo ea motheo e hlakile pele u sebelisa n = m/M. Linomoro tse ling ho M ha li rarolle ho se kholisehe ho seo m e se emelang.
Tse tharo tse feto-fetohang: ho eketsa sehlopha se hlalositsoeng sa N-terminal acetyl
Bakeng sa papiso ea boraro, boloka tatellano ea GAK, stereochemistry, mahala C-terminus, le kopano ea monoisotopic, empa fetola N-terminus ho tloha amino mahala ho acetylated. Sebopeho se secha sa ho ruta ke Ac-GAK-OH. Ena ke phetoho ea 'nete sebopehong se boletsoeng sa limolek'hule, ho fapana le ho fetola feela kopano ea tlaleho. Peptides le Kankere
The Unimod acetylation ho kena fana ka letlooa monoisotopic tlatsetso ea 42.010565 Le. Ho e sebelisa ho 274.16409 Da o fana 316.174655 Da bakeng sa mohlala o boletsoeng o sa nke lehlakore oa acetylated. Tokiso e ama liathomo tse bolokiloeng sehlahisoa, eseng boima bo feteletseng ba "synthesis reagent"..
Ho sebelisa kopano e tloaelehileng kamehla, ho kena tšoanang fana ka karolelano increment ea 42.0367 Le. E eketsa ho 274.32004 Da e fana ka hoo e ka bang 316.35674 Le, kapa 316.36 g/mol bakeng sa boleng bo sebetsang ba molar-mass motheong oo.
Spreadsheet e inahaneloang e ka etsa phoso e nyane ho feta ho siea masalela kaofela. Qala ka boleng ba GAK ea monoisotopic 274.16409, empa eketsa karolelano ea acetyl increment 42.0367. Sephetho se fetoha 316.20079, sebakeng sa monoisotopic e tsitsitseng 316.174655. Phapano ke 0.026135 Le, hoo e ka bang 82.7 likarolo ho milione ho latela sephetho sa morao-rao.
Tsena ke liphapang tse baloang ho tsoa ho tse kentsoeng tse chitja, eseng data ea ts'ebetso ea lisebelisoa. Ho eketsa mamello ea ho lumellana ka bongata ho fihlela lipalo ka bobeli li feta ho ka pata mohlala o sa lumellaneng. Lokisa kopano pele. Haeba ho se lumellane ha liteko ho sala ka mor'a hore litlhaloso tsa lik'hemik'hale le ion li lumellane, batlisisa tlhokomeliso eo e arohaneng ho fapana le ho nka mamello e kholo joalo ka tlhaloso ea sebopeho.
Keketseho ke phetoho ea letlooa ho tloha mohahong o sa fetoloang, eseng boima ba reagent kaofela e sebelisoang nakong ea ho kopanya. Ho kenyelletsa acetyl increment le ho lokisoa ha metsi ho sa amaneng ho tla hloka tokafatso e fapaneng ea lik'hemik'hale.
Boloka ledja e nang le mola o le mong bakeng sa sebopeho sa litšupiso tse sa nke lehlakore le mola o le mong bakeng sa phetoho e 'ngoe le e 'ngoe ea lik'hemik'hale ea ka boomo. Phetoho ea kopano ke ea lihlooho tsa kholomo, eseng joalo ka mola oa phetoho. Tokisetso ena e bonolo e thibela ts'ebetso e le 'ngoe hore e se ke ea sebelisoa habeli' me e hlakisa hore na lisebelisoa tse peli li ile tsa botsoa ho bala mokhatlo o le mong..
Ka mohlala, N-terminal acetylation e fetola sebopeho se boletsoeng ha e ntse e boloka C terminus e boletsoeng ea mahala. Haeba khalkhuleita e boetse e nka amide ea C-terminal, e hlalosa molek’hule e ’ngoe ’me e hloka tokiso e tsamaisanang le eona. Se ke oa kopanya li-defaults hore e be sephetho sa ho qetela se sa hlalosoang. Bukana e lokela ho senola khetho ea molek'hule ho e-na le ho etsa hore liphetho li bonahale li le haufi.
Sebaka sa sebaka sa marang-rang ke potso e 'ngoe e ikemetseng. Sehlopha se le seng sa acetyl ho lysine se ka boloka keketseho e tšoanang ka kakaretso joalo ka tlatsetso ea N-terminal. Esita le palo e tsitsitseng ea boima e ke ke ea e fumana. Sebelisa bukana ho hlalosa khopolo-taba ka ho hlaka, ebe u itšetleha ka bopaki bo loketseng ba sebopeho ho hlahloba sampole ea 'mele. Ho lumellana ha lipalo ho bohlokoa hobane ho tlosa ho se hlaka ho ka qojoang, eseng hobane e nkela tekanyo sebaka.
Tokiso ea nete ea acetyl e boetse e na le tlhaloso ea lik'hemik'hale. Sebaka sa acetyl se kentsoeng ha se eketsoe ha se ntse se boloka athomo e 'ngoe le e' ngoe ea sehlopha sa pele sa amino: attachment e nka sebaka sa haedrojene sehlopheng seo. Ka hona, sebopeho sa marang-rang se sebelisoang ke Unimod ke C2H2O. Kenya mofuta o hlalositsoeng ho fapana le sehlopha se sa reroang kapa foromo eohle ea reagent. Sena se etsa hore lipalo li latele liathomo tsa sehlahisoa mme se thusa ho pepesa phoso e 'ngoe e patiloeng ea extra-hydrogen.
The side-chain le terminal chemistry le tsona li bohlokoa ho lefisa le boitšoaro. Ketane ea lehlakore ea Lysine e fapane le sehlopha sa amino sa N-terminal. Phetoho e boletsoeng esale pele ea boima ha e lekanye phetoho ea solubility, pokollo, kapa mosebetsi wa baeloji; lipotso tseo li hloka bopaki ba tsona.
Sebelisa tafole ea kutloisiso le lethathamo la lipalo
Tafole e akaretsa tataiso ea phello e 'ngoe le e' ngoe ha e ntse e boloka meeli ea eona e bonahala. Mehlala ea lipalo e kaholimo ke lipalo tsa stoichiometric ho tsoa ho litekanyetso tse boletsoeng, e sa lekanngoeng ka liteko tsa boholo ba karabo.
| Phapang e fetohile feela | Phello e lebelletsoeng | Se setseng se sa fetohe | Moeli oa sephetho |
|---|---|---|---|
| Keno ea mahala ea amino-acid ho kena ka masala | Theko ea motho ka mong e theohile ka metsi; foromo ea ketane e tlameha ho sebelisa tokiso ea terminal e ts'oanang | Boima bo baliloeng ka nepo bakeng sa peptide e boletsoeng | Ha e khetholle hore na sampole ea 'mele ke motsoako kapa peptide |
| Monoisotopic ho ea ho kopano e tloaelehileng | Boleng bo tlalehiloeng boa fetoha; e eketseha bakeng sa mohlala ona oa GAK | Sebopeho sa lik'hemik'hale se reretsoeng | Ha e bolele phetoho ea lik'hemik'hale kapa ho theha ion's m/z |
| N-terminus ea mahala ho ea ho N-acetyl terminus | Boima ba ho se nke lehlakore bo eketseha ka sekhahla se loketseng sa acetyl | Taelo ea masalla le C-terminus e boletsoeng | Ha e fane ka bopaki ba sebaka sa phetoho kapa ho bolela esale pele ts'ebetso ea tlhahlobo |
Pele o amohela tlhahiso ea khalkhuleita, hlahloba tse latelang:
- Netefatsa tatelano e felletseng ea masalla le tataiso ea N-to-C.
- Rarolla matšoao a sa tloaelehang, masalla a sa tloaelehang, stereochemistry, le li-label tsa isotope.
- Hlalosa hore na litekanyetso tsa ho kenya li hlalosa li-amino acid kapa masalla a mahala.
- Khetha kopano e le 'ngoe ea bongata' me u e sebelise kamehla.
- Hlalosa termini, liphetoho, cyclization, counterions, kapa e rarolla ka tsela e loketseng setheo seo ho thoeng ke sona.
- Boloka boima ba molek'hule bo sa nke lehlakore bo arohane le ion-m/z e qositsoeng le palo ea sepheo ka har'a vial.
Tatelano ea tatellano e bohlokoa bakeng sa boitsebiso le ha e sa fetole boima bo tiileng. GAK le KAG li na le sebopeho se tšoanang le boima bo baloang bo sa fetoloang empa ke tatellano e fapaneng. Khalkhuleita e ka hlahloba tebello e thehiloeng foromong; e ke ke ea theha sebopeho se feletseng sa sampuli e sa tsejoeng.
Mohato o latelang ha lipalo tse peli li sa lumellane ke ho ngola litlhaloso le litlhaloso tsa limolek'hule. Mokhoa o sebetsang oa ho rarolla mathata o qala ka papiso eo, e lateloa ke bopaki ba tlhahlobo bo hlokahalang bakeng sa potso leha e le efe e setseng ea sebopeho.
Lipotso tse botsoang khafetsa
Hobaneng boima ba masala a amino acid bo le tlase ho feta sebopeho sa eona sa mahala? Boleng ba masalla bo ikarabella bakeng sa ho kenyelletsoa ha amino-acid ho sebelisoa kopano e tlosoang ka metsi. Bakeng sa peptide ea mela e nang le termini ea mahala, palo ea masala 'me u kenye metsi a le mong.
Na boima bo tloaelehileng bo bolela hore sesebelisoa se lekantsoe disampole tse 'maloa? Che. Mona e bua ka kopano ea boima ba isotope-abundance-weighted mass. Ha se karolelano ea litekanyo tsa laboratori tse pheta-phetoang.
A na nka eketsa sekhahla sa phetoho ho boima ba peptide ea monoisotopic? Ho etsa joalo ho baka kopano e tsoakaneng. Ka mohlala o sebetsang, tshebediso 42.0367 sebakeng sa 42.010565 e eketsa ya maiketsetso 0.026135 Ke ho ponelopele ea acetylated. Eo ke phapang ea mohlala oa lipalo, eseng phoso ea boima bo lekantsoeng. Sebelisa increment e tšoanang le sebopeho se feletseng, ebe u batlisisa ho se lumellane leha e le hofe ha 'nete ha liteko motheong o lekanang.
Na boima bo baliloeng bo bapisang bo paka boitsebiso ba tatelano? Che. Litumello tsa tatellano le likhetho tse ling tsa sebopeho li ka arolelana bongata. Sebelisa bopaki bo amanang le tatelano moo phapang e leng bohlokoa.
