Azịza ngwa ngwa
Think of precursor selection as a sampling strategy rather than a detector setting. A detector reports what reaches it; the sampling strategy decides what gets…
Kedu ihe nhọrọ ion precursor dị elu na-agbanwe n'ezie ma e jiri ya tụnyere TopN DDA?
Peptide sịntetik Hormone uto Peptides Ọ na-agbanwe loop nlele, ọ bụghị ihe nchọpụta. TopN DDA na-emekọrịta ihe na-ahọrọ N ndị ntozu ntozu kacha sie ike na okirikiri MS1 ọ bụla, na mwepu ike na-egbochi nhọpụta ozugbo, Ya mere nhọrọ na-anọgide n'ụzọ dị ukwuu na-akpata ike na nnukwu peptides na-enyocha ugboro ugboro (Kreimer et al., J Proteome Res, 2016). Ngwa ahụ na-arụ ọrụ nke ọma; atụmatụ a na-aga n'ihu na-alaghachi n'otu mpaghara.
Kreimer et al. atụnyere atụmatụ abụọ iterative-wepu: ewepu ihe mmalite niile kewara ekewa na ewepu naanị peptides achọpụtara. Ndị a bụ atụmatụ dị iche iche nwere nsonaazụ dị iche iche. Kọwaa ndepụta mwepu ejiri tupu ị hota uru ahụ, ma jigide ihe ọmụmụ HeLa digest na LTQ Orbitrap XL. Ọmụmụ izizi.
Ụdị nke atọ na-akwalite mwepu n'ihu: Nchọ data ozugbo n'oge nnweta na-enye ohere iwepụ ya site na njirimara peptide kama site na m/z na ihe omume oge.. Ọrụ ịme anwansị mmalite na nhọrọ kacha elu na-agbanwe agbanwe hụrụ nke a agbakwunyere ihe dịka a 1% nweta ihe karịrị ọkọlọtọ mwepu-ndepụta nhọrọ (arXiv preprint 1207.5848, n.d.). Were nọmba ahụ dị ka nsonaazụ simulation, ọ bụghị benchmark, ma agụkwala ya dị ka ihe atụpụtara ngwaọrụ.
N'okwu a kpọtụrụ aha 2016 mụọ ihe, na ot TopN saturation nso 12,500 peptides pụrụ iche bụ extrapolation. Nnwale mwepu jikọtara ọnụ gafere 16,000 njirimara. Ntụnyere ahụ na-egosi nlebanya agbakwunyere n'okpuru nhazi ahụ, ọ bụghị nke eluigwe na ala 29% nweta n'elu njikwa otu agba ọsọ dabara adaba.
Ịchọ ụdị ndị ekewapụrụ iche nwere ike ịbawanye omimi njirimara na nke a kpọtụrụ aha 2025 mụọ ihe. Pasent ndị akọpụtara na-eji ntụnyere dị iche iche na ha ga-ejigidekwa ọnụ ahịa nke ha; ekwesighi ijikọ ha ka ọ bụrụ nkezi gafere oke nke ekwuputara ma ọ bụ jikọta ya na uru mwepu ugboro ugboro.
Nhọrọ nke mbụ na-emetụta ihe akaebe nkewa nke enwetara. Njirimara enweghị nkewa ka nwere ike ịdị na data MS1; enweghị ike ịnye ya ntụkwasị obi n'usoro n'usoro n'enweghị ihe akaebe nkwado zuru oke. Nchọta emelitere nwere ike nwetaghachi ozi adịlarị na ụdị ụdịdị enwetara.
Kedu ihe kpatara ngbanwe teknụzụ-ntụgharị ga-adị ala na-enweghị usoro ahụ enweghị ike imepụtaghachi?
N'ihi na obere ndakọrịta na mmeghari na-adịghị mma bụ nha dị iche iche, na a nchoputa-omimi imewe nwere ike na-emepụta nke mbụ mgbe usoro na-anọgide zuru okè repeatable. Ogologo ogologo dị ogologo maka nkpuchi peptide oyiri na DDA a na-emebu bụ 35-60% n'etiti ụzọ abụọ nke ụdị teknụzụ., ọnụ ọgụgụ na-abịa site a 2010 nyochagharị ọzọ na LTQ na ngwa Orbitrap ochie (Tabb et al., J Proteome Res, 2010). Ọmụmụ ihe ahụ chọpụtakwara na nkwekọ ahụ na-adabereghị n'ụdị mgbagwoju anya: ngwakọta 48-protein nyere etiti 44% ndakota, ngwakọta ọkọlọtọ protein 46%, na mgbari yist 45% (Tabb et al., J Proteome Res, 2010). Ejikọtara nkwugharị ya na ike mbido, ya mere peptides dị ala bụ ndị kwụsịrị.
Nke ahụ bụ isi ihe dị iche. Ọ bụrụ na nhazigharị gị na-ejide ihe nlele mgbe niile na-agbanwekwa ihe ọ bụla ma ọ bụghị ntụtụ, obere ndakọba pụtara na usoro a na-enyocha stochastically, nke a na-atụ anya maka DDA. Ọ bụrụ na atụmatụ gị bụ iji gosipụta reproducibility, ịkwesịrị ikwupụta ihe na-adịgide adịgide na ihe dị iche iche, na nduzi onye ode akwụkwọ MCP chọrọ kpọmkwem nke ahụ: ọnụ ọgụgụ nke oyiri enwetara nwere ọdịiche doro anya n'etiti ndu, usoro na teknuzu oyiri, gbakwunyere usoro na ụdị randomisation, njikwa teknụzụ, na oge nke nyocha nlele (Ntuziaka MCP nye ndị ode akwụkwọ).
Nnwale abụọ nọọrọ onwe ha nso nso a na-egosi ole n'ime nsogbu nkpuchi ahụ dabere na nnweta. Ntụnyere DDA na-emegide-DIA kpọmkwem n'otu nlele ahụ hụrụ karịa 92% Achọpụtara nke peptides n'ofe oyiri na data DIA karịa ihe na-erughị 77% na data DDA, na protein-larịị agbanwe agbanwe nke 99.0/98.2/98.2% maka DIA megide 95.6/95.4/96.2% maka DDA (PMC12801617, 2025). Ntụnyere izu oke asatọ n'ime mmiri anya mmiri hụrụ DIA na 78.5% peptide zuru oke megide 48% maka DDA, ya na CV nke etiti 10.6% na 22.3% n'otu n'otu (J Mass Spectrom Adv Clin Lab, 2025). Metiriks abụọ dị iche iche, ọnụnọ/adịghị adịgide adịgide na ọnụọgụ nke mgbanwe, tụọ aka n'otu ụzọ ahụ.
Oghere nke eziokwu: Ọ nweghị isi iyi dị na setịpụ a ga-atụgharị ya 2010 ọnụ ọgụgụ ndakọrịta na ngwa ngwa ugbu a. Ogologo 35-60% kwesịrị ịde ụbọchị mgbe ọ bụla e hotara ya, na ihe akaebe DIA-versus-DDA na-ekpuchi ahịrị sel na naanị mmiri akwa akwa. Ọ nweghị ebe a na-atụnyere ụdịdị abụọ a na phosphoproteome ma ọ bụ ihe nlele PTM ọzọ bara ụba, Yabụ na nkwupụta ọ bụla gbasara DIA na DDA maka peptides gbanwetụrụ agaghị akwado ya.
Tupu nnweta, ịmata ọdịiche dị n'ime nchọpụta-omimi site na ọmụmụ ihe ugboro ugboro. Ndakọrịta dị ala mgbe mwepu nke ụma nwere ike igosi nlebanya agbakwunyere, mana leleekwa ntụkwasị obi njirimara, mkpokọta mkpuchi na àgwà nlele; obere ndakọrịta naanị anaghị egosi na atụmatụ a na-arụ ọrụ.
Ego ole mkpuchi usoro zuru oke, na ebe mkpuchi ga-ada?
Kọwaa metrik mkpuchi tupu ịtọ ntọala. Mkpuchi usoro protein na-agụta ihe fọdụrụnụ nke peptides achọpụtara nọchiri anya ya; mkpuchi iberibe-ion nke peptide sịntetik bụ ihe dị iche. Ọ bụghị pasentị ọ bụla na-ewepụta usoro fọdụrụnụ, ọnọdụ mgbanwe ma ọ bụ stereochemistry. Tọọ ion nyocha nyocha na orthogonal achọrọ maka ihe owuwu ahụ.
Iwu ntinye na-esote site na nkọwa ahụ. Maka peptide emegharịrị ma ọ bụ nke akpọrọ, mkpuchi ga-agụnye ihe fọdụrụ na-ebu mgbanwe ma ọ bụ akara. A 95% map mkpuchi na-ahapụ saịtị gbanwetụrụ na ekpuchighị ya 5% anaghị akwado nzọrọ njirimara saịtị akọwapụtara, n'agbanyeghị otú pasentị si dị elu.
Nke ahụ bụ omume onye na-ere ahịa, ọ bụghị usoro iwu, ma ekwesịrị ka akpọ ya aha ya na nkọwapụta ọ bụla ị na-ede.
Ihe onye nleba anya nwere ike ijide gị bụ nhazi akụkọ. Enwere ike ijide akwụkwọ ntuziaka onye na-agụ ka ọ chọrọ precursor-ion na nkebi-ion oke ndidi., search engine na version, nchekwa data, usoro atụmatụ FDR, na ngwanro ma ọ bụ usoro eji enyocha ọrụ saịtị mgbanwe, na nkọwapụta nkọwa maka peptide ọ bụla ebe a na-akọ saịtị mgbanwe (Nkuzi MCP maka ntinye data Proteomics, Ntuziaka onye ode akwụkwọ MCP). Ndepụta ozi kacha nta na-agbakwunye aha ngwanrọ, version na emeputa, ọdụ data gbara ajụjụ nwere ụdị na ọnụọgụ ntinye, na faịlụ paramita (MIAPE-MSI 1.1, 2008-02-05). MIAPE bụ 2008 ndepụta na-anọgide na ụdị 1.1; ọ bụghị ihe ọhụrụ chọrọ.
Ya mere azịza bara uru maka "ihe mkpuchi mkpuchi onye nyocha ga-anabata" bụ: kwupụta ọnụ ụzọ ị tinyere, kwuo ebe mkpuchi na-adaba Semaglutide Peptide ihe fọdụrụ gbanwetụrụ, ma kọọkwa paramita ndị na-ekwe ka mmadụ mepụtagharị ngụkọta oge. Ọnụ ọgụgụ na-enweghị ihe atọ ahụ abụghị ihe a ga-agbachitere.
Kedu otu esi akọwapụta mgbanwe ma ọ bụ labelụ kama ịkwenye oke na emebibeghị?
Nhazi obodo bụ nha dị iche site na njirimara, ya na akara nke ya, ọnụ ụzọ nke ya na ọnụego njehie nke ya. Ndabere nchikota nke ihe kpatara nani oke na-enweghi ike imechi nkwuputa njirimara di ochie ma sie ike: n'etiti peptides dị iche na mejupụtara otu, amino acid abụọ ma ọ bụ atọ, 10%, 29% na 53% n'otu n'otu nwere isomers mass-yiri, na ewezuga leucine/isoleucine isomers ọnụ ọgụgụ a bụ 14% na 38% (Ọ et al., J Proteome Res, 2004). Ndị peptides nke isomeric enweghị ike ịmata ya site na uka, na tandem mass spectrometry ma ọ bụ ihe mgbochi ndị ọzọ dị mkpa.
Akara nhazi mpaghara na-arụ ọrụ site n'ịtụle saịtị-ekpebi iberibe. Ihe mmejuputa a na-eme ugbu a na-atụnyere peptidoform kachasị mma na mgbanwe na saịtị megide peptidoform kacha mma na-enweghị ya., na-eleghara ọnụ ọgụgụ kachasị elu n'ihi na ha enyeghị ịkpa ókè, ma na-akwalite ntụkwasị obi n'ime obodo naanị site na oke oke ịkpa oke (PTMProphet, 2019). Mmejuputa a na etinyere mpaghara na iProphet nke puru omume 0.9 maka abụọ datasets na 0.8 maka nke atọ, nke ikpeazụ kwekọrọ 0.4% atụmatụ PSM njehie na 97.9% PSM mmetụta, wee kọwapụta nsonaazụ na 5% Ụgha localization ọnụego na n'okpuru 1% FLR (PTMProphet, 2019).
Ọnụ ụzọ nhazi mpaghara kpochapụwo sitere na akara na ekwesighi ka ewere ya dị ka njirisi nnabata zuru ụwa ọnụ. AScore 19 dabara na p odika 0.01, ma ọ bụ 99% n'aka, na emesia phosphoproteomics omume si n'otu ụlọ nyocha na-eji a ọzọ liberal p < 0.05, AScore > 13; Spectrum Mill chọrọ akara dị iche karịa 1.1 n'etiti n'elu abụọ localizations maka obi ike localization (Ndozi nhazi mpaghara saịtị, 2012). Otu nyocha ahụ na-adọ aka ná ntị na ọnụ ọgụgụ ndị nwere ike dabere n'echiche na-ezighị ezi bụ na a ga-ahụ ọtụtụ mmadụ n'otu ntabi anya., ma na-atụ aro ka a na-emeso ha dị ka ọnụ ọgụgụ ndị nọ n'okpuru ọnụ ụzọ nke onye ọrụ setịpụrụ karịa dị ka usoro ziri ezi nke eziokwu.
A na-akwado ịdọ aka ná ntị ahụ site n'otu esi ahọrọ ọnụ ụzọ n'ezie. PTMProphet na-akọwa nhọpụta nke oke ohere nwere ike ime mpaghara dịka nke ukwuu nhọrọ aka ike nke onye ọrụ mere., A ga-ahazi ya site na nha njehie onye ọrụ na-anabata (PTMProphet, 2019). Ọ nweghị ọkọlọtọ na-edozi nọmba, ya mere ihe a na-agbachitere bụ ikwupụta ọnụ ụzọ, kwuo ọnụego mperi ọ dabara na ya, ma kọọ ọnụego mpaghara n'akụkụ ọnụego njirimara.
Maka peptide akpọrọ, Mgbanwe a na-atụ anya na-adịghị emebi emebi na-akwado nhazi a chọrọ mana ọ naghị egosi na kemistri akara ma ọ bụ saịtị mgbakwunye. Jiri saịtị na-achọpụta iberibe na, ebe ọ dị mkpa, usoro nhazi nke orthogonal iji nwalee akara na njikọ a chọrọ.
Kedu usoro orthogonal na-aza ajụjụ njirimara?
Usoro ọ bụla na-aza ajụjụ dị iche, na nkewa ihe karịrị ọnụ ọgụgụ. Nke 2025 Ntuziaka European maka peptides sịntetik, na-arụ ọrụ kemgbe June 2026, na-atụ aro iji opekata mpe ụzọ abụọ orthogonal maka njirimara dịka akụkụ nke nkọwapụta na ntọhapụ, na depụtara uka, oge njide ikwu, LC-MS, maapụ peptide, bioactivity, amino acid analysis ma ọ bụ NMR dị ka o kwesịrị, yana ngwakọta achọrọ iji kwado usoro a n'enweghị mgbagha (EMA, Ntuziaka na mmepe na nrụpụta nke Peptides sịntetik, 2025-12-04, dị irè 2026-06-01).
Usoro usoro iwu dị n'okpuru bụ dabere na arụmọrụ karịa ọnụọgụgụ. I Q2(R2) na-achọ njirimara iji gosipụta ike ịmata ọdịiche dị n'ihe nyocha site na akụkụ pụrụ iche-nhazi molikula, kwadoro site na nsonaazụ dị mma megide ihe ntụnye aka yana nsonaazụ ọjọọ sitere na nlele enweghị nyocha, na ebe usoro anaghị akpa oke nke ọma, ekwesịrị iji usoro ọzọ mee ihe (I Q2(R2), nakweere 2023-11-01, emeziri 2023-11-30). Ihe a kapịrị ọnụ a chọrọ bụ ule ike, ọ bụghị ọnụ ọgụgụ nke ule.
Omume ntụaka-ọkọlọtọ maka njirimara peptide na-agbakọta n'otu ụzọ ahụ na-enweghị idozi nọmba: A na-ejikarị usoro orthogonal dị iche iche iji nyochaa nhazi kemịkal na njirimara kemịkal, gụnyere oge njigide HPLC, NMR, MS na nyocha chiral, na multi-laboratory ọmụmụ na-eji NMR, maapụ peptide, HPLC na amino acid analysis (Nnyocha ọgwụ, 2023). Ihe njirimara HPLC na omume ahụ dabere na ntụnyere oge njide megide ọkọlọtọ ntụaka, nke mere na oge njide na-enweghị ọkọlọtọ abụghị ihe njirimara.
Usoro-ịjụ ajụjụ nke ahụ Peptides na-ebubata n'ogbe na-esote site na isi mmalite ndị a:
|
Ajụjụ njirimara |
Usoro na-aza ya |
Ihe ọ naghị aza |
|---|---|---|
|
Uka emebibeghị ọ ziri ezi? |
LC-MS ma ọ bụ MALDI-TOF uka emebibeghị |
Usoro, njirimara ọnọdụ ma ọ bụ stereochemical |
|
Usoro a ọ bụ eziokwu? |
MS/MS nwere mkpuchi usoro, ma ọ bụ peptide mapping |
Mgbanwe labile, oghere mkpuchi akụkụ |
|
Ebe mgbanwe ma ọ bụ labelụ dị? |
saịtị MS/MS na-ekpebi iberibe iberibe nwere oke ọnọdụ mpaghara ekwuputara |
Ma saịtị ahụ ọ dabara na ya Melittin |
|
stereochemistry ziri ezi? |
Nyocha chiral kwadoro; Ntụle amino acid nkịtị naanị anaghị ewepụta stereochemistry |
Ọnọdụ mgbanwe |
|
Ọ bụ otu ihe ahụ dị ka ọkọlọtọ? Omenala Peptide N'ogbe |
Oge njide HPLC megidere ọkọlọtọ ntụaka |
Ihe ọ bụla ọkọlọtọ n'onwe ya adịghị eguzobe |
Àgwà nyocha COA nke idobe nkwubi okwu ọ bụla na usoro ya bụ ụdị dị irè nke tebụl a: ịdị ọcha chromatographic na-akọwa ịdị n'otu chromatographic ma ọ naghị ewepụta njirimara kemịkal n'onwe ya, naanị oke emebibeghị nwere ike ọ gaghị ewepụta usoro ọ bụla, ọnọdụ ọnọdụ ma ọ bụ stereochemical, na njirimara na ịdị ọcha kwesịrị ịkọ iche iche ma tinye ya na ụzọ ndị na-akwado ha (Vector E Lab, 2026-09-28).
Kedu ihe a ga-ederịrị tupu enwetara maka njirimara njirimara na-azara ọnụ?
Ihe ndekọ ahụ ga-abụ nke zuru oke nke na onye ọzọ nwere ike ịmegharị otu ma ọ bụ nyocha yiri ya na otu ma ọ bụ njin ọzọ. Ụdị mgbanwe nke na-ebu usoro nchọta chọrọ ka SpectrumIdentificationProtocol kwupụta ụdị ọchụchọ dị ka akara ọkwa peptide ma ọ bụ akara nhazi mgbanwe., na-achọ ka egosiputa engines ọchụchọ na listi ngwanro, na e mere maka kpọmkwem reproducibility (mzIdentML 1.3.0, June 2024).
Ndekọ nnata mbụ, gbakọtara site na ụkpụrụ mkpesa dị n'elu:
-
Usoro nhọrọ na paramita ya. Ọnụ ahịa TopN, windo iche, ogologo oge mwepu ike, yana ma ndepụta mwepu na-aga n'ihu n'etiti ọsọ.
-
Nkwenye. Precursor na iberibe uka ndidi, kwuru dị ka ọnụọgụgụ. Nke 2016 eji ọmụmụ ihe 10 ppm na 0.5 Na (Kreimer et al., J Proteome Res, 2016); izi ezi nke ọkwa akụrụngwa a ga-adakọrịrị dị n'okpuru 3 ppm RMS gafere 24 h na mpụta mmezi na n'okpuru 1 ppm RMS nwere nhazi ime n'elu ikpo okwu Orbitrap dị ugbu a (Thermo Fisher mpempe akwụkwọ nkọwapụta, mpempe akwụkwọ ere ugbu a ebipụtara).
-
Nchọgharị na ụdị, nchekwa data na ụdị nwere ọnụ ọgụgụ ntinye, na usoro ntule FDR. Nchọ ihe nleba anya bụ ụzọ anabatara iji mata ọdịiche ziri ezi na njirimara ezighi ezi, na n'ihi na ọtụtụ search engines na-eweghachi rịzọlt ọbụna maka enweghị atụ ụdịdị, A ga-emerịrị atụmatụ njehie site na nkesa akara (Elias & Gygi, Ụzọ okike, 2007). Ntụkwasị obi Per-peptide na-abịa site na ihe atụ nke puru omume nke na-agbakọ ohere nke ọrụ ọ bụla ziri ezi., na-enye ike nzacha na ọnụego mperi enwere ike ịkọ (Keller et al., Anal Chem, 2002).
-
Usoro nhazi saịtị na ọnụ ụzọ ya, na nkọwapụta nkọwa maka peptide ọ bụla ebe a na-akọ saịtị mgbanwe.
-
Nhazi oyiri. Ọnụọgụ nke oyiri, na ma ha bụ ndu, usoro ma ọ bụ teknụzụ.
-
Ihe nchọpụta Archive. Ihe nchọpụta PXD na-adịgide, pụrụ iche na amanyere iwu dị ka isi ihe nchọpụta maka setịpụ data ewepụtara na mbụ, yana metadata gbakwunyere faịlụ raw na ahaziri echekwabara ọnụ, yana ihe nchọpụta RPXD maka datasets ewegharịrị (ProteomeXchange consortium, Nchọpụta Nucleic Acids, 2026-01-06).
Iwu mkpebi, etinyere tupu enweta ya: ọ bụrụ na ịnweghị ike dee atụmatụ nhọrọ, na ndidi, paramita ọchụchọ, ọnụ ụzọ nhazi mpaghara na nhazigharị ihe n'ọdịnihu, Agaghị agbachitere nkwupụta njirimara ma emechaa. Nke ọ bụla n'ime ubi ndị ahụ bụ mkpebi, na onye ọ bụla dị ọnụ ala ime tupu agba ọsọ karịa iwughachi ya mgbe ọ gasịrị.
Ajụjụ a na-ajụkarị
Ntụkọ nke teknụzụ dị ala ọ pụtara na usoro m adịghị mma?
Ọ bụchaghị. DDA omenala na-ahọrọ naanị ihe mmalite kacha sie ike na okirikiri nke ọ bụla, Ya mere, a na-atụ anya nleba anya dị ala n'etiti ihe atụgharị ka omume nlele anya karịa ọdịda mmeghari (Tabb et al., J Proteome Res, 2010). Ajuju a ga-ajụ bụ kedu ihe nrụgharị emegharị ahụ ka e bu n'obi gosi.
Enwere m ike ikwu okwu 29% ọgụgụ dị ka ihe nrịbama izugbe?
Mba. O sitere na otu 2016 mụọ ihe na LTQ Orbitrap XL na HeLa digest na a 120 min gradient (Kreimer et al., J Proteome Res, 2016). Kwuo ya na agbakwunyere oke ahụ, ma ọ bụ kwuo usoro ahụ nke ọma.
Kedu usoro mkpuchi m ga-etinye na nkọwapụta?
Ọnweghị opekempe na-akwado njikwa dị. Kwupụta ọnụ ụzọ ị tinyere, gosi na mkpuchi na-agụnye ihe fọdụrụ na-ebu mgbanwe ma ọ bụ akara, ma kọọ usoro nchọta nke na-ahapụ onye nleba anya megharịa mgbako ahụ.
Ọ dị oke oke iji kwado njirimara?
Mba. Otu n'ime peptides dị iche iche, amino acid abụọ ma ọ bụ atọ, 10%, 29% na 53% nwere isomers yiri oke (Ọ et al., J Proteome Res, 2004). Mass bụ otu usoro nke orthogonal, ọ bụghị nkwuputa njirimara zuru oke.
Ka m chọrọ kpọmkwem ụzọ abụọ orthogonal?
Nke 2025 Ntuziaka ndị Europe na-atụ aro ma ọ dịkarịa ala abụọ maka njirimara peptide sịntetik (EMA, dị irè 2026-06-01), mgbe ICH Q2(R2) na-emepe ihe achọrọ dị ka dabere na nkọwapụta karịa ọnụọgụ edobere (I, 2023). Ngwakọta ahụ kwesịrị ịkwado usoro ahụ n'enweghị mgbagha; ọnụọgụgụ na-esote site na nke ahụ.
Mmechi
A na-ewu nkwuputa njirimara tupu enweta ya, ọ bụghị mgbe ọ gasịrị. Atụmatụ nhọpụta nke mbido na-ekpebi ụdị peptides ga-eṅomi, Nhazi nke oyiri na-ekpebi ma nkpuchi ahụ ọ bụ ihe ọmụma ma ọ bụ na mberede, mkpesa mkpuchi na-ekpebi ma ihe fọdụrụ emezigharịrị ọ dị n'ime ihe akaebe ahụ, na njirimara orthogonal na-ekpebi ma nkwupụta ahụ ọ dị ndụ onye nyocha nke maara na oke naanị na-ahapụ isomers enweghị ngwọta..
Nzọụkwụ na-esote bụ ndekọ tupu enwetara ya: atụmatụ nhọrọ, ndidi, search parameters, ebe obibi mpaghara, nhazigharị na ihe nchọpụta Archive, Edere ya na ụdị-achịkwa tupu ịgba ọgwụ mgbochi mbụ. Ọ bụrụ na ubi ọ bụla na-efu, dozie ya tupu agba ọsọ karịa na nzaghachi onye nyocha.
Maka otu na-atụnyere oke ọrụ maka omenala, gbanwetụrụ na akara peptides, Rịọ nhota nke na-akọwa paramita nyocha dị n'elu karịa ọnụ ọgụgụ ịdị ọcha naanị.
Ụkpụrụ nyocha na ntụnyere usoro e zoro aka na ya bụ isi mmalite ebipụtara onwe ya.*
