Tatelano ho SMILES - Boloka Stereochemistry, Khokahano le Peptide Termini
Limmapa Peptide Theko Papiso Setšoantšo sa peptide se ka bapisoa ka katleho 'me sa ntse se kenyelletsa molek'hule e fosahetseng. Ho fetolela GA sebopeho ho otlolohile feela ka mor'a ho etsa qeto ea hore na ke termini efe, tlhophiso le sampole foromo GA emela. Tlhahlobo e molemo e latela liqeto tseo ka graph ea molek'hule; e ke ke ea emisa setšoantšong se utloahalang kapa boemo bo botala ba parser.
Maikutlo a mahlano a fosahetseng ka tlase a sebelisa mathata a boikaketsi a ho sokoloha. Ba hlalosa seo mohlahlobisisi a lokelang ho se hlahloba, ho e-na le ho bolela hore pipeline e itseng ea software e sebelisitsoe kapa e tiisitsoe. Phephetso e khuts'oane e ka ba tsebo ho feta ho fetola khafetsa tatellano e tšoanang e sa fetoloang, hobane tlhahiso e 'ngoe le e' ngoe e fetola sebopeho se le seng seo ho boloka ho leng bohlokoa.
Qala ka litšupiso tse ngotsoeng tse kang H-Gly-L-Ala-OH, dipeptide tsa mela e nang le termini ya mahala. Tatelano ea eona e khutsufalitsoeng ea masalla ke GA. Glycine ha e na alpha-carbon stereocenter, ha alanine e etsa joalo. Pele o hlahisa eng kapa eng, lumellana hore na boemeli bo kopiloeng bo bontše foromo e sa lefisoeng ea covalent, boemo bo itseng ba protonation, kapa motsoako o itseng oa letsoai. Tsena ke likhetho tse fapaneng tsa ho tlaleha.
Maikutlo a fosahetseng: litlhaku li totobatsa athomo e 'ngoe le e 'ngoe le sehlopha sa ho qetela
Mabaka a fosahetseng ke hore GA e na le tlhaiso-leseling e hlokahalang ho hlalosa sampole. Ha e khetholle sebaka sa mahala sa carboxyl terminus ho C-terminal amide, hape ha e khetholle sehlopha sa N-terminal acetyl. Morekisi ea tatellano a ka fana ka lintho tsa kamehla, empa ntho e sa boleloang e sa hlalosoang ke mohopolo o mabapi le molek'hule.
Tokiso ke ho arola tatellano ea masalla ho tsoa ho tse ling kaofela tse boletsoeng. Rekota taelo ea N-to-C, mahala kapa fetotsoeng termini, sebaka se seng le se seng sa phetoho, le kgokelo efe kapa efe ya mahlakoreng a ketane. Haeba reagent e kentsoe ka sehokelo, hlakisa sehokelo le bonto ea sehokelo ho fapana le ho kenyelletsa lebitso la khoebo la reagent lebaleng la maikutlo.
Mohlala oa boinahanelo, H-Gly-L-Ala-OH le H-Gly-L-Ala-NH2 ba arolelana ditlhaku GA empa ba na le ditlhamo tse fapaneng tsa terminal.. Phetoho e sebelisang "terminal default default" e ka hlahisa sebopeho se nepahetseng hantle se fosahetseng bakeng sa odara. Hlahloba liathomo tsa ho qetela ka kotloloho ho kerafo e tolokiloeng ea molek'hule.
Nahana ka phephetso e reriloeng e nang le free-acid GA, GA amide, N-acetyl-GA e sa lefelloeng acid, le asiti ea mahala ea Gly-D-Ala. Tse tharo tsa pele li fetola sebopeho sa terminal ka boomo; ea bone e boloka sebopeho sa acid e sa lefelloeng ha e ntse e fetola setsi se le seng se lokiselitsoeng. Papiso ea foromo e lokela ho khetholla liphetoho tse amehang tsa terminal empa e ke ke ea khetholla para ea L/D. Papiso ea stereochemical e rarolla phapang eo e setseng. Ha ho le e 'ngoe ea lintlha tsena tse fanang ka tšehetso bakeng sa lekala kapa sehokelo se sa tloaelehang, e neng e tla hloka phephetso e fapaneng.
Mohlala o mong oa bohlokoa o lekanyetsa temoso ena: sebopeho se ngotsoeng se ka hare se ka hlalosa ka ho hlaka tatellano eohle e sa tšoauoang e le linear L peptide tse nang le termini ea mahala.. Ka har'a kopano eo e laoloang, mefokolo e ka ba e nepahetseng. Tlhokahalo ke ho boloka kopano le ho netefatsa hore e sebetsa ho kenyelletso e itseng, ho se thibele li-defaults tsamaisong e 'ngoe le e 'ngoe ea mosebetsi.
Maikutlo a fosahetseng a mabeli: letšoao la @ le bolela amino acid ea L
Monahano o fosahetseng ke ho fetolela L ho motho e mong ea tsitsitseng oa SMILES le D ho e 'ngoe. Ho BOSOTHO, tetrahedral stereochemical notation e itšetlehile ka tatellano eo liathomo tsa boahelani li emetseng ka eona. Ha se leibole e hatisitsoeng hohle bakeng sa sistimi ea biochemical L/D.
The Tlhaloso ea OpenSMILES e hlalosa bohlanya mabapi le liathomo tsa boahelani khoeleng. Ho hlophisa bocha ho ka fetola letšoao la @ ha u ntse u boloka tlhophiso e tšoanang. Hlahloba kerafo e hlophisitsoeng kapa litšupiso tse tšoanang tsa stereochemical, ho e-na le ho nka lesupa le hatisitsoeng joalo ka label ea L/D.
Bakeng sa H-Gly-L-Ala-OH, hlahloba setsi sa alanine 'me u hlokomele hore glycine ha e hloke kabelo ea alpha-carbon chirality. Bakeng sa masala a nang le li-stereocenters tse eketsehileng, ho hlahloba feela alpha carbon ha hoa lekana. Amino acid e sa tloaelehang e ka hloka sebopeho se hlakileng ho fapana le katoloso e sa reroang ea alfabeta ea tlhaku e le 'ngoe..
Ea hajoale Litokomane tsa limolek'hule tsa RDKit e hlalosa litatso tsa protheine tsa MolFromSequence bakeng sa L kapa D amino acid le likhetho tsa tlhahiso ea stereochemical. Tatso ea lefats'e ha se tlhaloso e felletseng ea sebopeho se kopaneng, peptide e fetotsoeng ka mokhoa o ikhethileng. Hlahloba seo moreki ea khethiloeng a se tšehetsang 'me u hlahlobe litsi tse hlahisoang; ho kopa tlhahiso ea stereochemical ha e khone ho fana ka tlhophiso eo kenyo e siitsoeng ka eona.
Bopaki bo hlokahalang ke kopano ea ho kenya e hlahlobiloeng le papiso ea stereochemical ea graph e hlahisoang. Foromo ea molek'hule kapa boima bo felletseng ha bo khetholle li-enantiomers. Se ke oa sebelisa leha e le efe e le teko ea ho amohela feela bakeng sa sepheo se sa tsotelleng tlhophiso.
Maikutlo a fosahetseng a mararo: foromo e tšoanang e paka khokahanyo e tšoanang
Mabaka a fosahetseng ke hore liphetho tse peli tse nang le sebopeho se tšoanang sa mantlha li tlameha ho hlalosa peptide e tšoanang. Lipeptides tsa boikaketsi Gly-Ala le Ala-Gly Lebenkele/ na le masalla a tšoanang sebopeho le, e nang le termini ea mahala e tsamaellanang, mokhoa o tšoanang oa limolek'hule. Taelo ea bona ea masala le tikoloho ea li-terminal lia fapana.
Tokiso ke ho latela mokokotlo ho tloha ho N terminus e phatlalalitsoeng ho ea ho C terminus. Netefatsa hore ketane e 'ngoe le e 'ngoe ea masala e hokahane le sebaka se reriloeng sa mokokotlo. Ebe u hlahloba li-bond tsa phetoho le lekala lefe kapa lefe kapa selikalikoe ka thoko. Tlhahlobo e tloaelehileng ea tatellano e ke ke ea theha topology e sa hlalosoang ea cyclization.
Papiso ea bobeli ea boikaketsi e kenyelletsa sehlopha se le seng sa acetyl se kopantsoeng le naetrojene ea N-terminal e loketseng kapa ho naetrojene e lehlakoreng la lysine.. The mass increment feela ha e khetholle sebaka sa sehokelo. Setšoantšo se kenyang liathomo tse nepahetseng kae-kae graph ha se phetoho e netefalitsoeng..
Sebelisa sebopeho e le sesebelisoa se sebetsang sa liphoso: liathomo tse sieo kapa sehlopha sa qetello se sa lebelloang se ka e fetola. Ebe u sebelisa khokahano le stereochemistry joalo ka tlatsetso Li-peptide tse tala tsa Amino liteko tse nang le merero e fapaneng. Licheke tsena lia tlatsana; ha lia lokela ho hatelloa hore e be lebokose le le leng la "litlhophiso tsa sebopeho"..
Maikutlo a fosahetseng bone le bohlano: katleho ea mohlahlobi le boitsebiso ba mongolo bo rarolla tlhahlobo
Maikutlo a fosahetseng bone: haeba software e bala khoele, sepheo se nepahetse. Ho hlahlobisisa ka katleho ho bolela hore software e amohetse boemeli tlas'a melao ea eona. Ha e bontše hore tlhahiso e hlalositse peptide e batloang. Tatelano e nepahetseng empa e fetotsoe, stereocenter e sa hlalosoang, kapa sehlopha se fosahetseng sa terminal se ka pholoha tlhahlobo ea syntax.
Leeto la ho khutla le latellanang le ka khelosa. Ak'u nahane ka tsamaiso ea phetoho e balang GA amide e hlalositsoeng ka botlalo, e etsa kerafo ea acid e sa lefelloeng ka ho sa feleng, ebe o romela kantle litlhaku tsa GA. Ho bapisa tumellano ea pele le ea ho qetela ea litlaleho tsa masala le hoja terminal amide e neng e batloa e ile ea lahleha. Thepa e rometsoeng e lahlile hantle ntho e hlokahalang ho pepesa phoso. Boloka litšupiso tsa boemo ba sebopeho bakeng sa tšobotsi e 'ngoe le e 'ngoe eo sebopeho sa tatellano ea ho qetela e ke keng ea e emela.
Bothata bo tšoanang bo etsahala haeba morekisi oa tatellano ea kantle ho naha a tlohela litlhaloso tsa stereochemical. Gly-L-Ala le Gly-D-Ala ka bobeli li ka oela ho GA tlasa leano le joalo la kantle ho naha.. Leeto le atlehileng la ho ea le ho khutla ka mokhoa oo o fokolitsoeng oa liteko tsa alfabeta e sala e le boitsebiso le tatellano, eseng ho lekana ka botlalo ha molek'hule. Bolela hore na ke lintlha life tse pholohileng phetoho e 'ngoe le e 'ngoe pele u nka tumellano ea ho ea le ho khutla e le netefatso.
Ngola ho hloleha joalo ka ho hloleha boemong bo loketseng: keno e sa tshehetswang, ho hana ha syntax, kerafo ea terminal e fosahetseng, stereochemistry e haellang, kapa leano la papiso le hlakolang liphapang tse hlokahalang. Ho hana ha parser e ka ba karabo e tšepahalang ho k'hemistri e sa tšehetsoeng. Phapanyetsano e khutsitseng ea masalla a tloaelehileng e baka phoso e tebileng haholoanyane ea ho hlalosa hobane tlhahiso e bonahala e felletse.
Maikutlo a fosahetseng a mahlano: mongolo o fapaneng oa SMILES kamehla o bolela k'hemistri e fapaneng. Litaelo tse fapaneng tsa traversal tsa athomo li ka emela kerafo e tšoanang ea molek'hule. Ka hona, papiso ea mongolo o tala ke teko e sa tšepahaleng ea boitsebiso bohle. Ts'ebetso ea canonicalization e ka thusa kahare ho tikoloho ea software e ngotsoeng, empa e ntse e ipapisitse le maano a k'hemistri le boemeli. Innopeptide
Tokiso ke ho hlakisa boemo ba papiso. Bapisa khokahanyo le stereochemistry tlas'a phekolo e lumellanoeng ea liqoso, counterions, le likarolo tse ling tse amehang. Se ke oa tlosa matsoai ka bohona kapa ua etsa hore protonation e be ea maemo haeba mosebetsi oa tlase o hloka liphapang tseo. Tekano bakeng sa patlisiso ea database e ka fapana le ho lekana bakeng sa litlhaloso tsa sampole ea 'mele. Sebaka sa Lipatlisiso sa Neuroscience/Leqephe/2
| Sebaka sa ho hlahloba | Rekota ho boloka | Hore na pasa ha e thehe eng |
|---|---|---|
| Hlalosetsa tatelano | Alfabeta, tataiso, mohlodi, tlhabollo, le matshwao a sa rarollwang | Khemistri ea ho qetela kapa sebaka sa phetoho ntle le haeba e kenyelelitsoe ka ho hlaka |
| Kaho ea kerafo | Liathomo tsa terminal, taelo ea mokokotlo, likamano, le li-bond tsa phetoho | Lokisa stereochemistry feela ka khokahano e nepahetseng |
| Tlhahlobo ea stereochemical | Setsi se seng le se seng se hlophisitsoeng se hlokahalang le kabelo ea sona ea litšupiso | Bohloeki ba 'mele ba enantiomeric ea vial e entsoeng |
| Papiso ya boemedi | Mofuta oa software le tefiso, letsoai, le leano la ho tloaeleha | Tekano ea baeloji kapa mohlala o felletseng oa litlhaku |
Phano e sebetsang e na le litlhaloso tsa mantlha, kemedi e hlahisoang, sebopeho se hlalosoang, litlhophiso tsa ho fetolela, le qeto ea tlhahlobo. Motho oa bobeli o lokela ho tseba hore na ho ne ho nahanoa eng le hore na ke eng e boletsoeng ka ho hlaka. Boloka linyeoe tse hlōlehileng hammoho le liphetho tse amoheloang e le hore khemistri e sa tšehetsoeng e se ke ea nyamela rekotong.
Likarolo tse khaotsoeng li hloka tlhahlobo ea tsona. Ho SMILES letheba le arola likarolo ntle le ho hlakisa tlamo e kholo lipakeng tsa tsona. Haeba tlhahiso e kenyelletsa peptide le counterion, mohato oa ho tloaeleha o ka boloka feela karolo ea peptide ka boomo. Seo se ka lumellana le palo e le 'ngoe ea tlhaloso empa se tlosa boitsebiso ho tlhaloso ea letsoai e fanoeng. Boloka rekote ea mantlha le lipalo tse fetotsoeng li hokahantsoe ho fapana le ho lumella maemo a tloaelehileng ho hlakola mohloli.
Linoko tse llang le tsona li hloka tlhokomelo: li bontša ho koaloa ha bonto ka har'a boemeli, ho fapana le palo e setseng ea sebaka sa peptide cyclization. Phalliso e fapaneng e ka sebelisa linomoro tse hatisitsoeng tse fapaneng bakeng sa kerafo e tšoanang. Hlahloba liathomo tsa 'nete ha u hlahloba selikalikoe kapa lekala. Ho bapisa nomoro khoeleng le masalela a linomoro ka mokhoa oa tatellano ha se 'mapa oa sebopeho..
Qetellong, qoba ho sheba morekisi kantle ho naha ka maikutlo a tšoanang le a sebelisitsoeng ho etsa tlhahiso ea hae. Haeba mohato oa kaho le mohato oa papiso li lahla litlhaloso tsa terminal, ba ka lumellana ba ntse ba arolelana ntho e tšoanang. Bapisa le lenane la likarolo tse hlahlobiloeng ka thoko kapa kerafo ea litšupiso eo termini ea eona, Litlhophiso le libaka tsa marang-rang li lula li hlakile. Tumellano e na le thuso feela bakeng sa likarolo tseo papiso e hlileng e li hlahlobang.
Litlhaloso tse shebaneng le tatellano le li-graph tsa limolek'hule li sebeletsa merero e fapaneng ea tlhahlobo. Haeba rekoto ea phetoho e fetisoa ho tsoa ho ProForma kapa notation e 'ngoe e laoloang, 'mapa boemo ba eona bo setseng ho kerafo ka ho hlaka le ho boloka mofuta oa notation. Lebitso la phetoho le amoheloang ha se bopaki ba hore morekisi o bolokile bonto ea hae kapa litlhophiso.
Pele ho lipalo tse tlase, etsa qeto ea hore na mosebetsi o hloka mofuta ofe oa limolek'hule. Leano la deduplication ea database le ka iphapanyetsa li-counterations ka boomo, athe tlhaloso ea taelo e ka 'na ea hloka hore li tlalehe. Boloka mohaho o fanoeng pele o tloaeleha, le ho hlalosa kemedi efe kapa efe e fetotsweng. Ho seng joalo bahlahlobisisi ba babeli ba ka fumana likarabo tse fapaneng ha ka bobeli ba lumela hore ba bapisa sepheo se le seng.
Lipotso tse botsoang khafetsa
Na tlhaku e 'ngoe le e 'ngoe ea peptide e ka fetoloa ka kotloloho? Ke feela ha software e ts'ehetsa alfabeta mme mehopolo e hlokahalang ea sebopeho e hlalosoa. Masalla a sa hlakang, k'hemistri e sa tloaelehang, kapa lintlha tse sieo tsa terminal li hloka ho hlakisoa kapa kaho ea sebopeho se hlakileng.
Na isomeric SMILES e netefatsa tlhophiso e nepahetseng ea L kapa D? Che. E ka kenyelletsa tlhahisoleseling ea stereochemical e teng nthong ea molek'hule. Ho nepahala le ho phethahala ha boitsebiso boo ho ntse ho itšetlehile ka ho kenya letsoho le tlhaloso ea eona.
Na nka bapisa likhoele tse peli tsa SMILES ka sebopeho? Eseng joalo ka tlhahlobo ea boitsebiso ba lik'hemik'hale ka kakaretso. Likhoele tse fapaneng tse sebetsang li ka hlalosa kerafo e tšoanang. Sebelisa mokhoa o lumellanoeng oa ho bapisa kerafo 'me u boloke software le maemo a tloaelehileng.
Ke lokela ho romela eng bakeng sa tlhahlobo e ikemetseng? Romella lintlha tse felletseng tsa molek'hule, tatelano ya mohlodi, terminal le litlhaloso tsa phetoho, kemedi e hlahisoang, litlhophiso tsa software, le menahano efe kapa efe e sa rarolloang. Kopa mohlahlobi hore a hlahlobe k'hemistri e reriloeng ho fapana le syntax feela.
